Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350804.2
Sequence Length
2330 nt
GC Content
0.5841
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGGAGACAUGAGGAGGCAGGGAUGUGAGGGGCGGGGGACAGGACAGCCGGCCUUCCGUUAAAUAUCUGCUCCUCGCGCUCGAGCCUCCCUGCCUAUUGUCGGGGCCGGAGGCGAGCCGACGCAGCAUCAGCUCGUCAACGGGAAGGAAGAUGCCUCCCUGCACGCCCGCCGCGCACAGAGCAUAAAGAAUCUGCGCUGAGGAGGCAGGAGAAGAAAGCCGGAGCGGUGCCGCUGGCCUGUGGCUUCUGCAGGGACAAGUAGUGGCUGUGGCCGGGAGGCGUUCGGCAGCUGUGCUUCAGCCCCGGCCCCAGCUUCAGCUCUUCGAGUUGCUGGCUUCUCUAAGGCCUGUCCUGAAGUGGCCUGGAGACUGCUGAGUUACUUCUGGAAUCUGCACCGUGAAAGUGAAACCUGGACCAUGAUGUGAGGCUGAAUCUAUCUACCGCCGGGGAGCCAGAAGAUGGAGGAAGCUGUACCGUGCCAACGGCCACCUCUUCCAAGCCAAGCGCUUUAACAGGAGAGCGUACUGCGGUCAGUGCAGCGAGAGGAUAUGGGGCCUCGCGAGGCAAGGCUACAGGUGCAUCAACUGCAAACUGCUGGUCCAUAAGCGCUGCCACGGCCUCGUCCCGCUGACCUGCAGGAAGCAUAUGGAUUCUGUCAUGCCUUCCCAAGAGCCUCCAGUAGACGACAAGAACGAGGACGCCGACCUUCCUUCCGAGGAGACAGAUGGAAUUGCUUACAUUUCCUCAUCCCGGAAGCAUGACAGCAUUAAAGACGACUCGGAGGACCUUAAGCCAGUUAUCGAUGGGAUGGAUGGAAUCAAAAUCUCUCAGGGGCUUGGGCUGCAGGACUUUGACCUAAUCAGAGUCAUCGGGCGCGGGAGCUACGCCAAGGUUCUCCUGGUGCGGUUGAAGAAGAAUGACCAAAUUUACGCCAUGAAAGUGGUGAAGAAAGAGCUGGUGCAUGAUGACGAGGAUAUUGACUGGGUACAGACAGAGAAGCACGUGUUUGAGCAGGCAUCCAGCAACCCCUUCCUGGUCGGAUUACACUCCUGCUUCCAGACGACAAGUCGCCUCCGGCGCCUCUCUCCCUGCAGGUUGUUCCUGGUCAUUGAGUACGUCAACGGCGGGGACCUGAUGUUCCACAUGCAGAGGCAGAGGAAGCUCCCUGAGGAGCACGCCAGGUUCUACGCGGCCGAGAUCUGCAUCGCCCUCAACUUCCUGCACGAGAGGGGGAUCAUCUACAGGGACCUGAAGCUGGACAACGUCCUCCUGGAUGCGGACGGGCACAUCAAGCUCACAGACUACGGCAUGUGCAAGGAAGGCCUGGGCCCUGGUGACACAACGAGCACUUUCUGCGGAACCCCGAAUUACAUCGCCCCCGAAAUCCUGCGGGGAGAGGAGUACGGGUUCAGCGUGGACUGGUGGGCGCUGGGAGUCCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCCGGGCGCUCCCCGUUCGACAUCAUCACCGACAACCCGGACAUGAACACAGAGGACUACCUUUUCCAAGUGAUCCUGGAGAAGCCCAUCCGGAUCCCCCGGUUCCUGUCCGUCAAAGCCUCCCAUGUUUUAAAAGGAUUUUUAAAUAAGGACCCCAAAGAGAGGCUCGGCUGCCGGCCACAGACUGGAUUUUCUGACAUCAAGUCCCACGCGUUCUUCCGCAGCAUAGACUGGGACUUGCUGGAGAAGAAGCAGGCGCUCCCUCCAUUCCAGCCACAGAUCACAGACGACUACGGUCUGGACAACUUUGACACACAGUUCACCAGCGAGCCCGUGCAGCUGACCCCAGACGAUGAGGAUGCCAUAAAGAGGAUCGACCAGUCAGAGUUCGAAGGCUUUGAGUAUAUCAACCCAUUAUUGCUGUCCACCGAGGAGUCGGUGUGAGGCCGCGUGCGUCUCUGUCGUGGACACGCGUGAUUGACCCUUUAACUGUAUCCUUAACCACCGCAUAUGCAUGCCAGGCUGGGCACGGCUCCGAGGGCGGCCAGGGACAGACGCUUGCGCCGAGACCGCAGAGGGAAGCGUCAGCGGGCGCUGCUGGGAGCAGAACAGUCCCUCACACCUGGGCCCGGGCAGGCCAGCUUCGUGCUGGAGGAACUUGCUGCUGUGCCUGCGUCGCGGCGGAUCCGCGGGGACCCUGCCGAGGGGGCUGUCAUGCGGUUUCCAAGGUGCACAUUUUCCACGGAAACAGAACUCGAUGCACUGACCUGCUCCGCCAGGAAAGUGAGCGUGUAGCGUCCUGAGGAAUAAAAUGUUCCGAUGAUGUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-902.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 535.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..(((.((..((((.((.((((((((((...)))))(((.(((((....(((((((((((((.((..((((((((((.((((.....(((....))).......)))).))))))).)))..)).)))))))))...((.((((((((.(((((((.((((.(((....))))))).((((.......((((((((((.((.(((..(((((((.((((..........)))).)).......(((((((..(...(((..((((....)))))))...)..)))))))...........))))).))))).))))))))))......))))))))..))))))))))).))..(((((((((.(....((((((((((((.((((...........)))))))))(((....)))(((((((((........))).).)))))...(((((.....((((.((.......)))))).....))))))))))))....).)))).)))))..((((....))))...))))))))).)))..(((((((......))))))).....((((((((((.((((((((..(((.((((((.((((((((((.((((((.(((....(((...((((.((((....((((.....(((....)))..)))))))).))))...))).))).).)))))...))))).......)))))..((.....)).....))))).).)))....))))((((.(((((.....((((.((....)).)))))).))))))).((((((((((........((.((.(((((((......((((((.(((..((..((((((..(((....((((.((((((...(((((((((((((((((.....)))))))).((((.((((((((((..((..((((((((.....((.(((((.....((((((((......((((((....))))))........((....)).....(((.((((..(((.((((((.