Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350605.2
Sequence Length
3959 nt
GC Content
0.3958
AGUGUCGUGGUUGGAGGCGAGGUGGGGCGGCCGUUUGUUUUCUCGUGGUCUCGAGCUCGCGCGCUCUCAUCCCCUCCCCCGCGGCGUGCGGCGGGGCGGAGAAACGGCGGCGGCGGCGGCGGCAUCGGCAGCAGUAGCAGAGGCUGUAGCAUCGGACACCCUCCUCUCUCCCGCAAUCCGGUUCCUCUUCCCCCUCCUUCUCACUGUUUGUUGUGUGUUUGAUGUGUUAAAGCAGGAGCGAGAACCCGAGCAGCGCCAUGAGCAACACUACCGUCGUCCCCAGCACUGCAGGUCCGGGCCCCAGCGGCGGGCCCGGUGGCGGAGGUGGUGGUGGCGGCGGAGGCGGCGGCACCGAGGUAAUCCAGGUGACUAAUGUCUCCCCGAGCGCUAGCUCUGAGCAGAUGCGGACUCUCUUCGGUUUCCUAGGCAAGAUCGACGAACUGCGCCUCUUCCCGCCGGAUGAUUCGCCUUUGCCAGUCUCAUCUCGUGUCUGCUUUGUUAAGUUCCAUGAUCCAGACUCAGCAGUUGUGGCACAGCAUCUGACAAACACUGUAUUCGUUGACAGAGCUUUGAUAGUCGUACCAUAUGCAGAAGGAGUUAUUCCUGAUGAAGCUAAAGCUUUGUCUCUGUUGGCACCAGCUAAUGCAGUGGCAGGUCUUCUGCCUGGUGGUGGACUCCUGCCUACUCCUAACCCACUUACCCAGAUUGGCGCUGUUCCACUGGCUGCUUUGGGGGCUCCUACUCUUGAUCCUGCCCUUGCUGCACUUGGGCUUCCUGGAGCAAACUUGAACUCUCAGUCUCUUGCUGCAGAUCAGUUGCUGAAGCUUAUGAGUACUGUUGAUCCCAAGUUGAAUCAUGUAGCUGCUGGUCUCGUUUCACCAAGUCUGAAAUCGGAUACCUCUAGUAAAGAAAUAGAGGAAGCUAUGAAAAGAGUACGAGAAGCACAGUCCCUAAUUUCUGCUGCUAUAGAACCAGAUAAGAAAGAAGAAAAAAGAAGGCAUUCAAGAUCAAGAUCACGUUCUAGGAGGAGGAGGACUCCCUCAUCUUCUAGACACAGGCGGUCAAGAAGCAGAUCGAGACGGCGGUCACAUUCUAAGUCUAGGAGUCGGCGACGAUCCAAAAGCCCAAGGCGGAGAAGAUCUCAUUCCAGAGAAAGAGGUAGAAGGUCAAGGAGCACAUCAAAAACAAGAGACAAAAAGAAAGAAGACAAAGAAAAGAAACGUUCUAAAACACCACCAAAAAGUUACAGCACAGCCAGACGUUCUAGAAGUGCAAGCAGAGAGAGACGACGACGAAGAAGCAGGAGUGGCACAAGAUCUCCUAAAAAGCCUCGGUCUCCUAAAAGAAAAUUGUCCCGCUCACCAUCCCCUAGGAGACAUAAAAAGGAGAAGAAGAAAGAUAAAGACAAAGAAAGAAGUAGGGAUGAAAGAGAACGAUCAACAAGCAAGAAGAAGAAGAGUAAAGAUAAGGAAAAGGACCGGGAAAGAAAAUCAGAGAGUGAUAAAGAUGUAAAACAGGUUACACGGGAUUAUGAUGAAGAGGAACAGGGGUAUGACAGUGAGAAAGAGAAAAAAGAAGAGAAGAAACCAAUAGAAACAGGUUCCCCUAAAACAAAGGAAUGUUCUGUGGAAAAGGGAACUGGUGAUUCACUAAGAGAAUCCAAAGUGAAUGGGGAUGAUCAUCAUGAAGAAGACAUGGAUAUGAGUGACUGAAUAUUGCCUCUGAGGGAGUCCAACUGUAUACCUGCAUCAGUGUCAUUCCUUUGUGUGAUUUCUUAAUGCUGUAUUUGUUCAUCUCAAACCUAGAUGUAUACAGCUCUGAGUUAUAAAUGGUUAUAAAGCUCCUGUUACUCAUAUUAGUUAUUUACAUCAAAAAGCUUUUAGAAAAUGGUACGAGGUAACCAAUUCUUGUCAUGGUGAAAUCUGAUUGAGUAACCAAGCAGUUUUACUAUUCUGGUGCUGCUUCAUAACAAAAAUGAAAAGCUGCAUGCAUCUACAGCAGGCAUGGAUUGUUUAUGUCGUAUGAUAUCCUUUAUUAAGUAAGUUCACUUAUAGUAUUUCUAUAAUUUGAUUCAUUGCCGUAAUAGAGCCAUGUAGGAAAUGCACUGAUUGCAUGUUAUUGUGGCAAGAAUAUCCUAAAUGUCAUUAAAAUCCUCCAACAUGAUGGAUCUACUUAUGGUCUUGUUUGUUGACAUGACAAAUUAACAUUCUUAUAGUUACAUCUGGAAAUGAGCAUUUGAAAUAGAUAAUCCUUUAAGCCUUGUGGCAAAAUUUUUGUGGCUUUUGUUUAACUUUGAAAGGUUAUUAUGCACUAACCUUUUUUGGUGGCUAAUUAGGGUUUAAAUACAGAAACAAGAUUUCAAAUAAAACUGUCUUUGGCAGUGAGUAAAUAGCAUAUUUUGAAGUAGAGUUGUAUACUUUUUCAUAAGAUGUUUGGGAAUUUUUUUCCUGAAGUAAUAAUUUAUUCCACAUCUACAUCAGUGAAAGCUAUCUACCUAUCCUGAGUCUAUCUUAAAGGAAAAAAAGAAAAAAACCUUAUCUCUUGCCCUUAUUUUGAAUUUUCCACUCUUUCAUUAAUUUGUUUUAAGCUCCGUGUUGGAAAAAAGGGGUAGUGCAUUUUAAAUUGACCUUCAUACGCUUUUAAAAUAAGACAAAUCUACUUGAUAAUGUACCUUUAUUUGAUCUCAAGUUGUAUAAAACCAAUAAAUUUGUGUUACUGCAGUAGUAAUCUUAUGCACACGGUGAUUUCAUGUUAUAUAUGCAAAGUAGGCAACUGUUUUCUUAGUUACAGAAGUUUCAAGCUUCACUUUUGUGCAGUAGAAACAAAAGUAGGCUACAGUCUGUGCCAUGUUGAUGUACAGUUUCUGAAAUUGUUUUACAAGACUUUGAUAAUAAAACCCUUAAACUUAUGUUCAUGUUCCUGUAAAACCGUAUUUGUAUUUAUUUACGCUACUGAAUGUAUGACAUUUACCUCAUUCAUUUUACAAAUUCUUUCCCUUUCUGUCCACAUAUUUCAGUAUAGUAAAAAGAGGAAGUCUAUCACUGUAGUGAUAAUUGCCAUCAAAAUUGUCAAAAAUGAUUUAAUUUCUAUCCAAAAUAGUCCUUUUCUUAGCUUAGUAUCAUUUUAUUGCUUAUUUUUUGUGUGGGAAUGGGGUUGGAUAAAGCAAUGAACUUUAGUAUAAACAAAUCCCACCUAUAUCUAGCAAAUUUAUAUUUUCGGUGAAAUACAGAUAUUUGCCUUUCUGGAGUAGUAUAGAAGCUGUCAAUAUGUAUCUACUGUACAGUACUAAAUAGUAUUCAUUUAUGAAAUGAGUAGUGUUUGGGUGGCUGGGGUUAAGGGAAAAUGAGACUUGGAAUUGUAGCUUUUAUCCAAGUUUUGAGUAUAAAUAGGGUUUUGUUUUGUUUUUUUUAACCUAAAAACUGAAAUGCCAUAUAGAAAAACAGCAUUGUUUUUACAGUUUGUAGUAAGUAACUUUUUAAAGAUUUUAUCAAAAAGAAUUGUCUAUAGUGAGUAAAAGAAGUUCUAAUAAUGGUCCUAAUCACUGCAUUUUUAAAAAACAAAGUUCAACACAAAUGACAUUUGUUUUAAACUUUAGUAGAUAAAAGGUGAACCAUGUGACAUGGGCAUUUUUGUAAGUCAAAAACAAAUUUCACAUAUGGUAAACCUAAUAUUCACAGUGUGUUCCCUCACUUGUAAUCUCUGAAUACAAAUAUACUAGCUUUUCUAAAGGGAAUCAUUUUUUUAAAAGUAGUGCCACUGACAAGAUGCUACAGUGAAGAUUAUCCAUUCUUAGGAUAUUUAUUUUCAGUGAACAUUUUCUGCACAAAGGUAGUGUUGCACUGGGACACAAGCCUUUUAACAGAUAACCAGUUGAAAUCAAACACUGCCUCCACACCGAGUUCUGUUGUGUAUUUGAUAGUAAAUUGAUUUAAAAAUAAAAGUGGUUUUUGUUAGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1042.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1115.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 983.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((......(((((.(((.(((((((((((((((((((.((((.(((....((.(((.((((.((.(((.((((.((((.....)))).)))).)))))...))))))))).((.(((((.((.((.......)).)).))))).))...((....))..(((((((..((.....((........)).....(((((..((.((((((.(((.(((((((((((..((.((((((.....((.(((((((.....((((..((((((((.(.((((((...........(((((((((....).))))))))))).))).))))))))).(((.(((((((..((((((..((....)).)))).))..))))))))))((((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((.....((((.((.((...)).))..))))......)))))).))))))).))))).(((((....(((((...((((....))))..)))))...)))))(((..(((((...)))))..)))......((((((((.((((.....(((.....))).((.(((...(((((((((.....))))