Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001350993.1

Sequence Length

2385 nt

GC Content

0.4809

UUCAGAAUCACGCCGGCCUCAUUCUACCGCUGCUCUCUCCUGGAUCUCGGCCACGGAUCUUUUGCUCGCGAAAGUUCCUCCGUCUAGCUGCACACAACGCUGCUGCAGGAAACCGAGGUAAGGGAUUUGCCGAGACUUAGCUCCACCACACUCCCCGAGGCCCCGCCCCUCCUCUCUGGCCCUCCCCUAGGCCCAGGUGUCUCGCGUUGCACGUGCAGUUGUUGUGGUUCUACGUCACGUGGUCCCGGAAGUUCAAGACAGACCCGCCUCAAACAUGGCGGCGCCCAGCGCGCGAGGACGUGAUCCGCUUCUGCUCCGGCUUGGAUUGUAGCCUUGACGAGGUCUGAGCGACCAUGGACCGGCCGGGGUUCGUGGCAGCGCUGGUGAGACAGGAUCUUGCUCUGUUGCCCAAGCUAGAGUGCAGGGCAGUGGCGUGAUCAUAGCUUACUGCAACCUCAAACUCCUGGGCCCAAGCUGGUGGGGUAGCAGGUGUUUCUGUUGACUUGAUAUUAUUUCCUCUGGAUACCAUUAAAACCAGGCUGCAGAGUCCCCAAGGAUUUAGUAAGGCUGGUGGUUUUCAUGGAAUAUAUGCUGGCGUUCCUUCUGCUGCUAUUGGAUCCUUUCCUAAUGCUGCUGCAUUUUUUAUCACCUAUGAAUAUGUGAAGUGGUUUUUGCAUGCUGAUUCAUCUUCAUAUUUGACACCUAUGAAACAUAUGUUGGCUGCCUCUGCUGGAGAAGUGGUUGCCUGCCUGAUUCGAGUUCCAUCUGAAGUGGUUAAGCAGAGGGCACAGGUAUCUGCUUCUACAAGAACAUUUCAGAUUUUCUCUAACAUCUUAUAUGAAGAGGGUAUCCAAGGGUUGUAUCGAGGCUAUAAAAGCACAGUUUUAAGAGAGAUUCCUUUUUCUUUGGUCCAGUUUCCCUUAUGGGAGUCCUUAAAAGCCCUCUGGUCCUGGAGGCAGGAUCAUGUGGUGGAUUCUUGGCAGUCAGCAGUCUGUGGAGCUUUUGCAGGUGGAUUUGCCGCUGCAGUCACCACCCCUCUAGACGUGGCAAAGACAAGAAUUACGCUGGCAAAGGCUGGCUCCAGCACUGCUGAUGGGAAUGUGCUCUCUGUCCUGCAUGGGGUCUGGCGGUCACAGGGGCUGGCAGGAUUAUUUGCAGGUGUCUUCCCUCGAAUGGCAGCCAUCAGUCUGGGAGGUUUCAUCUUUCUGGGGGCUUAUGACCGAACGCACAGCUUGCUGUUGGAAGUUGGCAGAAAGAGUCCUUGAAGCAGAGACAAGCCUCACCUCCACUUCUGUCAAGAGAGGGGCCUGCAGUGCAAACCCUCUUCCGCUGAGCAGCUGUCUGAACUAUAGGCCCCAGUGCUGAAGACCAGUUGUGCUAAGAUACCGGCAUGGAGAUUGUGCCAUCCGUGGUAUAGGCUGGCUGGUAUGAAGUCAUUGGCCUGUAUGCCAGAGAGCUAAGAGAAGAAAACGGGGUCUGUGGCGGUACUCUGAACAAUUUCCUCAGAACCUCUUAAUAAAUAAGUUUGGUAAUGCUGAGGCCAGGCCUUUUAGAGCUUUCAUUUGAUCUGUAUCUGAUCUUUCAUUUCCUGCCACCUGAUGGUGGAUUCAGCAGAAGGCAAGAUGGUUAUAAUUCUAAAAGAAUAGCUUGUUUGUUUGUUUGGGAAAAGGAGACUUGGGGAAGAGUUGUGUAUGUGGGUGUUUCUCCCCCUAGUUAAUUCCUGUUGUGUAAGGGUAGGCUUUGUUGAAAAAGAAAGAAAGAUUGAACUACAGGUGCAUAGCAAGCACUCUUUCUGGGUAACUAGGCUGCUGGUUUUAAUUACCCUCAGAUUUCACCCAUAAAAACGCACAAUUGUAUUAUUUUACAGAGAUGUGUCCAGCGCCCCCUGUGGUGUGUGAGAGAAAGCAGCUGCAACUCAAGUGACUAGGUGGGCCCAGCUGGCUUCGUGCAGGAGGGCACGGUGGGUGAGCCAUUCUCGCCAUUCUCAUGUCAGACUGAAAGGAGGGCCUGGGCCAGCUUUGAAAAGGCAGGAUGAAAUGGAAAGGUCACCACACUUAGGGAUUUUAGACCUUGACUAACAAGCUCCAGGUGUAGAAAAAUUCAAAACAAAAUGUCAGGAAUCUAGCAGUGUUGUCUGCCCUGGAGCAAACAAACAGUAUGUGAUUUUGCUUCGCCUAUUUUUUUUUUCUUUUUUGGGGGAAGAUAAUUAAAGGCAGAAUGACUGCGUUUGUAAAAGAAGGACCACCAACUAUACUGACAUUUAUAAAUGAACCUUUAUUAAAGACACUUCAAUGCCAUUUGUUAGACACUUCAAUAUUUUACAUGGUUUUCAAUGUACACUGUACCAAAAUUUCUAUAAAUAAAUAACUUUGUACAUAAAAGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-785.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -829.83

