Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351103.2
Sequence Length
4418 nt
GC Content
0.5733
GCGCCGGAACCGGAACGGAGAGCGGGUUGCCAGGGCCCGAAGAGGGCUGGCUGCGGCGGUCUCGCUCGGCUGUCCGUUCCUUGCUGGAGAAUUUGGCCACAAAGAGUUGCCAAGAUAGCUGGGCCAGGAAGAAAGCGCCGCAGCCCUGACCCAGACGCUGUUGCCGACCCCGGGGCACUCUGGCUGUCGACCAAGCGGCUCAAGAUGUCUGGCGGGGCCAGUGCCACAGGCCCAAGGAGAGGGCCCCCAGGACUGGAGGACACCACUAGUAAGAAGAAGCAGAAGGAUCGAGCAAACCAGGAGAGCAAGGAUGGAGAUCCUAGGAAAGAGACAGGGUCUCGAUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACCUCUGGCCUCAGGUGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCCAUGCAGCUGGGAUCACAGGCUCACGCCACCGUACCCGGCUGUUCUUUCCUUCAUCGUCAGGGUCAGCAUCCACUCCUCAAGAGGAGCAGACCAAAGAGGGAGCUUGUGAAGACCCUCAUGAUCUCUUGGCUACUCCCACUCCAGAGUUGUUGCUCGAUUGGAGGCAGAGUGCAGAAGAGGUGAUUGUCAAGCUUCGUGUGGGAGUAGGUCCCCUGCAGCUGGAGGAUGUAGAUGCUGCUUUCACAGAUACAGACUGUGUGGUGCGGUUUGCAGGUGGUCAGCAGUGGGGUGGUGUCUUCUAUGCUGAGAUAAAAAGCUCUUGUGCUAAAGUGCAAACCCGCAAGGGCAGUCUCCUGCACCUGACACUGCCCAAAAAGGUGCCUAUGCUCACGUGGCCCUCCCUCCUGGUUGAGGCUGAUGAACAGCUUUGCAUACCACCGCUGAACUCCCAAACCUGCCUCCUGGGCUCAGAGGAGAAUUUAGCCCCUUUGGCAGGAGAGAAAGCAGUGCCUCCCGGGAAUGACCCAGUCUCUCCAGCCAUGGUCCGGAGCAGAAACCCUGGGAAAGAUGACUGUGCCAAGGAGGAGAUGGCAGUGGCAGCAGAUGCUGCAACCUUGGUGGAUGGUAAAGAGCCCGAGUCGAUGGUGAACCUGGCGUUUGUCAAGAAUGACUCGUAUGAGAAGGGCCCGGAUUCAGUGGUGGUGCACGUGUACGUGAAGGAGAUCUGCAGGGACACCUCAAGAGUACUUUUCCGUGAGCAGGACUUCACGCUCAUCUUCCAGACCAGGGAUGGAAACUUCCUGAGGCUGCACCCGGGCUGUGGGCCCCACACCACCUUCCGUUGGCAGGUGAAGCUCAGGAAUCUGAUUGAGCCAGAGCAGUGCACCUUCUGUUUCACGGCUUCUCGCAUCGACAUCUGCCUUCGUAAGAGGCAGAGUCAGCGCUGGGGGGGCCUGGAGGCCCCGGCUGCACGAGUGGGUGGUGCAAAGGUUGCCGUGCCGACAGGUCCAACCCCUCUGGAUUCAACCCCACCAGGAGGUGCUCCCCACCCCCUGACAGGCCAGGAGGAGGCCCGGGCUGUGGAGAAGGAUAAAUCCAAGGCACGAUCUGAGGACACAGGGCUAGACAGUGUGGCAACCCGCACACCCAUGGAGCAUGUAACCCCAAAGCCAGAGACACACCUGGCCUCGCCCAAGCCUACAUGCAUGGUGCCUCCCAUGCCCCACAGCCCAGUUAGUGGAGACAGCGUGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGAAGAAGGUGUGUCUGCCAGGCUUCACUGGCCUUGUCAAUUUAGGCAACACCUGCUUCAUGAACAGCGUCAUUCAGUCUCUGUCCAACACUCGGGAACUCCGGGACUUCUUCCAUGACCGCUCCUUUGAGGCUGAGAUCAACUACAACAACCCACUAGGGACUGGUGGGCGUCUGGCCAUUGGCUUUGCCGUGCUGCUUCGGGCGCUGUGGAAGGGCACCCACCAUGCCUUCCAGCCUUCCAAGUUGAAGGCCAUUGUGGCGAGUAAGGCCAGCCAGUUCACAGGCUAUGCACAGCAUGAUGCCCAGGAGUUCAUGGCUUUCCUGCUGGAUGGGCUGCACGAGGACCUGAAUCGCAUUCAGAACAAGCCCUACACAGAGACCGUGGAUUCAGAUGGGCGGCCCGAUGAGGUGGUAGCUGAGGAAGCAUGGCAGCGGCACAAGAUGAGGAAUGACUCUUUCAUCGUGGACCUAUUUCAGGGGCAGUACAAGUCGAAGCUGGUGUGCCCUGUGUGUGCCAAGGUCUCCAUCACUUUUGACCCGUUUCUUUAUCUGCCGGUGCCCUUGCCACAAAAGCAAAAGGUUCUCCCUGUCUUUUAUUUUGCCCGAGAGCCCCACAGCAAGCCCAUCAAGUUCCUGGUGAGCGUCAGCAAGGAGAACUCCACUGCGAGCGAAGUAUUGGACUCCCUCUCUCAGAGUGUUCAUGUGAAGCCUGAGAACCUGCGUUUGGCGGAGGUAAUUAAGAAUCGUUUUCAUCGUGUGUUCCUACCCUCCCACUCACUGGACACUGUGUCCCCAUCUGAUACGCUCCUCUGCUUUGAGCUGCUAUCCUCAGAGUUGGCUAAGGAGCGGGUAGUGGUGCUAGAGGUGCAACAGCGCCCCCAGGUGCCCAGCGUCCCCAUCUCCAAGUGUGCAGCCUGCCAGCGGAAGCAACAGUCGGAGGAUGAAAAGCUGAAGCGCUGUACCCGGUGCUACCGUGUGGGCUACUGCAACCAGCUCUGCCAGAAAACCCACUGGCCUGACCACAAGGGCCUCUGCCGACCUGAGAACAUUGGCUACCCCUUCCUGGUCAGUGUACCUGCCUCACGCCUCACUUAUGCCCGCCUCGCUCAGUUGCUAGAGGGCUAUGCCCGGUACUCUGUGAGUGUAUUCCAGCCACCCUUUCAGCCAGGCCGCAUGGCCUUGGAGUCUCAGAGCCCUGGCUGCACCACACUGCUCUCCACAGGUUCCCUGGAGGCUGGGGACAGCGAGAGAGACCCCAUUCAGCCACCUGAGCUCCAGCUGGUGACCCCUAUGGCUGAGGGGGACACAGGGCUUCCCCGGGUGUGGGCAGCCCCUGACCGGGGUCCUGUGCCCAGCACCAGUGGAAUUUCUUCUGAGAUGCUGGCCAGUGGGCCCAUUGAGGUUGGCUCCUUGCCAGCUGGCGAGAGGGUGUCCCGACCCGAAGCUGCUGUGCCUGGGUACCAGCAUCCAAGUGAAGCUAUGAAUGCCCACACACCCCAGUUCUUCAUCUAUAAAAUUGAUUCAUCCAACCGAGAGCAGCGGCUAGAGGACAAAGGAGACACCCCACUGGAGCUGGGUGACGACUGUAGCCUGGCUCUCGUCUGGCGGAACAAUGAGCGCUUGCAGGAGUUUGUGUUGGUAGCCUCCAAGGAGCUGGAAUGUGCUGAGGAUCCAGGCUCUGCCGGUGAGGCUGCCCGGGCCGGCCACUUCACCCUGGACCAGUGCCUCAACCUCUUCACACGGCCUGAGGUGCUGGCACCCGAGGAGGCCUGGUACUGCCCACAGUGCAAACAGCACCGUGAGGCCUCCAAGCAGCUGUUGCUAUGGCGCCUGCCAAAUGUUCUCAUCGUGCAGCUCAAGCGCUUCUCCUUUCGUAGUUUUAUCUGGCGUGACAAGAUCAAUGACUUGGUGGAGUUCCCUGUUAGGAACCUGGACCUGAGCAAGUUCUGCAUUGGUCAGAAAGAGGAGCAGCUGCCCAGCUACGAUCUAUAUGCUGUCAUCAACCACUAUGGAGGCAUGAUUGGUGGCCACUACACUGCCUGUGCACGCCUGCCCAAUGAUCGUAGCAGUCAGCGCAGUGACGUGGGCUGGCGCUUGUUUGAUGACAGCACAGUGACAACGGUAGACGAGAGCCAGGUUGUGACGCGUUAUGCCUAUGUACUCUUCUACCGCCGGCGGAACUCUCCUGUGGAGAGGCCCCCCAGGGCAGGUCACUCUGAGCACCACCCAGACCUAGGCCCUGCAGCUGAGGCUGCUGCCAGCCAGGGACUAGGCCCUGGCCAGGCCCCCGAGGUGGCCCCCACGCGGACAGCCCCUGAACGCUUCGCCCCCCCUGUGGAUCGGCCAGCCCCCACCUACAGCAACAUGGAGGAGGUGGAUUAGCAGGUCCCUGGCUGAUGGGGGGGACUGGGUUUGGGACACCCACACAGAGGGCCAGCUCCUUGCCGCUUCUCCUUCUCUAACCCAGAGGACACUGGCUCUGUCAAUGGGAAGCUGAGGGGUAUGAUUUGGGUGUGGAGACCUCUCAGGUUGGGACUUCUUGUCAGCUUGGACCCCUGACCAGUGGGCUUUGGCUUCUCCAGCCGCCUCCAGUGCUGCGUGAUUUGAUUCUGUUGUACCUUCAAUUCUUCUGACCCGCAUUAUAAACAUUAUAAUUUUAUUCUAAAAAUUGUAAUUUUUUUUGCAUUUUGGAAGUGACUGCUGCUGUUUAAAUAUAUUUUAAAAAUAAAUAAUAAGUAAGUAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1774.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1853.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 1133.94
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(..(((....)))..)((((.(((((..(((((((((((...((((..((((((((((.(.(((((((((((((..((((.....))))...(((((.((.....)).))))))))))))))))......)).).)))))))))).(((((((((.(.((((.(((....)))))))))))))..)))).((((((....(((((.(((((((((((((((((....((((.(((((((..(((((.(((.(.(((((((((((((.........((.(((((((((((...((((((((....((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).....))))).))).((((........))))))))))))))).)).....(((..(((((((((......(((....)))......)))))))))(((.(((((((.(..(((((...(.(((.(((((.((...(((((.(((....(((((..(((...))).)))))((.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..)))))