Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351258.2
Sequence Length
2026 nt
GC Content
0.5030
AAAGGAACCGGAAACGGGAUGGGGAGCUGGACCAGCAGAUUAUGAGCUUACAGAAAGCCUGGCCUACAUUUUACUCUUUUUGGAUUUCUUCCUCAUCAAGAGACUGCUGCAGUGCCUGUCAUGUGACAGCGGCAUGGACAUAUGCCCCAGGCUUUCCUGCUGGGGUCCAUCCAUGAGCCUGCAGGUGCCCUCAUGGAGCCCCAGCCCUGCCCUGGAAGCUUGGCUGAGAGCUUCCUGGAGGAGGAGCUUCGGCUCAAUGCUGAGCUGAGCCAGCUGCAGUUUUCGGAGCCUGUGGGCAUCAUCUACAAUCCCGUGGAGUAUGCAUGGGAGCCACAUCGCAACUACGUGACUCGCUACUGCCAGGGCCCCAAGGAAGUACUCUUCCUGGGCAUGAACCCUGGACCUUUUGGCAUGGCCCAGACUGGGGUGCCCUUUGGGGAAGUAAGCAUGGUCCGGGACUGGUUGGGCAUUGUGGGGCCUGUGCUGACCCCUCCCCAAGAGCAUCCUAAACGACCAGUGCUGGGACUGGAGUGCCCACAGUCAGAAGUGAGUGGUGCCCGAUUCUGGGGCUUUUUCCGGAACCUCUGUGGACAGCCUGAGGUCUUCUUCCAUCACUGUUUUGUCCACAAUCUAUGCCCUCUGCUUUUCCUGGCUCCCAGCGGGCGCAACCUUACUCCUGCUGAGCUGCCUGCCAAGCAGCGAGAACAGCUUCUUGGGAUCUGUGAUGCAGCCCUCUGCCGGCAGGGACCAAGACAAAGCAUGGGACAUGAAAUUAAGAGUGAACUUCUUAUGGGAGGCUGCAGCUGGAUCAGAGGAAAAAUCCAGUGUGACAGAGUGCAAGUCAGAAGACCUGGCUUUUCAUCCCAGCUUUGAAACUUGGAACUUUUUGAUUGACAAAUUAAUAAACCUCUCUAUGCCUCAGGCUCCUCAUCUGUAAAACAGGGAUGCCUACCUUAUGGGGUUGGUGUGAGGAUUAACUGAGAUCACACUUGAAAGUGCCUUGCAUGGGCUUGGCAUGUGGGUGCUCAUUACAUAGUCUUCUUGUUUUCUUGCCUCUGGGUUGAGGAUUCACAGCACUGCACUACAAGGGUAGCCCCUCUCCAUUCUGGAUACCUUGCUAGGAGAGAGUCUGGGCUUCCACCUGCGGCCAGGGUGAAGGGAAAAUUCUUGCCAUGUCAGAGAUGGAUCAAUGACUAUGAAAAAACUAGCCUGUGAUUUUUUUUCACUCUAAGCAUUAAGAGCUCCUAAAGCCUUUUGUCUUGUUACUUUUUUCCCCCUCUUGCAUGCUAGAGGUGGAAGGUAGUCAUUUAGAUUUCCCCCCUCUUCCCUCUUCAUUGUUGGCCAGGGGUUCUCUUGGGCAGCUGGGGGAAGGAUGUAGUAGAUCUCUCUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCAUGCUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGGUCUCAGUUCACUGCAACAUCUGCUUUCCCGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGUAUAGCUGGAAUUACAGGCAUGUGCCACCACGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAUUAAAGACAGUGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGACUUCAAGUAAUCCACCUGUCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGCUGCCUGGCUGGAUGUAGCAGAUCUCCAAUUGCCUUACCAAACCUGCAGGGUCUCUGUUAAGUGUCUGUUAGGGGUCUUAUAUGAUACUCUGGACACCGUGAGAAACAGGUGAUGGGGCAGAUGGGAACCUGGUAUCCAACUCAUUUUUUAUGUCUGCUGAAUGGUUGACUGGGUGCCCCUUUGGUAAGGGCUGGGAAAGUGAACCAAGUUGGGAGCAGAGCAGGUCUUGAGACCACCUUAAUGAGGAACACAUGGUCUACUUCCUAUCUCCUGGGACACAGGUCAUUUCCAGCUUCCAGAAUUAGUAAGAUUUUUCAUAUAAAUCCUCCCCUACUUCAUUGUAUAAUAAAGAAUUUGGCCUUUGUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-727.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -764.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 435.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((((.........)))....((((((((((...........(((((...(((.....))).....)))))((((...))))((.((((....))))))((((((....))))))))))))))))..((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).)))....((((((((....))))))))((((.(((((.(((....(((((..(((((.(((((((......)))))....((((((((.((...((((......))))....(((((((((..((((..((((((....)))))))))).)).(((((((.((....((...(((((((((((((((((.(((.(((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..(((((((...((((((((......((((....((((((((((.(((((.......)).)))..))..))))))))......((.....))..)))).))).))))))))))))...))))))...((((..((..((((...))))..))..)))).((((((..(((((...((((....))))..)))))..))))))((((((.(((((..(((((...........(((((....))))).((((.(((...((..(((....)))..))...)))..))))((((((.....))))))))))))))))))))))