Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351240.2
Sequence Length
2075 nt
GC Content
0.4940
AAAGGAACCGGAAACGGGAUGGGGAGCUGGACCAGAUUAUGAGCUUACAGAAAGCCUGGCCUACAUUUUACUCUUUUUGGAUUUCUUCCUCAUCAAGAGACUGCUGCAGUGCCUGUCAUGCUAGGGUGAGAAAAUAGGUUUAUCGAGCUGUUGUGUCAACCUUGAGUUCUUAUCUUGGAGAAGUCACUCCUGACCCAGGCAGAAAGUUGAGAGGAAGGAAUGACAAUGGUCCUUGUCGCAUGGGAGGCACACAUAUGAUGGGCACAGACCCAGAGUCUGGAAAACAAGCAGAGUGCAAAGUGGGCAGCUAAGCCUUGAGUGAACUCAGGAUAUAGAAGUGGAGAAGGAUCCAUCAGGAGUGCCUCCUUGGUGACAGCGGCAUGGACAUAUGCCCCAGGCUUUCCUGCUGGGGUCCAUCCAUGAGCCUGCAGGUGCCCUCAUGGAGCCCCAGCCCUGCCCUGGAAGCUUGGCUGAGAGCUUCCUGGAGGAGGAGCUUCGGCUCAAUGCUGAGCUGAGCCAGCUGCAGUUUUCGGAGCCUGUGGGCAUCAUCUACAAUCCCGUGGAGUAUGCAUGGGAGCCACAUCGCAACUACGUGACUCGCUACUGCCAGGGCCCCAAGGAAGUACUCUUCCUGGGCAUGAACCCUGGACCUUUUGGCAUGGCCCAGACUGGGGUGCCCUUUGGGGAAGUAAGCAUGGUCCGGGACUGGUUGGGCAUUGUGGGGCCUGUGCUGACCCCUCCCCAAGAGCAUCCUAAACGACCAGUGCUGGGACUGGAGUGCCCACAGUCAGAAGGACCAAGACAAAGCAUGGGACAUGAAAUUAAGAGUGAACUUCUUAUGGGAGGCUGCAGCUGGAUCAGAGGAAAAAUCCAGUGUGACAGAGUGCAAGUCAGAAGACCUGGCUUUUCAUCCCAGCUUUGAAACUUGGAACUUUUUGAUUGACAAAUUAAUAAACCUCUCUAUGCCUCAGGCUCCUCAUCUGUAAAACAGGGAUGCCUACCUUAUGGGGUUGGUGUGAGGAUUAACUGAGAUCACACUUGAAAGUGCCUUGCAUGGGCUUGGCAUGUGGGUGCUCAUUACAUAGUCUUCUUGUUUUCUUGCCUCUGGGUUGAGGAUUCACAGCACUGCACUACAAGGGUAGCCCCUCUCCAUUCUGGAUACCUUGCUAGGAGAGAGUCUGGGCUUCCACCUGCGGCCAGGGUGAAGGGAAAAUUCUUGCCAUGUCAGAGAUGGAUCAAUGACUAUGAAAAAACUAGCCUGUGAUUUUUUUUCACUCUAAGCAUUAAGAGCUCCUAAAGCCUUUUGUCUUGUUACUUUUUUCCCCCUCUUGCAUGCUAGAGGUGGAAGGUAGUCAUUUAGAUUUCCCCCCUCUUCCCUCUUCAUUGUUGGCCAGGGGUUCUCUUGGGCAGCUGGGGGAAGGAUGUAGUAGAUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCAUGCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGGUCUCAGUUCACUGCAACAUCUGCUUUCCCGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUAUAGCUGGAAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAAAGACAGUGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUUCAAGUAAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGCUGCCUGGCUGGAUGUAGCAGAUCUCCAAUUGCCUUACCAAACCUGCAGGGUCUCUGUUAAGUGUCUGUUAGGGGUCUUAUAUGAUACUCUGGACACCGUGAGAAACAGGUGAUGGGGCAGAUGGGAACCUGGUAUCCAACUCAUUUUUUAUGUCUGCUGAAUGGUUGACUGGGUGCCCCUUUGGUAAGGGCUGGGAAAGUGAACCAAGUUGGGAGCAGAGCAGGUCUUGAGACCACCUUAAUGAGGAACACAUGGUCUACUUCCUAUCUCCUGGGACACAGGUCAUUUCCAGCUUCCAGAAUUAGUAAGAUUUUUCAUAUAAAUCCUCCCCUACUUCAUUGUAUAAUAAAGAAUUUGGCCUUUGUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-745.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -783.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 393.16
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.......((((....((((((((((((.................))(((((((((((.(((.......(((....((((((.....((((((((((((...(((((.(((((....))).)).)))))....))))))))))))....((((....)))).))))))...)))))))))))))))))(((....))).(((((((..(((((((((.....((((((((.(((((.....)))))........((..(((((.......))).))..))((((((....)))))).................).)))))))...)))))))))..))))))).((((((....))))))))))))))))..((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))))))((((((((....))))))))((((.(((((.(((....(((((..(((((.(((((((......)))))....((((((((.((...((((......))))....(((((((((..((((..((((((....)))))))))).)).(((((((.((....((...(((((((((((((((((.(((.(((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((.(((((..(((((...........(((((....))))).((((.(((...((..(((....)))