Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350689.1
Sequence Length
4655 nt
GC Content
0.3807
GCUCCGGCUCAGCCGCUGGCACCCCCACCGCCACCACCCUAGUCUCCUAGUCGCCUGCCACCAGCCCCUGAGAGACUGCAGGUCCAGUGAAAAGGAGCAGGAACGGCAGCAGCCCGGCCGCCGACCCGGAAGCUCUUUCACCGCCAACCGCGAGGCUGCAAAGGGUGUGAACCCGGAAGCGAUUUCAUAGCCACGGUAACGGCGGGGUGGAAAGCUAAGGCCUUUGAAGACCUGGGACCCCGUAGUUUCGGGAGAGGGUUUUUGGCUUUCAUCGCUUUUUCUACAUGUUUUUAGCCUCACCAGAAGUCUUUCAUCUCGGUGGUCCAACUCAGGAUCUCAGCCUCAUUAUUUUCUUACCCUUCUGGAGUGCAUAUGUGCCUUUACAGUUUCUGUUUGCAAACGCUGUCUAGCAUACUAAGAGGAUGUUAGCAAACCUGUUCCAUGGACACUAAAUGGCAGUUGUACAUCUCCCCUCAUCAGUCAUAGUGACAACCAGAAAUGCCCUCCAUAUUUUCCAGUGAUCCCAGUCUUCAAUGCGUCUGUCUCAUAAUUUGUAAACGUUUAUUAUCUUGAAGUCAUUGUUAAUCUGUGGUGAAAAGUAAUUGCUAAAUAGAAAUUCUGAGAAGAAAAAGGCCUCAUCCUUUUCACAUGAUGUAGGAAGGUCUGUUGCAUGAGCAAUGGGAAAUCCAGAAAACAUAGAAGAUGCAUAUGUUGCUGUUAUUCGUCCAAAGAAUACUGCCAGUCUCAAUUCUCGGGAAUACAGAGCUAAGUCAUAUGAAAUUUUGUUGCAUGAAGUUCCCAUUGAAGGACAGAAAAAAAAGAGAAAGAAAGUUUUAUUGGAAACGAAACUUCAAGGCAACAGUGAAAUAACACAAGGCAUAUUGGAUUACGUAGUAGAAACCACCAAACCAAUUUCUCCUGCAAACCAGGGUAUCAGAGGAAAACGAGUUGUACUAAUGAAAAAAUUUCCUCUGGAUGGAGAGAAGAUGGGCAGAGAAGCAUCAUUAUUUAUUGUUCCAUCAGUUGUCAAAGAUAAUACUAAAUACACAUAUACCCCAGGAUGCCCAAUUUUUUACUGCUUACAAGAUAUUAUGCGAGUCUGUAGUGAAUCCAGUACUCAUUUUGCUACACUUACAGCAAGGAUGUUAAUAGCCUUGGAUAAGUGGUUAGAUGAACGUCAUGCACAAUCUCACUUUAUUCCAGCUUUAUUCCGACCUUCUCCUCUUGAGCGGAUAAAAACUAAUGUCAUAAAUCCUGCAUAUGCUACUGAAUCAGGUCAGACAGAAAACUCACUACAUAUGGGCUAUAGUGCACUAGAAAUAAAGAGUAAAAUGUUAGCCCUAGAGAAAGCAGAUACCUGUAUUUACAACCCUUUGUUUGGAUCAGAUCUUCAGUAUACAAAUCGGGUAGAUAAAGUGGUAAUAAAUCCAUACUUUGGUCUAGGAGCUCCAGACUACUCAAAAAUCCAAAUACCUAAACAGGAAAAAUGGCAGAGAAGCAUGAGCAGUGUCACAGAAGACAAGGAACGACAGUGGGUAGAUGAUUUUCCUCUCCACCGAAGCGCCUGUGAAGGAGAUUCAGAAUUACUAAGCCGUCUUCUCAGUGAAAGAUUUUCAGUCAACCAGUUAGAUAGUGACCACUGGGCACCCAUUCAUUAUGCAUGCUGGUAUGGAAAAGUUGAGGCCACUCGCAUAUUGUUAGAGAAAGGAAAGUGCAAUCCAAACCUUUUAAAUGGACAACUUAGUUCUCCUCUUCAUUUUGCUGCUGGAGGAGGACAUGCUGAAAUAGUACAGAUUCUCCUAAACCACCCAGAAACGGAUAGACAUAUAACAGACCAACAAGGAAGAUCUCCAUUAAAUAUUUGUGAAGAAAACAAACAAAACAACUGGGAAGAAGCUGCAAAAUUGUUGAAGGAAGCAAUUAACAAACCAUAUGAAAAAGUUCGAAUAUACAGAAUGGAUGGGUCAUAUCGUUCUGUUGAAUUGAAGCAUGGAAAUAAUACCACAGUGCAGCAGAUAAUGGAAGGAAUGCGUCUCUCUCAAGAAACUCAGCAAUAUUUCACUAUAUGGAUUUGUUCAGAAAACCUCAGCCUUCAACUCAAACCAUAUCAUAAACCCUUGCAACAUGUUCGUGACUGGCCAGAAAUACUUGCUGAAUUGACUAAUCUGGAUCCUCAAAGGGAAACACCUCAGCUUUUUCUAAGAAGAGAUGUGAGACUUCCCUUGGAAGUUGAAAAACAGAUUGAAGACCCACUAGCUAUUCUUAUUCUCUUUGAUGAAGCCAGAUAUAAUUUAUUGAAGGGCUUUUAUACAGCUCCUGAUGCUAAGCUGAUAACAUUGGCAAGUCUGCUUUUGCAAAUAGUCUAUGGAAAUUAUGAGAGUAAAAAACACAAGCAAGGUUUCCUAAAUGAAGAAAAUCUAAAAUCCAUCGUACCUGUUACCAAACUGAAAAGUAAGGCACCUCACUGGACAAAUCGCAUACUUCAUGAAUACAAGAAUCUCAGUACAAGUGAAGGUGUCAGUAAAGAAAUGCAUCACCUUCAGCGCAUGUUCUUACAGAAUUGCUGGGAAAUUCCUACUUAUGGAGCAGCAUUUUUCACAGGACAGAUAUUUACAAAGGCAAGCCCCAGCAAUCAUAAAGUCAUCCCUGUGUAUGUAGGAGUGAAUAUAAAAGGACUUCAUCUCCUCAACAUGGAAACUAAGGCUUUACUCAUCAGUCUUAAGUAUGGUUGUUUUAUGUGGCAAUUGGGAGAUACUGAUACUUGUUUUCAGAUCCAUAGCAUGGAAAAUAAAAUGAGCUUUAUAGUACAUACAAAACAGGCUGGUCUCGUGGUAAAACUGUUAAUGAAGCUAAAUGGACAGUUAAUGCCCACUGAAAGAAAUUCAUGAAAGAGAAGUAACUGUUACUCAAGCCACCACAUUUUGUAAUGCAGAGUUUUUUUUCCGUGAAAGAUUUCUUAAAAUAUUACUUUUGGCCGAGCAUGGUGGCUCACCCCUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGCAGGCGGAUCACCUGAAGUCAGAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCUGUCUCUACAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGGGCGCCUAUAAUCCUAGCUACUAGGGAGGCCAAGGUGGGAGAUCGCUUAAACCCAGGAGGUGGAGGUUGUAGUGAGCCAAGAUUGCACCACGGCACGCUAGCCUGGGUGACACAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAUUACUUUCAACAAGGCAUAUAGUCUCUUGUAAUAUAUAUGUAUACUAUUACAUUGUACAGAAUCUGUACUUAUGUUUGGUGUGUAAUAUACCAAUUAGUUUUAUAUAAUAUCCUCAUAAGCUAUUCUAAUUUUUGAGAGAAACACAAAAAGUUAUAGAUUGAUAGUCUGUAUAAUAUUAGACAAAAUAGUAAGCUUUAUAAAAAGUUAUUUUUGGUAAAUGGUAAGGAAUUUGGGGUGGAAUGUGAUGAGAUUAAAAUGUAGCUUUGGUAUAACUUCAUGUGUAUUUCAAAAUAUACUGAACGUCAACAUGAUUUGAAUAAAGAAAAUGUAUUUUCUACUUGAACCACAUAACACUGUUAUUUAAAACAGUUUUCUGCAGUCUAUAAACAUUUCUCAACAUUUUUUUAAAAGUCUUAGUUAAAAUGUAAAUCUGAUAUACAGUAGUGUUUCUCAAAGUAUAGUUCAUGAACUCCUUGCAUCAUAAUUACCUAGAUGCCUCUUAAAAAUGAAGAUUUCAGAGACCCAUUCUAAACAAGGGCAUUCACUCUCUGGAAGUAGCAUGGCCUUGUGAACUUAAAUUUGGUUUUGUUUUUUCUUUUUUGCUGUUAGAAUAAUUUCAGACCCAAUAAGGAAUUUCGAUUAUUAAAGUUGAGAAAUUUCACAAAACUGCCUGGCACACAAGCACACACAUACAUAGACACAUUUUAAGUGAUAAUCUCUUGAUAUUAGAAGUUGCAUUUGUUAAAUACAUGCUGUAUUUUUUAUGAGUUGACUUAAUAGUUUAUGUAUAUUGACUUUGCUUUGUAGGAAGUAAAUCACCAGAUAUCUUAUUGUUUCAUUUAGGAAAGUAGUGAUAUAGAUGAAGAGCCAACUUGAUGAAUGUGCUAUUCAUAAGCUAGAAACUACAGUUUUUCCAAACUAAUAAACUGAUGAAUUCUAAAUAAGUUCAGAGAUAUAGUCAUAUUUAAAGUUGUCCUACAGUUUGCAGAUAAUUUUUAUAUUACUAUUCUUCACAUUAACUUCUGCUUAUUUUUAAUGGUACUAUAUGUAGGCCUUAUUAAAAUUAAGAUUGUAUGGUUAAGUAAAGUUAACAAGAAAGCCUGAUUUAUCUUUAAUUCUGUGCUAGGUACUUUUGAUUCUACAUGAACAAUACCCUUUUCAGUUCCCUUCAUUCUAAUGUCCUCAACUGUUACCAAAUACCCUGUUGACUCCCAAACCUAAGAUUUUAGCCUCAACUUCUUUUCUGAACUUCAAAUCUUAAUUUCCAAGUUAUACUUGUUCUAGGUCCAUCUAAAUGGUCUACAGAGAACUUCAGUUGAAUCAUAGCUGGAAACAGAAUUUAUUUCCUCUAUUUGCUUCAUUCUGUCCUUCCACUAUAUUCCCUAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1121.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1214.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 1463.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.(((((.(((...)))...((((((....((.(((((((...((((.((((((((((((..(((((((((((.((.(((.(.(((((..(((((.((..((((.((......)).))))..))....)))))))))).)...)))))(((((((.((((.(((((((....((((((((..(((.(((........)))...)))((((((((((((((((.....((((((((......)))))))).))))).)))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))((((((.(.....).))).)))(((((......)))))..(((.((((((((((((....((..(((((((((....((((.....(((.(((((((((.((((.(.(((((....)).))).).)))).)))))).........))).)))....))))..)))))(((((((.......((((((..(((((((((((((((.(((((((((((((((((((...........((((((..........(((((((...((((....((.((((((...(((.....((((((((((....((((((.....((..(((((((((((...(..(((..(((((((((((...))).)))))