((((((((....)))))))))))))))).)))))).))))))))((((((...((((((....))))))..))))))...................)))))))))))))))).....))))))).))..)))))).))(((((((((((((((.((((.(((((((((..((.((((((((.((....)))))...))))).))((((.((((((((..((((.((.(....((((((.....((((((..(((.(((.((.(((((.(((((....(((((....))))).((((((.........))))))......))))).))).)).)).))))))(((.((..(((((.((....................)).)))))..))..)))))))))))))))((((.(.((((((((((..((((....)))).)))))))))...).).)))).((((...(((((......)))))...)))).).))))))..))))))))))))...)))))))))))))......((((......))))))).)))))..))))))).))))))))))).)))...)))))).))..)))))....((((........))))......................((((..(.(((...))).)..))))..)).)))))))..))).)))).))))))))..))))...(((((..............))))).............)))))))))).)).)))(((((((((((...(((((.((((((((.((((((((..........((((((.((((((((((...((........(((((..(((..(.((((((((((((....(((((((((.((.....((((..(((((.(((((((.......((((...((((((.((((((..(((((((((((.((((((.(((...((.(.....((..(.((.....((..((((.((.(((((((......((.((((...)))).)).....))))))).)).(((((((..(......)..)))))))((.((((.(((((((..(.............)..)))).))).)))).)))))).))...)))..)).....)))...))).)))))).)))))))((((((((((((((((((((.....(((((.......))))).)))))))..(((((.(((...((((....))))..))).)))))((..((((.(((.....))).))))..))....((.((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((.(((......))).))))))))))))...(((((((((((((.......))))).....))).))))).......)))).)))))).)))).)))))).)).......)))))).))).))))((((((.....))))))....((((.((((((((((((...(((((((............))))))))))))))))))))))).)))).....)))))).)))))).(((((....(((((.......)))))....)))))...))))......))).))))...))))).)))).........(((((((((....((((((...((((..((.(((((...))))).)).........(((..(((((((((........)))))))))..)))))))....))))))................)))))))))...((((((...))))))..(((.(((((.....((((.((((((((((.((((((..............(((((.....))))))))))))))))..........))))).)))).....))))).))))).))))).)))).((((..........))))......)))))))).)))))))).))))).....))..)))))))))).((((((((((......((((..((.....(((..(((.........)))..)))))..))))........))))))))))))))))..........))))))))..)))...((((........))))......((((....(((..((....))..)))))))(((((....(((((((((((....(((((((..((((..........))))..))....(((((.((((((((.........))))))))))))).(((.((((((.((....))))))))...))).....((((((((.((...(((..((((...........))))..)))...)).))))))))((((..((....))..)))))))))..)))))))))))))))).................))))).))))).)))).((((((....)))).)).......((((((((.(((((((((((((((((........))))))).