Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350669.1
Sequence Length
4385 nt
GC Content
0.3802
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUAGUCGCCUGCCACCAGCCCCUGAGAGACUGCAGGUCCAGUGAAAAGGAGCAGGAACGGCAGCAGCCCGGCCGCCGACCCGGAAGCUCUUUCACCGCCAACCGCGAGGCUGCAAAGGGUGUGAACCCGGAAGCGAUUUCAUAGCCACGGUAACGGCGGGGUGGAAAGCUAAGGCCUUUGAAGACCUGGGACCCCGUAGUUUCGGGAGAGGGUGAGGGGUGAAUGGUGCUGAGGUUUUUGGCUUUCAUCGCUUUUUCUACAUGUUUUUAGCCUCACCAGAAGUCUUUCAUCUCGGUGGUCCAACUCAGGAUCUCAGCCUCAUUAUUUUCUUACCCUUCUGGAGUGCAUAUGUGCCUUUACAGUUUCUGUUUGCAAACGCUGUCUAGCAUACUAAGAGGAUGUUAGCAAACCUGUUCCAUGGACACUAAAUGGCAGUUGUACAUCUCCCCUCAUCAGUCAUAGUGACAACCAGAAAUGCCCUCCAUAUUUUCCAGUGAUCCCAGCAAUGGGAAAUCCAGAAAACAUAGAAGAUGCAUAUGUUGCUGUUAUUCGUCCAAAGAAUACUGCCAGUCUCAAUUCUCGGGAAUACAGAGCUAAGUCAUAUGAAAUUUUGUUGCAUGAAGUUCCCAUUGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAAAGAAAGUUUUAUUGGAAACGAAACUUCAAGGCAACAGUGAAAUAACACAAGGCAUAUUGGAUUACGUAGUAGAAACCACCAAACCAAUUUCUCCUGCAAACCAGGGUAUCAGAGGAAAACGAGUUGUACUAAUGAAAAAAUUUCCUCUGGAUGGAGAGAAGAUGGGCAGAGAAGCAUCAUUAUUUAUUGUUCCAUCAGUUGUCAAAGAUAAUACUAAAUACACAUAUACCCCAGGAUGCCCAAUUUUUUACUGCUUACAAGAUAUUAUGCGAGUCUGUAGUGAAUCCAGUACUCAUUUUGCUACACUUACAGCAAGGAUGUUAAUAGCCUUGGAUAAGUGGUUAGAUGAACGUCAUGCACAAUCUCACUUUAUUCCAGCUUUAUUCCGACCUUCUCCUCUUGAGCGGAUAAAAACUAAUGUCAUAAAUCCUGCAUAUGCUACUGAAUCAGGUCAGACAGAAAACUCACUACAUAUGGGCUAUAGUGCACUAGAAAUAAAGAGUAAAAUGUUAGCCCUAGAGAAAGCAGAUACCUGUAUUUACAACCCUUUGUUUGGAUCAGAUCUUCAGUAUACAAAUCGGGUAGAUAAAGUGGUAAUAAAUCCAUACUUUGGUCUAGGAGCUCCAGACUACUCAAAAAUCCAAAUACCUAAACAGGAAAAAUGGCAGAGAAGCAUGAGCAGUGUCACAGAAGACAAGUAUGGAAAAGUUGAGGCCACUCGCAUAUUGUUAGAGAAAGGAAAGUGCAAUCCAAACCUUUUAAAUGGACAACUUAGUUCUCCUCUUCAUUUUGCUGCUGGAGGAGGACAUGCUGAAAUAGUACAGAUUCUCCUAAACCACCCAGAAACGGAUAGACAUAUAACAGACCAACAAGGAAGAUCUCCAUUAAAUAUUUGUGAAGAAAACAAACAAAACAACUGGGAAGAAGCUGCAAAAUUGUUGAAGGAAGCAAUUAACAAACCAUAUGAAAAAGUUCGAAUAUACAGAAUGGAUGGGUCAUAUCGUUCUGUUGAAUUGAAGCAUGGAAAUAAUACCACAGUGCAGCAGAUAAUGGAAGGAAUGCGUCUCUCUCAAGAAACUCAGCAAUAUUUCACUAUAUGGAUUUGUUCAGAAAACCUCAGCCUUCAACUCAAACCAUAUCAUAAACCCUUGCAACAUGUUCGUGACUGGCCAGAAAUACUUGCUGAAUUGACUAAUCUGGAUCCUCAAAGGGAAACACCUCAGCUUUUUCUAAGAAGAGAUGUGAGACUUCCCUUGGAAGUUGAAAAACAGAUUGAAGACCCACUAGCUAUUCUUAUUCUCUUUGAUGAAGCCAGAUAUAAUUUAUUGAAGGGCUUUUAUACAGCUCCUGAUGCUAAGCUGAUAACAUUGGCAAGUCUGCUUUUGCAAAUAGUCUAUGGAAAUUAUGAGAGUAAAAAACACAAGCAAGGUUUCCUAAAUGAAGAAAAUCUAAAAUCCAUCGUACCUGUUACCAAACUGAAAAGUAAGGCACCUCACUGGACAAAUCGCAUACUUCAUGAAUACAAGAAUCUCAGUACAAGUGAAGGUGUCAGUAAAGAAAUGCAUCACCUUCAGCGCAUGUUCUUACAGAAUUGCUGGGAAAUUCCUACUUAUGGAGCAGCAUUUUUCACAGGACAGAUAUUUACAAAGGCAAGCCCCAGCAAUCAUAAAGUCAUCCCUGUGUAUGUAGGAGUGAAUAUAAAAGGACUUCAUCUCCUCAACAUGGAAACUAAGGCUUUACUCAUCAGUCUUAAGUAUGGUUGUUUUAUGUGGCAAUUGGGAGAUACUGAUACUUGUUUUCAGAUCCAUAGCAUGGAAAAUAAAAUGAGCUUUAUAGUACAUACAAAACAGGCUGGUCUCGUGGUAAAACUGUUAAUGAAGCUAAAUGGACAGUUAAUGCCCACUGAAAGAAAUUCAUGAAAGAGAAGUAACUGUUACUCAAGCCACCACAUUUUGUAAUGCAGAGUUUUUUUUCCGUGAAAGAUUUCUUAAAAUAUUACUUUUGGCCGAGCAUGGUGGCUCACCCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGCAGGCGGAUCACCUGAAGUCAGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGCGCCUAUAAUCCUAGCUACUAGGGAGGCCAAGGUGGGAGAUCGCUUAAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUAGUGAGCCAAGAUUGCACCACGGCACGCUAGCCUGGGUGACACAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUACUUUCAACAAGGCAUAUAGUCUCUUGUAAUAUAUAUGUAUACUAUUACAUUGUACAGAAUCUGUACUUAUGUUUGGUGUGUAAUAUACCAAUUAGUUUUAUAUAAUAUCCUCAUAAGCUAUUCUAAUUUUUGAGAGAAACACAAAAAGUUAUAGAUUGAUAGUCUGUAUAAUAUUAGACAAAAUAGUAAGCUUUAUAAAAAGUUAUUUUUGGUAAAUGGUAAGGAAUUUGGGGUGGAAUGUGAUGAGAUUAAAAUGUAGCUUUGGUAUAACUUCAUGUGUAUUUCAAAAUAUACUGAACGUCAACAUGAUUUGAAUAAAGAAAAUGUAUUUUCUACUUGAACCACAUAACACUGUUAUUUAAAACAGUUUUCUGCAGUCUAUAAACAUUUCUCAACAUUUUUUUAAAAGUCUUAGUUAAAAUGUAAAUCUGAUAUACAGUAGUGUUUCUCAAAGUAUAGUUCAUGAACUCCUUGCAUCAUAAUUACCUAGAUGCCUCUUAAAAAUGAAGAUUUCAGAGACCCAUUCUAAACAAGGGCAUUCACUCUCUGGAAGUAGCAUGGCCUUGUGAACUUAAAUUUGGUUUUGUUUUUUCUUUUUUGCUGUUAGAAUAAUUUCAGACCCAAUAAGGAAUUUCGAUUAUUAAAGUUGAGAAAUUUCACAAAACUGCCUGGCACACAAGCACACACAUACAUAGACACAUUUUAAGUGAUAAUCUCUUGAUAUUAGAAGUUGCAUUUGUUAAAUACAUGCUGUAUUUUUUAUGAGUUGACUUAAUAGUUUAUGUAUAUUGACUUUGCUUUGUAGGAAGUAAAUCACCAGAUAUCUUAUUGUUUCAUUUAGGAAAGUAGUGAUAUAGAUGAAGAGCCAACUUGAUGAAUGUGCUAUUCAUAAGCUAGAAACUACAGUUUUUCCAAACUAAUAAACUGAUGAAUUCUAAAUAAGUUCAGAGAUAUAGUCAUAUUUAAAGUUGUCCUACAGUUUGCAGAUAAUUUUUAUAUUACUAUUCUUCACAUUAACUUCUGCUUAUUUUUAAUGGUACUAUAUGUAGGCCUUAUUAAAAUUAAGAUUGUAUGGUUAAGUAAAGUUAACAAGAAAGCCUGAUUUAUCUUUAAUUCUGUGCUAGGUACUUUUGAUUCUACAUGAACAAUACCCUUUUCAGUUCCCUUCAUUCUAAUGUCCUCAACUGUUACCAAAUACCCUGUUGACUCCCAAACCUAAGAUUUUAGCCUCAACUUCUUUUCUGAACUUCAAAUCUUAAUUUCCAAGUUAUACUUGUUCUAGGUCCAUCUAAAUGGUCUACAGAGAACUUCAGUUGAAUCAUAGCUGGAAACAGAAUUUAUUUCCUCUAUUUGCUUCAUUCUGUCCUUCCACUAUAUUCCCUAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1063.35 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1150.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 1493.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((.(((...)))...((((((....((.(((((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((((.(((((.....(((((((((((((....))).((((.(((...))).((((.((((((((((.((((...(((((....((((....))))((((....)))).))))).))))...)))..)))))))))))..))))........((((((((......)))))))).((((((((((((..(((((.((((((......((((......((...........))....)))).(((((((.(.....).))).))))((((......)))))))))).)))))..)))))))))))).(((((.(((....))))))))..)))))))))).....))))).(((((((.((....)))))))))...)))))).....((.(((((..((((.((((((((((((((.......((((((..(((((((((((((((.(((((((......(((..((((((((((.((....)).........((((.((((...(((.((((..(((((((((..