Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351509.2
Sequence Length
4607 nt
GC Content
0.3642
GCCGCCAUCUUGUAUUGGGGUUUCAUUGUUCCCGCUGGGCCGGGCGGUUUAGUGUAAUUGCCGCCGGAGGAGGAGGCGGAGUAACCUCUGGUCAGCCGAGAAACCCCACUAUCCUGUAGCCAUAACCGCUUAAACGAUUUGGGAGGUAGUGAAGGGCAGGGAGCUGGACCUGGAGGCGCCGCCGCGACAGCAGCAGCCAUGGAGGACGAGAUGCCCAAGACUCUAUACGUCGGUAACCUUUCCAGAGAUGUGACAGAAGCUCUAAUUCUGCAACUCUUUAGCCAGAUUGGACCUUGUAAAAACUGCAAAAUGAUUAUGGAUGUAAGGACAGCUGGAAAUGAUCCCUAUUGUUUUGUGGAGUUUCAUGAGCAUCGUCAUGCAGCUGCAGCAUUAGCUGCUAUGAAUGGACGGAAGAUAAUGGGUAAGGAAGUCAAAGUGAAUUGGGCAACAACCCCUAGCAGUCAAAAGAAAGAUACAAGCAAUCAUUUCCAUGUCUUUGUUGGUGAUCUCAGCCCAGAAAUUACAACUGAAGAUAUAAAAGCUGCUUUUGCACCAUUUGGAAGAAUAUCAGAUGCCCGAGUGGUAAAAGACAUGGCAACAGGAAAGUCUAAGGGAUAUGGCUUUGUCUCCUUUUUCAACAAAUGGGAUGCUGAAAACGCCAUUCAACAGAUGGGUGGCCAGUGGCUUGGUGGAAGACAAAUCAGAACUAACUGGGCAACCCGAAAGCCUCCCGCUCCAAAGAGUACAUAUGAGUCAAAUACCAAACAGCUAUCAUAUGAUGAGGUUGUAAAUCAGUCUAGUCCAAGCAACUGUACUGUAUACUGUGGAGGUGUUACUUCUGGGCUAACAGAACAACUAAUGCGUCAGACUUUUUCACCAUUUGGACAAAUAAUGGAAAUUCGAGUCUUUCCAGAUAAAGGAUAUUCAUUUGUUCGGUUCAAUUCCCAUGAAAGUGCAGCACAUGCAAUUGUUUCUGUUAAUGGUACUACCAUUGAAGGUCAUGUUGUGAAAUGCUAUUGGGGCAAAGAAACUCUUGAUAUGAUAAAUCCCGUGCAACAGCAGAAUCAAAUUGGAUAUCCCCAACCUUAUGGCCAGUGGGGCCAGUGGUAUGGAAAUGCACAACAAAUUGGCCAGUAUAUGCCUAAUGGUUGGCAAGUUCCUGCAUAUGGAAUGUAUGGCCAGGCAUGGAACCAGCAAGGAUUUAAUCAGACACAGUCUUCUGCACCAUGGAUGGGACCAAAUUAUGGAGUGCAACCGCCUCAAGGGCAAAAUGGCAGCAUGUUGCCCAAUCAGCCUUCUGGGUAUCGAGUGGCAGGGUAUGAAACCCAGUGAAUAAGGACUCCAGAAUCUAAAGCCAGUGGCUUGAGGCUACAGGGAGUGUAGUAAAGCCGUUGUUUACUUAAAGAUUUAUCAAAUCAGUCAGUGCAAAUGUCAGAUACAAUGUAUUUAUUUAAAAGAUUCAUUUUUAAUCAUGAAAUUACUUAUCAUCCACAUUGUUUUAAAAAGAAACAAGAUGCUGGAUGUCUGCCAAUUUUUGCCUUCAUUACCUUUUUUGAUAAAGUUUCUCAGAUCCUUGUUUCAAACACAAAUGCAGGGAUUGCUGCCACUUUUUAACUAUUAAGAGGCAGAAAAUUGCACAAUAUUGAACUUUUUUCCACUGAAGUAGUGUGCAGUUCUAGUUUGCAUUCCUGAUAUGAUUUAAAACAUGUAAUAUAAAGAUGUUAAAAAAAAAAACCAAAACUGUGCAGAGUCUAGAAGUUGUUUGUCAUCUUCAGCUUGUGCACAAUUCUGUUUUAGGUUAAAAAAAGGCAUUGUUUGAGCUGUCCCAUCUCCACUGUUAUCCCUUUGGGGUUUUUUAAUAUAAAUUAUUAGUUUACAUCAUUUUUGUAUCUACAUCUUUUUUCACAAAUUUGUCUUGCCUUAUUAAAGUUCUGUAAAAUAUACUUAAAUGGAAAAAAUGAUGUUCAUUUAGAUUGAAAACUUUUCUCAGAUGGAUUGAUAAUUGCAUUCAUCUUGUGUUUUAUAUGAGAAGGUGCCUCAAGAAUUUCCUGUUGGAUUUGUUUAAAAGGAUUUUUAUCUUUCGUGAUAAACUUUGCUGUGUACCAGGAACUAUAAAAACAAAAACUUGUUACUAAAGAAAAUAUCUGAAAUGUGAUAAGUUCUUAUGCCAUGUUAAUUUCAUGUGUCAACUUCAACAUUUACAUGUAUUAUUUCAUUAUGUAAAAUGUUUUAGCAAUUUAAUAUUUUGCACAGUUAGCAAACUUUGUAUGUCAUUUCCUUCAAGGCAUCAUGCAGAGUUGACAUGAGAUUUAUAAGGUUUUAAGUUGUUUGCAUGUGAAAAUCAAAUACAUACUUUGGUAGUCUUUGAAUACAAAGUCAUCUGCUCUUGUUUUUCAAGAAUUUUGAGACACAAAGUUGUAUGUAAAGGAAUAUAUUAAUUUGCCGUUUUCUAGGUAGAUUUGCUCAAAAAGAGUGAAUCAACUUAAUAUGUACAAAUGAUAGCUGUGAAACUGUAGAAUAUCUUUGUGUCAGGCUUGGAGUUCAUUGUGACCUCCAAAUUUUGCCUGAAGGACCAGCUGGGCAAAGCAUCUUUUAAAUGUUCAGAGGCCAAAAGAUAAACAAAAAAAAAACCUUAAAAUCCUACCUCUUUAAACAGCCUUCAGAUAAGAGAAUCCUCAGUGCAAUCAUUAUUUUGAUUCGUUUGGUACCUGUUUUCCUGGAGUUCCCGAUUUUAUUAUUUUGGGGUGGCUCCAAGCAUUAAGAGGUUUAAUCUUUGAUGGCAUUGUUCUAGUUUUGAAAUUUCUAGUAUAUUUCAGAGUCUCUUAGAAGACUUGUGUGGGAAGUUUCACUUUGUUUUCAGUGAAGAUCACAAACCUCCUUCUUCCUUUACUCAAGAGGAAAGGUCCCAGUAUACAUAUUUGAAUGGUUGAUGGUUUUCAAGACCUUCAGGGAGCUCCCUGCAUUUUACCUAGAAACAGAAAAGGCCCGCAAAAUCUUAAGUUUCCUGGCCUGCAUUUCCCGGGUAGGGGCAAAUGACUCCAAGCUGGUCUCUAAGCCAAUACCCUUAUAAACCAGAGCCCAGGAAAGACAGCUCGAGUGUAUAAUUCUCUGGAGCUCAAUUCUAUGCAGUUGUGCUGAUAUUUCAUUAAGUCACUGUGUAUUUUUAAGUGUUGAUACAUUAAAAGUCGCUUUAUGGAAGAUGAGUAAAUUUUUUAAAUACUUGGAAAUUUUAUUUCCUUGUUAACUUCUACAGAUCAGGGCAUGCAACCAAAAGCAGCUUAAAUGAAAUAUUUUAAAAUAAAAUAUCAGGAAGCUAUUUUUAGAUUUCUUCUGGCUUAUGUUUCUACUUUAGGACCCUCAUUGUUCUCUUAUUAAAAAAAAUUAUUUCCUGUGCAUCUCAUGGACUGCAGGGUAAAUUAUUUGGGCAUAAAUAAUUUAAAUAGUUUUCUUUCAUUUUGACUAUCUCCAGUAAUAACAGUUUUUAUUAUCCAGCAUAUUGGCUUAUUGCACAAAUCUUAAAAUGUACAUUGACUACUUUCUGAGAAGAAAGUGGUAUCAGUACUCAUGAUGAAAAGGUUACUACUGAACAAAUUCACAUUUCAGGAACACCUCUAUCUUUGGUUUAAAUCUUACUCUUAGUUUUUCCGUCUAAAAAUCAUACUGGUAUUAGUAUCAGGUAAGGAAAUUAAAGUUUUUAAAAUGGUUUCAUUCUCUGCAAUAUGCAAAAUUUAGAUUUUACUUUCUGGUACUGUAAAGAACCUGAAGUGAUUUACACUUAAUGGGUGAUUAAUCCAGUAUUCUUUACCCUGAAUGUUUGGAUAUUAAAGUUCCUUUAUGUUUUCUAUAACCUGUGGGAUCUUCUUGCAGUGAUUAUUGUGUGUGAGAUUUUUUUUCUUUUUGGUCUAUCCAUAUUGUUAUAUUCACUCAGGUAUUUUUUUUUUAAUCUUAUUCCAGAAUCAGUGGUUUAUAUUGGGUUACUGUUUAACACCAAAUGGAAUUGGCAUUCUGCAGAUUUAAUUAAUUAUGAAACCAGGGUCUCAUUUUCCUUGCUGAUACUUGUUGAAAAUGAGAUUCACAUUCUAGUCUUUAUUUUCCUCCUGUUUUGUCCCUGUGCUUGUACAUCUUCCUUUUAUUUGUGUGUUAUAGUUCUAUUCCAUUUGAGAAGGCAGUUGGUAAGAACUAGAUUGCAUGUACAAAGACAGGUUUACUAAGUGCUGUACAGUGGUCCUGAGGUUACAGUUGAAUUAGAAAAACGAAAUGUACUUACAGGAAAUAAGAAAGCAAACCUUUCAAAUGAGAGUGAUGAUUUCUUUAAAAAAAAUCAGUUUUUUUCUCUCAAAUAAUGUUCUUUAUUUCACGAAAUCGUCAAUCUUAAGCAUGAGCAGGGAUAAACAACUCCUAGAAGGAACUCAAUUCAUUCUUCCUGGAUUUUCUCUGUUGUUAAAUCACAAAAAUGAUAGUCCCCAAUCGUUUCUUUAUAGGAGGUUAUUACAUUUCAUUACAGUCACUGCAUUUUGACUGUUGUGUUUAGAAUUUGAAUGUACAUCCAAAAUGAUGAGUUUCAAUUUAAGAGCCUUAAUAAAAUGUGUGAGUGUGUCUCAAUUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1193.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1286.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 1190.21
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((.(.(((((((..(((((...(((((......)))))..))))).....))).))))).)))).)))))((((((((((........(((((((.(((((.((((((...(((.(((.((((((...)))))).))).)))....)))))))).))).......(((...((.((....)).)).))).(((.((((..(((((.((((((((((((((((.((((.......(((((.((..(((((.......)))))..)))))))..(((...)))...(((((.....))))).....)))).))))).(((((((..((........))..))))))))))))))))..)).))))).(((((((((((......))))))).)))).(((((((((((....(((((((..((((((((((((..(((.(((...((((.((((((....(((((((.......))).)))).((((((((((((.((((.((......)).)))))))).)))))))).......((....))(((((((((...............)))))))))......(((((((.(((((((....((((((((......)))).))))....(((((..(((.(.(((((...((((((((.....)))))))).(((((((((((((((.....(((((.((.((((((((.........)))....((((((.