Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350674.1
Sequence Length
4674 nt
GC Content
0.3832
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUAGUCGCCUGCCACCAGCCCCUGAGAGACUGCAGGUCCAGUGAAAAGGAGCAGGAACGGCAGCAGCCCGGCCGCCGACCCGGAAGCUCUUUCACCGCCAACCGCGAGGCUGCAAAGGGUGUGAACCCGGAAGCGAUUUCAUAGCCACGGAAGCUGGGCCGGGCUGCUGUGCCUGGGAGGAGGGAAGGAGGAAUGAGAAAGCGGUGACGGUCCCUGCCCCCCCUCGCCAGGUUUUUGGCUUUCAUCGCUUUUUCUACAUGUUUUUAGCCUCACCAGAAGUCUUUCAUCUCGGUGGUCCAACUCAGGAUCUCAGCCUCAUUAUUUUCUUACCCUUCUGGAGUGCAUAUGUGCCUUUACAGUUUCUGUUUGCAAACGCUGUCUAGCAUACUAAGAGGAUGUUAGCAAACCUGUUCCAUGGACACUAAAUGGCAGUUGUACAUCUCCCCUCAUCAGUCAUAGUGACAACCAGAAAUGCCCUCCAUAUUUUCCAGUGAUCCCAGUCUUCAAUGCGUCUGUCUCAUAAUUUGUAAACGUUUAUUAUCUUGAAGUCAUUGUUAAUCUGUGGUGAAAAGUAAUUGCUAAAUAGAAAUUCUGAGAAGAAAAAGGCCUCAUCCUUUUCACAUGAUGUAGGAAGGUCUGUUGCAUGAGCAAUGGGAAAUCCAGAAAACAUAGAAGAUGCAUAUGUUGCUGUUAUUCGUCCAAAGAAUACUGCCAGUCUCAAUUCUCGGGAAUACAGAGCUAAGUCAUAUGAAAUUUUGUUGCAUGAAGUUCCCAUUGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAAAGAAAGUUUUAUUGGAAACGAAACUUCAAGGCAACAGUGAAAUAACACAAGGCAUAUUGGAUUACGUAGUAGAAACCACCAAACCAAUUUCUCCUGCAAACCAGGGUAUCAGAGGAAAACGAGUUGUACUAAUGAAAAAAUUUCCUCUGGAUGGAGAGAAGAUGGGCAGAGAAGCAUCAUUAUUUAUUGUUCCAUCAGUUGUCAAAGAUAAUACUAAAUACACAUAUACCCCAGGAUGCCCAAUUUUUUACUGCUUACAAGAUAUUAUGCGAGUCUGUAGUGAAUCCAGUACUCAUUUUGCUACACUUACAGCAAGGAUGUUAAUAGCCUUGGAUAAGUGGUUAGAUGAACGUCAUGCACAAUCUCACUUUAUUCCAGCUUUAUUCCGACCUUCUCCUCUUGAGCGGAUAAAAACUAAUGUCAUAAAUCCUGCAUAUGCUACUGAAUCAGGUCAGACAGAAAACUCACUACAUAUGGGCUAUAGUGCACUAGAAAUAAAGAGUAAAAUGUUAGCCCUAGAGAAAGCAGAUACCUGUAUUUACAACCCUUUGUUUGGAUCAGAUCUUCAGUAUACAAAUCGGGUAGAUAAAGUGGUAAUAAAUCCAUACUUUGGUCUAGGAGCUCCAGACUACUCAAAAAUCCAAAUACCUAAACAGGAAAAAUGGCAGAGAAGCAUGAGCAGUGUCACAGAAGACAAGGAACGACAGUGGGUAGAUGAUUUUCCUCUCCACCGAAGCGCCUGUGAAGGAGAUUCAGAAUUACUAAGCCGUCUUCUCAGUGAAAGAUUUUCAGUCAACCAGUUAGAUAGUGACCACUGGGCACCCAUUCAUUAUGCAUGCUGGUAUGGAAAAGUUGAGGCCACUCGCAUAUUGUUAGAGAAAGGAAAGUGCAAUCCAAACCUUUUAAAUGGACAACUUAGUUCUCCUCUUCAUUUUGCUGCUGGAGGAGGACAUGCUGAAAUAGUACAGAUUCUCCUAAACCACCCAGAAACGGAUAGACAUAUAACAGACCAACAAGGAAGAUCUCCAUUAAAUAUUUGUGAAGAAAACAAACAAAACAACUGGGAAGAAGCUGCAAAAUUGUUGAAGGAAGCAAUUAACAAACCAUAUGAAAAAGUUCGAAUAUACAGAAUGGAUGGGUCAUAUCGUUCUGUUGAAUUGAAGCAUGGAAAUAAUACCACAGUGCAGCAGAUAAUGGAAGGAAUGCGUCUCUCUCAAGAAACUCAGCAAUAUUUCACUAUAUGGAUUUGUUCAGAAAACCUCAGCCUUCAACUCAAACCAUAUCAUAAACCCUUGCAACAUGUUCGUGACUGGCCAGAAAUACUUGCUGAAUUGACUAAUCUGGAUCCUCAAAGGGAAACACCUCAGCUUUUUCUAAGAAGAGAUGUGAGACUUCCCUUGGAAGUUGAAAAACAGAUUGAAGACCCACUAGCUAUUCUUAUUCUCUUUGAUGAAGCCAGAUAUAAUUUAUUGAAGGGCUUUUAUACAGCUCCUGAUGCUAAGCUGAUAACAUUGGCAAGUCUGCUUUUGCAAAUAGUCUAUGGAAAUUAUGAGAGUAAAAAACACAAGCAAGGUUUCCUAAAUGAAGAAAAUCUAAAAUCCAUCGUACCUGUUACCAAACUGAAAAGUAAGGCACCUCACUGGACAAAUCGCAUACUUCAUGAAUACAAGAAUCUCAGUACAAGUGAAGGUGUCAGUAAAGAAAUGCAUCACCUUCAGCGCAUGUUCUUACAGAAUUGCUGGGAAAUUCCUACUUAUGGAGCAGCAUUUUUCACAGGACAGAUAUUUACAAAGGCAAGCCCCAGCAAUCAUAAAGUCAUCCCUGUGUAUGUAGGAGUGAAUAUAAAAGGACUUCAUCUCCUCAACAUGGAAACUAAGGCUUUACUCAUCAGUCUUAAGUAUGGUUGUUUUAUGUGGCAAUUGGGAGAUACUGAUACUUGUUUUCAGAUCCAUAGCAUGGAAAAUAAAAUGAGCUUUAUAGUACAUACAAAACAGGCUGGUCUCGUGGUAAAACUGUUAAUGAAGCUAAAUGGACAGUUAAUGCCCACUGAAAGAAAUUCAUGAAAGAGAAGUAACUGUUACUCAAGCCACCACAUUUUGUAAUGCAGAGUUUUUUUUCCGUGAAAGAUUUCUUAAAAUAUUACUUUUGGCCGAGCAUGGUGGCUCACCCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGCAGGCGGAUCACCUGAAGUCAGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGCGCCUAUAAUCCUAGCUACUAGGGAGGCCAAGGUGGGAGAUCGCUUAAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUAGUGAGCCAAGAUUGCACCACGGCACGCUAGCCUGGGUGACACAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUACUUUCAACAAGGCAUAUAGUCUCUUGUAAUAUAUAUGUAUACUAUUACAUUGUACAGAAUCUGUACUUAUGUUUGGUGUGUAAUAUACCAAUUAGUUUUAUAUAAUAUCCUCAUAAGCUAUUCUAAUUUUUGAGAGAAACACAAAAAGUUAUAGAUUGAUAGUCUGUAUAAUAUUAGACAAAAUAGUAAGCUUUAUAAAAAGUUAUUUUUGGUAAAUGGUAAGGAAUUUGGGGUGGAAUGUGAUGAGAUUAAAAUGUAGCUUUGGUAUAACUUCAUGUGUAUUUCAAAAUAUACUGAACGUCAACAUGAUUUGAAUAAAGAAAAUGUAUUUUCUACUUGAACCACAUAACACUGUUAUUUAAAACAGUUUUCUGCAGUCUAUAAACAUUUCUCAACAUUUUUUUAAAAGUCUUAGUUAAAAUGUAAAUCUGAUAUACAGUAGUGUUUCUCAAAGUAUAGUUCAUGAACUCCUUGCAUCAUAAUUACCUAGAUGCCUCUUAAAAAUGAAGAUUUCAGAGACCCAUUCUAAACAAGGGCAUUCACUCUCUGGAAGUAGCAUGGCCUUGUGAACUUAAAUUUGGUUUUGUUUUUUCUUUUUUGCUGUUAGAAUAAUUUCAGACCCAAUAAGGAAUUUCGAUUAUUAAAGUUGAGAAAUUUCACAAAACUGCCUGGCACACAAGCACACACAUACAUAGACACAUUUUAAGUGAUAAUCUCUUGAUAUUAGAAGUUGCAUUUGUUAAAUACAUGCUGUAUUUUUUAUGAGUUGACUUAAUAGUUUAUGUAUAUUGACUUUGCUUUGUAGGAAGUAAAUCACCAGAUAUCUUAUUGUUUCAUUUAGGAAAGUAGUGAUAUAGAUGAAGAGCCAACUUGAUGAAUGUGCUAUUCAUAAGCUAGAAACUACAGUUUUUCCAAACUAAUAAACUGAUGAAUUCUAAAUAAGUUCAGAGAUAUAGUCAUAUUUAAAGUUGUCCUACAGUUUGCAGAUAAUUUUUAUAUUACUAUUCUUCACAUUAACUUCUGCUUAUUUUUAAUGGUACUAUAUGUAGGCCUUAUUAAAAUUAAGAUUGUAUGGUUAAGUAAAGUUAACAAGAAAGCCUGAUUUAUCUUUAAUUCUGUGCUAGGUACUUUUGAUUCUACAUGAACAAUACCCUUUUCAGUUCCCUUCAUUCUAAUGUCCUCAACUGUUACCAAAUACCCUGUUGACUCCCAAACCUAAGAUUUUAGCCUCAACUUCUUUUCUGAACUUCAAAUCUUAAUUUCCAAGUUAUACUUGUUCUAGGUCCAUCUAAAUGGUCUACAGAGAACUUCAGUUGAAUCAUAGCUGGAAACAGAAUUUAUUUCCUCUAUUUGCUUCAUUCUGUCCUUCCACUAUAUUCCCUAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1139.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1233.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1527.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((.(((...)))...((((((....((.(((((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((((((.(((((.....((((((((((.((((((((((((((.(((...)))............(((.....))).((((.....((.((((((..((....))..)))))).)).....)))).)))))))))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((........).)))).....)))).))))))))))...................(((((((.(.....).))).))))((((......))))......)))))).))))))).)))))))((((.(((....)))))))...)))))))))).....))))).(((((((.((....)))))))))...)))))).....((.(((((..((((.((((((((((((((.......((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((...........((((((..........(((((((...((((....((.((((((...(((.....((((((((((....((((((.....