Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350419.2
Sequence Length
4959 nt
GC Content
0.4081
GCACAGUGCCUGCAGUGACCUGAGUCAGUCAUGCAAGGAGACUUUCUUGUUCUCACACCAAUGUUUUAUUUCAGUUUCCAUUUUCUGCUGGUCCUGUUGUUCAAUGAUAUAAGCAGAGUGAUGAAGGAGGCGCUUCACACUCUUCUUAGAUAAGAUCUUGAGCAGCAGAGAGUGGUUUAAACAGCAAGGCUUAAAUCUCUCAAGCUGGAUUUAUUUCCAAGUUUGCUGUCAUGUGUGCACCUGGGAUUCAUGUCUCUUCAGAAGGGUGGGAAGAAGUGAGGUCUGUUGAUUCCGAAGAGGGAACAAUUGAAGCUCGACGAGCAGUUGCUGGUGAUUUGGAUUAUUACUGGUUGGAUCCUGCCACGUGGCACAGCCGGGAGACAUCACCUAUUAGUUCGCAUCCUGUAACGUGGCAACCAUCUAAAGAGGGGGACCGAUUAAUUGGACGUGUUAUUCUUAACAAGAGAACAACCAUGCCCAAAGACUCAGGUGCAUUGCUGGGUCUGAAAGUUGUUGGAGGAAAAAUGACUGACUUAGGACGACUUGGUGCUUUCAUCACCAAAGUAAAGAAGGGUAGCCUAGCAGAUGUAGUUGGACACCUAAGAGCAGGGGAUGAAGUUCUAGAAUGGAAUGGUAAACCCCUGCCGGGAGCUACAAAUGAAGAAGUUUACAACAUUAUUUUAGAAUCAAAAUCAGAACCUCAAGUUGAAAUUAUUGUUUCAAGGCCUAUUGGUGACAUUCCCCGGAUUCCUGAGAGCUCCCACCCUCCACUGGAGUCCAGUUCAAGUUCCUUUGAAUCUCAGAAGAUGGAAAGGCCUUCCAUUUCUGUUAUUUCUCCAACAAGUCCUGGAGCUCUAAAAGAUGCCCCACAAGUCUUACCAGGGCAACUUUCUGUGAAGUUGUGGUAUGAUAAAGUGGGACACCAGCUGAUUGUAAAUGUUCUGCAAGCAACAGAUCUACCUGCUAGAGUAGAUGGACGUCCUCGAAAUCCCUAUGUAAAAAUGUAUUUUCUUCCAGAUAGAAGUGAUAAAAGUAAAAGGAGGACCAAAACAGUAAAGAAAAUACUAGAACCAAAAUGGAAUCAAACUUUUGUCUAUUCACAUGUACAUCGUAGAGAUUUUAGAGAACGAAUGUUAGAAAUAACUGUGUGGGACCAACCAAGAGUGCAAGAAGAAGAAAGUGAAUUUCUUGGAGAGAUCCUCAUAGAAUUGGAGACAGCGCUUUUAGAUGAUGAACCGCAUUGGUAUAAACUUCAGACACAUGAUGAGUCUUCACUACCUCUGCCUCAGCCAUCACCUUUCAUGCCAAGGCGACAUAUUCAUGGAGAAAGCUCUAGCAAAAAGCUACAAAGAUCUCAGCGAAUCAGUGAUAGUGACAUCUCAGAUUAUGAGGUUGAUGAUGGUAUUGGCGUAGUUCCUCCAGGCUAUAGGUCUAGUGCUAGAGAAAGUAAAUCUACAACAUUAACUGUGCCAGAACAGCAAAGAACAACUCAUCACCGCUCACGUUCAGUAUCUCCUCAUCGCGGCAAUGAUCAGGGAAAGCCGCGUUCACGUUUACCAAAUGUGCCAUUACAGAGGAGUUUAGAUGAAAUUCAUCCAACAAGAAGGUCACGUUCUCCAACCAGACACCAUGAUGCCUCCCGAAGUCCAGUUGAUCAUAGAACCAGAGAUGUGGAUAGUCAGUAUUUAUCAGAACAAGACAGAAUGCACCGACAGAGAAGUCCAACACAAUCUCCUCCAGCAGACACAUCGUUCAGCAGUCGCAGGGGAAGACAGCUCCCACAAGUGCCAGUGAGAAGCGGCAGUAUAGAACAAGAGUCGGGCCACAAAAAGUUAAAAAGUACCAUCCAGAGAAGCACAGAAACAGGCAUGGCAGCUGAAAUGAGAAAGAUGGUAAGGCAGCCGAGCCGAGAGUCUACUGAUGGCAGCAUCAACAGUUACAGCUCUGAGGGCAAUUUAAUAUUUCCUGGAGUGCGACUGGGAGCUGACAGUCAAUUCAGUGAUUUUCUUGAUGGAUUGGGACCAGCCCAGCUUGUUGGCCGCCAAACCCUUGCCACCCCUGCAAUGGGUGAUAUACAAAUAGGAAUGGAGGACAAAAAGGGCCAAUUAGAAGUGGAAGUCAUUAGAGCACGAAGCCUCACACAAAAGCCUGGUUCCAAAUCUACACCUGCUCCAUAUGUCAAAGUAUAUCUUUUGGAAAAUGGGGCCUGUAUAGCCAAGAAGAAGACAAGAAUUGCACGAAAAACCCUUGAUCCUUUGUAUCAGCAGUCUCUGGUUUUUGAUGAAAGUCCACAGGGUAAAGUUCUUCAGGUGAUUGUCUGGGGAGACUAUGGCAGAAUGGACCACAAAUGCUUUAUGGGUGUGGCUCAGAUCUUGUUGGAAGAACUCGACCUGUCCAGCAUGGUGAUCGGAUGGUACAAAUUGUUCCCACCGUCCUCACUGGUGGAUCCCACACUCACUCCCCUCACCCGGCGGGCUUCCCAGUCAUCUCUGGAAAGUUCAACUGGGCCUCCCUGUAUUCGAUCAUAGUGAACUCAUACCAGAGUCAUUCCAAUAAAACUCUACUUUUCAGGAUAAUAAUCUGAACCAGAUAUUUCAUGAUCGAAAGCAUUGUUGGAGACAGACAAUCAACUUGUGUUUUGCCUGUAGUAGUUUUUCAAUAAUAUGUCCCAAUUGUUAUUUAAAACAUGGCUUCAUAUGACAGAACAAGGCAAUCUAUCAAAUUUACAGGAAGAAUCAACAUGCUGGUGAGAGUCACUGAUGCUUCUAACAAAUAGAAAAAGAGGAAACUUUAAAUCCACGCAUACACGUACACACACACAUGCACACACACACACACCAAAUUGAACAAACUGGAAACUCUCACUCUGUGAAAAGUUGUAUUCUACACAUUUCUGCACAGACCACAAGCAGUGUUAUUUCCCUGAUGUUUGAGUUGUUUUGUUCUUUUGUGUGUUUUGUUUAUUUGUGUGUUGUUUGUUGGUUUUCGUUUCUUGAGUUUUUGUUUUGUUUUCACCACAUCUGUUAUUUCCACUAGUUUUUUUUUGGCUGUGUCAUGACAGGCCUCAUGAUGCUAACAGAGAUUCUUCCCUUCUUUUUUCCAAAAGCACCAAAAAAAAGGGCUGAAGUAGUCUCUGUAGCAUCUCCCCAAAGUGUUAAACAGCUACAUAAGGUGAAGCCAAGGAAGGGUUUCACUAGCUUUCAUUUUAUAAUUAUUUAAAGUCUUAUGUGUGGAUACCCAAGAGACAAAAAGUUAUCUUCCAAAAUAAAUAAUCACAGAAGUACUUUUUUAAUGAAGAGCCUAUCUGUUUGCAUUCUAGAAAAUUAAUUUAUGGUUUCCAUUGUUUUGCAUGGAAGACUUUUAAAGAAGUCAAUCUGCAACUAAUGCUGGGGACUAAAACUAACUGCAUAAUUGUACUUUGAAAACACUCCUUGUAAUGCCUUUUUCUUCCUGAUAUUAAAAAAAUGCUCAUGUGUAUAAACCAUACUUUGACUUCCCAAAAAUGGUGACUAGGAAUGGAUUUGAGCCUAAGACACUUUGAGCUAUGCCCAGGCUUCUCAGCCAUACCUCAGUGUAGACACAUCCAUCUGCCCUGGAAAGAGCAUGGUAUGAGCUGUUCAAUAUUCCACUGGAAAUUCCAGUUGAAAUAUUCUGCACUAAACUAUUGUUUUUAUUGAAUUUUAGUUUACAUUUCUUUGAGAUUGAUGCAAGCACAAAGCUUGAUUUUUUAAUGCAAAGUAUCUUACUUUUUGGGGGGAAAAUAAACAAAAUGAACUUUCAAUUUGCAUUUUCAUUUAGUUUCUCUUGGCCUUGAAUUUCCCUUGUGACAUUCUGUACAUGUGCUACAAACUGCAGUCUCUGCAGGUGCAUUGAUAUGUUCUCCCUCCUUUUAUGAGUCACUCCACUUUUGUGAUUACACAAAUAGAGCAGCAUGACUUGGAACUGUUCAGAGCUGCAUGCACAUUUUGUAAAAAAAAAAAAUUUUAAAAAGAAAAGAAACAAAAGGUUAUUUAAUAAUGUAUGUUAGUUCCACAUAGGCCAGCUUGUAUGUUGCAUGUACUUGUACAGUUUGCUUGUUAAUUACUAUACCGAAAUAACCAAGAAAUCUAAGCCAUCCACUUUUGUUAUAGACAUUUUGCAGGUUUUAGCCAGACUCAGUCUCUGGGUCUGUGGUGAAAUGUCUAUAGAUGGACUUUAUUUUUUACCCUCCGGAAAACGUGAUGUAGUACGGACCAAAUUCCUUCUAAUAAAUAUUUUGGUGUAGAUUCCUACUGUGGGGCUGUAACACAUGUAGACACUGUGUACACACUAGGUUUUAAUUCAUAGACAUACUGCCUGCACCAAGUGAAUUAUUUAUUAUUAUUUACACAUGCCAGAAUUAUCUGCCCAUCAUUCCACAGGGCACAGAUUGACCACUGCUCACCAUGCUGAGUAGGAGGAACUGAAGCAUUGGUGCACUUCUACUAGAUUCCGUUCUGUCUUAGUGGCCAACAAUCAACUGAUUAUAAUUGGGUAGUAUCUUUCUAUUUUGACCACUUGUCUUAACACUCCCCUGUGCUUUUAAAUGAAAUUCCAAUUCAUGUAUGUAAACAUGUUUAAUAAAAUUUACUUUUCAUGUCAGUCAGUAGCCAUAUGUGUUCUAUGUCUUGCCAGAUUUCCAUUGUGGGUUCUAUGGUGCAAAAUGGGAGCCAGGCCAUGGGAAGGGGAGGCUGGGGUUUGUUGUCUGCUGCGGGCAUUUGACUUGACUUGUCACUGCACUAUAUUAUGUCUUAAUCGAUGGCCCAAAGGGUACUUUGCAUCACAUACAAGUUUUCACUUCGUCAGCCUGUCUAAGUGAGCACAUGACUAUACUUCUGAAAAGUGGCAUUAUUAAAAAUAAUAAAUCUCAGUAAGAAUCAAAUGGAAGGUUGUUUUCUGCUGCUGUUUGAAUGUGCUAAUAAAAGAGACAACUCUAUUGUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1337.