((((((((((((...(((...................))).)))).))))))))..((((..((((((((((((.....((((((((.(((((((..............((((((.(((.(((...((((((...(((((((((((.(.((((..(((....)))..))))).))).)))))))).(((((((.((......)).)).))))).(((((((.(((((((((...))))))))).)))))))...))))))....)))......((((((((((.............))))))))))...........))).))))))))))))).)))))))).............))))))))))))..))))...(((((((...((((((..(((..((((((...(((...))))))))).)))..))))))...)))))))..............(((.....((((((..((((((((((.((((((.((.((((((...)))))).)).)))))).((.((((..((((..((((((((.........((((((.....)))))).........))))))))..))))..)))).)).(((.(((((((...(((((.((...)).)))))......(((.....))).)))))))))))))))))))))))))).....))).....))))))))))))))).)))..)))))))..........((((((((((((.(((......))).)))))).))))))))))).....((((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((......)))....)).))))..))))).....................)).)))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..,,..(((((.((({(((((({(((({(((((((,((((.(((,{..((.(((.((((.{{.(((,({((,((((,...,)))).)))).)))}}...))))))))},({,({(({.{{,({.,{....}}.||,|}|||.}}...{{,,,.)},}|{(({({|,{|....}||,.,,,||,|,.....(((((..((.((((((.{,(.((((((((((({{((((({.((((({.,,.(((((((((.....,,..((((((((.(.((((((,,...,,....(((((((({....}.))))))))))).))).))))))))).(((.(((((((..((((((..((....)).)))).))..)))))))))).))))).))))((.(((((.(((((.((..((((((.....((((.((.((...)).))..))))......)))))).))))))).)))))}},,,...}))))).,)))))}},...|||,,|.,},.,,||},,.(((((({((((.((((((((((......{((((((,.{{{({(,{{{({,,...,}}||{.|,,.,,||{|.((((,...,)))){{||{{{{.,,,)))))))),}}|||||{..,,))})))))))|((((((...((((((....))))))..)))))).,,,...............)))))....))))).)))).}))))))}}}))}}}}},,.,{(((((((((((((((.((((.(((((((((.{((.((((((({{((....))))}...))))).))|(((.((((((((..((((.((.{.,{,{(((((.,...{(({{{,.(((.(((.((.(((((.(((({....(((((....))))).((((((.........))))))......})))}.))).)).)).}))))}{,,.{{..(((((.{(,{{.,......,,.,.,},.),.}),,,...|..,},,)))}}}}}},.{|||.{{{(((((((((..((((....)))).))))))))).,,,.},}|||.,{{{...|||||.,,,.,}))))...}}}}.,.))))))..)))))))))))}...)))))))))))))......((((......))))})).)))))..)))))))}))))))))))}.)))...)))))}.))..)))))....,||,.,|,....}}}}................|,,...((((..(.(((...))).)..))))..}}.)))}))),.})).)})).)))))}}|,,}}}}...,,,{||}|,.....,,...}))}|,,.....,.....,))))))))).)).))}(((((({((((...(((((.((((((((.((((((((,,,.......((((((.((((((((((...{{........,,,,,.,{{.{((.((((((((((((....(((((((((.((....,((((..((({(.{((((((,,....,{|||,,.