Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350675.1
Sequence Length
4593 nt
GC Content
0.3777
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUAGUCGCCUGCCACCAGCCCCUGAGAGACUGCAGGUCCAGUGAAAAGGAGCAGGAACGGCAGCAGCCCGGCCGCCGACCCGGAAGCUCUUUCACCGCCAACCGCGAGGCUGCAAAGGGUGUGAACCCGGAAGCGAUUUCAUAGCCACGGUUUUUGGCUUUCAUCGCUUUUUCUACAUGUUUUUAGCCUCACCAGAAGUCUUUCAUCUCGGUGGUCCAACUCAGGAUCUCAGCCUCAUUAUUUUCUUACCCUUCUGGAGUGCAUAUGUGCCUUUACAGUUUCUGUUUGCAAACGCUGUCUAGCAUACUAAGAGGAUGUUAGCAAACCUGUUCCAUGGACACUAAAUGGCAGUUGUACAUCUCCCCUCAUCAGUCAUAGUGACAACCAGAAAUGCCCUCCAUAUUUUCCAGUGAUCCCAGUCUUCAAUGCGUCUGUCUCAUAAUUUGUAAACGUUUAUUAUCUUGAAGUCAUUGUUAAUCUGUGGUGAAAAGUAAUUGCUAAAUAGAAAUUCUGAGAAGAAAAAGGCCUCAUCCUUUUCACAUGAUGUAGGAAGGUCUGUUGCAUGAGCAAUGGGAAAUCCAGAAAACAUAGAAGAUGCAUAUGUUGCUGUUAUUCGUCCAAAGAAUACUGCCAGUCUCAAUUCUCGGGAAUACAGAGCUAAGUCAUAUGAAAUUUUGUUGCAUGAAGUUCCCAUUGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAAAGAAAGUUUUAUUGGAAACGAAACUUCAAGGCAACAGUGAAAUAACACAAGGCAUAUUGGAUUACGUAGUAGAAACCACCAAACCAAUUUCUCCUGCAAACCAGGGUAUCAGAGGAAAACGAGUUGUACUAAUGAAAAAAUUUCCUCUGGAUGGAGAGAAGAUGGGCAGAGAAGCAUCAUUAUUUAUUGUUCCAUCAGUUGUCAAAGAUAAUACUAAAUACACAUAUACCCCAGGAUGCCCAAUUUUUUACUGCUUACAAGAUAUUAUGCGAGUCUGUAGUGAAUCCAGUACUCAUUUUGCUACACUUACAGCAAGGAUGUUAAUAGCCUUGGAUAAGUGGUUAGAUGAACGUCAUGCACAAUCUCACUUUAUUCCAGCUUUAUUCCGACCUUCUCCUCUUGAGCGGAUAAAAACUAAUGUCAUAAAUCCUGCAUAUGCUACUGAAUCAGGUCAGACAGAAAACUCACUACAUAUGGGCUAUAGUGCACUAGAAAUAAAGAGUAAAAUGUUAGCCCUAGAGAAAGCAGAUACCUGUAUUUACAACCCUUUGUUUGGAUCAGAUCUUCAGUAUACAAAUCGGGUAGAUAAAGUGGUAAUAAAUCCAUACUUUGGUCUAGGAGCUCCAGACUACUCAAAAAUCCAAAUACCUAAACAGGAAAAAUGGCAGAGAAGCAUGAGCAGUGUCACAGAAGACAAGGAACGACAGUGGGUAGAUGAUUUUCCUCUCCACCGAAGCGCCUGUGAAGGAGAUUCAGAAUUACUAAGCCGUCUUCUCAGUGAAAGAUUUUCAGUCAACCAGUUAGAUAGUGACCACUGGGCACCCAUUCAUUAUGCAUGCUGGUAUGGAAAAGUUGAGGCCACUCGCAUAUUGUUAGAGAAAGGAAAGUGCAAUCCAAACCUUUUAAAUGGACAACUUAGUUCUCCUCUUCAUUUUGCUGCUGGAGGAGGACAUGCUGAAAUAGUACAGAUUCUCCUAAACCACCCAGAAACGGAUAGACAUAUAACAGACCAACAAGGAAGAUCUCCAUUAAAUAUUUGUGAAGAAAACAAACAAAACAACUGGGAAGAAGCUGCAAAAUUGUUGAAGGAAGCAAUUAACAAACCAUAUGAAAAAGUUCGAAUAUACAGAAUGGAUGGGUCAUAUCGUUCUGUUGAAUUGAAGCAUGGAAAUAAUACCACAGUGCAGCAGAUAAUGGAAGGAAUGCGUCUCUCUCAAGAAACUCAGCAAUAUUUCACUAUAUGGAUUUGUUCAGAAAACCUCAGCCUUCAACUCAAACCAUAUCAUAAACCCUUGCAACAUGUUCGUGACUGGCCAGAAAUACUUGCUGAAUUGACUAAUCUGGAUCCUCAAAGGGAAACACCUCAGCUUUUUCUAAGAAGAGAUGUGAGACUUCCCUUGGAAGUUGAAAAACAGAUUGAAGACCCACUAGCUAUUCUUAUUCUCUUUGAUGAAGCCAGAUAUAAUUUAUUGAAGGGCUUUUAUACAGCUCCUGAUGCUAAGCUGAUAACAUUGGCAAGUCUGCUUUUGCAAAUAGUCUAUGGAAAUUAUGAGAGUAAAAAACACAAGCAAGGUUUCCUAAAUGAAGAAAAUCUAAAAUCCAUCGUACCUGUUACCAAACUGAAAAGUAAGGCACCUCACUGGACAAAUCGCAUACUUCAUGAAUACAAGAAUCUCAGUACAAGUGAAGGUGUCAGUAAAGAAAUGCAUCACCUUCAGCGCAUGUUCUUACAGAAUUGCUGGGAAAUUCCUACUUAUGGAGCAGCAUUUUUCACAGGACAGAUAUUUACAAAGGCAAGCCCCAGCAAUCAUAAAGUCAUCCCUGUGUAUGUAGGAGUGAAUAUAAAAGGACUUCAUCUCCUCAACAUGGAAACUAAGGCUUUACUCAUCAGUCUUAAGUAUGGUUGUUUUAUGUGGCAAUUGGGAGAUACUGAUACUUGUUUUCAGAUCCAUAGCAUGGAAAAUAAAAUGAGCUUUAUAGUACAUACAAAACAGGCUGGUCUCGUGGUAAAACUGUUAAUGAAGCUAAAUGGACAGUUAAUGCCCACUGAAAGAAAUUCAUGAAAGAGAAGUAACUGUUACUCAAGCCACCACAUUUUGUAAUGCAGAGUUUUUUUUCCGUGAAAGAUUUCUUAAAAUAUUACUUUUGGCCGAGCAUGGUGGCUCACCCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGCAGGCGGAUCACCUGAAGUCAGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGCGCCUAUAAUCCUAGCUACUAGGGAGGCCAAGGUGGGAGAUCGCUUAAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUAGUGAGCCAAGAUUGCACCACGGCACGCUAGCCUGGGUGACACAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUACUUUCAACAAGGCAUAUAGUCUCUUGUAAUAUAUAUGUAUACUAUUACAUUGUACAGAAUCUGUACUUAUGUUUGGUGUGUAAUAUACCAAUUAGUUUUAUAUAAUAUCCUCAUAAGCUAUUCUAAUUUUUGAGAGAAACACAAAAAGUUAUAGAUUGAUAGUCUGUAUAAUAUUAGACAAAAUAGUAAGCUUUAUAAAAAGUUAUUUUUGGUAAAUGGUAAGGAAUUUGGGGUGGAAUGUGAUGAGAUUAAAAUGUAGCUUUGGUAUAACUUCAUGUGUAUUUCAAAAUAUACUGAACGUCAACAUGAUUUGAAUAAAGAAAAUGUAUUUUCUACUUGAACCACAUAACACUGUUAUUUAAAACAGUUUUCUGCAGUCUAUAAACAUUUCUCAACAUUUUUUUAAAAGUCUUAGUUAAAAUGUAAAUCUGAUAUACAGUAGUGUUUCUCAAAGUAUAGUUCAUGAACUCCUUGCAUCAUAAUUACCUAGAUGCCUCUUAAAAAUGAAGAUUUCAGAGACCCAUUCUAAACAAGGGCAUUCACUCUCUGGAAGUAGCAUGGCCUUGUGAACUUAAAUUUGGUUUUGUUUUUUCUUUUUUGCUGUUAGAAUAAUUUCAGACCCAAUAAGGAAUUUCGAUUAUUAAAGUUGAGAAAUUUCACAAAACUGCCUGGCACACAAGCACACACAUACAUAGACACAUUUUAAGUGAUAAUCUCUUGAUAUUAGAAGUUGCAUUUGUUAAAUACAUGCUGUAUUUUUUAUGAGUUGACUUAAUAGUUUAUGUAUAUUGACUUUGCUUUGUAGGAAGUAAAUCACCAGAUAUCUUAUUGUUUCAUUUAGGAAAGUAGUGAUAUAGAUGAAGAGCCAACUUGAUGAAUGUGCUAUUCAUAAGCUAGAAACUACAGUUUUUCCAAACUAAUAAACUGAUGAAUUCUAAAUAAGUUCAGAGAUAUAGUCAUAUUUAAAGUUGUCCUACAGUUUGCAGAUAAUUUUUAUAUUACUAUUCUUCACAUUAACUUCUGCUUAUUUUUAAUGGUACUAUAUGUAGGCCUUAUUAAAAUUAAGAUUGUAUGGUUAAGUAAAGUUAACAAGAAAGCCUGAUUUAUCUUUAAUUCUGUGCUAGGUACUUUUGAUUCUACAUGAACAAUACCCUUUUCAGUUCCCUUCAUUCUAAUGUCCUCAACUGUUACCAAAUACCCUGUUGACUCCCAAACCUAAGAUUUUAGCCUCAACUUCUUUUCUGAACUUCAAAUCUUAAUUUCCAAGUUAUACUUGUUCUAGGUCCAUCUAAAUGGUCUACAGAGAACUUCAGUUGAAUCAUAGCUGGAAACAGAAUUUAUUUCCUCUAUUUGCUUCAUUCUGUCCUUCCACUAUAUUCCCUAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1098.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1190.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 1408.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((.(((...)))...((((((....((.(((((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((.(((.(.(((((..(((((.((..((((.((......)).))))..))....)))))))))).)...)))))(((((((.((((.(((((((....((((((((.....(((((.......)))))...))))))))))).)))).)))))))))))((((((.(.....).))).)))(((((......)))))..(((.((((((((((((....((..(((((((((....((((.....(((.(((((((((.((((.(.(((((....)).))).).)))).)))))).........))).)))....))))..)))))(((((((.......((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((...........((((((..........(((((((...((((....((.((((((...(((.....((((((((((....((((((.....((..(((((((((((...(..(((..(((((((((((...))).)))))(((((((((((...