(((((((((((...(((((((((...((...((((..(((....((((((..(((.(......(((..((((((((...)))....)))))..)))....).))).....))))))...)))))))...))...)))))))))..........................(((((....))))).....((((((((..((((((((........(((((.((((.....((((.(((((............))))).)))).......((((((((((((((.....((((....)))).....)))))))))((((((((((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............))))))))).))))).....)))))))).......((((((.(((..((.(((((((((............)))))))))...)).)))..))))))....))))))))...(((((...((.....((((((..((((((.((((((....(((((..((((..(..........)..))))..........((((.......((((.((((((((((((((.(((((((((((...............((((((..((..(((..........)))...))..))))))....(((.((((....)))).))).......))))))).)))).)))..)))))......(((.....)))...((((........))))....((((((.((....))))))))(((......(((....(((....))).....)))..))).)))))).))))((((......))))......))))(((((..((......))..).)))).)))))....))))))))))))...........(((..((((((((((.......(((((((..((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).((((......(((....)))((((.((.((......)).)).))))..))))..((........))........((((((((((.((......))..))))))))))..)))))))((((..(((((.((((.......((......))(((....)))............)))).)))))..))))....(((((.......))))).......)))))))))).)))....(((((((......)))))))...................(((((.(..((((((((((((...))).)))))))))..).)))))))))))..))...))))).)))))))))))...))))))..)...))).)))).))))..)))))))).))))))))))..(((((((((((......(((((.......((...(((..((((.(((...........))).)))).)))...)).......)))))...((((.((((((.((.((((((((((.......((((...........((..(((..(((((((...))))))).....)))..))...........)))).......)))))))))).))..))))))............((((((.......))).)))..((((((..........))))))))))(((....)))(((((.(.(((((..((((....))))............((((((.((......)).))))))....))))).)...))))).((..(((....)))..)).......)))))))))))))).)))))).))......)))).....)))))))(((((((...(((......)))..))))))).))))))...........))))))))))))........)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........)))))).))).))))))))...))))))....))))))).((((.........)))).)))).))...))))))))..))))))).................(((((((((((.((((((.(((((((.((........)).)))))))..)).))))...((((((((((((((((((((.(..((((....((((.........))))....))))).)))))))).)))))...)))))))..........(((((((....((.(((((.((.(.(((((...((((((.(((...)))))))))))))).))))))))))..)))))))....)))))))))))((((...))))........)))))).))..................)))..)))))))))))).........))))..))))))).))....)))))).................(((((((((.((((.(((........((((.(((.(((......))))))))))))).))))..)))))))))...............((((((((.((((((((...((((..(((.(((((((((((((((((..((((.((((((...))))))..)))).)))))))...((((((((..((((.(((.((((.((.(((((..(((((((((((((((......((.((((((..((((((((...))))))))...(((((.......)))))((((((....)))))).))))))))......))))))..)))))))))..))))).)).))))..))).))))))))))))....)))))))))).)))((((((((((((((((((..(((((.....((((((((((...