((....((((..((((.......)))).....(((((...(((((((......((((((.(((((((((((.(((((........................))))).)))....).)))))))..))))))(((......)))..(((((.((((.....((((.(((((............))))).)))).......((((((((((((((.....((((....)))).....)))))))))((((((((((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............))))))))).)))))...((((((.((.((.((((.....(((((((((.(((((((((............)))))))))......(((..((((((..(((((..........)))))....)))))).)))....(((((((((..(((((((....((((..(..........)..)))).....................((((.((((((((((((((.(((((((((((...............((((((..((..(((..........)))...))..))))))....(((.((((....)))).))).......))))))).)))).)))..)))))......(((.....)))...((((........))))....((((((.((....))))))))(((......(((....(((....))).....)))..))).)))))).))))((((......))))))).)))))))).)))))..))))))))))))).))))))))))((((....((((...........))))..)))).((((((((((.((......))..)))))))))).(((((...)))))(((.((((((((......((......)).......................(((.....)))........(((((.......))))).........)))).)))).)))...(((((((......))))))).......)))))))...)))))......((((....(((((((....((.((((((((..(((..((((((........)))...)))..))).)))))))).)).(((....((((((......(((((((((((((.((((((((((.(((((((......................................))).)))).)))))))..)))...)))))).)))))))...(((((((((((.((.((((((((((.......((((...........((..(((..(((((((...))))))).....)))..))...........)))).......)))))))))).))..))))))............((((((.......))).)))..((((((..........))))))....(((....)))..)))))...........))))))............)))((((((.((......)).))))))...)))))))....))))......(((....)))..))))..))..)))))......(((.....))).......))))..)))))))..((((((((...(((......)))..))))))))..)))).))))......)))))))))).)))......)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........)))))).))).))))))))...))))))....)))))))..(((..((((((((....(((((...)))))....))))))))..)))..))))).))....(((((((((((.((((((.(((((((.((........)).)))))))..)).))))...((((((((((((((((((((.(..((((....((((.........))))....))))).)))))))).)))))...)))))))..........(((((((....((.(((((.((.(.(((((...((((((.(((...)))))))))))))).))))))))))..)))))))....)))))))))))))))...)))))...))..)))))).))..................)))..)))))))))))).........))))..))))))).))....)))))).................(((((((((.((((.(((........((((.(((.(((......))))))))))))).))))..)))))))))...............((((((((.((((((((...((((..(((.(((((((((((((((((..((((.((((((...))))))..)))).)))))))...((((((((..((((.(((.((((.((.(((((..(((((((((((((((......((.((((((..((((((((...))))))))...(((((.......)))))((((((....)))))).))))))))......))))))..)))))))))..))))).)).))))..))).))))))))))))....)))))))))).)))((((((((((((((((((..(((((.....((((((((((...(((.....)))...((.((.((((((......)))))).)).))