Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351105.2
Sequence Length
4599 nt
GC Content
0.5877
GCGCCGGAACCGGAACGGAGAGCGGGUUGCCAGGGCCCGAAGAGGGCUGGCUGCGGCGGUCUCGCUCGGCUGUCCGUUCCUUGCUGGAGAAUUUGGCCACAAAGAGUUGCCAAGAUAGCUGGGCCAGGAAGAAAGCGCCGCAGCCCUGACCCAGACGCUGUUGCCGACCCCGGGGCACUCUGGCUGUCGACCAAGCGGCUCAAGAUGUCUGGCGGGGCCAGUGCCACAGGCCCAAGGAGAGGGCCCCCAGGACUGGAGGACACCACUAGUAAGAAGAAGCAGAAGGAUCGAGCAAACCAGGAGAGCAAGGAUGGAGAUCCUAGGAAAGAGACAGGGUCUCGAUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACCUCUGGCCUCAGGUGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCCAUGCAGCUGGGAUCACAGGCUCACGCCACCGUACCCGGCUGUUCUUUCCUUCAUCGUCAGGGUCAGCAUCCACUCCUCAAGAGGAGCAGACCAAAGAGGGAGCUUGUGAAGACCCUCAUGAUCUCUUGGCUACUCCCACUCCAGAGUUGUUGCUCGAUUGGAGGCAGAGUGCAGAAGAGGUGAUUGUCAAGCUUCGUGUGGGAGUAGGUCCCCUGCAGCUGGAGGAUGUAGAUGCUGCUUUCACAGAUACAGACUGUGUGGUGCGGUUUGCAGGUGGUCAGCAGUGGGGUGGUGUCUUCUAUGCUGAGAUAAAAAGCUCUUGUGCUAAAGUGCAAACCCGCAAGGGCAGUCUCCUGCACCUGACACUGCCCAAAAAGGUGCCUAUGCUCACGUGGCCCUCCCUCCUGAAGAAACCUCUAGGGACCCAGGAGCUGGUGCCGGGGCUGCGGUGCCAGGAGAAUGGGCAGGAACUGUCUCCCAUUGCCCUGGAGCCAGGCCCUGAGCCCCACCGGGCUAAGCAGGAGGCCCGGAACCAGAAGCGGGCCCAGGGCCGUGGUGAGGUUGAGGCUGAUGAACAGCUUUGCAUACCACCGCUGAACUCCCAAACCUGCCUCCUGGGCUCAGAGGAGAAUUUAGCCCCUUUGGCAGGAGAGAAAGCAGUGCCUCCCGGGAAUGACCCAGUCUCUCCAGCCAUGGUCCGGAGCAGAAACCCUGGGAAAGAUGACUGUGCCAAGGAGGAGAUGGCAGUGGCAGCAGAUGCUGCAACCUUGGUGGAUGAGCCCGAGUCGAUGGUGAACCUGGCGUUUGUCAAGAAUGACUCGUAUGAGAAGGGCCCGGAUUCAGUGGUGGUGCACGUGUACGUGAAGGAGAUCUGCAGGGACACCUCAAGAGUACUUUUCCGUGAGCAGGACUUCACGCUCAUCUUCCAGACCAGGGAUGGAAACUUCCUGAGGCUGCACCCGGGCUGUGGGCCCCACACCACCUUCCGUUGGCAGGUGAAGCUCAGGAAUCUGAUUGAGCCAGAGCAGUGCACCUUCUGUUUCACGGCUUCUCGCAUCGACAUCUGCCUUCGUAAGAGGCAGAGUCAGCGCUGGGGGGGCCUGGAGGCCCCGGCUGCACGAGUGGGUGGUGCAAAGGUUGCCGUGCCGACAGGUCCAACCCCUCUGGAUUCAACCCCACCAGGAGGUGCUCCCCACCCCCUGACAGGCCAGGAGGAGGCCCGGGCUGUGGAGAAGGAUAAAUCCAAGGCACGAUCUGAGGACACAGGGCUAGACAGUGUGGCAACCCGCACACCCAUGGAGCAUGUAACCCCAAAGCCAGAGACACACCUGGCCUCGCCCAAGCCUACAUGCAUGGUGCCUCCCAUGCCCCACAGCCCAGUUAGUGGAGACAGCGUGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGAAGAAGGUGUGUCUGCCAGGCUUCACUGGCCUUGUCAAUUUAGGCAACACCUGCUUCAUGAACAGCGUCAUUCAGUCUCUGUCCAACACUCGGGAACUCCGGGACUUCUUCCAUGACCGCUCCUUUGAGGCUGAGAUCAACUACAACAACCCACUAGGGACUGGUGGGCGUCUGGCCAUUGGCUUUGCCGUGCUGCUUCGGGCGCUGUGGAAGGGCACCCACCAUGCCUUCCAGCCUUCCAAGUUGAAGGCCAUUGUGGCGAGUAAGGCCAGCCAGUUCACAGGCUAUGCACAGCAUGAUGCCCAGGAGUUCAUGGCUUUCCUGCUGGAUGGGCUGCACGAGGACCUGAAUCGCAUUCAGAACAAGCCCUACACAGAGACCGUGGAUUCAGAUGGGCGGCCCGAUGAGGUGGUAGCUGAGGAAGCAUGGCAGCGGCACAAGAUGAGGAAUGACUCUUUCAUCGUGGACCUAUUUCAGGGGCAGUACAAGUCGAAGCUGGUGUGCCCUGUGUGUGCCAAGGUCUCCAUCACUUUUGACCCGUUUCUUUAUCUGCCGGUGCCCUUGCCACAAAAGCAAAAGGUUCUCCCUGUCUUUUAUUUUGCCCGAGAGCCCCACAGCAAGCCCAUCAAGUUCCUGGUGAGCGUCAGCAAGGAGAACUCCACUGCGAGCGAAGUAUUGGACUCCCUCUCUCAGAGUGUUCAUGUGAAGCCUGAGAACCUGCGUUUGGCGGAGGUAAUUAAGAAUCGUUUUCAUCGUGUGUUCCUACCCUCCCACUCACUGGACACUGUGUCCCCAUCUGAUACGCUCCUCUGCUUUGAGCUGCUAUCCUCAGAGUUGGCUAAGGAGCGGGUAGUGGUGCUAGAGGUGCAACAGCGCCCCCAGGUGCCCAGCGUCCCCAUCUCCAAGUGUGCAGCCUGCCAGCGGAAGCAACAGUCGGAGGAUGAAAAGCUGAAGCGCUGUACCCGGUGCUACCGUGUGGGCUACUGCAACCAGCUCUGCCAGAAAACCCACUGGCCUGACCACAAGGGCCUCUGCCGACCUGAGAACAUUGGCUACCCCUUCCUGGUCAGUGUACCUGCCUCACGCCUCACUUAUGCCCGCCUCGCUCAGUUGCUAGAGGGCUAUGCCCGGUACUCUGUGAGUGUAUUCCAGCCACCCUUUCAGCCAGGCCGCAUGGCCUUGGAGUCUCAGAGCCCUGGCUGCACCACACUGCUCUCCACAGGUUCCCUGGAGGCUGGGGACAGCGAGAGAGACCCCAUUCAGCCACCUGAGCUCCAGCUGGUGACCCCUAUGGCUGAGGGGGACACAGGGCUUCCCCGGGUGUGGGCAGCCCCUGACCGGGGUCCUGUGCCCAGCACCAGUGGAAUUUCUUCUGAGAUGCUGGCCAGUGGGCCCAUUGAGGUUGGCUCCUUGCCAGCUGGCGAGAGGGUGUCCCGACCCGAAGCUGCUGUGCCUGGGUACCAGCAUCCAAGUGAAGCUAUGAAUGCCCACACACCCCAGUUCUUCAUCUAUAAAAUUGAUUCAUCCAACCGAGAGCAGCGGCUAGAGGACAAAGGAGACACCCCACUGGAGCUGGGUGACGACUGUAGCCUGGCUCUCGUCUGGCGGAACAAUGAGCGCUUGCAGGAGUUUGUGUUGGUAGCCUCCAAGGAGCUGGAAUGUGCUGAGGAUCCAGGCUCUGCCGGUGAGGCUGCCCGGGCCGGCCACUUCACCCUGGACCAGUGCCUCAACCUCUUCACACGGCCUGAGGUGCUGGCACCCGAGGAGGCCUGGUACUGCCCACAGUGCAAACAGCACCGUGAGGCCUCCAAGCAGCUGUUGCUAUGGCGCCUGCCAAAUGUUCUCAUCGUGCAGCUCAAGCGCUUCUCCUUUCGUAGUUUUAUCUGGCGUGACAAGAUCAAUGACUUGGUGGAGUUCCCUGUUAGGAACCUGGACCUGAGCAAGUUCUGCAUUGGUCAGAAAGAGGAGCAGCUGCCCAGCUACGAUCUAUAUGCUGUCAUCAACCACUAUGGAGGCAUGAUUGGUGGCCACUACACUGCCUGUGCACGCCUGCCCAAUGAUCGUAGCAGUCAGCGCAGUGACGUGGGCUGGCGCUUGUUUGAUGACAGCACAGUGACAACGGUAGACGAGAGCCAGGUUGUGACGCGUUAUGCCUAUGUACUCUUCUACCGCCGGCGGAACUCUCCUGUGGAGAGGCCCCCCAGGGCAGGUCACUCUGAGCACCACCCAGACCUAGGCCCUGCAGCUGAGGCUGCUGCCAGCCAGGCUUCCCGGAUUUGGCAGGAGCUGGAGGCUGAGGAGGAGCCGGUGCCUGAGGGGUCUGGGCCCCUGGGUCCCUGGGGGCCCCAAGACUGGGUGGGCCCCCUACCACGUGGCCCUACCACACCAGAUGAGGGCUGCCUCCGGUACUUUGUCCUGGGCACCGUGGCGGCUUUGGUGGCCCUCGUGCUCAACGUGUUCUAUCCUCUGGUAUCCCAGAGUCGCUGGAGAUGAGCUCGCCUGCAGGCAGCUGCUGUGAGCUGGCCUACCUGCCUGCCCCAGGCCAUGCCUGCCUUUGUUGUGGGGAACACCUCUGGGCUUUGGGCCUCAGCUUAUGCAUCUGGUGGGAGAGGGUGGGGAGGUUGUGGCCCCUGCAGGGGCAGAGUAUCCUAGGGUGUGUAUCCAUCUGGCUGUCUGUCCAUUCAUCCUGCUGCUCUGACCCUUGGCCUCAGGCUUGGCCCUGCCCAAGCUACUUCCUGUACUUAAAAGUGUUAAUAAAACCAGACUAUUCAGGCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1936.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2012.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 847.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((...((((((((.....((((...((((((((.....)))))((((((((((.(.(((((((((((((..((((.....))))...(((((.((.....)).))))))))))))))))......)).).))))))))))))))))).....))))).)))...)))).))......(((........)))((((......(((((((((((((((.(((..(((((.((((..(((((...(((((.(((((((((..((.(((.(((....(((((((((((...((((((((....((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).....))))).))).((((........)))))))))))))))(.(((((((((..(((((((((......(((....)))......)))))))))(((.(((((((.(..(((((...(.(((.(((((.((...(((((.(((....(((((..(((...))).)))))((.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..)))))