((..(((((((((((...(..(((..(((((((((((...))).)))))(((((((((((...(((((((((...((...((((..(((....((((((..(((.(......(((..((((((((...)))....)))))..)))....).))).....))))))...)))))))...))...)))))))))..........................(((((....))))).....((((((((..((((((((........(((((.((((.....((((.(((((............))))).)))).......((((((((((((((.....((((....)))).....)))))))))((((((((((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............))))))))).))))).....)))))))).......((((((.(((..((.(((((((((............)))))))))...)).)))..))))))....))))))))...(((((...((.....((((((..((((((.((((((....(((((..((((..(..........)..))))..........((((.......((((.((((((((((((((.(((((((((((...............((((((..((..(((..........)))...))..))))))....(((.((((....)))).))).......))))))).)))).)))..)))))......(((.....)))...((((........))))....((((((.((....))))))))(((......(((....(((....))).....)))..))).)))))).))))((((......))))......))))(((((..((......))..).)))).)))))....))))))))))))...........(((..((((((((((.......(((((((..((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).((((......(((....)))((((.((.((......)).)).))))..))))..((........))........((((((((((.((......))..))))))))))..)))))))((((..(((((.((((.......((......))(((....)))............)))).)))))..))))....(((((.......))))).......)))))))))).)))....(((((((......)))))))...................(((((.(..((((((((((((...))).)))))))))..).)))))))))))..))...))))).)))))))))))...))))))..)...))).)))).))))..)))))))).))))))))))..(((((((((((......(((((.......((...(((..((((.(((...........))).)))).)))...)).......)))))...((((.((((((.((.((((((((((.......((((...........((..(((..(((((((...))))))).....)))..))...........)))).......)))))))))).))..))))))............((((((.......))).)))..((((((..........))))))))))(((....)))(((((.(.(((((..((((....))))............((((((.((......)).))))))....))))).)...))))).((..(((....)))..)).......)))))))))))))).)))))).))......)))).....)))))))(((((((...(((......)))..))))))).))))))...........))))))))))))........)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........)))))).))).))))))))...))))))....)))))))..(((..((((((((....(((((...)))))....))))))))..)))..))))).))....(((((((((((.((((((.(((((((.((........)).)))))))..)).))))...((((((((((((((((((((.(..((((....((((.........))))....))))).)))))))).)))))...)))))))..........(((((((....((.(((((.((.(.(((((...((((((.(((...)))))))))))))).))))))))))..)))))))....)))))))))))))))...)))))...))..)))))).))..................)))..)))))))))))).........))))..))))))).))....)))))).................(((((((((.((((.(((........((((.(((.(((......))))))))))))).))))..)))))))))...............((((((((.((((((((...((((..(((.(((((((((((((((((..((((.((((((...))))))..)))).)))))))...((((((((..((((.(((.((((.((.(((((..(((((((((((((((......((.((((((..((((((((...))))))))...(((((.......)))))((((((....)))))).))))))))......))))))..)))))))))..))))).)).))))..))).))))))))))))....)))))))))).)))