Frequency: 0.0000

Diversity: 606.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((((..(((((((((.....(((((((((((.((((..(((((((....(((.((((((....)))))).)))(((...((((.((.......)).))))..)))..)))))))..))))..((((((((......((((((((((((...)))((((((((((........))..........((((((((.((......(((....((((((.(((((((((..(((((((...(((..((....))..)))....(((((........))))).((((.((((((((((.((.....)))))).))((.(((((((...(((((...(((((((((...((..(((((((((......)))))))))..)).(((......)))))))))).)).)))))))))))).)))))).)))).))))))))))))))))..))))))....))))).))))))))......))))))))(((..((((((.(((...((((((((....((((.((((((((......(((((.((((.((((((....)))))).)).)).)))))..((((((((((((....((.((((.(((((((.(.((....(((.....))).(((((....))))).....((((.((....)).))))((.(((....(((((.((.(((((..(((....))).....))))).))))))).....))).)))).).))))).)).)))).))...))))(((....((((((((((((.(((((((..((....)).)))))))..)).....))))))))))...)))..........)))))))).))))))))))))..))))))))...))).)))))).)))..((((((((....))))))))((((((.((((((...((.((((..((....))..)))).))...)))))).))))))))))))))).))))))))((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((((....(((............)))))))))))...........)))).)))))))))..)).))).)))))))))((((..(......)..))))....)))))..))))))....)))))))))..))))..(((.((((((((.....(((((((((....(((((.(((..(((....(((((((...((....(((((...((..((.((((((.((.(((((((((...(((....)))....(((((((..(((.((((((..(((((.(...(((((((...(((...)))..)))))))..((...))((((.((((...((((((((..((((((....((((((((.(((...(((((((.((((........))))))..))))).)))))))))))....)).))))))))))))...)))).)))).).))))).....)))))..).))).)).)))))........((((((.(((.((((.....))))...)))....))))))((((((((((.....((((((((((((.((....(((....)))....((((((((....)))))...))).(((((((.(((((((.....(((((((.((((((.....)))))).)))))))..((((((((.((((.((((................)))).)))).))))...))))((((((((...((((.((((.((........)).))))......))))...))))))))..........(((((((((((((....)))))......)))))..)))..((((((((......(((((.(((((......)))))...)))))((((((((((((..(((...((((.....((....))..))))....)))))).))))...)))))...(((((......))))))))))))))))).))).))).)))))).)))))).))))))))))))))))))))))))).))..)))))).))...))....)))))))....((((((........)))))).......((((((((.(((((.........((((...(((.((....)).))).)))).)))))))))))))..((((((.(((.((.(((((((((.....(((.(((((((((.....))))))))).)))...))))))))).)))))))))))...)))))))..)))..))).)))))((((....))))...((((...)))).........)))))))))..))))))))))).........((.((((..(((((((..((.......................))