Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350609.2
Sequence Length
3827 nt
GC Content
0.3844
GUCAGCACCAGCGCCUGGGCUGGAGGACAGAGAAGCCUUUUCCGUUGCCGGUGCCGGCCUAGCGUCCUGGAAUUACUUCAAUCAAGAGCGAGAACCCGAGCAGCGCCAUGAGCAACACUACCGUCGUCCCCAGCACUGCAGGUCCGGGCCCCAGCGGCGGGCCCGGUGGCGGAGGUGGUGGUGGCGGCGGAGGCGGCGGCACCGAGGUAAUCCAGGUGACUAAUGUCUCCCCGAGCGCUAGCUCUGAGCAGAUGCGGACUCUCUUCGGUUUCCUAGGCAAGAUCGACGAACUGCGCCUCUUCCCGCCGGAUGAUUCGCCUUUGCCAGUCUCAUCUCGUGUCUGCUUUGUUAAGUUCCAUGAUCCAGACUCAGCAGUUGUGGCACAGCAUCUGACAAACACUGUAUUCGUUGACAGAGCUUUGAUAGUCGUACCAUAUGCAGAAGGAGUUAUUCCUGAUGAAGCUAAAGCUUUGUCUCUGUUGGCACCAGCUAAUGCAGUGGCAGGUCUUCUGCCUGGUGGUGGACUCCUGCCUACUCCUAACCCACUUACCCAGAUUGGCGCUGUUCCACUGGCUGCUUUGGGGGCUCCUACUCUUGAUCCUGCCCUUGCUGCACUUGGGCUUCCUGGAGCAAACUUGAACUCUCAGUCUCUUGCUGCAGAUCAGUUGCUGAAGCUUAUGAGUACUGUUGAUCCCAAGUUGAAUCAUGUAGCUGCUGGUCUCGUUUCACCAAGUCUGAAAUCGGAUACCUCUAGUAAAGAAAUAGAGGAAGCUAUGAAAAGAGUACGAGAAGCACAGUCCCUAAUUUCUGCUGCUAUAGAACCAGAUAAGAAAGAAGAAAAAAGAAGGCAUUCAAGAUCAAGAUCACGUUCUAGGAGGAGGAGGACUCCCUCAUCUUCUAGACACAGGCGGUCAAGAAGCAGAUCGAGACGGCGGUCACAUUCUAAGUCUAGGAGUCGGCGACGAUCCAAAAGCCCAAGGCGGAGAAGAUCUCAUUCCAGAGAAAGAGGUAGAAGGUCAAGGAGCACAUCAAAAACAAGAGACAAAAAGAAAGAAGACAAAGAAAAGAAACGUUCUAAAACACCACCAAAAAGUUACAGCACAGCCAGACGUUCUAGAAGUGCAAGCAGUUUGCACAUUUGUGAUUCUAGAGAGAGACGACGACGAAGAAGCAGGAGUGGCACAAGAUCUCCUAAAAAGCCUCGGUCUCCUAAAAGAAAAUUGUCCCGCUCACCAUCCCCUAGGAGACAUAAAAAGGAGAAGAAGAAAGAUAAAGACAAAGAAAGAAGUAGGGAUGAAAGAGAACGAUCAACAAGCAAGAAGAAGAAGAGUAAAGAUAAGGAAAAGGACCGGGAAAGAAAAUCAGAGAGUGAUAAAGAUGUAAAAGUUACACGGGAUUAUGAUGAAGAGGAACAGGGGUAUGACAGUGAGAAAGAGAAAAAAGAAGAGAAGAAACCAAUAGAAACAGGUUCCCCUAAAACAAAGGAAUGUUCUGUGGAAAAGGGAACUGGUGAUUCACUAAGAGAAUCCAAAGUGAAUGGGGAUGAUCAUCAUGAAGAAGACAUGGAUAUGAGUGACUGAAUAUUGCCUCUGAGGGAGUCCAACUGUAUACCUGCAUCAGUGUCAUUCCUUUGUGUGAUUUCUUAAUGCUGUAUUUGUUCAUCUCAAACCUAGAUGUAUACAGCUCUGAGUUAUAAAUGGUUAUAAAGCUCCUGUUACUCAUAUUAGUUAUUUACAUCAAAAAGCUUUUAGAAAAUGGUACGAGGUAACCAAUUCUUGUCAUGGUGAAAUCUGAUUGAGUAACCAAGCAGUUUUACUAUUCUGGUGCUGCUUCAUAACAAAAAUGAAAAGCUGCAUGCAUCUACAGCAGGCAUGGAUUGUUUAUGUCGUAUGAUAUCCUUUAUUAAGUAAGUUCACUUAUAGUAUUUCUAUAAUUUGAUUCAUUGCCGUAAUAGAGCCAUGUAGGAAAUGCACUGAUUGCAUGUUAUUGUGGCAAGAAUAUCCUAAAUGUCAUUAAAAUCCUCCAACAUGAUGGAUCUACUUAUGGUCUUGUUUGUUGACAUGACAAAUUAACAUUCUUAUAGUUACAUCUGGAAAUGAGCAUUUGAAAUAGAUAAUCCUUUAAGCCUUGUGGCAAAAUUUUUGUGGCUUUUGUUUAACUUUGAAAGGUUAUUAUGCACUAACCUUUUUUGGUGGCUAAUUAGGGUUUAAAUACAGAAACAAGAUUUCAAAUAAAACUGUCUUUGGCAGUGAGUAAAUAGCAUAUUUUGAAGUAGAGUUGUAUACUUUUUCAUAAGAUGUUUGGGAAUUUUUUUCCUGAAGUAAUAAUUUAUUCCACAUCUACAUCAGUGAAAGCUAUCUACCUAUCCUGAGUCUAUCUUAAAGGAAAAAAAGAAAAAAACCUUAUCUCUUGCCCUUAUUUUGAAUUUUCCACUCUUUCAUUAAUUUGUUUUAAGCUCCGUGUUGGAAAAAAGGGGUAGUGCAUUUUAAAUUGACCUUCAUACGCUUUUAAAAUAAGACAAAUCUACUUGAUAAUGUACCUUUAUUUGAUCUCAAGUUGUAUAAAACCAAUAAAUUUGUGUUACUGCAGUAGUAAUCUUAUGCACACGGUGAUUUCAUGUUAUAUAUGCAAAGUAGGCAACUGUUUUCUUAGUUACAGAAGUUUCAAGCUUCACUUUUGUGCAGUAGAAACAAAAGUAGGCUACAGUCUGUGCCAUGUUGAUGUACAGUUUCUGAAAUUGUUUUACAAGACUUUGAUAAUAAAACCCUUAAACUUAUGUUCAUGUUCCUGUAAAACCGUAUUUGUAUUUAUUUACGCUACUGAAUGUAUGACAUUUACCUCAUUCAUUUUACAAAUUCUUUCCCUUUCUGUCCACAUAUUUCAGUAUAGUAAAAAGAGGAAGUCUAUCACUGUAGUGAUAAUUGCCAUCAAAAUUGUCAAAAAUGAUUUAAUUUCUAUCCAAAAUAGUCCUUUUCUUAGCUUAGUAUCAUUUUAUUGCUUAUUUUUUGUGUGGGAAUGGGGUUGGAUAAAGCAAUGAACUUUAGUAUAAACAAAUCCCACCUAUAUCUAGCAAAUUUAUAUUUUCGGUGAAAUACAGAUAUUUGCCUUUCUGGAGUAGUAUAGAAGCUGUCAAUAUGUAUCUACUGUACAGUACUAAAUAGUAUUCAUUUAUGAAAUGAGUAGUGUUUGGGUGGCUGGGGUUAAGGGAAAAUGAGACUUGGAAUUGUAGCUUUUAUCCAAGUUUUGAGUAUAAAUAGGGUUUUGUUUUGUUUUUUUUAACCUAAAAACUGAAAUGCCAUAUAGAAAAACAGCAUUGUUUUUACAGUUUGUAGUAAGUAACUUUUUAAAGAUUUUAUCAAAAAGAAUUGUCUAUAGUGAGUAAAAGAAGUUCUAAUAAUGGUCCUAAUCACUGCAUUUUUAAAAAACAAAGUUCAACACAAAUGACAUUUGUUUUAAACUUUAGUAGAUAAAAGGUGAACCAUGUGACAUGGGCAUUUUUGUAAGUCAAAAACAAAUUUCACAUAUGGUAAACCUAAUAUUCACAGUGUGUUCCCUCACUUGUAAUCUCUGAAUACAAAUAUACUAGCUUUUCUAAAGGGAAUCAUUUUUUUAAAAGUAGUGCCACUGACAAGAUGCUACAGUGAAGAUUAUCCAUUCUUAGGAUAUUUAUUUUCAGUGAACAUUUUCUGCACAAAGGUAGUGUUGCACUGGGACACAAGCCUUUUAACAGAUAACCAGUUGAAAUCAAACACUGCCUCCACACCGAGUUCUGUUGUGUAUUUGAUAGUAAAUUGAUUUAAAAAUAAAAGUGGUUUUUGUUAGAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-977.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1048.16
Frequency: 0.0000
Diversity: 1192.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((...))))))))).(((((((((...(((((((((.((((....))))((((....))))..........((((((((.(((..((((((((((.....((((..((((((((.(.((((((...........(((((((((....).))))))))))).))).))))))))).(((.(((((((..((((((..((....)).)))).))..))))))))))((((((((.((((.(((((.(((((.((..((((((.....((((.((.((...)).))..))))......)))))).))))))).))))).(((((....(((((...((((....))))..)))))...)))))(((..(((((...)))))..)))......((((((((.((((.....(((.....))).((.(((...(((((((((.....))))((((((((....)))))))))))))))).)))))).))))))))((((((...((((((....))))))..))))))...................)))))))))))))))).....))))).)))))..)))...))))))))..(((.......)))