Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350452.2
Sequence Length
2274 nt
GC Content
0.4314
GCACAGUGCCUGCAGUGACCUGAGUCAGUCAUGCAAGGAGACUUUCUUGUUCUCACACCAAUGUUUUAUUUCAGUUUCCAUUUUCUGCUGGUCCUGUUGUUCAAUGAUAUAAGCAGAGUGAUGAAGGAGGCGCUUCACACUCUUCUUAGAUAAGAUCUUGAGCAGCAGAGAGUGGUUUAAACAGCAAGGCUUAAAUCUCUCAAGCUGGAUUUAUUUCCAAGUUUGCUGUCAUGUGUGCACCUGGGAUUCAUGUCUCUUCAGAAGGGUGGGAAGAAGUGAGGUCUGUUGAUUCCGAAGAGGGAACAAUUGAAGCUCGACGAGCAGUUGCUGGUGAUUUGGAUUAUUACUGGUUGGAUCCUGCCACGUGGCACAGCCGGGAGACAUCACCUAUUAGUUCGCAUCCUGUAACGUGGCAACCAUCUAAAGAGGGGGACCGAUUAAUUGGACGUGUUAUUCUUAACAAGAGAACAACCAUGCCCAAAGACUCAGGUGCAUUGCUGGGUCUGAAAGUUGUUGGAGGAAAAAUGACUGACUUAGGACGACUUGGUGCUUUCAUCACCAAAGUAAAGAAGGGUAGCCUAGCAGAUGUAGUUGGACACCUAAGAGCAGGGGAUGAAGUUCUAGAAUGGAAUGGUAAACCCCUGCCGGGAGCUACAAAUGAAGAAGUUUACAACAUUAUUUUAGAAUCAAAAUCAGAACCUCAAGUUGAAAUUAUUGUUUCAAGGCCUAUUGGUGACAUUCCCCGGAUUCCUGAGAGCUCCCACCCUCCACUGGAGUCCAGUUCAAGUUCCUUUGAAUCUCAGAAGAUGGAAAGGCCUUCCAUUUCUGUUAUUUCUCCAACAAGUCCUGGAGCUCUAAAAGAUGCCCCACAAGUCUUACCAGGGCAACUUUCUGUGAAGUUGUGGUAUGAUAAAGUGGGACACCAGCUGAUUGUAAAUGUUCUGCAAGCAACAGAUCUACCUGCUAGAGUAGAUGGACGUCCUCGAAAUCCCUAUGUAAAAAUGUAUUUUCUUCCAGAUAGAAGUGAUAAAAGUAAAAGGAGGACCAAAACAGUAAAGAAAAUACUAGAACCAAAAUGGAAUCAAACUUUUGUCUAUUCACAUGUACAUCGUAGAGAUUUUAGAGAACGAAUGUUAGAAAUAACUGUGUGGGACCAACCAAGAGUGCAAGAAGAAGAAAGUGAAUUUCUUGGAGAGAUCCUCAUAGAAUUGGAGACAGCGCUUUUAGAUGAUGAACCGCAUUGGUAUAAACUUCAGACACAUGAUGAGUCUUCACUACCUCUGCCUCAGCCAUCACCUUUCAUGCCAAGGCGACAUAUUCAUGGAGAAAGCUCUAGCAAAAAGCUACAAAGAUCUCAGCGAAUCAGUGAUAGUGACAUCUCAGAUUAUGAGGUUGAUGAUGGUAUUGGCGUAGUUCCUCCAGUAGGCUAUAGGUCUAGUGCUAGAGAAAGUAAAUCUACAACAUUAACUGUGCCAGAACAGCAAAGAACAACUCAUCACCGCUCACGUUCAGUAUCUCCUCAUCGCGGCAAUGAUCAGGGAAAGCCGCGUUCACGUUUACCAAAUGUGCCAUUACAGAGGAGUUUAGAUGAAAUUCAUCCAACAAGAAGGUCACGUUCUCCAACCAGACACCAUGAUGCCUCCCGAAGUCCAGUUGAUCAUAGAACCAGAGAUGUGGAUAGUCAGUAUUUAUCAGAACAAGACAGUGAGCUUCUUAUGCUGCCCAGAGCAAAACGAGGACGAAGUGCAGAAUGCCUACAUACUACCAGUGAACUGCAGCCCUUUCUUGACAGGGCUAGGAGUGCUAGUACCAACUGCUUGAGACCAGAUACUAGUUUGCAUUCACCAGAACGAGAAAGAAUGCACCGACAGAGAAGUCCAACACAAUCUCCUCCAGCAGACACAUCGUUCAGCAGUCGCAGGGGAAGACAGCUCCCACAAGUGCCAGUGAGAAGCGGCAGUAUAGAACAAGAACAAGAAAAAUAUAACUCUUCCACAAAAGUCAAUAACUGAAGCAUAGGAGGUGUGUCAUUUAUAUUCUUCUGUCUACCUGACAACUUCCAAAUAAGCGGUCAUUUAUCACUGCUCUUCCUGAGAGAUGUACUGGAACAAGAAUGGGACUGCACUAUCAUGGAGCUCUCAUUGUGUUGCUAUACAACAAGGAAGCAGAGAUGCUAGUUUUUUCAUUCACAAAAUAUGAUAGCACAUCAUAGUUAACUAGACAGGCUUAAAUAUCCUGUCCAGGUGUUAUUGUGUGUCAACUUUGAUACAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-617.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -662.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 548.14
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..((((((((....(((((((((((((((((((((....)))))))((((.((.((((.(((....((.((((((.((((..(.((((.(((((((((((.(((.((((.((((((.(((((......))))))))))).))))......)))))))))))))).(((.((((((...(((...))))))))).)))((((((((......))).)))))..((((((((.(((....(((((....)))))......((((((.(((..((((((.((.((((.((((......)))))))).))..)))....(((....)))(((((..((..((....(((((((.....((((....)))))))))))))..))))))).)))..))).))))))))))))))))))))).)..)))).)))))).))....((((.((((((.(((((.....))))).)).)))).))))((((((((........))))))))))).)))).))))))....))))))))))))))...((((((((.......)))).))))...(((((((.((...(((((.(((((.((((..((((((((.(((((((..((((((((((((....(((((((((....)))................))))))....))))))))))))..................(((((((....))))))).(((....)))..))))))).(((((((((.(((........)))))..))))))).(((((((....)))))))..((((.(((((((.....))))))))))).....(((((((........(((.((((.........((((((.(((.((((...((((((((....)))))))))))).)))...((((((((...((.....))...)))))))).........((((((((...)).))))))...(((.(((((((((.(((((.....