..))))))))))).)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((((..(((((((((.....(((((((((((.((((..(((((((....(((.((((((....)))))).)))(((...((((.((.......)).))))..)))..)))))))..))))..((((((((......((((((((({{{...|}|((((((((,{.,......||.......,..((((((((.((.....(((({{.{((({((.((((((({,{,(((((((,|||{{|,|,,...|,..}}}.,,}(((((........))))),((,{,||||||{{((.,{,,,{|||||,|{((((.(((((((...(((((...({(((((((,,,((,.(((((((((......)))))))))..)),||{......}}}))))))),}}.)))))))))))).,,,,}}.)))),))))))}))))))))),,))))))}}...,.)).))))))))...,..)))))))){{{||({(({{,|||...((((((((....{(((.((((((((......(((((.((((.((((((....)))))).)),}).))))),{..{{{,{{((((.,,.((.((((.{{(((((,(.((....(((.....))).{((((....))))}.....{({,.{{||||.,.||||({,(((....{{{,|}|{.|||||.||||||..}}}....,}}}}}.}}}},)}.|||.|||.||}}.}.))))).)).}))).)).,,}))){||..,,((((((((((,{,(((((((..((....)).)))))))..,,.....))))))))))...|||,....{|....}})))))}))))))))))))..)))))))).,.}}}.})))}}.,,,..,(((((((....,,))))))|(({{{.(,(((({..,,}||||..||....,}..}}}|{||{{{|}}}}),))))))))))))))),))))))))((((((((((((.(((((((((((.((((..((((((((....({{............))}))))))))...........)))).)))))))))..)).))).)))))))))((((..(......)..}}}}....))))}..))))))....)))))))))..))))..{((.((((((((.....(((((((((....{((((.(((.,(((,,..((((((({{({{....(((((...,.,,((.((((((.{(.((((((((({((((({({.{{({...(((((((..(((.{(((((..{((((.{,..(((((((...(((...)))..)))))))..,{...}}((((.((((...((((((((..((((((....((((((({.(((...(((((((.((((........))))})..))))).)))})))))))....)).))))))))))))...)))).))))...}}})),....))))}.,}.))).)).)))))........((((((.(((.((((.....))))...)))....)))))),,(((({{,,.,,.}|||{{,{,{((({(({{,,{(({{{{{{.{(({,,.(((((....))))).,{{{{{(({{(((,{{,,{{({{,..{((({{,.||||||,,...)))))).}))))}}..{(((((((.((((.((((...,........,...)))).)))).)))}...)))),,|{||{{,..,|{{,||||}||},,...}}))}))))}}},..,)))}}})}}},,.))}).))))))))}(((({{{{({.,,,}}))}......,)))}.,}}...,,||||,.....,,((({,.(((((......)))))...)))))((((,(((((((.,(((.{{((((({,,{(({{{{{...||||.....,,,}}}))),.}})))}}}}|(((((......)))))},}||||||,....))}))).})))),.,,)).)})},,))),))))))))))))))))).))..)))))).))...}}....))))}}}...,|{{|||......,,))))},.......((((((((.(((((......,...{({...(((.((....)).))).,,)),)))))))))))))..((((((.(((.((.(((((((((.....(({,(((((((({.....))))))))).}},...))))))))).)))))))))))...}))}))}..}))..))}.})))},,,,....,|}}...|||}....,}},........)))))))))..))))))))))).........{{.{{{,..{((((((..((.......,,......,.......}}..))))))}.}}}.},.