...))))))).)))))))))..).)))))))...))).((((((.((((.....((((((((.....))))))))...))))..))))))))))))))))))))))).))).........((((((((((......)))...((....))((((((((((.(((...(((((((......(((.(((.(((....))))))))).((....))..(((((((.....)))))))....((((((((((((.(((....((((((....(((((.(((......))))))))....))))))........((.((((((((.....((.(.((((((((....(((.(((.(......)..))).)))...))).))))).).))....)).)).)))).))(((((....))))).(((.........)))...(.((((...((((((((.(..(((((....))).))..).)).))).)))...)))).))))))))))))))))))).))))..))).)))))).))))(((....))))))))))......(((.(.((((..(((((.(((((((((((.(((((((((.(....)))))))((.(((....))).))((((........))))(((((((((((((((...((((((....))))..(((((.((((((........))))))...)))))..(((...(((.((((((((.....))))))))))).)))..(((((((((((..(((..(((((((((.(.....).)))))......)))).)))..)))))))..))))..(((........))).((((.((((.....)))).))))...((((((((((((....(((((((((....(((....))).((((((.((((((((.....((((.((...((((((....))))))...((((...))))..........(((((........))))))).))))...))).)).).)).))))))........))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........)))).)))))).))))(((((.((((((......((((((.((((.((.((((..(((.(((.((((...(((((.(((((...(((((..(((................((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((((.((((((((((((((..((((((.((((.((((((......)))))).....((((.......))))((((.(((((.((((((((...))))...(((((.((((((((((.((((.((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....((((...(((((((((((..((.......((((((((....((((((((.(((.(((....))).)))))))))...)).....)))..))))).......))..)).)))))))))))))))))))))).)))))((((((...((....)).)).)))).....))))))).)))..))).))))))))))).))))))))))).((....))..((((...((((.(((.......))).))))))))))))))))))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......))..)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).)))))...)))))))((((((((........)))))))))))))..((((.(((..((((((((.(.(((((....))))).)..))))))..))..)))...))))....))...))))))))))))))).....))))))))))))...)))))))..)))).).))).((((((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((((.(((((((.(((((..((....)))))))...........((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((.(((..(((..(((((.(((((.(...((((((..........((((((.(..((((((........)))))).).).)))))........)))))))))))))))))))).))).))....)))))))))))).....))))......)))))))))))).).)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).)))).)))))))...)).))))..((((((....)))))).((((((((((((((((.((((..((((....)))))))).))...(((((((........((((((((..(((((((((..........((((.(((..(((..(((((((...(((((.((.........(.(((((..........))))).)..)).)))))..)))))))..)))..)))))))(((.(((..(((.(.....).)))..))))))..)))))))))..)))).)).))...((((..(((((((((.(((((((((((..((((((((((((.(((.(((((((((((.