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1441.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 1381.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....))))))).....(((((((((.....(((((((((..........((((((((((((((((.(((.((((.((((((.(((((......))))))))))).))))......)))))))))))))).(((.((((((...(((...))))))))).)))((((((((......))).))))).(((.((((((((((((((((((....))))).......)))))(((((.(((..(((((((...(((((..(((((......((.(((((...((((((((.(.(((((..((..((....(((((((.....((((....)))))))))))))..))))))).....((((((((((((......(((..((.((....))))..).))(((((((((((((.(((.(((((.....))))).))))............((.((.((((((.((((((((......(((((((((....(((((..(((.(((((((((((((.......)))).))))......((((.(.(((((.......))))).)))))..((((.((.(((((.(((((....((...(((((.(((...((((((((((((.......((((((((...((((.(((((((....................(((((((....))))))).(((....)))..........(((((((((.(((........)))))..))))))).(((((((....)))))))..((((.(((((((.....)))))))))))......(((((........))))).))))))))))).(((((..(((.((((...((((((((....)))))))))))).)))...)))))..((((.(((.((((...(((...))).)))))))((((((((...)).))))))...(((.(((((((((.(((((.....((((((........(((((((((((((..........((....)).....((((.......))))....(((...))).)))..))))))))))........))))))))))).)))))).))).)))...((((....)))).((((((..(((.(.((((((((......((((((.....))))))(((....)))(((......))).....)))))))).).))..)..)))))))))).))))))))((((.((...)).))))...........(((...(((((((.(((((...(((.((........)).))).)))))...((((.....))))....(((((((...((((.(.(((......))).).)))).)))))))..)))))))...))))))))))))...)))....))).(((((.((((.........))))...)))))....)))))...))....)))))...))))).)))))).))))).....((((((..((((((..............))))))..(((((((...)))))))........))))))....(((((...)))))....)))..)))))..)))))))))))))).)))))))))..)).)).)))))))))))).......))).)))))))))(((((((.......((((((......((((((((..((((((.....................((((.(((((.((.(((..(((((((((((((..........((((.(((((.((((((((((..(........)..)))...((.((((((((.........(((((.((((((.(((.......(((.((((.(((...((.(......).))..))).)))).)))..((((..((((....((((.((..(((((...(((((.((((.(((.....))))))))))))..))))).)))))).))))..)))).))).)))))).))))).(((((.....)))))((.(((((((.......((((..(((((.......))))).................))))........))))))).))..((((((.......((((.....).)))......((((((((...((((((((..(((((.((((..((((((((((...((((((((.(((((((((((((((((((((((((...(((((((.........(((((.....((((.(((((((((...)))....)))))))))).....)))))..)))))))(((((((((((((((((((.....((((...((.....))..))))...(((((((((....