(((((((((..((.((((((((.((....)))))...))))).))((((.((((((((..((((.((.(....((((((.....((((((..(((.(((.((.(((((.(((((....(((((....))))).((((((.........))))))......))))).))).)).)).))))))(((.((..(((((.((....................)).)))))..))..)))))))))))))))((((.(.((((((((((..((((....)))).)))))))))...).).)))).((((...(((((......)))))...)))).).))))))..))))))))))))...)))))))))))))))))).((((......))))((((((((((((((((((((((((........(((((((..................((((........))))......((((((((((((((.((((.(((((.((.((((((((((((((.....))))))........)))))))).).................((((.(((((......((((((...........((((((((...((....((.......))...))...))))))))......))))))...........................(((((((((...........(((((((((((((..(((.(((..........((.......))..........((((.....)))).....(((((...))))).((((((.((((((..(((((((((((.((((((.(((...((.(.....((..(.((.....((..((((.((.(((((((......((.((((...)))).)).....))))))).)).(((((((..(......)..)))))))((.((((.(((((((..(.............)..)))).))).)))).)))))).))...)))..)).....)))...))).)))))).)))))))((((((((((((((((((((.....(((((.......))))).)))))))..(((((.(((...((((....))))..))).)))))((..((((.(((.....))).))))..))....((.((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((.(((......))).))))))))))))...(((((((((((((.......))))).....))).))))).......)))).)))))).)))).)))))).)).......)))))).))).))))((((((.....))))))....((((.((((((((((((...(((((((............))))))))))))))))))))))).)))).....)))))).))))))(((......))).))).)))....))))))))))))).............))))))))).))))).)))).(((.((..(((((...)))))..)).)))..(((....)))........).)))))..)))))))))))(((((((((........)))))))))))))))).....((((((((.......((((.....)))).......((((((...))))))..(((.(((((.....((((.((((((((((.((((((..............(((((.....))))))))))))))))..........))))).)))).....))))).)))...(((((((.....)))..))))...........)))))))))))))))(((((........((((((((.......((((......)))).......).))))))))))))...)))).)))....))))))))).))).)))))....(((.((((((.((.(((....(((((....(((((....))))).)))))....))))).)))))).))).((((..((....))..))))...(((((....(((((((((((....(((((((..((((..........))))..))....(((((.((((((((.........))))))))))))).(((.((((((.((....))))))))...))).....((((((((.((...(((..((((...........))))..)))...)).))))))))((((..((....))..)))))))))..)))))))))))))))).........................)))))))))....................((((((((((((.(((((((((((((((((........))))))).((((((((((((...