Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351051.2
Sequence Length
3471 nt
GC Content
0.4336
GCGGUUGCCGUGGCAGCGCCGGCUCCAGGGAGGGCUGCUGGCGCCGGGCCGGGACCGCGGGGCCUGAGGCGGAGACCGGAGAGCCCGAGGCCCGGCCGGAGGCAGCUCGGGACAGGCUUGAGCGGCGGGGCGCGCUGCCCGGCCGGCGGGGAUGCGGGACCGGCUGCCAGACCUGACGGCGUGUAGGAAGAAUGAUGAUGGAGACACAGUUGUUGUGGUUGAGAAAGAUCAUUUCAUGGAUGAUUUCUUCCAUCAGGUGGAGGAGAUUAGAAACAGUAUUGAUAAAAUAACUCAAUAUGUUGAAGAAGUAAAGAAAAACCACAGCAUCAUUCUUUCUGCACCAAACCCGGAAGGAAAAAUAAAAGAAGAGCUUGAAGAUCUGAACAAAGAAAUCAAGAAAACUGCGAAUAAAAUUCGAGCCAAGUUAAAGGGGUGAAAUCAGCAAAAUGUGCAGUGUGGCAGGUUCUGUAGGACGAAUGACCUGGCUUCUCCAACCAAGGGAGCCAAAGCACAUUCUGGGUCACAGAUCAUGGAGGACAGAGAGGAUCAGCGUUGGACUCUCUCUCUCUCUGGUAUAAUUUUCAUAGCUAUUGAACAAAGUUUUGAUCAGGAUGAGAGUGGGAACCGGACUUCAGUGGAUCUUCGGAUACGAAGAACCCAGCAUUCGGUGCUGUCUCGGAAGUUUGUGGAAGCCAUGGCGGAGUACAAUGAGGCACAGACUCUGUUUCGGGAGCGGAGCAAAGGCCGCAUCCAGCGCCAGCUGGAGAUAACUGGGAGAACCACCACAGACGACGAGCUAGAAGAGAUGCUGGAGAGCGGGAAGCCAUCCAUCUUCACUUCCGACAUUAUAUCAGAUUCACAAAUUACUAGACAAGCUCUCAAUGAAAUCGAGUCACGUCACAAGGACAUCAUGAAGCUGGAGACCAGCAUCCGAGAGUUGCAUGAGAUGUUCAUGGACAUGGCUAUGUUUGUGGAGACUCAGGGUGAAAUGAUCAACAACAUAGAAAGAAAUGUUAUGAAUGCCACAGACUAUGUAGAACACGCUAAAGAAGAAACAAAAAAAGCUAUCAAAUAUCAGAGCAAGGCAAGAAGGAAAUUGAUGUUCAUUAUUAUUUGUGUAAUUGUUUUGCUUGUGAUCCUUGGAAUUAUCCUAGCAACAACAUUGUCCUAGCAACCAUAUCCCAAGAGCCAUUUAUCCUUGAGACUCAGACCACAUCUGCAACCAAAUCAGCAUCCUGUCAUUUCGUGAAUGAAUCUCAGACGCUGUAACCCGGCAUCGAGUGCUGACCUUGUAAUGUAUGAGUUCACGGAAGAAGCACAACCGAACGUCUUGUUCAGUGACAGCGCCGUAAGCACAGUGGGUGUGAUGCGUGACCCUGAAUGACACACUACAGAAUGUGAGCAGUGUGAGACUUCUCUCACUGGCCUUGAAAUAAGAAAAUAUUGAACAUUUUAAUAUUAAAAAUAUUUCAGUGUUAACAAAUGUGCAUGAAGUUUAAUUAGGAAGGAAUGCUUUAUGUUAUGAAGGCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUUUGUCAUCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCGGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGGGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUGUUUUCUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUUACCAUGCUGGCCAGGCUGGCCUCAAACUCCUGACCUUGUGAUCCACCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCGGGCAGGCUGUUCUGAAGCUUUUAGAUCUCAGGUCUAAGGCUUCCUUUCCCUCCCUCUCCCAGCUAGUUUGUGCUAAUUAAGAGACCUUUUAUACUGUUUUAUUGCCUGUUUGAAGAAAUAAUUUUUAUCACGUUUUUGUAAGAUAUCUAUAAUUUUAAAUGUUUAUAAAUUGUUUAAUUUAUUAGCAUCUUAAUGUACCCCAUUUUUAUAUACUGAAUGUGGCCUUUUGAGUGAAAUAGGAAGCUUCAUGGUGUUGGAGCCACCUUUGUACAGUUGUUUAAAGUUUCCCAUUGUCACGGAAAACAUUGGCUGCAAAGCCCCUCAAAGCCCUCAAGUGCCUUCUGUGAGUUUAAAUGUGCUGGUGCCCUCCAGAAAAGCCUCGGCCUCAGCUCCGUUUCCGCCUGUUCCCUCCCCCAGGAUAAUGAAUGGUUACUGCACUGUAAAGACCGUGGUCUCUUUUCACUAAAUAGGAGAUUCGAGUUUCCCAGUUUACAUGAAUGAAGUCUGAAUUUAAGACGGUGAUGAAACUGAGGUUCAGUACUCUCGGGACUCGAGGAAAUUAUUCCUGAGACAUGGAGUAAUUCUUACAAAUUUAAACUAUUGUACAGAUCCACAUACAUGUUGUUAAGUACCUAAUGUUUUGCUGAACUUUUAAAAGUUAAUUUCCAAAAUGUAUAGGGAUUCAUGAUAAUUAAACCUUUUUAUUGCUCAUUUUUUUAGUAGAAGAAUAUCACUUAUUUUUAGACUUGUAAAAUGUAUGAACUGGUGAGCGGACAUCUGUUAAGAGAGUCACUAGUCAGAAUGUUAAAGGAGUGCAUGCAGGAUGCCCCAAAUGUCGUGAACUCUUGUUACUCCUGUAUGUAGUAGUGUAAGCAUGUGACUUUUAACACCAUUUGGUUUGAAACUAAUGUAGAGAUGCCUGAUUCCAAACAGGUGUGGAGAAUAUUGAAUGGCUCAGAAGCCGCGUCCCUUACUUAACACAAUUCCGAAUCUCCCUCAUCCAUGAUGCGUCCAUUGGAUCACUCGCUGGUGGUCACUGUGUGGCAGUUACUAGGGGAAUUCUGCCUCUGACUGUUCUUUUUCUUUUGGUCUUUAAACACCCUGUCGUGGGAUGUGCUCACUGAUUUGUGGCUAUGUUGAAGGUAUCACUUGUCUUGAGGGUUUUCAAUAUUUCAGGAUCAUGCUGGUGGCAAAAGGACUCCACGCCUCUGUGGAAUCAUGUCCACAGGGGGACCUGCCUCCCGUGAUGUCCCACCUUUCCUUCAAGGUCUGUCAUAUGAGUCCUCCCCUUUUACAACACUUAUUAUGGUAUUUUUCAAGUUAUUCUUCUUAGAUUUGCAGUACCUACUGAAAUUUGUGUUUUUAUAGUUGAAGUUAGGAAAAUGCUAUUUGAUUUGUAUUUAGAUAUUUAAGUCACUUGUCCAAUGAUGUGUAUGUCUAAGCCUCAUGUACCGAUUUGAAGUCAGACUUAAAAAUGUAUUUACAGAUUCACUUGAGACUUUUUAAUCGGUUCUUCAAAUAUUUCAUGUUUACAUUAAAAAUUUCCAGAGAAGCAUAAAAGUAUUCACUUUCCUGCCUUGUCAUUUCUGGAAAGAUUUUGGGGAGAUAUUUUAUUGCAUAUUAAUUAAUAAAUUGUUCUACUAGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1023.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1092.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 944.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((.(.(.((((((((.((......))..))))))))..).))))))))))((((....((((((((((.((((((.(((((((....(.(((((..((((((((..((((.(((((((.((((.....)))).))))((((((((((.(((((((((......(((..(((.((((((((((((((((..((......))...(((((((((..((((.....)))).....(((((((((((((...)))))))))))))..((((.((((((.........))))))))))...............))))))))))))))))))))))))).....)))..)))................(((((...(((......)))..))))).......(((((...))))))))).........((((((....(((.......(((.(((..((.(((((((((...........((((((((........)))))))).....(((((.(((((((..(((((.((((..((((((..(((....))).)))))).))))((((((...((((((((..((((((((......)))))).)).))))))))....))))))..........((((((....))))))(((((((...(((((((((((((...((((((((...((..((((((((..............))))))))..))..((((........)))).((((((....))))))......(((.....)))))))))))..))))...((((.((.(.((((..((.....))..)))).).)).)))).............((((((...(((((.((...(((.(((.(((.....(((((.(.......)))).)).....(((((...)))))..(((.(.(((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((..(((((.((....((((........))))((((..(((....(((.((((.(.....((((...........................(((((((((((((((...(.((((.((((.....)))))))).)....))))))))))).))))....(((....)))))))..).)))).)))...)))..))))......))..)))))..))))))).))....)))))..............)))))...))))))))))))))..)))))).....))))))))))))).))).)))...)).)))))...))))))(((.(((.(((.((........))))).))).))))))))))))...))....))))))))))..))))))).))))).....))))))))).)).))).)))(((((((((((((..((((((((((((....(((((((((...))))))))).....)))))).((....))......(((((((((................)))))))))....))))))