Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350742.2
Sequence Length
3760 nt
GC Content
0.4295
GGAGAGGAGGAAGCGGCGCUCAUGGGGUUGCAAGGAUGUAGAGGAGCAAAGGGAGAGAAGAGGCCGCGGGAAGAGAGGUGGUGCGAGACCCGCGGAGGCGCCGGCCAAGGACGGGCGCAUGGAGCAGCGGGCGGCGCGACCGGCCGGGUGCUGGCCAUUCAGGCCCGAAAGCGGAGGCCGAAAAGAGAGAAACAUCCGAAAAAAAAUCAAGCAGAAGAUUGAGCUGCUGAUGUCAGUUAACUCUGAGAAGUCGUCCUCUUCAGAAAGGCCGGAGCCUCAACAGAAAGCUCCUUUAGUUCCUCCUCCUCCACCGCCACCACCACCACCACCGCCACCUUUGCCAGACCCCACACCCCCGGAGCCAGAGGAGGAGAUCCUGGGAUCAGAUGAUGAGGAGCAAGAGGACCCUGCGGACUACUGCAAAGGUGGAUAUCAUCCAGUGAAAAUUGGAGACCUCUUCAAUGGCCGGUAUCAUGUUAUUAGAAAGCUUGGAUGGGGGCACUUCUCUACUGUCUGGCUGUGCUGGGAUAUGCAGGGGAAAAGAUUUGUUGCAAUGAAAGUUGUAAAAAGUGCCCAGCAUUAUACGGAGACAGCCUUGGAUGAAAUAAAAUUGCUCAAAUGUGUUCGAGAAAGUGAUCCCAGUGACCCAAACAAAGACAUGGUGGUCCAGCUCAUUGACGACUUCAAGAUUUCAGGCAUGAAUGGGAUACAUGUCUGCAUGGUCUUCGAAGUACUUGGCCACCAUCUCCUCAAGUGGAUCAUCAAAUCCAACUAUCAAGGCCUCCCAGUACGUUGUGUGAAGAGUAUCAUUCGACAGGUCCUUCAAGGGUUAGAUUACUUACACAGUAAGUGCAAGAUCAUUCAUACUGACAUAAAGCCGGAAAAUAUCUUGAUGUGUGUGGAUGAUGCAUAUGUGAGAAGAAUGGCAGCUGAGGCCACUGAGUGGCAGAAAGCAGGUGCUCCUCCUCCUUCAGGGUCUGCAGUGAGUACGGCUCCACAGCAGAAACCUAUAGGAAAAAUAUCUAAAAACAAAAAGAAAAAACUGAAAAAGAAACAGAAGAGGCAGGCUGAGUUAUUGGAGAAGCGCCUGCAGGAGAUAGAAGAAUUGGAGCGAGAAGCUGAAAGGAAAAUAAUAGAAGAAAACAUCACCUCAGCUGCACCUUCCAAUGACCAGGAUGGCGAAUACUGCCCAGAGGUGAAACUAAAAACAACAGGAUUAGAGGAGGCGGCUGAGGCAGAGACUGCAAAGGACAAUGGUGAAGCUGAGGACCAGGAAGAGAAAGAAGAUGCUGAGAAAGAAAACAUUGAAAAAGAUGAAGAUGAUGUAGAUCAGGAACUUGCGAACAUAGACCCUACGUGGAUAGAAUCACCUAAAACCAAUGGCCAUAUUGAGAAUGGCCCAUUCUCACUGGAGCAGCAACUGGACGAUGAAGAUGAUGAUGAAGAAGACUGCCCAAAUCCUGAGGAAUAUAAUCUUGAUGAGCCAAAUGCAGAAAGUGAUUACACAUAUAGCAGCUCCUAUGAACAAUUCAAUGGUGAAUUGCCAAAUGGACGACAUAAAAUUCCCGAGUCACAGUUCCCAGAGUUUUCCACCUCGUUGUUCUCUGGAUCCUUAGAACCUGUGGCCUGCGGCUCUGUGCUUUCUGAGGGAUCACCACUUACUGAGCAAGAGGAGAGCAGUCCAUCCCAUGACAGAAGCAGAACGGUUUCAGCCUCCAGUACUGGGGAUUUGCCAAAAGCAAAAACCCGGGCAGCUGACUUGUUGGUGAAUCCCCUGGAUCCGCGGAAUGCAGAUAAAAUUAGAGUAAAAAUUGCUGACCUGGGAAAUGCUUGUUGGGUGCAUAAACACUUCACGGAAGACAUCCAGACGCGUCAGUACCGCUCCAUAGAGGUUUUAAUAGGAGCGGGGUACAGCACCCCUGCGGACAUCUGGAGCACGGCGUGUAUGGCAUUUGAGCUGGCAACGGGAGAUUAUUUGUUUGAACCACAUUCUGGGGAAGACUAUUCCAGAGACGAAGACCACAUAGCCCACAUCAUAGAGCUGCUAGGCAGUAUUCCAAGGCACUUUGCUCUAUCUGGAAAAUAUUCUCGGGAAUUCUUCAAUCGCAGAGGAGAACUGCGACACAUCACCAAGCUGAAGCCCUGGAGCCUCUUUGAUGUACUUGUGGAAAAGUAUGGCUGGCCCCAUGAAGAUGCUGCACAGUUUACAGAUUUCCUGAUCCCGAUGUUAGAAAUGGUUCCAGAAAAACGAGCCUCAGCUGGCGAAUGCCUUCGGCAUCCUUGGUUGAAUUCUUAGCAAAUUCUACCAAUAUUGCAUUCUGAGCUAGCAAAUGUUCCCAGUACAUUGGACCUAAACGGUGACUCUCAUUCUUUAACAGGAUUACAAGUGAGCUGGCUUCAUCCUCAGACCUUUAUUUUGCUUUGAGGUACUGUUGUUUGACAUUUUGCUUUUUGUGCACUGUGAUCCUGGGGAAGGGUAGUCUUUUGUCUUCAGCUAAGUAGUUUACUGACCAUUUUCUUCUGGAAACAAUAACAUGUCUCUAAGCAUUGUUUCUUGUGUUGUGUGACAUUCAAAUGUCAUUUUUUUGAAUGAAAAAUACUUUCCCCUUUGUGUUUUGGCAGGUUUUGUAACUAUUUAUGAAGAAAUAUUUUAGCUGAGUACUAUAUAAUUUACAAUCUUAAGAAAUUAUCAAGUUGGAACCAAGAAAUAGCAAGGAAAUGUACAAUUUUAUCUUCUGGCAAAGGGACAUCAUUCCUGUAUUAUAGUGUAUGUAAAUGCACCCUGUAAAUGUUACUUUCCAUUAAAUAUGGGAGGGGGACUCAAAUUUCAGAAAAGCUACCAAGUCUUGAGUGCUUUGUAGCCUAUGUUGCAUGUAGCGGACUUUAACUGCUCCAAGGAGUUGUGCAAACUUUUCAUUCCAUAACAGUCUUUUCACAUUGGAUUUUAAACAAAGUGGCUCUGGGUUAUAAGAUGUCAUUCUCUAUAUGGCACUUUAAAGGAAGAAAAGAUAUGUUUCUCAUUCUAAAAUAUGCAUUAUAAUUUAGCAGUCCCAUUUGUGAUUUUGCAUAUUUUUAAAAGUACUUUUAAAGAAGAGCAAUUUCCCUUUAAAAAUGUGAUGGCUCAGUACCAUGUCAUGUUGCCUCCUCUGGGCGCUGUAAGUUAAGCUCUACAUAGAUUAAAUUGGAGAAACGUGUUAAUUGUGUGGAAUGAAAAAAUACAUAUAUUUUUGGAAAAGCAUGAUCAUGCUUGUCUAGAACACAAGGUAUGGUAUAUACAAUUUGCAGUGCAGUGGGCAGAAUACUUCUCACAGCUCAAAGAUAACAGUGAUCACAUUCAUUCCAUAGGUAGCUUUACGUGUGGCUACAACAAAUUUUACUAGCUUUUUCAUUGUCUUUCCAUGAAACGAAGUUGAGAAAAUGAUUUUCCCUUUGCAGGUUGCACACAGUUUUGUUUAUGCAUUUCCUUAAAAUUAAUUGUAGACUCCAGGAUACAAACCAUAGUAGGCAAUACAAUUUUAGAAUGUAAUAUAUAGAGGUAUAUUUAGCCUCUUUUAGAAGUCAGUGGAUUGAAUGUCUUUUUAUUUUAAAUUUUACAUUCAUUAAGGUGCCUCGUUUUUGACUUUGUCCAUUAACAUUUAUCCAUAUGCCUUUGCAAUAACUAGAUUGUGAAAAGCUAACAAGUGUUGUAACAAUAAUCCAUUGUUUGAGGUGCUUGCAGUUGUCUUAAAAAUUAAAGUGUUUUGGUUUUUUUUUUUCCAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1068.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1141.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 725.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((((((.(....((((((.((..(((.(..(((((((.(((((((....(((((..(((((((((.(((.((((..(.(((((....(((((.((....).).)))))........)))))).)))).)))((((((...)))))).(((.(((((.......).)))))))....((......)).........((((.((((.........)))))))).((((......)))).........)))))).......)))..))))).........))))))).)))))))..).)))...)).))).)))....).)).((((((((((.((...((.(..(((.(((.((......))...))).)))(((....))).(((..(.....)..)))).))....))))))))))))......((((((....)))))).(((((..((((((..........((((((..(((((.(((((((((((((((.(((((((.(((((((((.((.(((.((((((((((((..((((((((((((((((((((((((..((...(((..(((((((((.(.((((((((((((.....((((((....(((.((.(((.((((((((....((((((.......((.(((((((.((((..........(((((((((((.((((((((.........))))))))...)))))).)))))..))))))))))).))....(((((((......)))).)))...(((((((........((((.((((......)))).))))))).))))...)))))))))))))).........(((((...((((((((((..((((.(((...........))).))))))))))))))))))).(((((((((....((((((((((((((...))))).....(((((((((.((((((((..(((.(((((.((((((...))).))).)))))..)))..))))...........................(((.........)))...((.....))........)))).)))))))))..................(((.....))).............................))))))))).((.(((........))).))......(((((((.((......)).............((((((((((((((....((((...))))....((((.((((...((((((..(((..........((((...((.....))....((((......))))....((((....))))((((.((((..............(((((.(((......)))...)).)))(((((((.((((((((((((.......)))..((((...(((..((((..........(((((((...........(((((((.(((((..(((.(((((((.((.(((.....(.((.(((.....(((((((((.(((((..(((((..(((.((((((.....(((..............))).....)))))))))))))).......((.((((.((((((((((((((((..(((((.(((((..((((((..(((.(.((((((((((.....(.(((....((((.((.(((........))).(((((......))))).)))))).((.(((((..(((((.....)))))