(((.....)))...((.((.((((((......)))))).)).))....................))))))))))..)))))(((.(((((((((...((((.......((.((((((............(((((.........(((((...........))))).........)))))..((((((((((((...........))).......)))))))))((.((..(((.((((((((((((.((((((.(((....((((((.(((..(((.(((....))).))).))).))))))...)))..)))))).)))))....)))))))....)))..))))..)))))))).......)))).))))))))).)))..(((....)))..((((((.((((..(((.....)))...)))).))))))...))))))......))))).))))))))))).)))))))).)))))))).....((..(((.((((((((((......)))).)))))).)))..))..)))))............((((((((.((((((.((((....((((((............)))))).((((((.......))))))((((.(((((.((((..(((((((((............))))))))).)))).))))))))).........))))))))))....))))))))....((((((((......(((((((((((....(((((((...((((((((....((((.((.(((....))).)).).))).((((...(((.(((.....)))))))))).....(((((.....(((....))).....))))).............))))))))..............))))))).....(((......))).....))))))))))).(((((...)))))...(((......)))...)))))))))))..........((((.((((.((((((((((((....................)))))))..))))))))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{.((((...)))).,}}}...{{{{((,,,,((,(((((((...,{{{.(((((((({((({{((((((((((((,{.(((.,.(((({.,(((((.((..((((.((......)).))))..))....)))))))))).|{..,,,}}(((((((.((((.(((((({...,((((((((..{,{.{((.{{.....)}),},})}((((((((((((((((.....((((((((......)))))))).)))))))))))))))))))))))))))}.)))).)))))))))))|||.,.})))))))}.,,.{{|(((((......))))).|(({{({{(((((((((....((..(((((((((....((((,{{,.{((.({{((((((.((((.(.(((((....)),,)).).)))).))))))..,,.....))),)}),}}.))))..)))))(((((((...,...((((((..(((((((((((((((.((((((({(((((((((((,{,,{,.....{(((((,,,,..,,..(((((((...,{{{,,{{((.(({{((,,,{{{....,((((((({{,.,{,{(((((.....{{..((((((({{{{...{(((((,,{{(({{((.{,.|,,,,,|||}}}|||(((((....)))))|||...,)),...,{{{,{,.,{{{,{{||||||{({{{{{({{.{{,..,|||||{,,,,|||.,,.||||}.,|}},,..,{((({,,,{|||,||.....,((((((.(((((((((({.{{{{{,......................|||}},.}})...,}}}})))))..)))))}(((......)}}..{{{,{,{(((.{,..((((.(((({............})))).))))...,,.(((((((((((((((.....((({....}))).....)))))))))((((((({((.(((((((......)).))))).)))....))))))).((((((...)))))).............)))))),,||}}}}}...,|||||||||{,.{{,,{{{,.{{{{{{{{|.{((({(({{..,,,,,..,,,||}||}}||......|((,,({{{{{..{{{||}},...,,},)))}),,,,)))})),)))....{((({{({,.{{{{{,,{{{{,{({(..,,,{,,.....)}}))))}}},......{{{{{{...{{(((,.,,{{,(((((((((.(((((((((((...............((((((..((,,{((.........,}))...})..)))))),,,.|{,.((((....)))).}}}.......))))))),}))).)),.,)))))}.....,,,{{{{,}}}...((((........))))....((((((.((....)))))))).........{,...,,|||...})))}...})))}}||||||}|||.}}}}{(((......)))}.{{,,.,,{.{({(({{{.(((.(((({(..,{{{.(......}.))),)))))).)))...}})))..})}))))))),,,||{{,,,,}})}}.},.((((((...(((((((....(((....))).)))))))....)))))).)))))))).))))),,,}}}|||}},}}},,}}|||||||,.|,,,..|||,..||,,,,...,}}|,.,,}},||||(((({(,(({{{{{{||{{||||||||||.