..............))))).)))))))))))...))))))(((((((.(((((((((.((.......))))))))).)).)))))))....)))))..)))..)).))))))))))))))))))))(((((((......(((....)))......)))))))............((((((.((((((.((((.((......))..(((((..(((..((.....(((.((((.(((.(((((.(((((..((((((((.....)).))))))......)).))).))))).)))))))..)))..((((((((.(((((...))))))))))))).....))..)))...)))))..)))).))))))..))))))....(((((.((((((((........(((.((((....)))).))).......))))))))..)))))..(((((((((.(((((((....))))))).))))).)))).(((((((((((..((.(((.(((...(((..((((((.(....(((..((((((......))))))...(((((.((....)).)))))(((((.........))))).....((((....))))))).....).)))))).)))))).))).))..))))).)..)))))))))).)....))))))).)))...)))))))))))))..))))(((...((((((((...((((((.((((...((((((((((((.(((((((.....((((((.(.((((...((((((((((((((.....(((((((((..((((..(((((((((...((((((...((((((..(..(((.(((((....)))))))).)..))))))..((((((((..........))))).)))...........(((((((.(..((((((((((((...(((((....)))))......)))))))).))))....).)))))))..))))))))))))))).((((((((...))))))))....))))..))))))))).....))))..))))))).)))))))).))))))))))))))))).(((((..(((((.....(.(((((((((((.(...(((..((.....))..)))...)))))))))))).)......))))).)))))(((((.(((....))))))))((....))....(((((((........)))))))((((((....((((((.(((((.((....(((((((..((((..................((((...)))).((((((.((((((((....))))))).).))).))).)))).))))))).....)).)))))))))))...)))))).)))))))).((((((......))).)))(((((......((((((.((.(((((((........(((((((((..........)))))))))......(((((......(((..((((((((((((((......))))))))))...........))))..))))))))...))))))).))..))))))))))).((((((...(((((...(((..((((((((((((......(((..(((((((((.((((....))))))))))).........))..)))....)))))))))))).))).)))))(((((((((....((((.........))))....)))))))))........(((((((.((((((...........(((....)))...........))))))..))))))).....((((((...)))))).....((((.((((((((((.(((..(((((....)))))..))).......))))))))))..)))))))))).........))))...))))))....))))))))....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((.(.(.((((((((.((.....,))..))))))))..).))))))))))((((....((((((((({{((((((.(((((((....(.(((((({((((((({..((({{((({(((.((((,...,)))).)))|((((((((((.((({{((((((((.,(((,.{((.((((((((((((((((,.{(....,,},..,(((((((((..{,,,.....||||.....(((((((((((((...)))))))))))))..((({,((((((.........))))))))))...............)))))))))))))))))))))))))....,|||..})}.........,,.,,..(((((...(((......)))..)))))...,{(,(((({...}}))},,((........}}|,||....,,{{,.....}))}}}.}}}||}(((((((((.......,...((((((((........))))))))...,,(((((.(((((((..((((({((((,.((((((..(({....}}).)))))),))))|(((((...((((((((..{{,{(((,{,,...,)))})})).))))))))....)))))}.......||.((((((....)))))){((((((.{,(((((((((((((...((((((((...((..{(((((((.,..{{...},..,)))))))}..,),.((((........)))).