..))))))).))).).....))))).)))))).)))..)))))).)))))...................((((((((((((......((((.(((((......))))).))))......)))))....)))))))..(((((...............)))))(((((.....)))))..((((((((((..((.((((((((...))))....))))))..))))........))))))..)))))))))))))).......))))))))))).))..............))))))))))))))....))).)))...))).)).)))).))).)))..)))))))))))).))))))).((((((.......))))))..)))).))).)))).(((((.((((((.(((((.....((.(((((((((..((..(((....(((((((...(((((((..(((((......((.((((..((((((((.((((((((...........((((((((((....)))....(((...(((((.(((((.......))))).)))))...))).....((((........))))(((......)))(((.....)))((((...(((((((..((((((((((.(((.((.(((.....(((((((.(........).)))))))...((((....))))....)))....)).)))))))))))))..))))))))))).....((((((..(((((((((.((.((((.(((((....))))).......(((((.(..(((((........)))))..).))))).......((((((....))))))(((((((..........)))))))....))))..)))))))))))))))))........))))))).(((..(((((((.(........))))))))..)))))))))))............(((((.....)))))...))))))))..))))))......)))))(((((((((((....))))))..)))))......((((((((.....))))))))((.((((((((((.((.....))...)))).)))))).)).((((((....))))))((.(((((.......))))).)).....)))))))...))))))).)))...))..)))))).))).))........))))).))))))))))).......))))))))).))))))).(((((((((....((((((((((...((((.........(((...........))).........))))....)))))))))).......)))))))))....)))).))))))))..........)))))))))))))))))..))))))))))))))((((((((((((....(((((((((.((((..((......))..)))))))))))))........((((.((((((((((((.((((((....)))))).)))))))......)))))))))....))))))))))))..)))))))....))))))))).))).)).)))..))))))....)))).)))).)))).))))..)))))))))....))..)))))).))))..))))))))..........)))))).............))))))).))))).))).))))))))).......(((((((...(((((((.(((((..(((...((.......))..)))..)))))..))))))))))))))......((((((.......))))))......)).))))))).(((((((...((((...))))....)))))))...)))))))))(((..((........))..)))...))))))...).))))..))))))...(((((....(((........)))...)))))...))))))...)))))((((..((((........)))).))))......))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((((((,(.,..((((((.((..(((.(..(((((((.(((((((....,,,,{((((((....{.{,,.,,,|....|||||}{{(((,((((({...,.|{|||,,{{{{,,{{||||||{|},,.,))||||||.}}))},))}}...|}}}|}...,,|{{||}|||...,,{,......}}.........{((,{((((.........)))))))).{{{{.....,))}}....,}}.}))))}).....}})))}.))))).........))))))).)))))))..).)))...)).))).)))....,.}}.((((((((((,((...{(.,..(((.(((.((......))...))).))),((....}}),|{{.,(.....,..)})),)).,,.}}))))))))))....,.((((((....)))))),(((((..((((((..,,,,,,.,(((({{..(((((.(((((((((((((((.(((((((.(({((((((.((.(((.((((((((((((.,{((,{{((((({{{{||||||{{{.{((,..{||..{(((((,{(,{.((((((((((({.....{{((({....(((,({.{,{.((((((((....((((((.......((.(((((((,((((.........,(((((((((((.((((((((.......,.))))))))...)))))).))))).,)}))))))))).))....(((((((......))))},))...{((((((........((((.((((......)))).))))))).)))}...)))))))))))))),|,,.....