Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351052.2
Sequence Length
3449 nt
GC Content
0.4366
GCGGUUGCCGUGGCAGCGCCGGCUCCAGGGAGGGCUGCUGGCGCCGGGCCGGGACCGCGGGGCCUGAGGCGGAGACCGGAGAGCCCGAGGCCCGGCCGGAGGCAGCUCGGGACAGGCUUGAGCGGCGGGGCGCGCUGCCCGGCCGGCGGGGAUGCGGGACCGGCUGCCAGACCUGACGGCGUGUAGGAAGAAUGAUGAUGGAGACACAGUUGUUGUGGUUGAGAAAGAUCAUUUCAUGGAUGAUUUCUUCCAUCAGGUGGAGGAGAUUAGAAACAGUAUUGAUAAAAUAACUCAAUAUGUUGAAGAAGUAAAGAAAAACCACAGCAUCAUUCUUUCUGCACCAAACCCGGAAGGAAAAAUAAAAGAAGAGCUUGAAGAUCUGAACAAAGAAAUCAAGAAAACUGCGAAUAAAAUUCGAGCCAAGUUAAAGGGUUUCAGAUGUGUGCAGAAGCAGAGAGAGGCGACCACAAGCCGACCCCCCAGCUCCACAGUUCUCCAUGAGCUCCCACCCGCACCCGCUCCCAGACUAUUCUGAAGCCCAUCCCAGGCAUCUGAGAUUUCAUCACUAUUGAACAAAGUUUUGAUCAGGAUGAGAGUGGGAACCGGACUUCAGUGGAUCUUCGGAUACGAAGAACCCAGCAUUCGGUGCUGUCUCGGAAGUUUGUGGAAGCCAUGGCGGAGUACAAUGAGGCACAGACUCUGUUUCGGGAGCGGAGCAAAGGCCGCAUCCAGCGCCAGCUGGAGAUAACUGGGAGAACCACCACAGACGACGAGCUAGAAGAGAUGCUGGAGAGCGGGAAGCCAUCCAUCUUCACUUCCGACAUUAUAUCAGAUUCACAAAUUACUAGACAAGCUCUCAAUGAAAUCGAGUCACGUCACAAGGACAUCAUGAAGCUGGAGACCAGCAUCCGAGAGUUGCAUGAGAUGUUCAUGGACAUGGCUAUGUUUGUGGAGACUCAGGGUGAAAUGAUCAACAACAUAGAAAGAAAUGUUAUGAAUGCCACAGACUAUGUAGAACACGCUAAAGAAGAAACAAAAAAAGCUAUCAAAUAUCAGAGCAAGGCAAGAAGGAAAUUGAUGUUCAUUAUUAUUUGUGUAAUUGUUUUGCUUGUGAUCCUUGGAAUUAUCCUAGCAACAACAUUGUCCUAGCAACCAUAUCCCAAGAGCCAUUUAUCCUUGAGACUCAGACCACAUCUGCAACCAAAUCAGCAUCCUGUCAUUUCGUGAAUGAAUCUCAGACGCUGUAACCCGGCAUCGAGUGCUGACCUUGUAAUGUAUGAGUUCACGGAAGAAGCACAACCGAACGUCUUGUUCAGUGACAGCGCCGUAAGCACAGUGGGUGUGAUGCGUGACCCUGAAUGACACACUACAGAAUGUGAGCAGUGUGAGACUUCUCUCACUGGCCUUGAAAUAAGAAAAUAUUGAACAUUUUAAUAUUAAAAAUAUUUCAGUGUUAACAAAUGUGCAUGAAGUUUAAUUAGGAAGGAAUGCUUUAUGUUAUGAAGGCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCGCUUUGUCAUCCAGGCUGGAGUGCAGUGGUGCGAUCUCAGCUCACUGCAACCUCGGCCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGAUUACAGGCAUGGGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUUGUGUUUUCUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUUACCAUGCUGGCCAGGCUGGCCUCAAACUCCUGACCUUGUGAUCCACCCACCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGUCACCGGGCAGGCUGUUCUGAAGCUUUUAGAUCUCAGGUCUAAGGCUUCCUUUCCCUCCCUCUCCCAGCUAGUUUGUGCUAAUUAAGAGACCUUUUAUACUGUUUUAUUGCCUGUUUGAAGAAAUAAUUUUUAUCACGUUUUUGUAAGAUAUCUAUAAUUUUAAAUGUUUAUAAAUUGUUUAAUUUAUUAGCAUCUUAAUGUACCCCAUUUUUAUAUACUGAAUGUGGCCUUUUGAGUGAAAUAGGAAGCUUCAUGGUGUUGGAGCCACCUUUGUACAGUUGUUUAAAGUUUCCCAUUGUCACGGAAAACAUUGGCUGCAAAGCCCCUCAAAGCCCUCAAGUGCCUUCUGUGAGUUUAAAUGUGCUGGUGCCCUCCAGAAAAGCCUCGGCCUCAGCUCCGUUUCCGCCUGUUCCCUCCCCCAGGAUAAUGAAUGGUUACUGCACUGUAAAGACCGUGGUCUCUUUUCACUAAAUAGGAGAUUCGAGUUUCCCAGUUUACAUGAAUGAAGUCUGAAUUUAAGACGGUGAUGAAACUGAGGUUCAGUACUCUCGGGACUCGAGGAAAUUAUUCCUGAGACAUGGAGUAAUUCUUACAAAUUUAAACUAUUGUACAGAUCCACAUACAUGUUGUUAAGUACCUAAUGUUUUGCUGAACUUUUAAAAGUUAAUUUCCAAAAUGUAUAGGGAUUCAUGAUAAUUAAACCUUUUUAUUGCUCAUUUUUUUAGUAGAAGAAUAUCACUUAUUUUUAGACUUGUAAAAUGUAUGAACUGGUGAGCGGACAUCUGUUAAGAGAGUCACUAGUCAGAAUGUUAAAGGAGUGCAUGCAGGAUGCCCCAAAUGUCGUGAACUCUUGUUACUCCUGUAUGUAGUAGUGUAAGCAUGUGACUUUUAACACCAUUUGGUUUGAAACUAAUGUAGAGAUGCCUGAUUCCAAACAGGUGUGGAGAAUAUUGAAUGGCUCAGAAGCCGCGUCCCUUACUUAACACAAUUCCGAAUCUCCCUCAUCCAUGAUGCGUCCAUUGGAUCACUCGCUGGUGGUCACUGUGUGGCAGUUACUAGGGGAAUUCUGCCUCUGACUGUUCUUUUUCUUUUGGUCUUUAAACACCCUGUCGUGGGAUGUGCUCACUGAUUUGUGGCUAUGUUGAAGGUAUCACUUGUCUUGAGGGUUUUCAAUAUUUCAGGAUCAUGCUGGUGGCAAAAGGACUCCACGCCUCUGUGGAAUCAUGUCCACAGGGGGACCUGCCUCCCGUGAUGUCCCACCUUUCCUUCAAGGUCUGUCAUAUGAGUCCUCCCCUUUUACAACACUUAUUAUGGUAUUUUUCAAGUUAUUCUUCUUAGAUUUGCAGUACCUACUGAAAUUUGUGUUUUUAUAGUUGAAGUUAGGAAAAUGCUAUUUGAUUUGUAUUUAGAUAUUUAAGUCACUUGUCCAAUGAUGUGUAUGUCUAAGCCUCAUGUACCGAUUUGAAGUCAGACUUAAAAAUGUAUUUACAGAUUCACUUGAGACUUUUUAAUCGGUUCUUCAAAUAUUUCAUGUUUACAUUAAAAAUUUCCAGAGAAGCAUAAAAGUAUUCACUUUCCUGCCUUGUCAUUUCUGGAAAGAUUUUGGGGAGAUAUUUUAUUGCAUAUUAAUUAAUAAAUUGUUCUACUAGGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1011.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1078.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 977.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.(((.(.(.((((((((.((......))..))))))))..).))))))))))((((....((((((((((.((((((.(((((((....(.(((((..((.(((.(((((((((((((((.((.(.((((.((((.....)))).).))).).)).)))))....(((..(((.((((((((((((((((..((......))...(((((((((..((((.....)))).....(((((((((((((...)))))))))))))..((((.((((((.........))))))))))...............))))))))))))))))))))))))).....)))..)))................(((((...(((......)))..))))).................))))))).((((((((((((((.(((..((((((((((.(((((.(((........))).....(((.((((..((((((((....(((((..((((((....(((((((((((...((((((.((.(((((..(((((..((..(((..(((.........)))..))))).)))))....)))))...)).)))))).((.((((((....)))))).))((((((...)))))).......)))))).)).)))....)))).))....((.(((.....((((((((...)))))))).....))).))((((((....)))))).....(((((.......)).))).....)))))....)))).))))..)))))))................((((((...........((((((...(((((.((...(((.(((.(((.....(((((.(.......)))).)).....(((((...)))))..(((.(.(((((((((((((((((((((.(((((.((((((((((((.(((((((..(((((.((....((((........))))((((..(((....(((.((((.(.....((((...........................(((((((((((((((...(.((((.((((.....)))))))).)....))))))))))).))))....(((....)))))))..).)))).)))...)))..))))......))..)))))..))))))).))....)))))..............)))))...))))))))))))))..)))))).....))))))))))))).))).)))...)).)))))...))))))..))))))..........(((((.(((((((.(((((.(((((((((.....(((((((.((((((((((((((...((((((.........((((.(((.(((((((((((((((..((((((((((((....(((((((((...))))))))).....)))))).((....))......(((((((((................)))))))))....))))))..............))))).)))))))))).)))))))