Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351095.2
Sequence Length
2003 nt
GC Content
0.5227
GUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUAGUCUCGAAUUCCUGACUUCAGGCGAUCCACCUGCCUUGGCCUCCGAAAGUGCUUGGAUUUCAGGAGUGGCCACCGCGCUCGGCCCUAAAUUCUUUUAUUUAACUUUUAAGUUCAGGGUUAUAAGUGCAGGUUUGUUAUAAAGGUAAACCUGUGUCUUGGGGGAUUAUUGUACAGAUUAUUUCGUUUUCAAAGAGAAUUUGCAAGUAUGUCACAAAAGCCUCAUAAACACGUUGUGAGAUUUUAAGAGGCAAUGACCGAGGCUUGGAGAUGUCUCGUCCUGUCCAAUGUCACCGCUAGACCUGAGAAUCUGCACUUGGGAGCUUACAGACCCGGUUCUCAGGCUUCACUUGAGACCCCAAGAAAGAAAAAAACCCACCAGCCAAAGAGGAGGAUGGCAGCCUGGAAGAACCUAAGGAAGCGAGGCUCAGAGUGGGGACACCGGACCGAGUGCACACUGGAGGUCCCAGAGCACGACGAGCGCGGAGGACCGGGAGGCUCCCGGGCUUGCGUGGGCAUCACGUGCCCUCCCCCCAUGUCCGUGGAACACGCAGACAUCUGGGUCAAGAGCUACAGCUUGUACUCCAGGGAGCGGUACAUUUGUAACUCUGGUUUCAAGCGUAAAGCCGGCACGUCCAGCCUGACGGAGUGCGUGUUGAACAAGGCCACGAAUGUCGCCCACUGGACAACCCCCAGUCUCAAAUGCAUUAAGCCCGCAGCUUCAUCUCCCAGCUCAAACAACACAGCGGCCACAACAGCAGCUAUUGUCCCGGGCUCCCAGCUGAUGCCUUCAAAAUCACCUUCCACAGGAACCACAGAGAUAAGCAGUCAUGAGUCCUCCCACGGCACCCCCUCUCAGACAACAGCCAAGAACUGGGAACUCACAGCAUCCGCCUCCCACCAGCCGCCAGGUGUGUAUCCACAGGGCCACAGCGACACCACUGUGGCUAUCUCCACGUCCACUGUCCUGCUGUGUGGGCUGAGCGCUGUGUCUCUCCUGGCAUGCUACCUCAAGUCAAGGGCCUCUGUCUGCUCCUGCCAUCCCCGCAGUGCUGGACAUACAUGCUCAGUGGGAAGCGUCUGUUGAUUUGAGGGCAACCCCCUCCUCUUUUCAAAACCUAUGAACCACCUGCUUUGCAGGCAAACUCCCCCGCUGGCCAGCGUUGAAAUGGAAGCCAUGGAGGCUCUGCCGGUGACUUGGGGGACCAGCAGCAGAGAUGAAGACUUGGAAAACUGCUCUCACCACCUAUGAAACUCGGGGAAACCAGCCCAGCUAAGUCCGGAGUGAAGGAGCCUCUCUGCUUUAGCUAAAGACGACUGAGAAGAGGUGCAAGGAAGCGGGCUCCAGGAGCAAGCUCACCAGGCCUCUCAGAAGUCCCAGCAGGAUCUCACGGACUGCCGGGUCGGCGCCUCCUGCGCGAGGGAGCAGGUUCUCCGCAUUCCCAUGGGCACCACCUGCCUGCCUGUCGUGCCUUGGACCCAGGGCCCAGCUUCCCAGGAGAGACCAAAGGCUUCUGAGCAGGAUUUUUAUUUCAUUACAGUGUGAGCUGCCUGGAAUACAUGUGGUAAUGAAAUAAAAACCCUGCCCCGAAUCUUCCGUCCCUCAUCCUAACUUUCAGUUCACAGAGAAAAGUGACAUACCCAAAGCUCUCUGUCAAUUACAAGGCUUCUCCUGGCGUGGGAGACGUCUACAGGGAAGACACCAGCGUUUGGGCUUCUAACCACCCUGUCUCCAGCUGCUCUGCACACAUGGACAGGGACCUGGGAAAGGUGGGAGAGAUGCUGAGCCCAGCGAAUCCUCUCCAUUGAAGGAUUCAGGAAGAAGAAAACUCAACUCAGUGCCAUUUUACGAAUAUAUGCGUUUAUAUUUAUACUUCCUUGUCUAUUAUAUCUAUACAUUAUAUAUUAUUUGUAUUUUGACAUUGUACCUUGUAUAAACAAAAUAAAACAUCUAUUUUCAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-675.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -712.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 466.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...(((((((.((((.......)))).(((((...(((.(((((...((((((..(((((((...((((((.(((((((((((..((((((..((((((((((((((.......)))))((((((.((((.................)))).))))))......(((((((((((.....)))))))))))((((.(.(((((.((((.((((.................((((((((.(((((..((((.....(((((.(((((((...)))....)))).)))))..))))....))))).)))).))))...)))).))))))).)).).))))))))).)))))))))).))))...........((.(((((((.....))))))).))......................))).))).).))).)))..))))))).........(((((.(((((((((....((((..((((.....((((...((((.....)))).))))...((((..(((((.....((((((..(((((((((((((((((...))))))..(((..(((((.(((.....))).)))))..)))......(((...(((((....((((((.((((.....))))..))))))...)))))....)))((((((((....((....))...)))))))).....(((.((....)).))).(((((.......))))).....)))))...)))))).)))))).)))))..))))..((((...(((.((.......)).))).)))).))))..))))