(((((....................((((((.((((...))))))))))....((((.((((.......)))).))))(((((..(.(((.((((..(((((((((.(((((((((...(((.((...((((((.......((((((.(((((..(((((((..((((....))))...)))).)))..)))))..)))))).......))))))...)).)))....))).))))))(((((((...)))))))..(((..((((((....(((...(((((..((((...))))...........))))).)))))))))..)))....(((......)))(((...(((((.....)))))..)))..(((((((((.........((((((....((((........))))((((...(((((((((((.((((((.((...(((.((((((((((........((((...))))((((((((..(((((((((((.((((.(((((((((.((((((..((((((.(((....))).)))))).....((((...))))...((((((((((((.....))))(((((((((((.((.......((.(((((...))))).))((((((.....))))))..)))).)))))))))...((((((((((((..((..((((((((((.((((......................(((((........))))).........(((((((((((((((.....))))))..))).)))))))))).))...)))))....)))..))..)))))))))...)))..(((((((((.............)))))))))..))))))))............)))))....(((((((((.......(((((........)))))..)))))))))...).))))))))))))).))......(((((.(.......).))))).........(((((((((((((((.((.((.((((.((.....)).)))))).)).)))))).....))))).)))).......(((.........))))))))))))....((((((((.(((((((.((((((((.(((((.........(((((((((((..............(((.((((((((..............))))).))).)))..............)))))))))))..))))).))))))))....))))))).))).)))))..........((((((((...)))))))).)))))....)))...((((.(((((....))))).))))..((((((......)))))))))))))).)).)))....))...........((((((((((...(((.....))).....)))))))))).....))))))...))))))))))).))))..((((((((((((...........))))).))))))).....(((((((.(((((((..........(((((((((((......(((...)))...)))))))))))((..((.(((((.(((((((((...(((((((((.((((...(((((.((.(((....))))).)))))........)))).)))(((((.....))))).....(((((.((((...((((((......))))))...))))..))))).(((((.(((((((((.....))))))))).))))).....((((((.((((.(((........)))..))))))))))((((((((((((.(((...))).)))))).....)))))).((.((..(((((((..............))))))).)))).......))))))....)))))))))))))).))..))......(((((((((((((.(((....)))...(((((((......))))).))((((.((((.......((((((((((((..........))))))..))))))........(((((((.((((((((.((((..((.........(((((((((..(((((....((((((......))))))))))))))))))))))..)))).)))...)))))...)))))))....(((((((.....))))))))))).))))......)))))))).)))))..(((((...)))))..(((((....))))).......(((...........)))...))))))).)))))))..))))))))))))))).(((((..(((....((..(((...)))..))...)))..)))))...........)))))))))..)))).))).)..)))))))))).))))))...........))))))).))))).)))))))))))))))(((.((((((((.(((....))))))))))))))....((((((((......)))))))).......((((((...))))))((((........)))).(((((((.(((........)))))))...))).((((((((...))))))))..((((((.....(((((.....))))).....))))))..))))).))))...)))))...................))))))))))....))))))))))))))(((((((((((....)))))))))))....))).))))))))))))))).....(((((.((((..((((((((((........(((((.....)).)))..........((((....((((((((((....))))))))))....))))..)))))))))).)))).)))))