(((((((((...((...((((..(((....((((((..(((.(......(((..((((((((...)))....)))))..)))....).))).....))))))...)))))))...))...)))))))))..........................(((((....))))).....((((((((..((((((((........(((((.((((.....((((.(((((............))))).)))).......((((((((((((((.....((((....)))).....)))))))))((((((((((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............))))))))).))))).....)))))))).......((((((.(((..((.(((((((((............)))))))))...)).)))..))))))....))))))))...(((((...((.....((((((..((((((.((((((....(((((..((((..(..........)..))))..........((((.......((((.((((((((((((((.(((((((((((...............((((((..((..(((..........)))...))..))))))....(((.((((....)))).))).......))))))).)))).)))..)))))......(((.....)))...((((........))))....((((((.((....))))))))(((......(((....(((....))).....)))..))).)))))).))))((((......))))......))))(((((..((......))..).)))).)))))....))))))))))))...........(((..((((((((((.......(((((((..((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).((((......(((....)))((((.((.((......)).)).))))..))))..((........))........((((((((((.((......))..))))))))))..)))))))((((..(((((.((((.......((......))(((....)))............)))).)))))..))))....(((((.......))))).......)))))))))).)))....(((((((......)))))))...................(((((.(..((((((((((((...))).)))))))))..).)))))))))))..))...))))).)))))))))))...))))))..)...))).)))).))))..)))))))).))))))))))..(((((((((((......(((((.......((...(((..((((.(((...........))).)))).)))...)).......)))))...((((.((((((.((.((((((((((.......((((...........((..(((..(((((((...))))))).....)))..))...........)))).......)))))))))).))..))))))............((((((.......))).)))..((((((..........))))))))))(((....)))(((((.(.(((((..((((....))))............((((((.((......)).))))))....))))).)...))))).((..(((....)))..)).......)))))))))))))).)))))).))......)))).....)))))))(((((((...(((......)))..))))))).))))))...........))))))))))))........)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........)))))).))).))))))))...))))))....))))))).((((.........)))).)))).))...))))))))..))))))).................(((((((((((.((((((.(((((((.((........)).)))))))..)).))))...((((((((((((((((((((.(..((((....((((.........))))....))))).)))))))).)))))...)))))))..........(((((((....((.(((((.((.(.(((((...((((((.(((...)))))))))))))).))))))))))..)))))))....)))))))))))((((...))))........)))))).))..................)))..)))))))))))).........))))..))))))).))....)))))).................(((((((((.((((.(((........((((.(((.(((......))))))))))))).))))..)))))))))...............((((((((.((((((((...((((..(((.(((((((((((((((((..((((.((((((...))))))..)))).)))))))...((((((((..((((.(((.((((.((.(((((..(((((((((((((((......((.((((((..((((((((...))))))))...(((((.......)))))((((((....)))))).))))))))......))))))..)))))))))..))))).)).))))..))).))))))))))))....)))))))))).)))((((((((((((((((((..