..))...)))..))))((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))).............(((.(((((((....(((((((....((((...))))))).))))....)))))))..)))(((..((((......)))).)))......(((((..((....))..)))))))))))))))......)))))).............((((......)))).....))))))))..((((....))))...((((((.....((....)).....))))))))))))))))....))...)))))))))...((((((..(((..((((.......))))...(((((((((..............((((.......))))..((((((..(((.(((.....)))))).)).)))).......(((((.(((((........))))).)))))))))))))).)))))))))...(((((((((......((((.((((((....)))))).)))).)))))))))..)))))))(((((..................)))))))..)))))))))).))))))))))))).))))))))).(((((((((..(.((((....(((((..((((((((((.((((((((...((..(((....)))....)).)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..((((.((((....))))))))...........))))))))))))))).(((......)))...............((.(((((((((.((((((((((((..((.....))..))))))..((.(((.((((((((....(((((.....((((......((((((...(((((((......))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).)))))....((((((((.............(((.(((....))).))))))))))).))))))...))))))))).)))))))).....))))))))))))))..)))))))))((((...))))......))))))))))))))))))))((((((.((((((.(((..(((.........)))..(((((.......)))))......(((......))).......)))..)))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((......,{(({....((((((((((,,.................))(((((((((((.((((....(((((,,{{{(,{({{{...((((((((((((...(((((.,,(((....))).,}.)))))....)))))))))))).,.,|,||,,.,}},}.,,)))))....)))))))))))))))(((....))).{((((((..(((((((((.,...(((((((..({{{{,,,..))}))........{{.,{(({(,....{,||..}}..))||((((....)))))}........,,,,.......)))))))...)))))))))..))))))}.((((((....))))))))))))))))..((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))}))}{(((((((....)))))))}((({,(((((.{((....(((({.,(((((.({{((((......))))}....((((((((.({...{(((.,...,||}},,..(((((((,{..((((..((((((....)))))))))).,,.(((((((.((...,((...(((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((((({.(((((.((((((.(((((..((((,.,,,,{,....{||||,,..|}}},{((((,(((,,,{{..{{,...,))),,)},,.)))..)})|((((((.....))))))))))))))))))))))...)))))..)))))))))}.............,,,,(,{{{,{,,,,((((((({,.,((((...})))}}}.}))}.,,.,}})))),.|||{|||}},,,....}}}.}}}}}},.....{((((..((....))..)))))))))))))))......))))))...,(..((({,(((....)),.)))))..},))))))))..{,,,..{{|,,,,}}((((((.....((....},.....)))))))))))))))).}},,,...)))))))))...((((({..{{,..((((.,.....)))).,,{((((((((|,,,,,,.,,,...((((.......))))..{{((((..(((.(((.....)))))).)).}}}},.....,{((((.(((((........))))).))))}))))))))}.,))))))))..,{((((((((......((((.((((({....}))))).)))).)))))))))..))))))){{{((..................))))))).,))))))))}).))))))))))))).))))))))).(((((((((..{.((((....((((({,((({((((((.((((((((.,.({..(((....)))....)}.)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..,(((.,{{.....}}},}})},,....,....))))))))))))))).,{,......}}}.....,},.......{{.(((((((((.((((((,{(((({{({,....}}..))))))}.,{,(((.((((((({.,,.(((((,,.,,({(({{...,((((({...((({{{|,.....))),))}))))}))}.,)}}}..)))))..)))))))).)))},,,,,((({{{(({{.(((({............)))))))}))))))))})).))))))...))))))))).}})))))).....)))))))))))))}..)))))))))((((...))))......)))))))))))))))))))){(((((.((((((.(((........,,{{.,{({,.(((((.......))))}.,....}}|}...,}},........)))..)))))).)))))}..
Back