..)))).))))).........))))).)))))).....))))).))).(((.((((...................)))))))....)))))...(((((..((((..(((((...((((((((.(((....)))(((....)))..((((((((.(....).)))))))).((.(((.((((.((((((....(((((.((.((((((((.((((((((((...(((..(((((((((((.((.(.((....((....))....(((((.(.((((......)).)).).))))).)).).)).)))))))))))))).....(.((((((((((..............(((((...))))).....((((((((((((.((.(((...((((...))))...))).)))))))).....))))))..(((((((((((.................((((((((..(..((....((.(((........)))))....))..)..))))..)))).))))))))...))).........)))))))))).)...((((((((((((..((..((((..((((((((.........(.(((.((((...........)))).))).).((((.....))))..((((((.((....))))..))))..(((((.....))))))))))..))).))))..))..)))))).))))))))))))))))..((((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).))))))).....................((((.(((((((....((.......))....))))))).))))...((((.((((((.....)))))).))))((((((........(((......)))........))))))...)))).)))).)).))))))))))))))).)))))..)))))))).)))))))))))))).((((((((......).)))))))((((((......(((......)))..........(((((((......)))))))...))))))..))))))).....))))...............(((((((...((((((...)))))).)))))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{{{...,{({{((((.(((({....||,,..{(((...(((.(((((...((((((.,(((((((...((((((.(((((((((((.,((((((..((((((((((((((,,....,)))))((((((.{{{,..,..,..........})))}.))))))......((((((((({{.....}})))))))))((((.(.((((,{((((.((((.....,,.,..,,{...|||||{{{,{{||{..((({.....(((((.(((({{(...}}}.,..)))).)))))..}}}},{{{||}},.,,},}))))),,)))).))))))).)).).))))))))))}))))))))).))))...........((.(((((((.....))))))),)}......................)))}},).).))).)))..))))))),,.......(((((.(((((((((..{{((({,.((((.....((((...((((.....)))).))))...((((..(((({.....((((((..(((((((((((((((..,{((((|(|,.{((,.(((((.(((.....))).)))))..)))......(((,,.(((((....((((((.((((.....))))..))))))...))))),,..))){{(((({{.,..||....)).|,})||}}}}.....||{,||,..,)}.))),{((((.......))))).,,,.)))))..,)))))).)))))).}))))..))))..,,,{...(((.((.......)).))).}))).)))),.))))}.)))).))))).........))))).)))))).....))))).))).|||.{{,{.,....,,.)),}}})).})))||||,...,,,.....(((((..(({.,((((((...((((((((.{((....))}(((....)))..((((((((.(....).)))))))).,,,(((.((((.((((((...{(((((.({.((((((((.(((((((((((...(({.(((((((((((((((((((((,,((,.{{{{.......||||,||{||,,....,,|{{({{{{({.,|,|{|,.||||,..(((((.....,,}})|||..{{{{.......,,,....(((((...))))).....,,,|||||||||}||}|||,..{{||..,)}))})))))))),,,,,)}}}}}))))||{.,(((((((,{,,{..,...,({,...|{((((({,,,.({,.,,....,,||||...,,.{|||.{{..{{{{{{{{{||,,{,||,.,}}))}))}},|||...{{{..(({|||,||{{{....({,(((..((((...})))..))},.}|.,|}})))}))..)}|,,,||,|,..}}}.}))))))).)))),}|{{{,.,,,)}}}|.||}|||}||},.}))},.,,,,,,}||},...,,)))}}))),,))}|.|{{{{|....))))))}}})).,.)))))))))))..{(((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).)))})))..,,,.,.,............{(((.(((((((....((.......))....))))))).)))}...((((.((((((,...,)))))).))))((((((.,{,....({{...,,,}}}........))))))...)))).)))).})))))).)))))))))).)))),..)))))))).)))))))))))))).((((((((......)}}))))))((((((..,,..,,{......,||,......,,,(((((((......)))))))...))))))}}))),,}}.....}}}}.....,.......|,(((((((...((((((...)))))).))))))}..................
Back