..(((((((.(((((((((.((.......))))))))).)).)))))))..((((.....(((.......)))........))))..((((((((......(((....)))......))))))))......)))))).(((((.....))))))))))).....))))).(((((...)))))(((......))).......))))))))))((((((((.....)).)))))).)))).)))))..))))).))))))).))))).((((((((.(((((...)))))))))))))..........)))))...)))..)))))))..)))..))))))))))).))).........(((((((.(.(((((.((...(((((((....)))..))))...)).)))))..(((((.(((((((....))))))).)))))(((((....((.(((((.........))))).))....)))))).)))))))..((((((......))))))...(((((.((....)).)))))..........((((((((..((((((((..............))))....))))..)))))))).......))).)))))..))))).)....))))))).)))...)))))))))))))..))))(((...((((((((...((((((.((((...((((((((((((.(((((((.....((((((.(.((((...((((((((((((((.....(((((((((..((((..(((((((((...((((((...((((((..(..(((.(((((....)))))))).)..))))))..((((((((..........))))).)))...........(((((((.(..((((((((((((...(((((....)))))......)))))))).))))....).)))))))..))))))))))))))).((((((((...))))))))....))))..))))))))).....))))..))))))).)))))))).))))))))))))))))).(((((..(((((.....(.(((((((((((.(...(((..((.....))..)))...)))))))))))).)......))))).)))))(((((.(((....))))))))((....))....(((((((........)))))))((((((....((((((.(((((.((....(((((((..((((..................((((...)))).((((((.((((((((....))))))).).))).))).)))).))))))).....)).)))))))))))...)))))).)))))))).((((((......))).)))(((((......((((((.((.(((((((........(((((((((..........)))))))))......(((((......(((..((((((((((((((......))))))))))...........))))..))))))))...))))))).))..))))))))))).((((((...(((((...(((..((((((((((((......(((..(((((((((.((((....))))))))))).........))..)))....)))))))))))).))).)))))(((((((((....((((.........))))....)))))))))........(((((((.((((((...........(((....)))...........))))))..))))))).....((((((...)))))).....((((.((((((((((.(((..(((((....)))))..))).......))))))))))..)))))))))).........))))...))))))....))))))))....)))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((.(.(.((((((((.((.....,))..))))))))..).))))))))))((((....((((((((({{((((((.(((((((....(.((((({{(({((({({((((((({(,((({((((..((,{((|,{{{{.{{{{..{||{{..,,.,)))}})..||}}.|||}((((((((((((((((,.{(....,,},..,(((((((((..{,,,.....||||.....(((((((((((((...)))))))))))))..((({,((((((.........))))))))))...............))))))))))))))))))))))))).....|||,.|||.............,.,(((((,.,{((,.,,,,||}..}}}}}..,,{,,(((((,,,||}}},,...((((((((((((((.(((..((((((((((.(,((((((.({.....{{|,,......|.|||,..,,(((((({.{{(((((..{{(((,.{{{((((,((((,,..||||{,(,(..(({((|.{,{|{|.||,.((({{,{{.,{{{....,}}.,))))}}))))),}},)))),..,)).},,,,),((.((((((....)))))).))(((((({{{||||||{{{{{{{,|||||{||..,|{..,||||{{{.,..{{.,,|...,}|||||||,.,}},||||,,.....,))}).((((((....))))))