Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351245.2
Sequence Length
2934 nt
GC Content
0.5082
AAAGGAACCGGAAACGGGAUGGGGAGCUGGACCAGCAGAUUAUGAGCUUACAGAAAGCCUGGCCUACAUUUUACUCUUUUUGGAUUUCUUCCUCAUCAAGAGACUGCUGCAGUGCCUGUCAUGCUAGGGUGAGAAAAUAGGUUUAUCGAGCUGUUGUGUCAACCUUGAGUUCUUAUCUUGGAGAAGUCACUCCUGACCCAGGCAGAAAGUUGAGAGGAAGGAAUGACAAUGGUCCUUGUCGCAUGGGAGGCACACAUAUGAUGGGCACAGACCCAGAGUCUGGAAAACAAGCAGAGUGCAAAGUGGGCAGCUAAGCCUUGAGUGAACUCAGGAUAUAGAAGUGGAGAAGGAUCCAUCAGGAGUGCCUCCUUGGUGACAGCGGCAUGGACAUAUGCCCCAGGCUUUCCUGCUGGGGUCCAUCCAUGAGCCUGCAGGUGCCCUCAUGGAGCCCCAGCCCUGCCCUGGAAGCUUGGCUGAGAGCUUCCUGGAGGAGGAGCUUCGGCUCAAUGCUGAGCUGAGCCAGCUGCAGUUUUCGGAGCCUGUGGGCAUCAUCUACAAUCCCGUGGAGUAUGCAUGGGAGCCACAUCGCAACUACGUGACUCGCUACUGCCAGGGCCCCAAGGAAGUACUCUUCCUGGGCAUGAACCCUGGACCUUUUGGCAUGGCCCAGACUGGGGUGCCCUUUGGGGAAGUAAGCAUGGUCCGGGACUGGUUGGGCAUUGUGGGGCCUGUGCUGACCCCUCCCCAAGAGCAUCCUAAACGACCAGUGCUGGGACUGGAGUGCCCACAGUCAGAAGUGAGUGGUGCCCGAUUCUGGGGCUUUUUCCGGAACCUCUGUGGACAGCCUGAGGUCUUCUUCCAUCACUGUUUUGUCCACAAUCUAUGCCCUCUGCUUUUCCUGGCUCCCAGCGGGCGCAACCUUACUCCUGCUGAGCUGCCUGCCAAGCAGCGAGAACAGCUUCUUGGGAUCUGUGAUGCAGCCCUCUGCCGGCAGGUGCAGCUGCUGGGGGUGCGGCUGGUGGUGGGAGUUGGGCGACUGGCAGAGCAGCGGGCACGACGGGCUCUGGCAGGCCUGAUGCCAGAGGUCCAGGUGGAAGGGCUCCUGCAUCCCUCUCCCCGUAACCCACAGGCCAACAAGGGCUGGGAGGCAGUGGCCAAGGAAAGAUUGAAUGAGCUGGGGCUGCUGCCACUGCUGUUGAAAUGAGUGCCCUUGGGGCCUUGCAUGGGACACAUUCAAGACCUCGAAGUCAUUCUUGGCCAAGCAGAUGACAACACAUCUCCUGGACUGGAGCAAAAGGUCCUUCUGUGCACCCUGGUCGCUGGGAAACGUAUUCUUUGAUCUGUUGAACUGUCUUCCAACCUGCCAUGGCAGUUUUGACACUACUCCUGUUUGCCCUCCUGAUUCCUGCUUUCUUUACCUUUUAACAUUGCCCCUUUCAGGGGACCCCACUUUGUAGGGAAUCUGCAGAAGGUGUGCUUUUGCACUUGCAGACUGCUCUACCUCAGUGUUUCCUUGGGAGACUUUAUUCAGCUGAGAGUGCCCUAGACAGUAACUUCUAAGGUCACGUUUACUAUUUCAGAGGAAAUAUCUUGCCAGGAUACCUACCCAUCCUUAUAGAACAGUUACCUUUAGCUGACCCCUUUCCUCACAGGGACCAAGACAAAGCAUGGGACAUGAAAUUAAGAGUGAACUUCUUAUGGGAGGCUGCAGCUGGAUCAGAGGAAAAAUCCAGUGUGACAGAGUGCAAGUCAGAAGACCUGGCUUUUCAUCCCAGCUUUGAAACUUGGAACUUUUUGAUUGACAAAUUAAUAAACCUCUCUAUGCCUCAGGCUCCUCAUCUGUAAAACAGGGAUGCCUACCUUAUGGGGUUGGUGUGAGGAUUAACUGAGAUCACACUUGAAAGUGCCUUGCAUGGGCUUGGCAUGUGGGUGCUCAUUACAUAGUCUUCUUGUUUUCUUGCCUCUGGGUUGAGGAUUCACAGCACUGCACUACAAGGGUAGCCCCUCUCCAUUCUGGAUACCUUGCUAGGAGAGAGUCUGGGCUUCCACCUGCGGCCAGGGUGAAGGGAAAAUUCUUGCCAUGUCAGAGAUGGAUCAAUGACUAUGAAAAAACUAGCCUGUGAUUUUUUUUCACUCUAAGCAUUAAGAGCUCCUAAAGCCUUUUGUCUUGUUACUUUUUUCCCCCUCUUGCAUGCUAGAGGUGGAAGGUAGUCAUUUAGAUUUCCCCCCUCUUCCCUCUUCAUUGUUGGCCAGGGGUUCUCUUGGGCAGCUGGGGGAAGGAUGUAGUAGAUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCAUGCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGGUCUCAGUUCACUGCAACAUCUGCUUUCCCGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUAUAGCUGGAAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAAAGACAGUGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUUCAAGUAAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGCUGCCUGGCUGGAUGUAGCAGAUCUCCAAUUGCCUUACCAAACCUGCAGGGUCUCUGUUAAGUGUCUGUUAGGGGUCUUAUAUGAUACUCUGGACACCGUGAGAAACAGGUGAUGGGGCAGAUGGGAACCUGGUAUCCAACUCAUUUUUUAUGUCUGCUGAAUGGUUGACUGGGUGCCCCUUUGGUAAGGGCUGGGAAAGUGAACCAAGUUGGGAGCAGAGCAGGUCUUGAGACCACCUUAAUGAGGAACACAUGGUCUACUUCCUAUCUCCUGGGACACAGGUCAUUUCCAGCUUCCAGAAUUAGUAAGAUUUUUCAUAUAAAUCCUCCCCUACUUCAUUGUAUAAUAAAGAAUUUGGCCUUUGUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1066.