(((...................))).)))).))))))))..((((..((((((((((((.....((((((((.(((((((..............((((((.(((.(((...((((((...(((((((((((.(.((((..(((....)))..))))).))).)))))))).(((((((.((......)).)).))))).(((((((.(((((((((...))))))))).)))))))...))))))....)))......((((((((((.............))))))))))...........))).))))))))))))).)))))))).............))))))))))))..))))...(((((((...((((((..(((..((((((...(((...))))))))).)))..))))))...)))))))..............(((.....((((((..((((((((((.((((((.((.((((((...)))))).)).)))))).((.((((..((((..((((((((.........((((((.....)))))).........))))))))..))))..)))).)).(((.(((((((...(((((.((...)).)))))......(((.....))).)))))))))))))))))))))))))).....))).....))))))))))))))).)))..))))(((........((((((((((((((.(((......))).)))))).))))))))......)))(((((((((.(((((.((...(((((((((.(((((......)))....)).))))..))))).....................)).))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,{,((,(({({,.|||||}}||,(({{,{{{..,,}))}})}|,|||{|}|||||||,{.{,(({((((,..........{{,,|.{{{.....,,|.}},.)}||,,|,(((((((((((((((((.((.((...}}.}}.(((((((({....}.)))))))){((({{{{{((({,{(({(((.(((((((,{(({(((..((....)}.))}|,|,..,)))|}}|,((((....)))).|.((|{{.|||||.,,,||(((((,,....,{,.||,||,,.)}.))}}))))}}..}})))),,.,},))))})))))))(((((.((((,{((((((((({(,..|{,.,,||,..|||}},,{((((({((((.((((((((((......{((((((,.{{{({(,{{{((,,...,}}||{.{,,.,,||{|.((((,...,)))){{||{{{{.,,,)))))))),}}|||||{..,,))})))))))|((((((...((((((....))))))..)))))).,,,...............)))))....))))).)))).})))))}||||{{((((({....,(((((((((((((.((((.(((((((((.{((.((((((({{((....))))}...))))).))|(((.((((((((..((((.((.{.,{,{(((((.,...{(({{{,.(((.(((.((.(((((.(((({....(((((....))))).((((((.........))))))......})))}.))).)).)).}))))}{,,.{{..(((((.{(,{{.,......,,.,.,},.),.}),,,...|..,},,)))}}}}}},.{|||.{{{(((((((((..((((....)))).))))))))).,,,.},}|||.,{{{...|||||.,,,.,}))))...}}}}.,.))))))..)))))))))))}...)))))))))))))......((((......))))})).)))))..))))))))))).,.,|........},,,,........,,.,.,,..,,,,..,.....})))......,}.}},....,,...,||,.,}},}}}}}||||,((,((((((,...,)))))).,}}},},}}}},)))})))))))))))......((((,((((((((....((((((...........((((((((...{{....,(.......,,...}}...))))))))......)))))).....................,,,,,,(({(((((.{...(((((..{{...((((((.,(((.((..{.({({(.({(((((((((((.,(((.(((({{(((.,..,(((({{.(((((((..{{{{|{{((((({.{({({{..,{{,(({((((,((((((,{((,..((,{,.................{{....,..