...))))))).)))))))))..).)))))))...))).((((((.((((.....((((((((.....))))))))...))))..)))))).((((((((((.....(((.(((((.....(((((((((..............))))))))).)))))..)))...))))))))))....(((.(((.(((....)))))))))((((((((((....(((((.(((.(((((((((.(((...((((....(((.(((((..((((((.(((.....)))))))))..))))).))).(((((((.((((..(((((((........)))))))..........)))).)))))))((((((.(..((((((((.....))))))..))..)))))))....))))...))).).))))))))))))))))....)))))......((((.(((((((...((.(.((....)).).))......))))))).)))).(((((((((((((...((((((.....(.(((.(((((((((((.(.(((..((((((((....)))))....((((.((((((((..(((((.....((((((.(((.(((.(((.((.....))...))).))).))).)).))))(((......)))((.((((.(((((...(((..(((....)))..)))...))))).)))).))..)))))...)))))))).))))..((((((.(....))))))).((......))(((((...)))))))).))))))))).))))))))).)..))))))..))))...(((((.((((((........))))))...)))))..(((...(((.((((((((.....))))))))))).)))..(((.(((((((..(((..(((((((((.(.....).)))))......)))).)))..)))))))..))))))))))))....((((((((((((((.(((((((.....(((((((.(((((((((((.(((((((((....(((....))).((((((.((((((((.....((((.((...((((((....))))))...((((...))))..........(((((........))))))).))))...))).)).).)).))))))........))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........)))).)))))).))))(((((.((((((......((((((.((((.((.((((..(((.(((.((((...(((((.(((((...(((((..(((................((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((((.((((((((((((((..((((((.((((.((((((......)))))).....((((.......))))((((.(((((.((((((((...))))...(((((.((((((((((.((((.((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....((((...(((((((((((..((.......((((((((....((((((((.(((.(((....))).)))))))))...)).....)))..))))).......))..)).)))))))))))))))))))))).)))))((((((...((....)).)).)))).....))))))).)))..))).))))))))))).))))))))))).((....))..((((...((((.(((.......))).))))))))))))))))))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......))..)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((((.((((((((........)))))))).)....)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((((.(((.......(((((((...(((....(((....))).....)))..(((((((....)))))))(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((((.(((((((.(((((..((....)))))))...........((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((.(((..(((..(((((.(((((.(...((((((..........((((((.(..((((((........)))))).).).)))))........)))))))))))))))))))).))).))....)))))))))))).....))))......)))))))))))).).)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).)))).)))))))...)))((((.....)))))))))))...(((((((((...((..(((((((((..((.(((....((((.(((((...))).)).))))..........(((((............))))).........))).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).)))((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((.((((.((((.((.((((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).