Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001350806.2
Sequence Length
2294 nt
GC Content
0.5841
AGCUGCUGGCUACAGCUUCCCGGGGGAGCCGGGUACCACCCGGGCCUGGAGACAUGAGGAGGCAGGGAUGUGAGGGGCGGGGGACAGGACAGCCGGCCUUCCGUUAAAUAUCUGCUCCUCGCGCUCGAGCCUCCCUGCCUAUUGUCGGGGCCGGAGGCGAGCCGACGCAGCAUCAGCUCGUCAACGGGAAGGAAGAUGCCUCCCUGCACGCCCGCCGCGCACAGAGCAUAAAGAAUCUGCGCUGAGGAGGCAGGAGAAGAAAGCCGAAUCUAUCUACCGCCGGGGAGCCAGAAGAUGGAGGAAGCUGUACCGUGCCAACGGCCACCUCUUCCAAGCCAAGCGCUUUAACAGGAGAGCGUACUGCGGUCAGUGCAGCGAGAGGAUAUGGGGCCUCGCGAGGCAAGGCUACAGGUGCAUCAACUGCAAACUGCUGGUCCAUAAGCGCUGCCACGGCCUCGUCCCGCUGACCUGCAGGAAGCAUAUGGAUUCUGUCAUGCCUUCCCAAGAGCCUCCAGUAGACGACAAGAACGAGGACGCCGACCUUCCUUCCGAGGAGACAGAUGGAAGUAGGCGCUGCUUUCUUCCGGCCGGGUAGAGCCUGGGCAUCACCUCACCCUGCUCACCUCUGCCUUCUAGCCACGAGUCCUUUCUCAGUCCCAUCUGCUCUGCAGGGGUCAUUGUCUUCAAGCCUGGCCACCCUUCCCUGGGGCUGGGGAUGAGGCUCUCCAGGGCCUCCUCUCAAUCCCCGGCAGAGAUGAGCAGGUUGCUUACAUUUCCUCAUCCCGGAAGCAUGACAGCAUUAAAGACGACUCGGAGGACCUUAAGCCAGUUAUCGAUGGGAUGGAUGGAAUCAAAAUCUCUCAGGGGCUUGGGCUGCAGGACUUUGACCUAAUCAGAGUCAUCGGGCGCGGGAGCUACGCCAAGGUUCUCCUGGUGCGGUUGAAGAAGAAUGACCAAAUUUACGCCAUGAAAGUGGUGAAGAAAGAGCUGGUGCAUGAUGACGAGGAUAUUGACUGGGUACAGACAGAGAAGCACGUGUUUGAGCAGGCAUCCAGCAACCCCUUCCUGGUCGGAUUACACUCCUGCUUCCAGACGACAAGUCGGUUGUUCCUGGUCAUUGAGUACGUCAACGGCGGGGACCUGAUGUUCCACAUGCAGAGGCAGAGGAAGCUCCCUGAGGAGCACGCCAGGUUCUACGCGGCCGAGAUCUGCAUCGCCCUCAACUUCCUGCACGAGAGGGGGAUCAUCUACAGGGACCUGAAGCUGGACAACGUCCUCCUGGAUGCGGACGGGCACAUCAAGCUCACAGACUACGGCAUGUGCAAGGAAGGCCUGGGCCCUGGUGACACAACGAGCACUUUCUGCGGAACCCCGAAUUACAUCGCCCCCGAAAUCCUGCGGGGAGAGGAGUACGGGUUCAGCGUGGACUGGUGGGCGCUGGGAGUCCUCAUGUUUGAGAUGAUGGCCGGGCGCUCCCCGUUCGACAUCAUCACCGACAACCCGGACAUGAACACAGAGGACUACCUUUUCCAAGUGAUCCUGGAGAAGCCCAUCCGGAUCCCCCGGUUCCUGUCCGUCAAAGCCUCCCAUGUUUUAAAAGGAUUUUUAAAUAAGGACCCCAAAGAGAGGCUCGGCUGCCGGCCACAGACUGGAUUUUCUGACAUCAAGUCCCACGCGUUCUUCCGCAGCAUAGACUGGGACUUGCUGGAGAAGAAGCAGGCGCUCCCUCCAUUCCAGCCACAGAUCACAGACGACUACGGUCUGGACAACUUUGACACACAGUUCACCAGCGAGCCCGUGCAGCUGACCCCAGACGAUGAGGAUGCCAUAAAGAGGAUCGACCAGUCAGAGUUCGAAGGCUUUGAGUAUAUCAACCCAUUAUUGCUGUCCACCGAGGAGUCGGUGUGAGGCCGCGUGCGUCUCUGUCGUGGACACGCGUGAUUGACCCUUUAACUGUAUCCUUAACCACCGCAUAUGCAUGCCAGGCUGGGCACGGCUCCGAGGGCGGCCAGGGACAGACGCUUGCGCCGAGACCGCAGAGGGAAGCGUCAGCGGGCGCUGCUGGGAGCAGAACAGUCCCUCACACCUGGGCCCGGGCAGGCCAGCUUCGUGCUGGAGGAACUUGCUGCUGUGCCUGCGUCGCGGCGGAUCCGCGGGGACCCUGCCGAGGGGGCUGUCAUGCGGUUUCCAAGGUGCACAUUUUCCACGGAAACAGAACUCGAUGCACUGACCUGCUCCGCCAGGAAAGUGAGCGUGUAGCGUCCUGAGGAAUAAAAUGUUCCGAUGAUGUGGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-900.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -942.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 507.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((..(((.((..((((.((.((((((((((...)))))).(((.........))).(((..(((...(((((((.(((.((.(((((((....((((((((.....((((((((((((((((..((((((..((((.......)))).)))))))))).((((.(((....)))))))..((((.(((......))).))))...((((..((.((.((((..........)))).))))..).))).((((((((........))).))).))).))))))).)))).))))))))..))))).)))).))..).))).)))).)))..)))..(((((((......))))))).....((((((((((.((((.......(((((((((((.((.(((((.((((((.(((....(((...((((.((((....((((.....(((....)))..)))))))).))))...))).))).).)))))...)))))))((((..(((((((((......(((((.(.((.((((...(((((.((.(......).)).)))))..)))))).).))))).((((((.(((((((((((......(((((....(((..(((((((((..(((((....(((....(((((((....((((...))))((((((..(((((..(((((((((.(((......)))((((((((((((((((....)))))))......)))))))))(((((((((((...)))))....((((((((((((...(.(((((.((.((((.(.(........)..).))))))..))))))..))))))))..)))).....))))))....))).))))))..)))))..)))))).(((...(((((((.((((.((..((.(((((.((....))))))).(((((........))))).......((((((....)))))).....))..)).)))).)))))))...)))