(((((.....((((((((((...(((.....)))...((.((.((((((......)))))).)).))....................))))))))))..)))))(((.(((((((((...((((.......((.((((((............(((((.........(((((...........))))).........)))))..((((((((((((...........))).......)))))))))((.((..(((.((((((((((((.((((((.(((....((((((.(((..(((.(((....))).))).))).))))))...)))..)))))).)))))....)))))))....)))..))))..)))))))).......)))).))))))))).)))..(((....)))..((((((.((((..(((.....)))...)))).))))))...))))))......))))).))))))))))).)))))))).)))))))).....((..(((.((((((((((......)))).)))))).)))..))..)))))............((((((((.((((((.((((....((((((............)))))).((((((.......))))))((((.(((((.((((..(((((((((............))))))))).)))).))))))))).........))))))))))....))))))))....((((((((......(((((((((((....(((((((...((((((((....((((.((.(((....))).)).).))).((((...(((.(((.....)))))))))).....(((((.....(((....))).....))))).............))))))))..............))))))).....(((......))).....))))))))))).(((((...)))))...(((......)))...)))))))))))..........((((.((((.((((((((((((....................)))))))..))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.((((...)))).,|}}...{{{{(({{{,((,(((((((...,{{{.(((((((({((({{((((((((((((,{.(((...(((({.,(((((.((..((((.((......)).))))..))....)))))))))).|{..,,,))(((((((.((((.(((((({...,((((((((.....(((((.......)))))...))))))))))).)))).))))))))))),}}.,.))))))))}.,,.{{{(((((......))))).|(({{({{(((((((((....((..(((((((((....((((,{{,.{((.({{((((((.((((.(.(((((....)),,)).).)))).))))))..,,.....))),)}),}}.))))..)))))(((((((...,...((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((,{,,{,.....((((((,,,....,..(((((((...,{{{,,,{((.(({{((,,,{{{....,((((((({{,.,{,{(((((.....({..((((((({{{{...{(((((,,{{(({{((.{,.|,,,,,|||}}}|||(((((....))))}|||...,)),...,,{{,{,.,{{{,{{||||||{({{{{{({{.{{,..,|||||{,,,,,||.,,.}|||}.,}}},,..,{{(({,,,{|||,||.....,((((((.(((((((((({.{{{{{,......................|||}},.}})...,}}}})))))..)))))}(((......)}}..{{{,{,{(((.{,..((((.(((({............})))).))))...,,.(((((((((((((((.....((({....}))).....)))))))))((((((({((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............)))))),,||}}}|}...,|||||||||{,.{{,,{{{,.{{{({{{{{.{((({(({{..,,,,,..,,,||}||}}||......|((,,({{{{{..{{{||}},...,,},)))}),,,,)))})),)))....{((({{({,.{{{{{,,{({{,{(((..,,,{,,.....)}}))))}}},......{{{{{{...{{(((,.,,{{,(((((((((.(((((((((((...............((((((..((,,{((.........,}))...})..)))))),,,.|{,.((((....)))).}}}.......))))))),}))).)),.,)))))).....,,,{{{{,}}}...((((........))))....((((((.((....)))))))).........{,...,,|||...})))}...})))}}||||||}|||.}}}}{(((......)))}.{{,,.,,|.{({(({{{.{((.(((({(..,{{{.(......}.))),)))))).)))...}})))..})}))))))),,,|{{{,,,.}}})}.},.((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).)))))))).})))),,,}}||||}},}}},,}}|{|||||,.|,,,..|||,..||,,,,...,}}|..,,}},||||(((({{,(({{{{{{||{{||{{{(({{|.