((((((((((((((........)).))))))).(((((..((((((((((...)))....))))))))))))...))))))))))))))))))))...(((((.((((((.((((......)))).))))))..))))).((((.(((.(((((((((.((((.(((......)))))))(((...................))).....(((((...))))).....))))))))).))).....))))..)))))))).))))).(((((.(((((((..(((((((....(((((..(((..((((......)))))))...)))))....))..)))))............))))))).)))))......(((((((.((((.((.((((.....((((((((((((...(((((((...(((.(((.(((.(((.....(((((((.(((.(((...(((((((....(..(((((((.....(((((..((((((((.(((..((((...))))..)))...)))))).(((.....))).............))..)))))..)))))))..))))))))..))).))).)))))))))).)))))).))).)))))))...)))))).)))))).......)))).)).)))).)))))))))))))))))))))......)))))))))))(((((((.((((((((((((..(((((((((.............)))))))))..)))).))))))))))))))).....((((((......((((......(((((((((.......)))))))))))))..)))))).............(((((.((.((....)).)).)))))...........))))))))........((((..((((.(((((((((((((((...........((((((.((............(((((((((.(((((((((.((..((((((....))))))..)))))))..)))).)))))))))........((((....))))..............)).).)))))....)))))).....))))))))).))))..))))........)))))))))).........)))).).).)))..))))))))(((.((((....)))).)))....))))))))..((((((((((((((.(((((........))))).)))).........)))))).)))).......(((.((((((...)))))).)))...))))))..(((((((..((((.....))))..))))))).....(((((..(((((..(((((.....))))).....))))).)))))......))))))))))..((((((...((((.(((....))).)))).)))))).....))))))))))))))))..)))))))))))))...))).))))))).......))))..))))))..))))))))....))))))..(((..(((.((((((((.........)))))).)).)))..)))..)).))))).).)))))))).))))).))((((.....))))..................................((((((((......(((((.(((((....((((((.((((.(((((...........))))))))).)))))).))))).)))))..))))))))(((((((..((((((((.........((((((((((((((..........(((((((((...)))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))).)))))))))).............)))))))..))).)))))((((((((.((((((((((....((((((((.........)))).))))...(((((....))).))((((........)))).......)))))))))).....))))))))......)))))))).))).......(((((...........)))))......)))))(((((((......)))))))..)))))))))))))))))).....(((((((((........))).))))))((((.((((....))))....))))((((.......))))...(((.....)))....(((......))).......((((((....(((((((((......)))))........))))....))))))(((.(.((((((.((......(((((.(((((.((...((((((((.(((.((((((........)))))).))).)..))))))))).)))))))))).....)).))))))).)))...)))).)))))))))))))))......(((((.......((((...(((((....))))))))))))))((.((.(((((((.(.((...)).).))))))).)).)).....((((.....)))))))))(((((....)))))..