{{(({..,((((((((((..((((.{((..,........))}.)))))))))))))))))}}.(((((((((....((((((((((((((...))))).....(((((((((.((((((((..(((.(((((.((((((...)))}})).)))))..)))..))))......,,,..........,,......((,.........|||..........,}..,,,...)))).)))))))))...............,..(((.....))).........................}}..))))))))).((.(((........))).))......(((((((.,{......}}.............{(((((((((((((....((((...))))....(((,,((((...((((((..(((,,,,,{,,,,,{,{.,,((,....,.....((((......}}}}....{{((....)))|((,,,{{(,...,,.,,..}},.{{(((.(((......)))...}),,}}(((((((.(((((((((,{{..,,,..,}),,((((...(((..((((..........(((((((...........(((((((((((((..(((.(((((((.((,(((.....{.((.(((.....(((((((({,(((((.(((((((....))))))),,...,||.,(({(,,,,.((((((...,.((((((...((({...(((...((((((.(((((((((((((((({((((({.{((((,.((((((..(((.(.((((((((((.....,.(((....((((.((.(((........))).(((((......))))).)))))).{{.(((((..(((((.....)))))..))))),,.))).,...},)))))},))))}.)))..)))))).}))}}...................((((((((((({...{{((({(.(((((......))))).)}).,}).}})))))....)))))))||||{||,},.}}}}))))..,))}||(((({.....,,)))}))}},.,))))))).)))))).}..})).}))})))))),...)))))}.}}.,,)))),,..,,,..,((({{({,......}))))))}.....................))))))))))))))....))).))}...))).)),)))).))).)))..)))))))))))).))))))).((((((.......))))))..)))).))).)))).(((((.((((((.(((((.,,,.{{,(((((((((..((..(((....(((((((...(((((({,,(((((......((.((((..((((((((.((((((((.........,.(((((((({{{,{,|||...)|||,..(((((.(((((.......))))).)))))...}}}.....{(((........))}}(((,....,)))(((.....)))((((,,,{((((({..((((((((({,(((,((.{({.,{{.(({((((,(,,......}.}}})))),.,})..}..,)),,....)}}....},.))))))))))))),,))))))})))).....((((((..(((((((((,((.((((.,((((....))))},,.....(((((.(..(((((........)))))..).))))}......,{(((({....)))))}(((((((..........)))))))....))))..)))))))))))))))))......,)))))))).{((..(((((((.(........))))))))..))))))))))).,,,,,.{{,..,,,,|}}...)))))...))))))))..))))}}......}}}}},{{{,((((((....)))))).|})))}..,,..((((((((.....)))))))){{,||(({{{{{{.,|....,||.,.|||}.}))})),)).{(((((....)))))}{{.(((((.......))))).}}..}}})))))))...))))))).)))...))..)))))),))}.)},,......))))).))))))))))).......))))))))).))))))).((((,,{{|,||,,.{{{..,.}})))}.}))}{(((((((((,,{,{{....{{{,......))))}),..)))))))))}........}||||||||..,,}}},.))),)))),,,,.,,,..)))))))))))))))))..)))))))))))))}((((((((((((....(((((((({{((((..((......))..)))))))))))))........{{{(,{{{.,(((((((.((((((....)))))).))))))}......))))},,,}...,))))))))))))..))))))).,,.))))))))).}}}.,,.},,..}}}))}....)))),}))).)))).},))..))))))))}...,)}.,})}}}},|||||{|||||}|}.,,,|.|,,,},.}}}}}}},,}}},,..)))))))}}}))).))).))))))))}..,....(((((((...(((((((.(((((..(((...((.......))..)))..)))))..)))))))))))))).,,.,.((((((.......))))))......)).))))))).(((((((...(({,...,)))....)))))))...))))))))){{{..{{,|...,}.,}..)))...)))))}...}|,}||,,|||}}}..,||{{{....,{{,....,,}}}},..}}}}}...))))))...))))){{||..|||{........}}},.})))},,...))))))))))))))...
Back