Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350528.2
Sequence Length
3488 nt
GC Content
0.5960
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUUUGGUGCCAGCUGCGGGGCGCCUGGGCUUGGGGAAGAAACCUUGUGUACGCACACCUGCACACACACACAGUCUCCGGAGGUUAAUACCUCUGCCAACCGAGGCCACCCUCCCUCGGACCCCCAUUCGGAGGAAGCAGACCCAAGUUCGAAUUCUGACAUUGCCACUGAGCAGCCGUACAACUUUUGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1443.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1500.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 604.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).))))))..........((((((...((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).....)))).)))))))))))))))))(((.((.....(((((..(((....)))..))))).....)))))((((((....))))))((((...(((((.......(((((((.((((.((((((((...(.(.(((((((.....((((((...(((((...((((((((((...(((((((..(((....)))..((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))....((((..((..(((..((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))).)))))))....))))))))))((.(((((...((.(((((.((((...(((((((.((..........((..((((((.((.((...((.....))...))..)).)))))).)))).))))))).))))..))))).)).))))).))...........(((....(((...((((((....))))))....)))...)))...((((...))))))))).......)))))))))))))).).)))))))).......((((((.......))))))((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).))))))...)))).))))))).(((((((.((((((((....(((((((.(((.....))).))).))))....(((.......)))((.(((((...))))))).........((((.(((((.(((((....(((((((((((..(((((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....))))))).......((.(((((((.(((((.((((.((((((...((((((.....((((.(((.((((........)))).))).))))((((.....)))).......(((.....)))...(((....)))....((((......))))((((..((((.(((....(((((.((((.(....))))))))))))))))).))))..))))))...))))))......(((((((.((((((..(((((.(.(..((((....(.(((.((..((((..(((((((((.((((((.((.(((((((..((((.((.....)).)))).((((((.(((((...)))))(((((...........))))).((((..(((((.((((((((.(((((((((.((.((((.....(((((.(((.....))))))..)).........((((.((((((((......)))).).)))...)))))))).))...))))))))).((....))(((...)))..................((((...(((.(((((((.(((((((((((((((....))))......)))(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).............(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).))))))(((.((((.((((.((......))..).))).)))).))).))))))))(((..(...(((((.(((.((.......)).)))..)))))..)..)))(((......))).))))))).)))...)))))))))))).)))))))))...((((..(((.((((((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.(....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....))))).))))))).)))..))))..)))).)).)).))))))).))))))...(.(((..((((..(.(((.....((((((((.......)))).))))..))))..))))..))).)..))))))))))))))).))))))))..).).))))))))))))))))))))))))))))))))))))..((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))))))).(((((..((.((((........)))).))..)))))(((((((.(((.......))).))))))).....)).)))))))))))..))))).))))).))))...........)).))))))))..))))).))))).)))).........))))))))..))))..)))))))).....)).)))).(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((((((((.....))))}}))))).{,..,,,..{(((((.{,((((((((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).,,,.}}}).)))))))))))))))))(({{((.....(((((..(({....}))..))))).....)))))((((((....))))))(((....,,|||...{{{,(((((((,((((.{(((((((...{.(.((((((((,...,,,(((,..,((((...((((((((((...(((((((..(((....)))..((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((.,,(((((....(((({....}.))))....)))))..,,..))))...))))).)))))))))....((((..{{..(,,.,((((((((((.....((((((({.{(((((.((((((((((..{.........{.((((((.((((.((((((......)))).||........||,.,{((({{{.,...,,,,),}}))))))).))))))....,,....})))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.{(,((,,{({,{,({(......||...})))..}}})||{|||,..,.......{,{.......}))..)),)),))))))...)))))}}}}}.............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)})))..)})))).)))))))....))))))))))((.(((((...((.(((((.({((...(((((((.((,,((((..,(((({(...((..........,...},..}}.)))}.,}..)))).).)).))))))).})))..))))).)).))))).))..........|(((....|||,..((((((....)))))),,.,|},..,)))...,,{,...})},)))))}}}....)),))))))))))).}.)))))))},......,(((((.......)))))|((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).))))))}..)))).)))))))})},{(((.((((((((.,{{((({(((,(((,....}}).))).})))....{||,......||}{,.(((({...)))))}}}.,...{.,((((.(((((.(((((....(((((((((((..(((((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....((((({,,{(......,.))))))))..{{(((((((((((.....))))))).......((.(((((((.((((,{((((.((((((...(((((({{...{(((,(((.((((......,.)))).))).))))((((.....)))).....,.(({.....}||...,,,..}}}},...,((((......))))|(((..((((.(((....(((((.((((.(....))))))))))))))))).))))..)))))}...))))))......(((((((.((((((..(((((.(.{..((((....(.(((.((..((((..(((((((((,((((((.((.({{{{||..((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))))}}}))).)).....,,}}}}..{(((..(((((.((((((((.(((((((((.((.((((..,..,,(((.(((,,,,.}}}})),,)).........{{{{.((((((((......)))).).)))...}))})))).))...))))))))).((....))(((...))).,,............,..((((...(((.(((((((.(((((((((((((((....))}}...,.,}}}(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).,...........(((((((((((..(((((...........)))))...))...)))))}))))(((.((({.{(({,((.,{...}}..))}))})))).))).))))))))(((..(...(((((.(((.(({....,.)).)))..)))))..}..)))(((......))).))))))).)))...)))))))))))).))))))))}{{{((((..(((.((((((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.{....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....})))).))))))).)))..))))...))).||.,,.}}))))}.))}})).{.,.(((..((((..(.(((.....((((((((.{....,))))))}))..))))..))))..))).),.))))))))))))))).)))}))))..}.).)))))))))))))))))))))))))))))))))))),,((((.(.(((((((((((.,,,,(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((,.({(({,..((((((((((((((((.,,.(((,.(((((..(((((((,.((.(((((.....((((((((....))))))))...})).))),,,},}||,.,,,{..,|((({....)))).})))}))))..))))),,)),..((((((.{{,.....({,(,(,(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).}}}.},}.}}.{{{{|||{{||,},|||||{{{(((((,{,((({(((.....|}}.,.,}}}...}))}|||((({(.,.,,,..||}}}........(((((((....)))))))....,,,,.{{{|{||||||...........,,,{|,,,,,,}||}|||||||.{{{||}||.}}.)),,))))))))))),.)))},))))))),}},)))))))))))).))))))))))..),...}}).)))).)))))))).).))))).....,.,......}}.))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))),....)))))..)))))).)))))))}}}}.(((((..((.((((........)))).))..)))))(((((((,((,.......,)).)))))))}},,.)).)))))))))))..))))).))))).)))},,.........)).))))))))}..((((((....})))))........))))))))..))))..)))))))),}},.)),)))}.(((((.(({{,(({((.....)))))}}.)).))))).
Back