((((((..........)))))).......))))))))).....)))).)))(((..(((..(((((....(((.((...(.((((...))))).)))))....))))).)))))))))))))).......))))).))))))))))....((((...(((....)))..))))(((((....)))))..))..)))))).)))).))))...)))))..)))).....))))))...))))....)))))))))......))))))))))).....))))))).))...))..((((((((.((.((.......((.(((((((.((..((...((((((((((.((((........(((.((((((((((..(((((.......((..(((((........))))).))...((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((..(((((((..((((((.....)))))).))))))).(((......)))....)))))..)))))))..((((((((........)))))))))))).((((.....))))...(((((((.((.((((((((.(..(((((((....)))))))..)))..........))))))....)).)))..)))).(((..((((((..((.(((((((((.(((......))).........))))))))).)).))))))..))))))))........(((((((..((.((......))))..)).))))).........))).))))))))..))))))))))))(((((..(((((....(((((((((..(((((.((.((((..(.((((((((....)))))))).)................(((.((((((((....)))))).)))))((((((.(((.(......)))).)))))).)))))))))))...))))))))).((...((((....))))..)))))))..))))).)).)))((((((((........)))).))))...)))))))))).((((((....)))))))))((((.........))))...)))).))))))))))...)).))..))))))).))......)))).))))))))(.((((((.....)))))).).((((....)))).)))))))))).((((((..((..........))..))))))....)))).)))))))))).))))).)).))))..)))))..)))))(((....((((((...))))))...)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..(((.((..((((.((.((((((((((...)))))(((.(((((....(((((((((((((.((..((((((((((.((((.....(((....))).......)))).))))))).)))..)).)))))))))...((.((((((((.(((((((.((((.(((....))))))).,{(({..{{..,{{{|||{|{.((.((({.{((((((.((((.,........)})),}),|.,,.,||{||{{..,...((({,{{{{.,,,|,|||||{..|,,||}||||........,},)})))})}))),))}}))))))},}}..)})))))},.))))))))))).))..(((((((((.(.,..(((((((((((,,((((...........)))))))))|{{....}}|(((((((((........))).)}}})))}..(((((.....((((.((.......)))))).....)))))}))))))....).)))),,))))..((((....))))...))))))))).)))..(((((((......))))))).....((((((((((.(((({(({..(((.((((((.((((((((((.((((({.{((,...(((...((((.((((....{(((..{,.,{{,,..)))..}))))))).))))...))).})),),)))))...))))).......)))))..,,.....,,.....))))).).)))..,,))}|((((.(((,,..,,.((((.((....)).)))))).))))))),((((((((((........({.{(,(((((((......((((((.((,..{{,.(((((({..((....((((,((((((...(((((((((((((((((.....)))))))).((((.((((((((({.{(((,{((....)))})}|,{((((,.....,,|||||...,{{.((((((....)))))).,},..{{((.{{{(|..,.{(((.((((..{((.((((({.({{,{{,.,,.,,...|}))}|..|,,,.}})))))}}.....)))),)))||,..,}}}.|||))}},..(({.....|}|{{{..,}))}|||||}|,,|||||||,,}}||||}|||,|||{.....))))}}))||||}||||.,,{{{{.,.{{{.,..)))}.))},(((((....))))).,)}},)))))).)))).))))...)))))..)))).....}}))))...)))),,..))))))))},.,...})})})))))).....))))))).}),,,}}..((((((((.{.{((.......({.(((((((.((..((...((((((((((.((((........{{{.((((((((((..(((((.......{(.,(((((........))))).),,,.((((((((((.((((((((((((((((,,,(({(((((((.(((((..(((((((..((((((.....)))))).))))))).(((......)))....}))))..))))))).)){((((((.,....,.))))))}))))}}||||..,..)})),.,,{{{,,(({{{(({{((((.({{(({((({....}))})))}}.))..........)}|||},(({,.}})))).{{{{{{{..{{.((({..(,(((((((((.(((......}}}.,....,..))))))))|{(((({,,{,{((....))).,,)}...}})))},..,|}|,.}}}}.}}...,))))))},...,}}}}}),}.))))))))..))))))))))))(((((..(((((....(((((((((..{((((.((.((((..{.((((((({....}))))))).}................(((.((((((((....)))))).},}))((((((.(((||....,.)))).)))))).))))))))))}...))))))))).|,.,,((((....))))..)))))))..))))).)).)))((((((((........)))).))))...)))))))))).{(((((....))))))}}}((({.|......}))))...)))).))))))))))...)).))..))))))).})......)))}.)))))))){.{({(((,,,.,}}})}},),{||{,,,,,))},)))))))))).((((((..((..........))..))))))....)))).)))))))))).))))).)).))))..)))))..))))),((,...((((({...})))))...}},..,,..
Back