((((((((((((((((((..(((((.....((((((((((...(((.....)))...((.((.((((((......)))))).)).))....................))))))))))..)))))(((.(((((((((...((((.......((.((((((............(((((.........(((((...........))))).........)))))..((((((((((((...........))).......)))))))))((.((..(((.((((((((((((.((((((.(((....((((((.(((..(((.(((....))).))).))).))))))...)))..)))))).)))))....)))))))....)))..))))..)))))))).......)))).))))))))).)))..(((....)))..((((((.((((..(((.....)))...)))).))))))...))))))......))))).))))))))))).)))))))).)))))))).....((..(((.((((((((((......)))).)))))).)))..))..)))))............((((((((.((((((.((((....((((((............)))))).((((((.......))))))((((.(((((.((((..(((((((((............))))))))).)))).))))))))).........))))))))))....))))))))....((((((((......(((((((((((....(((((((...((((((((....((((.((.(((....))).)).).))).((((...(((.(((.....)))))))))).....(((((.....(((....))).....))))).............))))))))..............))))))).....(((......))).....))))))))))).(((((...)))))...(((......)))...)))))))))))..........((((.((((.((((((((((((....................)))))))..))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.((((...)))).,||}...,{{,(({{{{(({(((((((...,{{{.((((((((,((({{(((({(({({{{{{,{{({({,,{....|||(((((..,,((((((((((((((.{{,..,|||.,{{..,,,,..,((,....}}}.}|||.....((.((((((..((....))..)))))).)).,}}..}},.)))))))))))))).,{(((((((,,(((((,(,,.,.(((((((((((((.(((((((((........),}))).....)))).)))))))))))))....}.}}}}}..}}}|,||||,,({{..{|{|||,|||(((((......))))),{{{{|||,|{{{|||||,.,,||,,|(((({(((....{{|{|||,.{{|,|||||{{((.{{{{,(,{((((,,..||.,}),).)))),)))}}),}}},,...)))|}}},,,.}))),,|||||(((((((...,...((((((..(((((((((((((((.((((((({(((((((((((,{,,{,.....((((((,,,...,,..(((((((...,{{{,,,{((.(({{((,,,{{{....,((((((({{,.,{,{(((((.....{{..((((((({{{{...{(((((,,{{(({{((.{,.|,,,,,|||}}}|||(((((....))))}|||...,)),...,{{{,{,,,{{{,{{||||||{({{{{{({{.{{,..,|||||{,,,,,||.,,.}|||}.,}}},,..,{{(({,,,{||||||.....,((((((.(((((((((({.{{{{{,......................|||}},.}})...,}}}})))))..)))))}(((......)}}..{{{,{,{(((.{,..((((.(((({............})))).))))...,,.(((((((((((((((.....((({....}))).....)))))))))((((((({((.(((((((......)).))))).}))....))))))).((((((...)))))).............)))))),,||}|}|}...,|||||||||{{,{{,,{{{,.{{{({{{{{.{((({(({{..,,,,,..,,,||}||}}}|......|((,,({{{{{..{{{||}}}...,}},)))}),,,,)))})),))}....{((({{({,.{{{{{,,{({{,{{((..,,,{,,.....)}}))))}}},......{{{{{{...{{(((,.,,{{,(((((((((.(((((((((((...............((((((..((,,{((.........,}))...})..)))))),,,.|{,.((((....)))).}}}.......))))))),}))).)),.,)))))).....,,,{{{{,}}}...((((........))))....((((((.((....)))))))).........{,,..,,|||...})))}...})))}}||||||}|||.}|}}{(((......)))}.{{,,.,,|.{({(({{{.{((.(((({(..,{{{.(......}.))),)))))).)))...}})))..})}))))))),,,|{{{,,,,}}))}.},.((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).)))))))),))))},,,}}|||||},}}},,}}|{|||||,.