....................))))))))))..)))))(((.(((((((((...((((.......((.((((((............(((((.........(((((...........))))).........)))))..((((((((((((...........))).......)))))))))((.((..(((.((((((((((((.((((((.(((....((((((.(((..(((.(((....))).))).))).))))))...)))..)))))).)))))....)))))))....)))..))))..)))))))).......)))).))))))))).)))..(((....)))..((((((.((((..(((.....)))...)))).))))))...))))))......))))).))))))))))).)))))))).)))))))).....((..(((.((((((((((......)))).)))))).)))..))..)))))............((((((((.((((((.((((....((((((............)))))).((((((.......))))))((((.(((((.((((..(((((((((............))))))))).)))).))))))))).........))))))))))....))))))))....((((((((......(((((((((((....(((((((...((((((((....((((.((.(((....))).)).).))).((((...(((.(((.....)))))))))).....(((((.....(((....))).....))))).............))))))))..............))))))).....(((......))).....))))))))))).(((((...)))))...(((......)))...)))))))))))..........((((.((((.((((((((((((....................)))))))..))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.((((...)))),,))}...((((((....((.(((((((...{(((.((((((((((((,{((({((((((((((,(((,{.((({,.,(((((.((..((((.((......)).))))..))....|}}}}}}|}|{(({.{{{|,,,(((((.,,,({(({,,,|,,}{(({{|{,|,,|.|}}||.}}}}...)))}}}}}}||{{{{|,{{{|{{{...,,{{{,,||{{{{{,|{,|||||||,||||{||{|||||.{{{||,{{{||||||||,||||,,}|}}||,,,,...,,}},},,,,))))||((((((.{.....).})).)))||{{{......)))))})}||.}||}|,,|||||}}}}}|||{(((({(((....{||||||,.{({.{||((((((.{(((,(.(((((....}},,}),).)))).))))}),|||,,..,}}}|}}},,,,|||},,|||||{((({{{.......(((({{..|||{{({{(((((((.{(({(({.,,{{.{{{,.(((((,,,,||||}..,}|,,..,,,,,{|{{,|||{,||||||{|||,{{({{.{{{..,||||||{|,,|||,,,.||||}.,}}}.....{{(({,,,{||{|{|......((((((.(((((((((({.{{{{|,......................,})))}.)))....)}}))))))..)))))}(((......)}}..{{{{{.{(({.,,..((((.(((({............})))).))))...,,.(((((((((((((((.....((({....}))).....)))))))))((((((({{(,(((((((......)).))))).})}....))))))).((((((...)))))).............}))))),,||||||}...{{||||,||,{{.,,,,{{{,.(((((((((.{((((((({............))))))))}......(((..((((((..(((((,,.....,,.)))))....)))))).)))....{((((((({.{(((({((({{{((((..,,,{.,.....)}}}))||,,..,{....}}......,,((({.{{{{{(((((((((.(((((((((((...............((((((..((,,{((.........,}))...})..)))))),,,.|{,.((((....)))).}}}.......))))))),}))).)),.,)))))}.....,||}},,.}}},,,((((........||||,,,.((((((.((....)))))))){{{......(({....(({....))).....)))..,}}.,}}}}}.))}}{(((......))))))),))))}))),})))}..)))))))))|})}|||||{,|||,{{|{,,..|||{..,,.......}))}..}}}}.((({((((((.({..,,,.,},,))|||||||}.,{(((,,,,||||{{{.,||||||,,.|,.{((,,....|}.....,.,,,..,...,|.....(((.....)))........{((((.......}}}}}........||}}},.,.,{{{{{|.{((((((......)))))))......,||||||,...,||||((.{,.