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1121.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 632.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((...........((((.....))))(((((((((((....(((((...(((.....))).....))))).........((((((.((((((.(((.(((.(.(((((.((....)).))))).).))).)))(((.(((((......))))).))).((((..((..(((.....)))..).)..))))..(((((......))))))))))).))))))....))).))))).)))((((((((.(.((((((((((.(((.((...(((((((..(((...((((((....))))))...)))....(((((.((((....(((((((.(.(((((((((..(((((((((.....((((((((((((((...((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))((((((((((((....))))))))...)))).........)))))))).)))))).........(((((((.......)))))))((......)).....)))).).))))..)))))).((((..((((((....))))))))))......(((((((((((.(((((((((.....((((((((.(((.(((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).)))))))).((..(((((......))))).)).......((((((.((..((.(((((((.(((((((......)))))))....((((((((((.(((((.......)).)))..))..)))))))).........(((((((...(((((((((((.(((......))...((((((((..((.....))..))))).))).((((.(((...))).))))....((((((.((.(((((((......))))))).)).).)))))..).))))))))))).....)))))))...))))))).))..)))))))).))))..)))))))))))))))).))).).))))))).)))).))))).....(((((((.(((((..((((((((((((((((((((..((..............))..)))))))))).(((((........(((((.(.((((((.((((.(((.....))).)))).)))))).).))))).......)))))............((((......))))....(((((.((((((((((.(((..(((((((.......(((((((((((((((....((((((((.........(((((....((......))....))))).((.((.(((((((((((((...............(((((...)))))..........(((((((.(((((((.....((((....))))))))))).).))))))((((((((((((...))))))........)))))).(((((.((((........)))).)).)))......((((((....))))))(((....(((((........)))))...))).((((((....))))))..((((........))))...))))..))))).)))))).))...((((((.....))))))))))))))..)))).)))))))))))....)))))))...))).)))))...)))))))))).........)))))))))).......((...((.((((((....)))))).)).))..((((((((((((..(((((((((((...))))....(((.((((....)))).))))))))))....)))))....((((....))))....))))))).))))).))))))))))))))...)).))).)))))))))).).))))))))(((....)))...(((((((((.((.(((.((((((((((..((((((........)))))))))))...)))))))).((((.(((.((((((((((((((...(..(((((((((..((....))..)))).))).........))..)...)))))))))))))).(((((...(((((((...........((((..((((.((((((((((...........(((((.((..((.((((.....)))).)))))))))............((((.((((((....)))))).)))).)))))))))).)))).)))).((((................)))).)))).))))))))...))))))).)).)))))))))...(((((((((..(.((((....(((((..((((((((((.((((((((...((..(((....)))....)).)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..((((.((((....))))))))...........))))))))))))))).(((......)))...............((.(((((((((.((((((((((((..((.....))..))))))..((.(((.((((((((....(((((.....((((......((((((...(((((((......))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).)))))....((((((((.............(((.(((....))).))))))))))).))))))...))))))))).)))))))).....))))))))))))))