((.........))..)))))))))))...))).(((((((((((...)))(((.((((.....)))).))))))))))).((((.....))))..(((((((((...(((....)))...)))).....)))))(((..((.(((((......)).))).))..)))..........))))))))(((......))).(((....((((.(((........))).))))....))).(((((.((((((((....((..(.((((((((((((.((....((((((.((((.(((((........))))).)).)).)))).))..........(((.((((((.((......)).))))))))))).)))))))))))).)..))...(((((((.(((.((.((((.............))))..)).))).)))))))..((.((..((((((...))))))..))))(((((((((((....((.....))....)))))..)))))).))))).))).)))))..(((((((......)))))))..)))))))).)))))))..))).))).)))..))))...)))))))(((((((....(((((((((.((((((((.(..(......)..))))))).......))...))))))))))))))))...))).))))))))))).......)))))..)))))))..))))....((((((.....)))))))))))))))))))......((.(((((((((.(.((......)).)..))))))))).)).)))).)))))...))))))..))))......)))))))))))..).....)))))))).((((.(((.((......))))).))))..(((...(((((((...(((....(((.(((((((((((......))))))))))).)))..)))...))))))))))((((((((..(((..(((.........)))..)))..))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
({{{{({{,,|||{{{(((,.((((({{((({{(((((.....|||}}((((((((((.((({(((((((((((..{(((.....))))...(((((.((.....)).))))))))))))))))..,,..}}.}.)))))))))),{(,{((((({({(({{,(((,,.,|||{|||,}))))..)))}.{{,|||}}}.,,||,,||||||||||||{{{{|{{...(((((.......))))),,{{{,{,{((((((((((((,........((.(((((((((((,..{{{(((((..{.((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).,...))))).}}}.,{|{|,|,...}))))))))))))))).))..,..{{{..(((((((((......(((....)))...},.))))))))){((.(((((((.(..(((((...{.{{(,(((((.((...(((((.(((....(((((..({{...,}}.)))))((.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..))))).,.))))))).))),)))))..).)))))))...})},((((((.((((.....((((((((.....))))))))...))))..))))))}|))))))))))))},|,|}|,{......,{{,{{{{{||....,,)),,}}}))),.||(((({,{{..,.....)),)))))))....{(({((,..(({{{..,{||{|||{({{|{{((,,(((((((.....))))))},,.,((((((((((((.(((....((((((,,,.(((((.(((......)))))))),,.,|||}||,,,,,...((.{{(({,,,{{{..,..}}}.,|||||||.||||.||{|,||,},}}...,|}}}},..,|..,,))},}))},))}))}},,)))),}}(((((....))))).{((,,....,,.}}}...,.((((...(({{((((.{.,{{(((....)))|.}..}.)).))).)))...)))),.)))))))))))))))){{((....})}|,{(((({,{(({(((,...}}},,,|||,,..}}}}|({({((,{,.,,,|,,}||||||,,||,|||||||||.}}....||||||((,((.{{{{{(({,,((((........)))),,||||,,,,,,}}}}.,||}|}|}},,{.....}|}))}))))},.}}}}}}})))}))}.}))}}}}}|||...(((.((((((((,....))))))))))){(((((((((((((((({{((({.,((((,(((.,{{,{{,{||,||.,{{{,,|||.|||..||||||}.{||{{{((((.......,|}}.((((.((((.....)))).))))...(((,{{{{{..||{|{(((((((((.,..(((....))).((((((.((((((((.,...((((.((...((((((....))))))...,.(({.,.........}},..(((((........))))))).))))..,))).)).).)).))))))......,.))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((({((,,,...