(((.....))).((((((((..(((........))).)))))))).)))))..((((.((((....)))).)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((((((..((((((((((.(((((((....})))))).....(((((((((,....{(((((({(({{{{{((((((,((,{(((((({,,.,{,.((((.((((((.(((((......))))))))))).)))).,,...},},,)),))))))}|||}||{,,{,,{(((,,,||||}}}}|.,,|{{{{((((......)))},)))))||||(((.(((((.((((((({,,.,||||,..,,,,,|||||((,(({(({{{(((((((,,.(((({..(((((,.,,..{{.{((((...(((((((({((((((((.......))))))))}(((((..(((((((({{{,,,|}}((((,.,....,......}},..}.,,))}}.))))))))...))))}{((((((((...(((((((((((({{(((.(((((.....))))).))},,,,.........((.((.((((({.((((((((......(((((((((....(((((..(((.((({{((((((((.......)))))}})).....{(({{.,|||{((.{{,{.{|||||.{,,||..{,(({((((,{,..((((({...||}}}}.,|,..}}}}}}},((((((({(.......{{{{{{{{...{,||,||{{{{{,,,.......,..,,,....{((((((....))))))).{{{....||},....,,,,.((((((({{.(((........)))},..))))))).(((((({....})))))}..((({{({(((((.....)))))))))))...,,,(((((........}}}}|{{{|,..}},,|,(((((..(((.((((,..((((((((....)))))))))))).)))...))))).,,,},,({{.{(((...{{{..,}}}.}}}}}}}{(((({{{.,..,.))))}),,.(((.(((((((((.(((((.....((((((........(((((((((({{{....,.....((....)).....((((.......))))....(({...})).,))..))))))))))........))))))))))).)))))).))).)))...{{{{....}}}|,{{{{((|,,,,.||{{{{{{{{......{{{{{{.....})))))||{,.,.)})|||,},...}|},,.,.}}}))))},}.}}.,}.{||}},,,}}}.,}}}}}}|({{{.,.,,.,}.))))..,,,,,...,(((...((({(({,{|||{.,{(...,)},.{..,,{{.|,((({...,{.((((.....))))....,,||||,..}}||,.|}|{,.,,,..|||{{{.,...))))))}|,})}))))...))))))))}})}...{{{.{{{|},.{{(((.({((.........))))...)}}}}.||||)))...,}}}....},.},,,)))))..,))),.}}})).....((((((..((((((..............))))))..(((((({...}))))))........))))))....(((({...)))))....}))..)))))..)))))))))))))).)))))))))..}).}}.))))))))))))......,{,....,,||{{{{,....,,.}}}},((((((......((((((((..((((((.{,..................({((.(((((.((.(((.,(((((((((((((..........((((.(((({.(((((((((({{,,,,{..,,{(.{{{,(((({{{,..,,,......,,.(((((.((((({.(((.((....(((.((((.(((...((.(......).))..))).)))).)))..,..|,,..((((.,((((.((..(((((.{,(((((.((((.(((.....))))))))))))}.))))).)))))).).)))}.}}}.))).}))))).))))).|((((.....)))}}||||||||||,,...,,,||||||,,{({{,||{.||||{,.,{{{....|||,,|{||||,......,|||},||.,,,{((({.,,,,.,,,({({.....|||}}.......,|,||||||}|{{(((((..((({|.{{{{..((((((((((...((((((({.(((((((((((((((((((((((((,.,,(({{((.....,,..(((({.(,..{(((.((((({|{|...,,),,,,)))))}}))).,.,.))))}..|}}}}},(((((((((((((((((((..,{.((((...((.....))..)))).,,(((((((((....((((((((((((((........)).))))))).(((((..