......((...((.((((((....)))))).)).))..((((((((((((..(((((((((((...))))....(((.((((....)))).))))))))))....)))))....((((....))))....))))))).))))).)))))))))))......)))))).............((((......)))).....))))))))..((((....))))...((((((.....((....)).....))))))))))))))))....))...)))))))))...((((((..(((..((((.......))))...(((((((((..............((((.......))))..((((((..(((.(((.....)))))).)).)))).......(((((.(((((........))))).)))))))))))))).)))))))))...(((((((((......((((.((((((....)))))).)))).)))))))))..)))))))(((((..................)))))))..)))))))))).))))))))))))).))))))))).(((((((((..(.((((....(((((..((((((((((.((((((((...((..(((....)))....)).)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..((((.((((....))))))))...........))))))))))))))).(((......)))...............((.(((((((((.((((((((((((..((.....))..))))))..((.(((.((((((((....(((((.....((((......((((((...(((((((......))).))))))))))...))))..)))))..)))))))).)))))....((((((((.............(((.(((....))).))))))))))).))))))...))))))))).)))))))).....))))))))))))))..)))))))))((((...)))).......)))))))))))))))))))((((((.((((((.(((..(((.........)))..(((((.......)))))......(((......))).......)))..)))))).))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(((....)))(((((((((.(((((((,{.......,,||{....((((((((((...........(((((...(((.....)))..,..)))))((((...))))(,{((((....))))))((((((....))))))))))))))))..((((((((...((((((((...((....)).))))))))))))))))(((.(((.((((((((......)))))))).)).).))),}}}((((((((....))))))))((({,(((((.{{(....(((({,,(((((.({{((((......))))}....((((((({.{{...{(((.....,|}}},,..(((((((,{..((((..((((((....)))))))))).,,.(((((((.((...,((...(((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((((.(.(.((......)).).).))))).))))).))...)))))))).))))))).......((((((((((((((((((((((((((((((.((((((,.(((((((...(((((({,....,,|||,....((((((((({.(((((.......)).)))..)}.,))))))))......{{.....)}..,,,|.))}.})))))))))))...}))))){||((((.{({,,{(((...|||||,||..,,}},||||((..{((((...||||....}})),,)))))..|||||,((((((.(((((..((((,.,,,,{,....{||||,,..|}}},{((((,(((,,,{{..{{,...,))),,)},,.)))..)})|((((((.....))))))))))))))))))))))...,,}||...{{.((((((....)))))).,,.,,,{|({({{{(((((,,(((((,{((((...))))}.,.|||,{{{{..,,)))}.)))}}))))}....}}))).,,,{{{{....}}}|{{,.}},,))))})))).)))))))))))......))))))...,(..((({,{((....)),.)))))..},))))))))..{,,,..{{|,,,,}}((((((...,.((....},.....)))))))))))))))).}},,,...)))))))))...((((({..{{,..((((.,.....)))).,,{((((((({|,,,,,,.,,,...((((.......))))..|{((((..(((.(((.....)))))).)).}}}},.....,{((((.(((((........))))).))))}))))))))}.,))))))))..,{((((((((......((((.((((({....}))))).)))).)))))))))..))))))){{{((..................))))))).,))))))))}).))))))))))))).))))))))).(((((((((..{.((((....((((({,((({((((((.((((((((.,.({..(((....)))....)}.)))))))).(((....)))((((.(((((((((((..,(((.,{{.....}}},}})},,....,....))))))))))))))).,{,......}}}.....,},.......{{.(((((((((.((((((,{(((({{({,....}}..))))))}.,{,(((.((((((({.,,.(((((,,.,,({(({{...,((((({...((({{{|,.....))),))}))))}))}.,)}}}..)))))..)))))))).)))},,,,,((({{{(({{.(((({............)))))))}))))))))})).))))))...))))))))).}})))))).....)))))))))))))}..)))))))))((((...))))......)))))))))))))))))))){(((((.((((((.(((........,,{{.,{({,.(((((.......))))}.,....}}|}...,}},........)))..)))))).)))))}..
Back