(((.(((((((((((.((.........))..)))))))))))...))).)))))))))).....))..)))))))..)))).))..)))))..)))))))))).))))...)))))....))..)))))..(((((..((((..((((((((((.((((.....((((((.(((((((.....)).))).)).))))))(((((......)))))...((((...(((.....)))...)))).))))))))))).)))....))))))))).....((((((((((((.((....((((((.((((.(((((........))))).)).)).)))).))..........(((.((((((.((......)).))))))))))).)))))))))))).........)).))))))))))))))))))......))).)))))..)))))...))))).(((((((..((((((...))))))((((....))))(((.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((((....)))..))))))...))))).).)).))))...).))).))))))))))...))))))....(((((((((........).))))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).)))...((((((....))))))))))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).)))))).(((((...)))))....))))))))))).)))))).(((((...)))))..((....))..)))))))).)))))..))))))))).)(((((....)))))...........((((....)))).))).))))).))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))..(((.(((.....)))))).................)))))......))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((...((((((((.,...((((,..{{{(((((.....)))))((((((((((.({({(((((((((((..{(((.....)))}...(((((.((.....)).)))))))))))))))).,,,..}}.}.))))))))))}})))))...,.))))).)))...)))).))....,,(((........}))((({...{,.(((((((((((((((.(((..((((({((((..(((((...(((((.(((((((((..{(,(({.{({....(((((((((((,..{{{(((((..{.((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).,...))))).}}}.,{{{|,|,...})))))))))))))))(.(((((((((..(((((((((......(((....)))...},.))))))))){{{.(((((((.(,.(((((...{.{{(,(((((.((...(((((.(((....(((((..{{{...,}}.))))){(.(((((((.((.((((...(((((((((....))))...)))))...))))))..))))))).)).)))..))))).,.})))))).))},)))))..}.)))))))...))}.((((((.((((.....((((((((.....))))))))...))))..)))))),((((((((((.....(((.(((((.....((((((((({......},.....})))))))).)))))..)))...))))))))))....(((.(((.(((....)))))))))((((((((((....(((((.(((.(((((((((.(((...((((,.,,(((.(((((..((((((.(((.....)))))))))..))))).|||.(((((((.((((,.(((((((........)))))))........,.)))).))))))),|((({.{,,{(((((((.....))))))},},.,})))))).,..,})),..))).)}})))))))))))))))....))))).,{{..((((.(((((((..,((.{.((....)),,.)}.,....))))))).)))).||((((({{((({...((((({.....,.{||.{{{{{{|||||,{.{||,,{{{(((((....)))))...,{(((.(({{({((,,{{{{{..,|,{{({((.(((.(((.(((.,,.,,..,}...))).))).))).)).)))){|{,.||,,|||((.{{((.(((((...(((,.(((....)))..)))...})))),)))|,|}..}}}}},..))))))}}.}}}}.,{{((({.{....}}))))}.||||.|,|},((({{.,,}))))}}}.)))}}}))).}}))})))),,..))))))..})))...{((((.((((((........))))))...))))),.{((...(((.((((((((,....))))))))))).))),.(((,(((((((..(((..(((((((((.(.....).)))))......)))).)))..)))))))..)))))))))},.....((((((((((((((.(((((((.....((((((,{(((((((((((.(((((((((.,..(((....})).((((((.((((((((.,...((((.((...((((((....)))))).....(({.,.........