..)))))))))((((...))))......))))))))))))))))))))((((((.((((((.(((..(((.........)))..(((((.......)))))......(((......))).......)))..)))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((.,,.....,,.((((.....))))(((((((((({....(((((...(((.....))).....))))).........((((((.((((((.{((((((.(.{((((.((....}).))))).}.))}}))){((.(((((......))))).))|.((((..(({.({(.....})),.).)..))))..(((({......})))))))))).))))))....))).))))).)))((((((((.(.((((((((((.(((.((...(((((((..({{.,.((((((....))))))...}}}..{.(((((.((((....(((((((.({((((((((,..((((({,(({{...(((((((((((({{,,.((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))((((((((((((....)))))))),..}))).........)))))))).))))))..}},,...(((((((.......))))))){{....,,||.....,))),,.))))..,)))))}((((..((((((....)))))))))).....,(((((((((((((((((((((.....((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).)))))))).,{..(((((......))))).}},,,,.,.(((((,,((..((.(((((((.(((((((,....,)))))))....((((((((({.(((((.......)).)))..)}.,))))))))......((.(((((((,{.(((((((((((.(((,{{{..||,..(((({(({.,(({{{,,||{.}||||.|||,{,,{.|||,,|||}.||||...}||||||.||}|{|||||,..,,,))))}))}))}),)}))}.,).))))))))))).}}..)))))))..,))))))).))..)))))))).))))..)))))))))))))))).)},,)}))))))).)))).))))).,...(((((((.(((({{{((((((((((((((((((((..((..........,...))..)))))))))).{{{{{...,..,.(((((.{.((((((.((((.(((.....))).)))).)))))).).))))).},,|,,}|}||(((......)))}|{{,}}...|||({...(((({,((((((((((.(((..(((((((.....,.(((((((((((((((....((((((((..,,,,...{||||....{{,,.....,.,||}}}}}.((.((.(((((((((({((...............(((((...)))))....,,,...((((((,.(((((({..,,,((({....))))))))))).}.)))))){{{{||((((((...))))))........}}|||}.((({(,((((........)))).)).)))......,{{{{{.,,,||||},(((....(((((........)))))...))).((((({....))))))..,,,|,,,},,..))))...}))).,))))).)))))).}}...((((((.....})))))))))))))..)))).)))))))))))....)))))))...))).)))))...)))))))))).))}},...)))))))))),......{{...{{.((((((....)))))).,}.,,,||({{{{{(((((,,(((((,{((((...))))}.,.{||.{{{{...,)))}.)))})))))}....})))).,,,{{||....}))|{{{.}},,)))}))))).))))))))))))))...)).))).)))))))))).).)))))))){{{....}},..{(((((((((.{,.{((.((((((((((..((((((........)))))))))))...))))),)).((({.((({((((((({((((({..,{..,(((({({(..{|.,,.}}.,||||,||}.........|,..|{||,,}}}}})))),}},((((,.,{({(((,,...}},,,,.,},||}|{{{{.{{((((({(({{{........|||||.||},||,||||,,...)))},))},,,|||{{|{{{..,...((((.((((({....}))))).)))).)))))))))}.}||}.||||{{({{,...............)))),)))),)))))))),..))))))),)).))))))))).}.(((((((((..{.((((....((((({,((({((((((.((((((((.,.({..(((....)))....)}.)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..,(((.,{{.....}}},}})},,....,....))))))))))))))).,{,......}}}.....,},.......{{.(((((((((.((((((,{(((({{({,....}}..))))))}.,{,(((.((((((({.,,.(((((,,.,,({(({{...,((((({...((({{{|,.....))),))}))))}))}.,)}}}..)))))..)))))))).)))},,{,,((({{{(({{.(((({............)))))))}))))))))})).))))))...))))))))).}})))))).....)))))))))))))}..)))))))))((((...))))......)))))))))))))))))))){(((((.((((((.(((........,,{{.,{({,.(((((.......))))}.,....}}|}...,}},........)))..)))))).)))))}..
Back