{{((((((({((,,,|,}.||}}|||||{,,,|||..{|{(((........))}..,)))}})},.,,|}||||{,,.|{{{{|{{{,,..|||,,.{((((((((((((...{(((((,((((,,,,({{.......,..}}}....}}}}}}}}}|,,,.,,,...,{,..,..}}}.})},.,}}...)))))).)))))))...,,,,.{(((({.((,({{{(((({{.,..,,,{{{{.,,|,,.,,.,||},|||..{((((((...))))))).....})),,,},,.}},,,,..,,)),,}},,,)))})}}}||.||,.}}}}}}......,..|||{({{((,{{{{,.|||{|||,,{{{,,{|,||{|...,}}}}},.||.((({{,,|}|,,|||||{.,{{{,,{|,||,,,||.......,,..,)},|||}}}},....,.||....}}}....,,,,,.||.,||||,.{,..(((....)))..))|,,,,,,||}}},,,,,,,|,|.{{{{,{{,......||,|,,||||,...,{(((((((...(({......})}..)))))))}.,}}}},||||...,,,}))))))))}.,,}},,,..)))))))..))))))),{{|||{,..|||,|||{..,.,{{........)).....}}}})))...}))}}){|(({{((((((({..,....,...)))).))))}..}))}),..{{(((((((.........)))))),.)).))))))))...))))))..},))))))}.|||,,,||,,,||}))).(((({...}))))....,,,|||,|{{....})).)),......(((((((((((.((((((.(((((((.((........)).)))))))..))}))))...((((((((((((((((((((.{..((((,,,.{((,.........}}}),,..))))}.)))))))),})))),..}))))))........{{{((((((....((.(((((.{{.(,(((((...((((((.(({...)))))))))))))).))})))))))..)))))))}...))))))))))){{{{...}))).....)}},))))},,,.............,,},,)))..)))))))))))).,,......}}))..))))))).))....)))))).|....,..........(((((((((,((((.(({..,,....,{{(,((,.(((......)))}})))}}))).)))}..)))))))))...............{{{(((((.((((((((...((((...,{,{{{({{{{{{,|,{{{{|||||,.((((((...))))))..||||{((((((({..||||||||..((({.{{{.{{{{.{{.((({{..(((((((({{((((,.,....,,.{{{{{{,,{({{{{{{...,|||||}}...,,,||,,}....}}}}}((((((....)))))).}}}}}|||...,,.|.||||}.||}}}|}||..}}}}}.||,|}},..,||,||}}}}|}}}}}..{(((.(((((((....})))))))))).|{{{{,,,,,,||,,....(((({{,,,.,}}}}}....},,..,|,....((((((......)))))).,,.,|{||{,,......{{{||||{(({{{{{,{(({.,,,,,}||..}}}}}}}....,{({.{{((,...}))}.}}|||,,{,,,,{(((({{,.......(((((.,,......,,))))).{{,.....||}},.,|||{{|||{{{{.......,,{{||},,,.,,,||}}}})})}}.|,}}},|}}}}}|||||.,..|,,|||,{||,...((((({.(((..(({.(({....))).))).))).}))))),,,|||||.,}}}))))))))}},....{{{,|,|||{{{|||||,,,}}},,,.,{{{{{||{{(.....{(((({{,..,||,|}}}},,..|,{(({{({({{(((.{{{{|{|...}))))))..,)})))}}})))))),,))}))))))),,|}}}|,||||}}}}.}))))))),||..,,,{{{{,{,,,|,|{{{.....{|||,{|||{||,||{{{{{(({,{{{.,(,{.,{{{{{({{{||||}|||||{,((((....((((((............)))))).{{{{{|,,.....|||||}((((.(((((.((((..(((((((((...,.....}..))))))))).)))).))))))})).....,,,,|}}}}||||,,{{{||||||}|{,...,)})}}},,}}}}}}|.||||,,,....|||||||...{({{{{{{.,..{{{{.({.{{{....))).)).),))),||||.,,|||.{{{.....)))))))))).....{{{{{.....{||....)}}.....}))))..,.,......,.)))))))).,..,,,,{{{{{{||,||..{{{......,,,,})),,},.,}}}}}}}.,,,.(((((...}}}}|,{{(,{(.((((....})))}))}},,))}}}.,.}}},||,,.{|||,||||{{{{{{{{................,,,,)))))))..,)))))))),))),......
Back