...)))))))....)))...((((((.((((((((.((((................)))).))))...))))...))))))..(((.....)))))))).((((.(((.((((.....)))).))).)))).(((((((...)))).)))))))))))).)))....)))))......))))))))))).))))))(((..((.(((.(((((..............))))).)))))))).........(((((((((.(..(((((....)))))..).(..((((((...(((..........)))))))))..)....((((((((((.((((........(((.((((((((((..(((((.......((..(((((........))))).))...((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((((..(((((((..((((((.....)))))).))))))).(((......)))....)))))..)))))))..((((((((........)))))))))))).((((.....))))...(((((((.((.((((((((.(..(((((((....)))))))..)))..........))))))....)).)))..)))).(((..((((((..((.(((((((((.(((......))).........))))))))).)).))))))..))))))))........(((((((..((.((......))))..)).))))).........))).))))))))..))))))))))))(((((..(((((....(((((((((..(((((.((.((((..(.((((((((....)))))))).)................(((.((((((((....)))))).)))))((((((.(((.(......)))).)))))).)))))))))))...))))))))).((...((((....))))..)))))))..))))).)).)))((((((((........)))).))))...)))))))))).((((((....)))))))))((((.........))))...)))).))))))))))...))))))))))))))))))..))))(((((((((....).))))))))...))))))).))))(((..(((((((((...)))))))))..)))......((((....)))).....)))).))))))))))..)))).)).))))..)))))..)))))(((....((((((...))))))...)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((..(((.((..((((.((.((((((((((...)))))}.(((.,.....,.))).(((..(((...(((((((,,,({{(.(((((((...{((((((((.....((((((((((({((((..((((((..((((.......)))).)))))))))).((((.(((....)))))))..,(((.{((......)))}))||,..,{({.{,((((.,{((..........))))})).).)).))).((((((((........))).))).)))})))))))},))).))))))))..))))).))}).))..).))).)))).)))..)))..(((((((......))))))).....((((((((((.((((.......(((((((((((.((.(((((.((((({.(({....(((...((((.((((....{(((..{{.,,{},..)))..}}}})))).))))...))).})),},}))))...)))))))((((..(((((((({......{((((.{.((.((((...(((((.((.{......).)).)))))..)))))).}.))))},((((((.(((((((((((......(((((....(((..((((((((({{{.((,,,,(({.,,{{|{|.{{{{{.,((((...))))|(((((((.((((({({(({((({.(((.,{{{{|||((((((((((((((((....)))))))......))))))))).{(({((((({...})))),,.,|((({(((((((...(.(((((.((.((((.{.{........}..,.))))))..))))))..)))))))}..))},.....,,},)))})))),..)))}},,,}|(((((({.....}))))))},{{{.((,((((((..{(.....,)}.)))))))),})})))))),..)))))))....,,.((((((....)))))).})},}}.|||,|||{.{((((((.((({.,,(({(({,{,.|,|.|.{.((((((.((((((((.((((.,..............)))).)))),..})))...))))))}.{{{,,|.,}))}))}},}))).))))))}.}},},|,,.}))).|||||,,,{,||,,,,},,))))))))))))).)))....))))).,....))))))))))).)))))),|{..{(.(((.(((((..............))))).))))}|||...,,...,|((((((((.{..(((((....}}}}).,},|}.((((((...(({..........}))))))))..}....((((((((((.((((........{{{.((((((((((..(((((.......{(.,(((((........))))).),,,.((((((((((.((((((((((((((((,,,(({(((((((.(((((..(((((((..((((((.....)))))).))))))).(((......)))....}))))..))))))).)){((((((.,....,.))))))}))))}}||||..,..)})),.,,{{{,,(({{{(({{((((.({{(({((({....}))})))}}.))..........)}|||},(({,.}})))).{{{{{{{..{{.((({..(,(((((((((.(((......}}}.,....,..))))))))|{(((({,,{,{((....))).,,)}...}})))},..,|}|,.}}}}.}}...,))))))},...,}}}}}),}.))))))))..))))))))))))(((((..(((((....(((((((((..{((((.((.((((..{.((((((({....}))))))).}................(((.((((((((....)))))).},}))((((((.(((||....,.)))).)))))).))))))))))}...))))))))).|,.,,((((....))))..)))))))..))))).)).)))((((((((........)))).))))...)))))))))).{(((((....))))))}}}((({.|......}))))...)))).))))))))))...))))))))))))))))))..))))(((((((({....).))))))))...))))))).)))}(((..(((((((((...)))))))))..)))......{{{{...,)))}.....)))).)))))))))).})))).)).))))..)))))..))))),((,...((((({...})))))...}},..,,..
Back