{((((...,}}}},,}.}))))))...}},{(({{....||............,...,,.....(({.....)))........{((((.......}}}}}........))))).....||{|||.{{(((((......)))))))......,|||,,|....,{(((({.,..((((((((((((...}}),))))))))),,},))},,,},|({........))},.,))))))}}},,}}))}}}},,}}}}}}}|)))},}))}..}|})))}}|}}})}}}}}|{{(((((((((((.........{{{{|,...,|,..|||,.{{{,.,{{..,{{{.....|||.}}||.|}|,,,|},,,,.||}}}||.,.{,,,.((((((.((.((((((((((....,,,({((...,.......||,.{{|..(((((((...))))))).....})}..}}...,.......}))}.......)))))))))).)}..)))))).........,..{({(((.,,.,..|||,}}}..{{{,{||}||,,....})))),,}}}{{{,,.,))}..||}||,,|||,.,|}}}}}},||......,,...}}}||||||,,...,,,,||,...}}}........,.|,.,,,|,,.,,..{{{....))),}))}......))))))))))),}}.}}}}}},}}.,,...}},,.....)))}))|(((((((...(({......)))..)))))))})))))),,,,,....},))))))))))}),.......)))))))..))))))).((((((...(((.((((.....((........)).....)))))))...))))))((((((((((((((...........)))).)))))..)))))...(((((((((.........))))))},)).})))))))...))))))....))))))).((((.........)))).)))).))...)))))))),.|||}|||....,}}.,,,......{{{((((((({.((((((.(((((((.((........)).)))))))..))})))).,,((((((((((((((((((((.{..((((,,,.{((,.........}}}),,..))))}.)))))))),})))),..}))))))........,{,{{{(({.,,,({.(({({.||.||{{{{{...((((({.{{{.,,)))))))))))))),)),|||||||..|||||}||,..,}}}}))))))||,..,,.)))},...,.|||.....,,...............},,))).,)))))))))}}|,|{.....,||||..})))))),)),...||||||{{...............(((((((((.((((.(({..,,.....{{(,{(,.(((......)))}))))}}))).))}}..)))))))))...............,{{{{{((,((((((((.,,({{{...,{.,{{{{{{|||,,,{({{{||||{.((((((...))))))..||||{(((((((,..||||||||.,{(({.{{{,{{{,.{{.{{{{{,,|{{{{{{{{{{{{{|,,.....,.{{{{|,,,{({{{{{|...,|||||}}...,,,||,}}..,,}}}}}((((((....)))))).,}||||{{,,.,{,{.||||,.|||||||||,.|||||,||{|},,..,||{||||||||}}}}..{(((.(((((((....})))))))))).|{{{{,,,,,,||},....(((({{,,,.,}}}}}....},}..,||....((((((......)))))).,,.,|{||{,,......{{{|||||(({{{{{.{(({..,,.,}|}..}}}}}}}.....,({.{{((,...}))}.}}|||,,{{,,,{((((({........(((((.,,......,,))))).{{,,....||}},,,|||{{|||{{{{.......,{{{||,{{,.,,,||},,,)})}}.|,}}},|}}})}|{{{{.,.,},,|||,{||,,..((((({.(((..(({.(((....))).))).))).}))))),{,{||||.,,,,)))))))),,,....{{{{|,|||{{{||||{.,,}}},,...{(((((((((.....{(((({{,..,||,|}}}},,..{{{(({{({({{(((.{{{{|{|...})))))).,,)})))}}})))))},,)))))))))).,|||}|,||||||}}.})))))))|||,.,,,{{{{,{{{,{,{{{{.....||||}||||||},|||{{||{({.{{{.{(,{.,{{,,{({{{||||,||{{{{,((((....((((((............)))))).{{{{{|,,.....|}}}}}((((.(((((.((((..(((((((((,..,.....}..))))))))).)))).))))))))).....,,,,|}}}}||||,,{{{||||||}|{,...,)})}}),,}}}}}}|.||||,,.,...||||||,,..{{{{{{{,.,..{{{|.{{.{{|.,..))}.)},)})))}||||.,}|||.,,,..,,,))))}))))}.....{||||,....|||,,,,),},,,,.,)))),,}}}},,...,.)))))))),,,..,,}|{{{{{||.||..{{{,.,...,,,|||},,}..,}}}}}},.,,,.(((((...}))}|,{{({((.((((....))))}))}},})))},...}}},||,,.{{{|,|((({{((((({.................,,.)))))))..})))))))),))),......
Back