}}))),,.,.......))))}}))))).))))(((((.((((..,{{,.,((((((.((((.((.((((..(({{(((.((((...(((((.(((((...,((((..(((.,{{,.{{{.......((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((({.((((((((((((((..((((({{((((.((((((......)))))).....((((.......)))}((((.(((({.((((((((...)))),..(((((.((((((((((.(((,{((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....(((,..,(((((((((((..{{.......{(((((((,,..{{((((((.(((.(((....))).)))))))))..,,},,...}))}|,,}}}.......))..))))))))))))))))))))))))).))))}{{{(|{..{((....,),),.)))),....,))))))})))..))).))))))))))),})))))))))).|({{..||{.(((,...|||,.|||..}},..))),))),))))))),},,,))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......)},.)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).,(((((({.((((((((........)))))))).)}...))))))|{{{.{{(((((({{{({{({....(((((....))))).{{((({{{{((.(({{,,{{{|||,||||||||{{,,.||{....|||,,,,)))}....)))}.||{||||}.,.}}|}|||{((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((({{(((({,,.(((((..{,....,,))))).........,{((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..((,,(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((,({{..|||,.(((((.(((((.(...((((((..........((((({.{..((((((.,....,.)))))).}.),)))))........))))))))))))))))))}}|}}}.,},,..)))))))))))).....))))......)))))))))))).},)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).))))}}})))))...))}{|||.,|{{|||,,,,))))}}.(((((((((..{((..(((((((((,.((,(((....((,(,,,{{{|,.))).}}.,})).,........,||{,,,,,,.........,}),........}}},)).))))))))).,.)).....)).)))))))}}}))))).)))).)})}.}}}((((((((((((((((((.(((((((.,{.(((((.((((.((({{((.{(((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).,((.(((((((((((.{(,........))..)))))))))))...))}.)))))))))).....}),.)))))))..)))).))..)))))..)))})))))).))))...)))))....,,..)))))..(((((,.{(((..((((((((({{((((..,{.,..,{{,|||,.,.|,,{,|{,,,|,}}|},||{.(((((......)))))}}.{{((.,.(((.....})).}.)))).))))))))))).))),...}))}))))},..,.((((((((((((,({...,||(((({{{..,((({{..,,..,,})))),,},||{|||,{{|{,.,{.,{{.,((.{{{{||,|{.,,,,,))})),)))),,,}.))))))))))))....,....)).))))))))))))))))))....{||}...}),,.})},,.,..,,|||||{((.((..((((((...))))))..)),)}.,))).})}},)))}}})))))}|{{{({(({{(|{.,.(((((....})))).))}.(((((((......)))))))..((((((...)).)))).....(((..(((...)))..)))...,(((((((.....(((((((((.((((((((.(..(,...,)..}.)))))).......))...)))))))))))))))).})))))))))),,}))).......)))))..))))),)))|{{||||||{{{(,....{|||},.,,}}}}}}}})}},..)))}})|,)))||||..,||,,}}}}))}).}))))}}|||{||||}|,.,,,)}}),))))))}})))).}}..})))))),,)))..)}}}}})),)))))}))|)}{{{.({...,,.,,,||,|,,,..,||,,.{{{{{{{..,||(..,.(({.{{{{{{{{(({..,,,,||}}}}||||}.},,.,)))..,)))))))}}}((((((((..(((..,.(,{{,...,,)))..)))..))),})))).
Back