................(((....)))(((....))).......))))))).....)))))))))))......((((((....))))))((((..((((((.(((((.........(((((((((..((((((..((((............(((((((..(((.((....)).))).)))))))....(((((...)))))..(((((((((((.....(((((((...((((((.....(((.((((.((.(((......))).)).)))).)))((((.(((((.(((...((((((((((............)))))...)))))....))).)))))))))....................)))))).)))).)))..)))))))))))((((((......)))))).....))))..))))))...........)))))))))(((((((((((((...((........)).)))))))))))))..........))))).))))))))))......((((((((..((((.....(((....(((((((((..(((((((...(((.(((......))).)))..)))))))....))))..)))))...)))........)))).)))))).))(((((((((.(((.(((...........)))..))))))).))))).....(((((.....)))))...(((((.((((((((((.....((((((.....)))))).....((((((......))))))...)))))))))).)))))((((...(((((((.((.....(((..((((((..........))))))..))))).)))))))))))..((((......)))).)))))))...)))))))....)))))))))).........((((.((((.((((((((......(.((((..((.(((((..(.((((......)))))..))))).))..)))))....)))))))))))).))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((.(((({(((((((({,(({((,.,,((((({{{(,.((((((,......,,},))))))||{{{{{{{(((((.{...((((((((((((,..,...{{{{{{{,,((({{..,(({.({(,{{{{{,,,.}))))).))),)))..,,)}}}}}.)))}}})).)))))}.)))))((....)).({((,(((((.((((({(((((.((((((((((((((((.((((.,..,,,(((((.{(,.(((((.......))))),,})))))}.,{{{...}))...(((((.....)))))...,.)))).))))),(((((((..((........))..)))))))}))))))))..)).))))).(((((((((((......))))))).)))).(((((((((((,...((((((({,((((((((((((..(((.{((...((((.((((((....(({{(((.......})).}}}},(((((((((((,{((((.((......)).)))))))).)))))))}....,.,{{,,,,}}(((((((((...............))))))))).,}}},||||((,{(((((((,...((((((((......)))).))))...,(((({.,(((.(.(((((...((((((((.....))))))))((((((((((((((((.....{((((.((.((((((((.........)))....((((((.(((((,,,,.{{.{,..........((((((.((({...))))))))))....((((.((((.......)))).)))}{((((..{.(((.((((..(((((((((,(((((((((...(((.((...((((((.......((((((.(((((((((.((((..((((....))))...)))).))))})))))..)))))).......))))))...)).)))....)))}}}))))|((((((...))))))},.{({,,((({((((((((((((((((((.......(((((((..{(({...((.(((((((((((,{{{{{....,{{|,..|,((((((..,{(((,.{{{.||((({{,||.{{,...,,|.||||..}}}||}}..},}..))).,,.}))))),,{((((({{{{{{{||,,}}}}}},|||,,|,|||.{{((((((((.{,,..,,{({{...}}}}|,}|{{{{..((((((((({{.((((.(((((((((..(((((..((((({.(((....))).}))))).....((({.,,}|||...((((((((((((.....))))((((((((({({(({{.,..,({.{((((...))))}.))|{|{{,.},,,)}}}},..,}}).)))))))))...{{{(((((((((..((..(({(((((((.((((,,,...||||||,,,,,,,,{,{,{{|,,,,,...})))}..,......(((((((((((((((.....)))))),.})).))))))}))).}}...))))),,..,},..}}..))))))))},,,,....(((((((((.............)))))))))..))))))))..,.........)))))||{.{((((((((.,,{,..{{{{{........}})))}.))))))))),,.}.))))))))))))).)),,,,..(((((.{.......,.))))).........(((((((((((((((,((.((.((((.((.....)).))))))