......(((.....})}))})))}},,.|||||.{{{|,||.|,||{{},||,,,..}}..}}}}.}.}}.||||,{,..,,......{{{{{....,,,....,...|||}|||..,,.....||{{{.,,,,....|))}.}},,,,.(((((...))))).}|}|}|}(((((((((((((((((((((.(((((.{((({(((((((.(((((((..(((((.{{...,((((........))))|{{{..{((....{{{.{{{{.,.....{((.................,|}...,....(((((((((((((((...,.{((.(((((.....)))))})).}....))))))))))).)))).,||((,....,,||||,..|.}}}}.))},,,)}}..}}}}....,,),..)))))..))))))).))}...}))))..,|,.........}))}}...))))))))))))))..}))))),,.,,))}}}},))))}))))))))))..,,.}},,,,,.,)))))}},)))})}},,......(((((.(((((((.(((((.(((((((((,,...(((((((.((((({((((((((...{{((((,........|||,{(({.(((((((((((((((..((((((((((((....(((((((({...|)))))))}.....)))))))}|}}}.,,....,,(((((((((....,.....,,.,..))))))))}..,.))))))..............))))).)))))))))).})))}}}..(((((((.(((((((((.((.......)))))))))},},}))))))..||||,|,,.||{.......}}},|.,},,,||||.,{(((((((......(((....)))......)))))))}......}))))},((({{.....))))}}|||||,....}}}}}.(((({...})))),{|......,)},,.,,,,})))))))))((((((((.....)).)))))).)))).)))))..))))).))))))).))))).(((((({(((((((...))))))))))))).......}}}))))).,.)))..)))))))..)))..))))))))))).)))}}}}}}}}}},,||||,{,{({{...,}}}}.|{{(({{,.{|{{{{|,.....,.,,.{{{{(((((.(((((((....))))))).))))).}}}}.,,....{{{||}}},.....)))))}))|||,||}.||,,}|,|||..((((((......))))))..,))}}}},}},.,,},}}}}}|||,{,....,,,,|}||,,|.,,|||,}}...)))}).....)))}}}})},},})})),}))}}.....,,,.}}}}}},))))).)....))))))).))}..,)))))))))))))..,)))|{({{{(((((,,,..,((((({.(((...}||,,||||||(({(((((,,......,.|||}|}||{..((((,(((((((((((.....(((((((((..((((..((((((({{,,,(((({{.|||,,{(((({..,||}|||,({{{{{|||,,,,....))))))}}},,{{{,,.........,||||}.,(((((..((((((.{(({{((.,...,{{.((((....)))).,,....},))}},...))}.))))))..))))}.,}}}}},},.}}}}}}}}}))))}}.{{(((((,...})))))}},...))))..))))))))).....)))),.})))))).))))|||{,|||,}}}}}))})))}}.{((((..{((((.....(.(((((((((((.,...(((..((.....))..)))...}))))))))))).)....,.))))).))))){((((.(((....)))})))),,{{{{{{{{{.((({,(({{{{{{..,||||{{((((,,....((((((.(((((.((.,..(((((((..((((........,.........(({{...))}}.({((({.{(((((((....))))))).}.})).))).)))).))))))).....)).)))))))))))...|||||{{|||||||,.((((((......))).)))((,(({.....,|||||.{(,(((((({.,{{,{,{{{{{{||{|,,,,,,,},,)})))))),,,.,,}}|}}}}},}}}||}}}}}}}}||,,,||||}}}}.,}}}||}|||((,.....|||,,}|}|||,},.{{{{{.,,,,,))}))..)))))||))),,,|||||...{{{{(...,{{..((((((((((((.,....{{(..({(((((((.((((....))))))))))).........))..)))..,.)))))))))))).}}}.})))},((((((((.,,.((((.........)))).,,.))))))))}...,,,|.(((((((.((((((..,........(((....)))........,..))))))..))))))).,...,,,,....})),)))}}}}}},,..((((((((((,(((..(((((....)))))..))).,.....)))))))))).}))))))))}|{,,.{{{{{||,|...,,}}))}}}}),))))}}....}},...
Back