|,,,..|||,..||,,,,...,}}|..,}}},||||(((({(,(({{{{{{||{{|||||(||||.{((((...,}}}},,}.}))))))...}},{(({{....||.,..........,...,,.....(({.....)))........{((((.......}}}}}........))))).....||{|||.{{(((((......)))))))......,|||,,|....,{(((({.,..((((((((((((...}}),))))))))),,},))},,,},|{{........))},.,))))))}}},,}}))}}}},,}}}}}}}|)))},}))}..}}})))}}|}}})}}}}}|{{(((((((((((.........{{{{|,...,|,..|||,.{{{,.,{{..,{{{.....|||.}}||.|}|,,,|},,,,.|||}|||.,.{,,,.((((((.((.((((((((((....,,,({((...,.......||,.{{|..(((((((...))))))).....})}..}}...,.......}))}.......)))))))))).)}..)))))).........,..{({(((.,..,..|||,}}}..{{{,{||}||,,....})))),,}}}{{{,,.,))}..||}||,,|||,.,|}}}}}},||......,,...}}}||||||,,...,,,,||,...}}}........,.|,.,,,|,,.,,..{{{....))),}))}......))))))))))),}}.}}}}}},}}.,,...}},,.....)))}))|(((((((...(({......)))..)))))))})))))),,,,,....},))))))))))}),.......)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........))))))},)).})))))))...))))))....))))))).{(((..,,,,,,,})}}.||||,,,.,}))),,}})},|||,|{{....})),)),......,|||||||{{{.((((((.(((((((.((........)).)))))))..))})))).,,((((((((((((((((((((.{..((((,,,.{((,.........}}}),,..))))}.)))))))),})))),..})))))).........,,{{{{||,}}}{|,||,||}|,.,.|||||...{||{{|.|||,,})}))))))))))))})).|||||||..|||||,||,..,,,,,)))))))),,.,,.)))),...,.|||,,,,.},...............}}}))).})))))))))},|{|{....,{||||..,))))))}))}..,||||||{{...............(((((((((,((((.(({..,,....,{{(,{(,.(((......)))}))))}}))).)))}..)))))))))...............,,,{{{((,((({((({,,,({{{...,{,,,{{||||||,,,{(({{|||{{.((((((...))))))..}|||{(((((((...||||||||.,{{{{.,||,|||,.{{.{{{,{,,|||{{{{{,{{{{||,,.,...,.{,|||,,,{{{{{{{|....|||||}}...,,,|}}}}..,,}}}}}((((((....)))))).,,||||{{,,,{{{{.{|||,.|||||||||{,|||||,|{{||,,..,||{|||||||||,},..{(((.(((((((....})))))))))).||{{{,,,},,||},....(((({{,,,.,}}}}}....},}..,||..,.((((((......)))))).,,.}|,|||,,,,....,,,|||||(({{{{{.{(({.....,}}}..}}}}}}}.....,({.{{((,...}))).}}|||,,{{{,,{((((({........(((((.,,......,,))))).{{,,..,.||,},,}|||{|||||{{{.......{{{{||,{{{.,,{||},,,)})}}.|,}}},|}}}}}{{{{{.,.,,,,|||,{||,,..((((({.(((..(({.(((....))).))).))).}))))){{{{||{{.,,,,)))))))),,,....{{{{|.|||{{{{{{{{...}},.....((((((((((.....{(((({{,..,||,|,}}},,.,{{{(({{({({{(((.{{{{|{|...})))))).,,)})))}}}))))}},,))))))))))..|||,|{||||||,,.,)))))))}||,.,,,{{{{,{{{,{,{{{{.....||||}||||||},|||{{||{{{.{{{.{{,{.,{{,,{({{{||||,||{{{{,((({....((((((............)))))).{{{{{|,,.....}}}}}}((((.(((((.((((..(((((((((,..,.....}..))))))))).)))).))))))))).....,,,,|}}}}||||,,{{{||||||}|{{...,)})}}),,}}}}}}|.||||,,.,,..||||||,,..{{|||||,.,..{|||.{{.{{|.,,.))}.)},)})))}||||.}}|||.,,,..,,,))))}))))}....,|||||,...,|||}}}}),,}}}}.,))))}}}}}}},...,.)))))))),}}..,}}|{{{{{||.||..{{{,,,..,,,,|||},,}..,}}}}},,..,,.(((((...})))|,{{({((.((((....))))}))}},})))},...}}},||,,.{{{{.{((({{((((({....................)))))))..})))))))),})},......
Back