((((((........(((((((((((((..........((....)).....((((.......))))....(((...))).)))..))))))))))........))))))))))).)))))).))).)))...((((....))))..)))))).....(((((((.....................))))))))))).)))........)))))))....)))))))).......(((.....))).......(((......)))...))))..))))).)))))....))....))))))).)))..))))).(((....)))(((((((((.((((.....))))......((((((.(((.(((((((((((((..((((.....))))(((((((((((((((((((((((((((...((((....(((((.(((((.((((.........))))...))))).((((......))))..............((..((((..(((((.((..((((((..((((((..............))))))..(((((((...)))))))........))))))....(((((...)))))....((((((.((((..(((..............((((...(((..(..((..(((........)))..))..)..)))..))))...............)))..)))).)))))).((((......))))..))..))))).))))..))..)))))....)))).)).)))))))((((((........))))))......)))))))))..(((((.(((...((((.......(((((((..............)))))))..(((......))).......)))).))).)))))....)))).))))).)))))..((((.......))))...(.((((.((.....)))))).)........(((.((.(((.((((((((.(((((.......(((.....)))......))))).))......)))))).))))))))...((((..(((......)))..))))..))))))))...)))))))))..((((..(.((((..(((((((((.((......)).)).))))))).)))).)..)))).......((((....)))))))))))))..........((((((.....)))))).....((.((((((.........)))))).))))))...(((((((((....)))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((..{(((((({.{{.(((((((((((((({((((((....))))))}((((.((.((((.{((,,.((((((..(((((((((((((.((..{{{{{(,....,,.((((.((((((.(((((......))))))))))).)))).,},,,}.}..)).))))))))))))).....((((((({(({{{{{{|....,|||{|||,,,...}))},})))))))).....(((((((((((..{,..{((((({{...,(((((,{{{..,{((((,((.((((.((((......)))})))).}|,,}||,{{.(((....))),|||||.,,||{{....{{{{{{(,.,,,((((,,,,}||}}})))||{|,,}.}}}},...,..))).)})))),,.}}}}||},.)))}},...)))))))}).,,....((((.((((((.(((((.....))))).)),}))).)))).,,))))))))))).))))))..}))).)))).)))))),...)))))))))))))).}.((((((((.......)))))}}))...(((((((.((..,(((((.(((((.((((..(({{({((,(((({({..(((((({{{{||,,,.{{{{{||||,,,.)))..{,........,|..))))))....})))))))))}}...........,,.....(((((((....))))))).{((....)))..}},})))}((((((({{.(((........)))},..))))))).(((((({....})))))}..((((((((((((.....))))))))))).....{(((((,......,|||,|((((...,|,,|,(((((..(((.((((,..((((((((....)))))))))))).)))...))))).,,,,,,({{.{(((...{{{..,})}.})}}}}}{(((({{{...,,.))))}),,,(((.(((((((((.(((((.....((((((........(((((((((({{{....,.....((....)).....((((.......))))....(({...})).,))..))))))))))........))))))))))).)))))).))).)))...{{{{....}}}|{{({,(({,....({(((({|,{.................,))))))),,.}.))),}}}},..,)))})}..,,)))))))).....,.{((,...,))).....,.{((......}}}.}.))))..))))).))))).,..))....))))))).}))..})))}.{{{.....||((((((({{,((((,....|||,......((((((.(((.(((((((((((((,,((((.....))))||{(((({(((((((((((((((((((...((((..,.(((((.{{{((,{{{(.........))))...,,,,,.((((......))))....,,.....,,.,|..,(((,.{({{(,{{,,((((((..((((((..............))))))..(((((({...}))))))........))))))....(((((...)))))....((((((.((((,,(((.{{{{..{({....,((,...||,....}||..|||}.......}}}..,,..},,)||,,|}},....,,,,,......}}}..)))).)))))).|(((,.....)))}...,,.))}}}.}}})},,...)))))....)))).}).)))))))((((((........))))))......))))))))),.(((((.(((...((({....{{,(((((((..............)))))))..{{{.,,,..}}}.......}))).))).)))))...,})))}}}}||.,,|||.,((({.,....,)))).,.,.{{{{.{(,.,,,|,}|||{}.{{{,.{,{(({.,,{{,.,(({{,{(,((({{......,({{....,)}}......))))}.)),,.,}})...)),))})})))}.,}}|)..||}},.....,),.)))),,))))))))...))))))))),.((((..(.((({..(((((((((.((......)).)).))))))).)))).)..)))).,.....|||{....))))))}}))))).,,,,...,,||||((.,,..}}}}}}.,,..((.((((((.,.....,.)))))).))))))...(((((((((....)))))))))..
Back