Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351096.1
Sequence Length
1840 nt
GC Content
0.5326
AUGCAAGAGACAGGCUGGCUGUCCUGGCGGGAAGGAGCAGAAUAUCUGAAAGCUUCAACCAUGAGGUCCAGACACACGAGGCCUGCGUGAGACUCAGGACAAUGGAAAACUGCCCCCAGUGCCACCACCAUCGGACAAGCAGGCAGCAAGCAGGCAGGUAGAGAAGGACAGAAGAUCAGUGUGGAGCAGAACAUGGAGAAAAAGCCUCUGACACUCCAGCACCAGAUAGCACCAGAGGCCUCAAAGCCAGUGGGGCUCUGCAGGCAUCACGUGCCCUCCCCCCAUGUCCGUGGAACACGCAGACAUCUGGGUCAAGAGCUACAGCUUGUACUCCAGGGAGCGGUACAUUUGUAACUCUGGUUUCAAGCGUAAAGCCGGCACGUCCAGCCUGACGGAGUGCGUGUUGAACAAGGCCACGAAUGUCGCCCACUGGACAACCCCCAGUCUCAAAUGCAUUAGAGACCCUGCCCUGGUUCACCAAAGGCCAGCGCCACCCUCCACAGUAACGACGGCAGGGGUGACCCCACAGCCAGAGAGCCUCUCCCCUUCUGGAAAAGAGCCCGCAGCUUCAUCUCCCAGCUCAAACAACACAGCGGCCACAACAGCAGCUAUUGUCCCGGGCUCCCAGCUGAUGCCUUCAAAAUCACCUUCCACAGGAACCACAGAGAUAAGCAGUCAUGAGUCCUCCCACGGCACCCCCUCUCAGACAACAGCCAAGAACUGGGAACUCACAGCAUCCGCCUCCCACCAGCCGCCAGGUGUGUAUCCACAGGGCCACAGCGACACCACUGUGGCUAUCUCCACGUCCACUGUCCUGCUGUGUGGGCUGAGCGCUGUGUCUCUCCUGGCAUGCUACCUCAAGUCAAGGGCCUCUGUCUGCUCCUGCCAUCCCCGCAGUGCUGGACAUACAUGCUCAGUGGGAAGCGUCUGUUGAUUUGAGGGCAACCCCCUCCUCUUUUCAAAACCUAUGAACCACCUGCUUUGCAGGCAAACUCCCCCGCUGGCCAGCGUUGAAAUGGAAGCCAUGGAGGCUCUGCCGGUGACUUGGGGGACCAGCAGCAGAGAUGAAGACUUGGAAAACUGCUCUCACCACCUAUGAAACUCGGGGAAACCAGCCCAGCUAAGUCCGGAGUGAAGGAGCCUCUCUGCUUUAGCUAAAGACGACUGAGAAGAGGUGCAAGGAAGCGGGCUCCAGGAGCAAGCUCACCAGGCCUCUCAGAAGUCCCAGCAGGAUCUCACGGACUGCCGGGUCGGCGCCUCCUGCGCGAGGGAGCAGGUUCUCCGCAUUCCCAUGGGCACCACCUGCCUGCCUGUCGUGCCUUGGACCCAGGGCCCAGCUUCCCAGGAGAGACCAAAGGCUUCUGAGCAGGAUUUUUAUUUCAUUACAGUGUGAGCUGCCUGGAAUACAUGUGGUAAUGAAAUAAAAACCCUGCCCCGAAUCUUCCGUCCCUCAUCCUAACUUUCAGUUCACAGAGAAAAGUGACAUACCCAAAGCUCUCUGUCAAUUACAAGGCUUCUCCUGGCGUGGGAGACGUCUACAGGGAAGACACCAGCGUUUGGGCUUCUAACCACCCUGUCUCCAGCUGCUCUGCACACAUGGACAGGGACCUGGGAAAGGUGGGAGAGAUGCUGAGCCCAGCGAAUCCUCUCCAUUGAAGGAUUCAGGAAGAAGAAAACUCAACUCAGUGCCAUUUUACGAAUAUAUGCGUUUAUAUUUAUACUUCCUUGUCUAUUAUAUCUAUACAUUAUAUAUUAUUUGUAUUUUGACAUUGUACCUUGUAUAAACAAAAUAAAACAUCUAUUUUCAAUAUUUUUAAAAUGCAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-610.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -644.72
Frequency: 0.0000
Diversity: 464.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((...(((((((((((...((((((.........((((...((((((....)))))).)))).....(((((..((..(((.(((.(((((((((....((((.....(((((.((......))((..((..((.....))..))..)).(((..((..(((.((....(((((.((......(((((....((...))....)))))...(((((.((....(((((((((...((..((((((((((((((((...(((((((...(((..(((((.(((.....))).)))))..)))......(((...(((((....((((((.((((.....))))..))))))...)))))....))).)))))))...))))).)))))((.(.((((..((.(((.((....)).)))...))..)))).).))(((((..........)))))...((.((((((.......)))))).))((((((((...........))..)))))).)))))).))..))).))))))...)))))))......)))))))...)).))).))..)))............)).)))....))))))))))))).))))))...))....)))))........)))))).)))).......((((......(((.((........)).)))......)))).....)))))))....(((((..((((..(((((...((((((((.(((....)))(((....)))..((((((((.