((((((.((((((..(((((((((((.((((((.(((...((.,.....,,..,.{,.....((..{{{{.{(.(((((((.,....((.{(({...}))).)).....))))))).)).(((((((..(......}..)))))))((.((((.(((((((..,.............}..)))).))).)))).)))))}.}),..))}..}}.....,))...))).)))))).)))))))(((({{{(((({{(((((({.....(((((.......})))).}))))))..(((((.(((...((({....}))),.}}}.})))},{..((((.(((.....|}}.}}}}..}|,,..((.((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((.{((......))}.))))))))))))...,((((,(((((((.......)))),.})).)))}||,,.....}}.)))).)))))).)))).)))))).)).......}))))).})}.})))((((((.....))))))....((((.((((((((((((...(((((((.........,..})))))))))))))))))))))).)))).....)))))).)))))}.(({({....({{{{.......)|||},{{{}}}}),,,.)))....,.,}}}})))...})))}.)))),.......,{((((((((....{{{{{(,,,((((,.((.((((,...})))).))....,,...(((..(((((((((........)))))))))..))))))}....))))))},,,....,,......))))))))}...((((((...))))))..(((.(((((.....{(((.(((((|||{,,|||{{,,.,..,}||||{{((((((.....)))))))|{{{{....}})),.,}}.))))).)))).,...))))).))))).))))).)))).((({...,,.....,}},......)))))))).)))).))).))))}.....}}..)))))))))).{(((((((((...{{{{,,,.}||..,,{(({{((({.........,,)}.)}}}}.,))})}}},....)))))))))))))))).....,,,..))))))))..))}...((({.....,,,|||,...,}}|{||...{(((..((....))..)))),,,(((((....(((((((((((....(((((,.{{(((......})))}.},|,,||,,,.(((((.((((((((.........))))))))))))).{{{.((((({,((....))))))))...)))..,,.((((((((.((,..(((..((((...........))))..))).,.)).)))))))){(((..((....}}..)))))))))..))))))))))))))))................,))))).))))).)))).,{,{{{....,,}}.},.......((((((((.(((((((((((((((((........))))))){((((((((((.....(((,.....}}}}.{{{{{....||{||{{{||,||||,..((((..((((((((((((.,...((((((((.(((((({.{(((((((.{{{{.,{,{{((((,,(({..{{((((...(((((((((((.(.((((..{{{....)))..}}})},))}.}))))))).((((({{.{,.,....}}.)).))))).(((((((.(((((((({...})))))))).))))))).,,)))))),,}..)),,....((((((((((.............)))))))))),..}}}}..)))))))),,,,))))))}.))))))))...........,.))))))))))))..)))}.{{((((({{...{(((((,.{{{..((((((...{{{...,||}}}}}).}}}.,))}))}.,,))}}}}|,,|..||.....,||{......||||||,.,{{{{{{{{{|((((((.({.{({{{|...,))))).)).))))}}.{|.((({..((((..((((((((,.,,..,..((((((.....))))))...,,.}},))))))))..))))..)))).}}{(((.{,,,,,.}}}|{(({.{{...)).))))).,}}}}}}}}}.....)})))))))))))))),,,,,,|||||,..,}}},}.....))))))))))))))).)))..)))))))..........((((((((((((.(((......))).)))))).))))))))))).....((((((((((.(((((.((.{((((((..((((,{,,.{((,,||.....}}})))}....).)))}...})))))}........}).)))))))))))))))...
Back