((((((({(,...,))....)))))))))))),..)))))))))))))))))))}...(((((.((((((.((((......)))).))))))..))))).((((.(((.(((((((((,(((,{(((......)))))))|,,...............|{,,|||.....{||||,..})))}.....))))))))).))).....)))).,))))))))},)))).{{{(|,(((({{{,.((((({,,,,,(((((..{{{..||||,,...,)))}}))...)))}}|,.|}}},,,|}},,.,,.,.....,}}}}}},|}}},,,....(((((((.((((.((.((((.....((((((((((((...(((((((...(((.(((.(((.(((...,,(((((((.(((.(((.{.(((((((..,{{..(((((((.....(((((..{{((((((..{({,((({...}))),}))}...)))))).,,{...,{|}|......,.,,}.,)).,))))),.))))))).,})))))))..))).})}.)))))))))).)))))),))}.)))))))...))))))})))))).......)))).)).)))).)))))))))))))))))))))......)))))))))))((((((,,(((((((((((({{((,((((({...........,})))))))))..)))).))))))))))))))).....,,{(((....,.{(((,.....(((((((((.......)))))))))}}}},,}}}|||{,,,,,.,,|,..(((((.{{.({{,..,)})).))))).,,.}}}},,.)))))))}........((((..((((.(((((((((({(((|.....,,|,.,{{{,,..{{.........,,.(((((((((.{(({(((((.({..((((((....))))))..}))))))..)))}.)))))))))........{(((....)))).,,,|,.........,}}}))})}....}))))).....))))))))).))))..)))).,,.....})))))))))....,,...)))).}..})))..))))))))|||}|,,|,},}}}}}.})}.,}}}},}))}},.||{{{{{{{(((((.(((((........))))).)))).....,,..)))))).)))},..{((((((.((((((...)))))).)})})))}.,}},.(((((((..((((.....))))..)))))))|||||||,{{,||,,{(..(((((.....)))))..},,}}}}}.}}||)|},.}))))},}))}))}(((({{...((((.(((....})}.}))).)}}))).,,,.))))))))))))))))..})))))))))))).,.))).))))))),,.....}))},,))))))..))))))))....)))))).))})))))}.,((((((({{..,,((((((....))))))..)}).,|..)))))),.)))))))).))))).)}{{{,..,{{|}|,...........||||...................((((((((......((({{.(((({....((((((.(((,,(((({,.,.....,,.})))))))).)))))).}}}}),)))))..)))))))){((((({..((((((((.........((((((((((((((.,,.....,|(((((((((...)))))))))..))))))))))))))))))).))).))))))).)))))))))}.,|,.......,.}))))))...,)}))))},,,,,,{{.|(((((((((..,{({{.,,|})},.{{{,,{{{{.||...,}}}))))})}||,,|,({{{........))}}....,,.))))))))}{{{{{{,||,,,,,}..}}})))...,|.{{{{....}}|||||}},..}}}.}})))))}).)},)}}|.(((((((......))))))),.)))))))))))))))))).....(((((((((........))),,))))){{{{.{(((....))))....}}}|{{((.......))))...{{{.....)))....(((......))).......,,||,.....,,,,(((((......))))).........,.,.,..,,,,{{(((.(.((((((.{(.,...,{((((.(((((.((...((((((({.(((.((((((........)))))).))).)..))))))))).)))))))))),.,},)).))))))).))))}.)))),,)))))))))))))}......{{,{{.......{{{{|,.(,,,|}}}.))})))}}},,,,.,,.({.{((((((.(.({...}).).))))))).)).}}.....,{{{.,...,}}}))}}|(((({....))))},.,,|,,,..}}}.((((((((..(((.,....,.))).)))))))).)))))..((((.((((....)))).)))).
Back