(((((...,})}},,}.)))))))...}},{(({{....||.,..........,...,,.....(({.....)))........{((((.......}}}}}........))))).....||{|||.|{(((((,.....)))))))......,|||,,|....,{(((({.,..((((((((((((...}}),))))))))),,},))},,,},|{{........))},.,))))))}}},,}}))}}}},,}}}}}})|)))),}))}..}})))))}|}}))))))}|{{(((((((((((.........{({{|,...,|,..|||,.{{{,.{{{..,{{{.....|||.}}||.|}|,,,|},,,,.|||}|||,,.{,,,.((((((.((.((((((((((....,,,({((...,.......||,.{{|..(((((((...))))))).....})}..}}...,.......})}}.......)))))))))).)}..))))))............{(((((.......|||,}}}..,{{,{||}||,,....})))),,}}}{{{,,..))}..||}||,,|||,.,|}}}}}},||......,,...}}}||||||,,...,,,,||,...}}}........,.|,,,,,|,,.,,..{{{....))),}))}......))))))))))),}}.}}}}}).}}.,,...}},,.....)))}))|(((((((...(({......)))..)))))))})))))),,,,,....},))))))))))}),.......)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........))))))},)).})))))))...))))))....))))))).((((.........)))).)))).))...)))))))),.|||}|||....,}}.,,,......{{|||||{{{{.((((((.(((((((.((........)).)))))))..))})))).,,((((((((((((((((((((.{..((((,,,.{((,.........}}}),,..))))}.)))))))),})))),..}))))))........,{,{{{(({.,,,({.(({({.||.||{{{|{...(((({{.{{|.,,)})))))))))))),)),|||||||..|||||}||,..,}}}}))))))||,..},.)))},.....|||.....,,...............},,))).,)))))))))}}|,|{....,,||||..,)))))),)),...||||||{{...............(((((((((.((((.(({..,,.....{{(,{(,.(((......)))}))))}}))).))}}..)))))))))...............,{,{{{((,((((((((.,,({{{...,{.,{{{{|{|||,,,{(({{|||{{.((((((...))))))..||||{(((((((,..||||||||.,{({{.{{{,||{,.{{.{{{{{,,||{{{{{{{{{{{{|,,.,...,.{{|||,,,{({{{{{|...,|||||}}...,,,||,}}..,,}}}}}((((((....)))))).,}||||{{,,.{{,{.{|||,.|||||||||{,|||||,||{|},,..,||{|||||||||}}}..{(((.(((((((....})))))))))).||{{{,,,,,,||},....(((({{,,,.,}}}}}....},}..,||....((((((......)))))).,,.}|{|||,,,.....,{{|||||(({{{{{.{(({..,..,}}}..}}}}}}}.....,({.{{((,...}))}.}}|||,,{{,,,{((((({........(((((.,,......,,))))).{{,,....||}},,}|||{{|||{{{{.......,{{{||,{{,.,,{||},,,)})}}.|,}}},|}}})}|{{{{.,.,},,|||,{||,,..((((({.(((..(({.(((....))).))).))).}))))),{{{||||.,,,,)))))))),,,....{{{{|,|||{{{||{{{..,}},.,...{(((((((((.....{(((({{,..,||,|}}}},,..{{{(({{({({{(((.{{{{|{|...})))))).,,)})))}}})))))},,)))))))))).,|||}|{||||||}}.})))))))}||,.,,,{{{{,{{{,{,{{{{.....||||}||||||},|||{{||{({.{{{.{(,{.,{{,,{({{{||||,||{{{{,((((....((((((............)))))).{{{{{|,,.....}}}}}}((((.(((((.((((..(((((((((,..,.....}..))))))))).)))).))))))))).....,,,,|}}}}||||,,{{{||||||}|{,...,)})}}),,}}}}}}|.||||,,.,,..||||||,,..{{|{|{{,.,..{{||.{{.{{|.,..))}.)},)})))}||||.,}|||.,,,..,,,))))}))))}.....{||||,....|||,,,,),,},,,.,))))}}}}}}},...,.)))))))),},..,}}|{{{{{||.||..{{{,.,...,,,|||},,}..,}}}}}},..,,.(((((...}))}|,{{({((.((((....))))}))}},})))},...}}},||,,.{{{{.{((({{((((({.................,..)))))))..})))))))),))},......
Back