(....).)))))))).((.(((.((((.((((((....(((((.((.((((((((.((((((((((...(((..(((((((((((.((.(.((....((....))....(((((.(.((((......)).)).).))))).)).).)).)))))))))))))).....(.((((((((((..............(((((...))))).....((((((((((((.((.(((...((((...))))...))).)))))))).....))))))..(((((((((((.................((((((((..(..((....((.(((........)))))....))..)..))))..)))).))))))))...))).........)))))))))).)...((((((((((((..((..((((..((((((((.........(.(((.((((...........)))).))).).((((.....))))..((((((.((....))))..))))..(((((.....))))))))))..))).))))..))..)))))).))))))))))))))))..((((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).))))))).....................((((.(((((((....((.......))....))))))).))))...((((.((((((.....)))))).))))((((((........(((......)))........))))))...)))).)))).)).))))))))))))))).)))))..)))))))).)))))))))))))).((((((((......).)))))))((((((......(((......)))..........(((((((......)))))))...)))))))))))........................((((((((((((..((((((...))))))..((((((.......))))))........))))))))))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{{{{{,{(((((((((,,((({{(((.(((..{{..{,,....||||...((((({....}))))).}}},.....{.,((({(,(.({((((((.(((..{{{....(((({..,.|{{{{.{{......)).,..|{.}||,,...}}.||}{{{{.{{(((((.({....,(((((..(((((.{,.,..(((((..((({..,{{...(((.....(((((.,(....(((((((((...((..((((((((((((((((...(((((((...{((,.(((((.(((.....))).)))))..)))....|.(((,,.(((((....((((((.((((.....))))..))))))...))))),,..))).)))))))...))))).))))){{.(,((((..{{.(((.((....)).)))...}|,.}}}}.,,}}(((((.,,.......)))))...((.((((({.......)))))).))(((((({{...,,....,,))..)))))).)))))).))..))).))))))...}})))))....))).,,},}))))..)))))..},)}..,{{{...(((.((.......)).))).))))...,,)))))..))))))))))))....}}})))|||...}},................))).)))))},}},)}.)))..}))).}))))))}.))))).....(((((..(({.,((((((...((((((((.{((....))}(((....)))..((((((((.(....).)))))))).,,,(((.((((.((((((...{(((((.({.((((((((.(((((((((((...(({.(((((((((((((((((((((,,((,.{{{{.......||||,||{||,,....,,|{{({{{{({.,|,|{|,.||||,..(((((.....,,}})|||..{{{{.......,,,....(((((...))))).....,,,|||||||||}||}|||,..{{||..,)})),)))))))),,,,,)}}}}}))))||{.,(((((((,{,,{..,...,({,...|{((((({,,,.({,.,,....,,||||...,,.{|||.{{..{{{{{{{{{||,,{,||,.,}}))}))}},|||...{{{..(({|||,||{{{....({,(((..((((...})))..))},.}|.,|}})))}))..)}|,,,||,|,..}}}.}))))))).)))),}|{{{,.,,,)}}}|.||}|||}||},.}))},.,,,,,,}||},...,,)))}}))),,))}|.|{{{{|....))))))}}})).}.)))))))))))..{(((.(((.(.(((((.(((((((((((((((.(((((..((....))..)))))...))))))))))))))).))))).).)))})))..,,,.,.,............{(((.(((((((....((.......))....))))))).)))}...((((.((((((,...,)))))).))))((((((.,{,....({{...,,,}}}........))))))...)))).)))).})))))).)))))))))).)))),..)))))))).)))))))))))))).((((((((......)}}))))))((((((..,,..,,{......,||,......,,,(((((((......)))))))...))))))}|||}...,,,...,,,....,.,.,...,,|||||{{{||,,,|||{{,,,)))),,..|{{{{{.......}}}}},........}}}}}}))}},,...............
Back