{{.{((((((.,....((.{(({...}))).)).....))))))),}}{(((({{{..,.}}}}},,{|||||||(({({{(.(((((((,.,,....,,,.{{{{{{{||||{,||.,|||,|},,||{{|{{{|,..{|{{.....,,...}))}),,,))})))))),|||||||{{{{,.(((((({.....(((((.......))))).)))))))..,(((({(((,..,,||}},.,)))}..))})))))}|}},((({(((,..{{{||.,|||,,|{{{..((.((((((.((((.((((((.(((((((((((((.(((.{((......))}.))))))))))))...,{(((,(((((((.......)))),.})).)))}||,,,....}}.)))).)))))).)))).)))))).))...,,,,||||}|,||}.|||,((((((.....))))))..,,|{((.((((((((((({.,.(((((((.........,..})))))}))))))))))))}}}}.}}}}...{{||||},.,,}}}|,{{{{{.,..||||{.......}|||},{{{}}}})},},))),..,,,,|}},}},.,.}}},,.})))},,,,}}}},}}}}}..}}}}}}}}..,....(((....))).,{,,,{||||{(|{{{{({.{{{{(,{(((((((((.,(((((((||((((((((,,.,,({{{{..(((((({{{.{{{({...,,{{||||{,,,...((((((...)))))),.(((.(((((.....((((.(((((,,{{,.{,{{{,.....,}}|,,{{((((((.....)))))))|{{{{....}})),.,},.))))).)))).....))))).))),..{{{{{{{.....}}}..}))}....,{{,.......,}}.,,},}},,.,}}.,}}||||,,,},..,...,,},,,..}}}}}}))))}}.}}..))))),.)))))))})))))))).....,.})))))),,....,,,,,,,,.||||||||{{|||,,,|},..}}}..,}}}})}}|.,,,}}}}}|},}}},}}}}},,,,}}}}||||},,{(((..((....))..)))},,,|{{{{,...{{(((((((({.,..{((({|,,{{{{,.....})))},}}|||||,,,.(((((.((((((((.........))))))))))))).{{{.((((({{((....))))))))...)))..,,.((((((((.((,..(((..((((...........))))..))).}.)).)))))))){(((..((....}}..)))))))))..)))))))))))}}}))))})))))))}.....})))))},)}}}}}})},,|}}}},}}.,}||,|,....{{{,,,,,|}|||||}}}},}||||{,||,.,}}}..,,))))))....))))},..,}))).}}}......)))))))))))},}))}.}.)).)))}.)))))}.{(((((((((((.,...((((((((.(((((({.{(((((((.{{{{.,{,{{((((,,(({..{{((((...(((((((((((.(.((((..{{{....)))..}}})},))}.}))))))).((((({{.{,.,,...}}.)).))))).(((((((.(((((((({...})))))))).))))))).,,)))))),,}..)),,....((((((((((.............)))))))))),..}}}}..)))))))),,,,))))))}.))))))))...........,.)))))))))))}{{{|.{,|||{{{{||,,.|||{{{..{{,.,((({((,.,{{{....||}}}}}).}}},,))}))).,,))}}},}}.))))).....}.))))}....,}}|}.|||||,,{((({((({{(,(,.,{{{,|,,.,))))),)).}}}}}}.{{.((((..((((..((((((((,.,,..,..((((((.....))))))...,,.}},))))))))..))))..)))).}}{(((,({{,,,,,,,|((((.{{...)).))))}..,,,,|,{{{{{,.,|{|||}}},,,)))))}})))))).))))))))...,{((((.{.((.((((((((((((.......)))))...))))))).)),,)))))))))).....))))))))))).))))))}.,..,,,((((((((((.(((((.((.{((((((..(({(,{,,.{{{,,||,....}}})))}....).)})}...})))))}........}).)))))))))))))))...
Back