Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001351760.2
Sequence Length
2041 nt
GC Content
0.6095
ACCCACUGUGCCAACAUGGCGGCGCCCAGGUCCUAAUUCGGGAAACGUGCACCUUGACUAAUUCGGUUUUCUGUGGCUACGAGAGCAGGCUUGGCGGGCGGAGGCGCCAGCGGAUGUCUCAUGCAAGGAUCGUCUCUGUGGCUAAGCCUCACUUUCCGCUCCGCCCGGGUGCUCUCUAGAGCCCGGUUUUUCGAGUGGCAGUCUCCAGGGCUGCCGAAUACAGCAGCGAUGGAGAACGGCACCGGGCCCUACGGAGAAGAACGUCCACGUGAAGUCCAGGAGACGACAGUCACCGAGGGGGCUGCCAAAAUCGCCUUUCCCAGUGCCAACGAGGUCUUUUAUAACCCGGUGCAGGAAUUCAAUCGGGACCUGACAUGUGCUGUGAUCACCGAGUUUGCUCGCAUUCAGCUUGGGGCCAAAGGAAUCCAGAUCAAGGUUCCAGGAGAGAAGGACACGCAAAAAGUGGUCGUGGACUUGUCAGAGCAAGAGGAGGAAAAGGUUGAACUGAAAGAGAGUGAAAACCUGGCCUCAGGAGACCAACCUCGCACAGCGGCCGUGGGGGAGAUCUGUGAGGAAGGCCUGCAUGUGCUGGAAGGCCUGGCAGCUUCAGGCCUACGUUCCAUUCGAUUUGCCCUAGAGGUGCCUGGGCUCAGAUCUGUGGUUGCAAACGAUGCCUCCACCCGGGCUGUGGAUCUCAUACGCCGGAAUGUCCAGCUCAAUGACGUGGCCCACCUGGUACAGCCGAGCCAAGCAGAUGCCCGGAUGCUGAUGUACCAGCACCAGAGGGUGUCGGAGAGGUUUGACGUCAUCGAUCUGGACCCCUAUGGCAGCCCAGCCACCUUCCUGGAUGCAGCUGUGCAGGCUGUGAGUGAAGGAGGGUUGCUGUGUGUGACCUGCACAGACAUGGCGGUGUUGGCGGGGAACAGCGGGGAGACGUGCUACAGCAAGUACGGGGCCAUGGCCCUCAAGAGCCGGGCCUGCCACGAGAUGGCCCUGAGAAUCGUCCUGCACAGCCUGGACCUCCGCGCCAACUGCUACCAGCGCUUCGUGGUGCCGCUGCUCAGCAUCAGCGCUGACUUCUACGUGCGUGUUUUUGUCCGUGUCUUCACCGGCCAGGCCAAGGUCAAGGCCUCAGCCAGGGCCAAGUUCUCUGCAGCCUGUGGUCCCCCUGUGACCCCCGAGUGUGAACACUGUGGGCAACGACACCAGCUUGGUGGCCCCAUGUGGGCAGAGCCCAUCCAUGACCUGGAUUUUGUGGGCCGUGUCCUGGAGGCUGUGAGCGCUAACCCCGGCCGCUUCCACACCUCGGAGCGGAUCCGAGGGGUCCUGAGCGUCAUCACUGAGGAGCUCCCGGACGUGCCUCUGUACUACACCCUGGACCAGCUGAGCAGCACCAUCCACUGCAACACACCAAGCCUCCUGCAGUUGCGGUCGGCCCUCCUCCACGCUGACUUCCGGGUCUCACUCUCCCACGCCUGUAAGAACGCUGUGAAGACGGAUGCCCCUGCCUCUGCCCUCUGGGACAUCAUGCGUUGCUGGGAGAAGGAAUGUCCGGUGAAACGGGAGCGACUAUCAGAGACUAGCCCAGCGUUCCGCAUUCUCAGUGUGGAGCCCAGGCUGCAGGCCAACUUCACCAUCCGGGAAGAUGCCAACCCCAGCUCCCGACAGCGAGGACUCAAGCGCUUCCAGGCUAACCCGGAGGCCAACUGGGGUCCCCGGCCUCGUGCCCGGCCAGGGGGCAAGGCGGCCGACGAAGCUAUGGAGGAGAGACGCAGGCUGCUUCAGAACAAGCGGAAGGAGCCGCCGGAAGAUGUGGCCCAGCGGGCUGCCCGGCUCAAGACAUUUCCUUGCAAGAGGUUUAAGGAGGGCACCUGUCAACGCGGGGACCAGUGCUGCUACUCCCACAGCCCCCCGACACCCAGGGUUUCUGCUGAUGCUGCCCCUGACUGUCCAGAGACCUCCAACCAGACCCCCCCUGGACCUGGGGCUGCCGCUGGGCCAGGCAUAGACUGAACCAAUAAAGAGAUGUCACGUCACCUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-838.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -872.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 408.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((..(((((((((.(((((((((......(((............(((((...(((.(((((((.((((..(((((((..((.(((((((((((((((((..((((((((.......))).)))).)..))))...)))......))))).))))).)).)))))))(((.(((((((..........((.(((((((..(((((........)))))..))))).)).))))))))).))).(((........)))......)))))))))))))).)))))....((((((((.......(((..(((((..((((((((.((((((((....((((((...........))))))..((((((.((.(..(((((((....(((((((...(((..(((((((((.................))))))))).)))...))...)))))..))))))).).)).))))))........((((...(((((..(((.......)))...)))))..))))))))))))....(((((((((.(((((((((((((((((...((((((((((.(..((((((.....))))))..).)))))))....))).........((((.((......)))))).)))))))((((..(((.....)))..))))((((..((((.....))))..))))....(((((.((.(((((((.(((.....))).....((((((.....(((((((((.(((((......)))))))...))))))).....))))))))))))).)).))))))))))))))).)).((((.((((((((..((((((((.....))))))..))