((((((....))))))......(((.....)))))))))))..)))|,,.((((,{{.,.((((..((.....))..))))})})).||||{{,..,.......{{({{,...,,,,,..{...|{{|{{{..,{.....||{{{.{,{..,..||}|.,|,,{{.(((((...}||||.||,||||{{{{((((((((({{((((((.(((({.{{({{(((((((.(((((((..(((((.{{...,((((........))))|{{{..{((....{{{.{{{{.,.....{((.................,|}...,....(((((((((((((((...,.{((.(((((.....)))))})).}....))))))))))).)))).,||((,....,,||||,..|.}}}}.))},,.)}}..}}}}......),..)))))..))))))).))}...}))))..,|,.........}}}}}.,,)}))))))))))))..,))))}},.}})),,,,})))),)})))})))).,}}})),}),},}}}}}|{{|,|||}{{|.,,.,,.{{{{},}}}}))).)))))))))))).,.))....))))))))))..))))))).))))).....))))))))){||,,(({.(((((((((((((({.,((({((((((((....(((((((({...})))))))).....)))))))},}}},,,....,,(((((((((....,,....,,....)))))))))..,.}))))),,,,,,,,..,,,.))))).)))))))))),)))))})..(((((((.(((((((((.((.......)))))))))},).))))))).))))))))..))}..)).)))))))))))))))))))|(((((((......(((....)))......))))))),.......,,.{{,.({....,}.}||||}{(({.....,,..{..(((({...})))).,,{((.((((.(((.(((((.((({{..((((((((.....}).)))))),,...,)).))).))))).)))))))..))}..((((({{{{(((((...))))))))))))).....,}}}},},}}{{(((..(((((.(({......(({{{.{{,,{{({(((,,,,,..,,{{,,{{{,{({{,..,}}}|,|||{{,,,.,||||||},..,,,,}..,|||{((({.{((((({....})))))).))))),||||.,,.,{,((({(,,,......)))}),)),...||}}|.,,,},|||..((((((......))))))..}}}.,,.||}},.}}..}),)}}}}......,(((((((..((({((((....,},,......}})}....))))..)))))))))).)))))..)))))))}))))).)....))))))).))}..,)))))))))))))..,)))|{({{{(((((,,,..,((((({.(((,..}||,,||||||(({(((((,,......,.|||||}||{..((((,(((((((((((.....(((((((((..((((..((((((({{,,,(((({{.|||,,{(((({..,||}|||,({{{{{|||,,,,....))))))}}},,{{{,,.........,||||}.,(((((..((((((.{(({{((.,...,{{.((((....)))).,,....},))}},...))}.))))))..))))}.,}}}}},},.}}}}}}}}}))))}}.{{(((((,...})))))}},...))))..))))))))).....)))),.})))))).))))|||{.|||,}}}}}))))))}}.{((((..{((((.....(.(((((((((((.,...(((..((.....))..)))...}))))))))))).)....,.))))).))))){((((.(((....)))})))),,{{{{{{{{{.((({,(({{{{{{..,|||||{((((,,....((((((.(((((.((.,..(((((((..((((........,.........(({{...))}}.({((({.{(((((((....))))))).}.})).))).)))).))))))).....)).)))))))))))...|||||{{|||||||,.((((((......))).)))((,(({.....,|||||.{(,(((((({.,{{,{,{{{{{{||{|,,,,,,,},,)})))))),,,.,,}}||}|}},}}}||}}}|}}}}||,,,||||}}}}.,}}}||}|||((,.....|||,,}})|||,},.{{{{{.,,,,,))}))..)))))||))),,,|||||...{{{{(...,{{..((((((((((((.,....{{(..({(((((((.((((....))))))))))).........))..)))..,.)))))))))))).}}}.})))},((((((((.,,.((((.........)))).,,.))))))))}...,,,|.(((((((.((((((..,........(((....)))........,..))))))..))))))).,...,,,.....})),)))}}}}}},,..((((((((((,(((..(((((....)))))..))).,.....)))))))))).}))))))))}|{,,.{{{{{||,|...,,}}))}}}}),))))}}....}},...
Back