})).)))))).....))))).)))).......{((.,.....}.})}))))))))),,,.,|,,{{(({.,||))},.,{{{{({,,,{{,||,||{..,((({{{,{{{||||..,{,{,{{{((({,{(({{,,{|,..,,,.,,.,..}|||,.|||||||,,.,.,,,,|}}}})))))}))))),||}}}},|,}|||},...,|}|||||{||||,||,,..,.,}}}}}|||{|{||...)))))))),)))))...,}}|,..(((,..,||}.,,,}|,}}|||||{.,{{|||,,,...)))))})))))))).)).,))})}}}}...........((((((((((...(((.....))).....)))))))))),||,.{{(.(((.{(((((({{{{{{{{{{..((((((((((((...........)))))))))))))...{{{{.........}}||..,,,,.,},||{{(((((((......(({...)))...)))))))))))})))))))))}.))).))),,},.))))}}}))))).)}..}))}.(((((.((((((,,.((((({({{,.|||||,....,},{{(((.....))))},,}}.))))),)))))))))))((((((((({{{{{{{{.,((((........)))}(((((((((.....))))))))).,.)))}}}}}|,{,,,{((,{{(,({{{{{{{.,,|..|||||||,,.((((((((((((.(({...})).)))))).....)))))).((.((..(((((((.,,....,,.....))))))).)))).}}}}}}}.....................{{{{{{,.,,,..{|{{({{.((({,.,,(({,..{|||,{{(((((((......))))).....||..,,,.....,,((((((((((((..,....,..)))))}..)))))).))}},..|||||||.,||}|}}}.}}},.}|},..,,...((((((,,,,..,,,||}}}}{(((((......)))))}},))))))))))))))..,))}.))}|{||}}}},,},,,,,,,....}))))))))))))))).....)))))))))..,,,...,|,|,|{{{{{.{{{{..,,,)))),))|(((....)))}))))))))).....}}}}},..{{{{{.{.,{{,,.....,)}}.},)))))|,,},,},.(((((..(((....((..((,...}))..}}...)))..)))))........,..)))))))))..)))).))).),,))))}))))).))))))...........))))))).))))).)))))))))))))))),(,(((((({({(((....)))))))))))})}....{(((({(({{{{..|,||||||...,,..((((({...)))))),,||........}}}}.,,,((((.(((........)))))))...}|,.((((((((...)))))))),|((((((,{...,|||{,..,.))))),,,},}))))}..))))).)}))...)))))...................))))))))))....},}}))))))))))(((((((((((....)))))))))))....))).))})))))))))))).,,..(((((.((((..((((((((((...,....,{{{{.....)).}},..........((((....((((((((((....))))))))))....))))..)))))))))).)))).)))))......,,,.......,||,..,||,........))}......))))))).....)))))))))))......((((((....))))))((((..((((((.(((((.........(((((((((..((((((..((((..{{{{{..,..{(((((({,(({.{{...,||.|||,|}}||||..,.{(({...,|||||,,(((((((((((,,...{{{{{||,,.{{{|||,....(((.((((.((.(((......))).}).)))).))}((((,((({(.{{{.,.{{{{({(({.............))}}.)))))))}....}}}.)))))))))....................}))))),}})).)))..}}}}|||||||.,,,.|,,}.}}}},,})}})}.))))..))))))...........)))))))))(((((((((((((...((........)).)))))))))))))........,.))))).))))))))))..||||||||||},||||...}}}}}||},..{{(((((((..(((((((...(((.(((......))).)))..)))))))....)))}.,))))},{,|||,.......,,,|})}.)}}}},(((((((({,(((.((,...........},}..))))))).))))).....(((((.....)))))...(((((.((((((((((....{((((({....,)))))}.....((((((......))))))...)))))))))).))))).||,..,|||||||,||,....(((,.((((((..........})))))..))}}}.})))))))}},.....,,...,})))..,.)))))),.,,,,...}})))))))).....,,......{(((.((((.(((((({|..,||.(,{(((.,({.(((((..{.((((......))))}..))))),))..)))),.}}})))))))))))).))))........}..
Back