..)))))))).))))))))))).((((.((....)))))))))))))))))))..)))(((((.((((((......))))))((((((((((((.........))))).........)))))))................((((((((.((.(((((.....((((...))))......((((((.((.((((((......))))((((((...(((((.(((((.((((((.((((..(((((.(((....)))..((((((((((.((((..(((.(((((......(((((((.(((((...(((..((((....))))..)))......(((((...)))))((((((...(((((..(((((((((.....)))).....)))))..)))))))).)))((((((((((......)).))))..))))(((((((.....)))))))(.((((.((.(....).)).)))).)((((((((((.(((...........((((((.((((.(((.((..((..((((((((...............))))))...))..))..)).)))...))))...))))))......(((((((.((.......(((((.((((...((((.((....)).))))(((...)))...))))))))))))))))))))).)))))))).)).))))).).)))))))))))))).))))...((((((((((...))))))))))...))))).)))))..((((.((....))))))..(((.(((((((.(((((....)).))).......((((((.((....)).))))))...)))))))((((((((........)))).))))....))))))))..)))).)))))).))))))))))((((.((((.(......).)))).))))(((((.....(((((((...)))))))))))).((((.......))))..))))))...)).))))))))......))))))).)))).))))...))))).)))))))).((((..(((((...(.((....)).).)))))..))))..................))).....)))))))))))))))).)).....)))))))................((((...))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((..{,(((((((,(((((((((......(((....,,......{((((...((,{(((((((.((((.,(((((((..((.(((((((((((((((((..((((((((,......))).)))),}..))))...))),.....})))).))))).)).))))))){{{.(((((((........,.((.{((((((..(((((........)))))..)))))).).))))))))).))}{({{,,......))}.,}},.})))))))))))}}.})))}.|{.((((((((.......(((..(((((..{((((((,.((((((({....((((((...........))))))..((((((.((.({,(((((((....(((((,,.,.(((..(((((((((....{,.......,,..)))))))))...)},.),...)))))..))))))),)})).))))))........((((...(((((..(((.......)))...)))))..))))})))))))....{((((((((.((((((((({((((({(,({((,(((((((.{..((((((....,)|}))}....))))))).,.|}}}....|||||(|((|{(......}})))}.}))))),((((..(((.....)))..))))((((,,((((,...,)))).,))))...|{((((.((.(((((((|||{,.,,,||,...,.{(((((...,.(((((((((.(((((......)))))))...))))))).,...)))))}})))))).)).))))})))))))))).)).((((.((((((((..,(((((((.....))))))..,,..)))))))).))))))))))}.((((.((....))))))}))))))})))))..)))(((((.((((((......))))))((((({((((((......,..))))).........})))))).{,,.....,,...,.((((((((.{(,(((((.....{(({..{{|{{{,...,(((((,.,,..,|{||}},}}})))),,.......(((((.(((((.((((((.((((..(((((.(((,...}}}..((((((((((.((((..((,,(((((......((((((({(((((..,(((,.((((....))))..)))...,..(((({...}))))((((((...(((((..(((((((((.....)))).....)))))..)))))))).))){(((((((((......))}}))),.)))}(((((((.....)))))))(.((((.((.(....).)).)))).)((((((((((.(((..,,.....|,(({(((.((((.(((.((..((.,((((((((...............)))))),}.))}.))..)).)))...))))...)))))),.....(((((((.((.......(((((.((({.,.((((.((....)).))))(((...))).}.)))}))))))))))))))))).)))))))).)).,}))).).)))))))))))))).)))).{.((((((((({...}))))))))).,.))))).)))))..((((.((....))))))..{{{.{((((((.(((((....)).))}.....{.((((((.((....)).)))))),..))))))}((((((((........)))).))))}}..))))))))..)))).)))))).)))),)))))((((.((((.{......).)))).))))(((((.....(((((((...))))))))))))....,....,{(((({..,,,,,}.,}))))))}}},,,}}...))))))).)))).))))...))))).))))))))}|{{{..(((((...{.((....)).}.)))))..))))..,.,..,},........,))}....)))))))))))))))),)}.....)))))))..,,..........,.{{{{...,)))......
Back