}},..(((((........))))))).))))..,))).)).).)).))))))......,.))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((({((,,,...}}))),,.,.......))))}}))))).))))(((((.((((..,{{,.,((((((.((((.((.((((..(({{(((.((((...(((((.(((((...,((((..(((.,{{,.{{{.......((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((({.((((((((((((((..((((({{((((.((((((......)))))).....((((.......)))}((((.(((({.((((((((...)))),..(((((.((((((((((.(((,{((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....(((,..,(((((((((((..{{.......{(((((((,,..{{((((((.(((.(((....))).)))))))))..,,},,...}))}|,,}}}.......))..))))))))))))))))))))))))).))))}{{{(|{..{((....,),),.)))),....,))))))})))..))).))))))))))),})))))))))).|({{..||{.(((,...|||,.|||..}},..))),))),))))))),},,,))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......)},.)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((({.((((((((........)))))))}.)}...)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((({,(((,,,{{{{({{((((...{{(....(((....))).....))),.||{||||,,,.}||}|||(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((({{((((({,.(((((..{,....,,))))).........,,((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..((,,(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((,({{..|||,.(((((.(((((.(...((((((..........(((((,.{..((((((.,....,.)))))).}.),)))))........))))))))))))))))))}}|}}}.,},,..)))))))))))).....))))......)))))))))))).,,)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).))))})))))))...)))||||.,|,{|||,,,,))))}}.(((((((((..,((..(((((((((..((.(((....(({(.{{{({,,.))).}}.})))..........|||{,.,,,,.........,}),........})).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).)))((((((((((((((((((.(((((((.,{.(((((.((((.((({{((.{(((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).,((.(((((((((((.{(,........))..)))))))))))...))}.)))))))))).....}),.)))))))..)))).))..)))))..)))})))))).))))...)))))....,,..)))))..(((((,.{(((..((((((((({{((((..,{.,..,{{,|||,.,.|,,{,|{,,,|,}}|},||{.(((((......)))))}}.{{((.,.(((.....})).}.)))).))))))))))).))),...}))}))))},..,.((((((((((((,({...,||(((({{{..,((({{..,,..,,})))),,},||{|||,{{|{,.,{.,{{.,((.{{{{||,|{.,,,,,))})),)))),,,}.))))))))))))....,....)).))))))))))))))))))......))).}))))..)))))...))))).(((((({..((((((...))))))((((....))))(({.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((({....}))..))))))...))))).).)).))))...),})).))))))))))...))))))....(((((((((........}.))))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).}))...((((((....))))))})))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).))))}).(((((...)))))....})))))))))).))))))|(((({...))))}},((....))..)))))))).)))))..))))))))).)(((((....)))))........,,.((({....}))).))).))))}.))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))}.,{(.{((.....))}}}}....|,,,,.......,}))))..,,..))))...
Back