Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001352005.2
Sequence Length
2936 nt
GC Content
0.4619
AGAGUAUGAGUGGAGAUAAUUACGGAGAAGUCAUACUCUCUCACACCCUCGGCUUUCUUGUUGUGUCCUUCAGCAAAACAGUGGAUUUAAAUCUCCUUGCACAAGCUUGAGAGCAACACAAUCUAUCAGGAAAGAAAGAAAGAAAAAAACCGAACCUGACAAAAAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAAAAAAUCAUGAAAACCAUCCAGCCAAAAAUGCACAAUUCUAUCUCUUGGGCAAUCUUCACGGGGCUGGCUGCUCUGUGUCUCUUCCAAGGAGUGCCCGUGCGCAGCGGAGAUGCCACCUUCCCCAAAGCUAUGGACAACGUGACGGUCCGGCAGGGGGAGAGCGCCACCCUCAGGUGCACUAUUGACAACCGGGUCACCCGGGUGGCCUGGCUAAACCGCAGCACCAUCCUCUAUGCUGGGAAUGACAAGUGGUGCCUGGAUCCUCGCGUGGUCCUUCUGAGCAACACCCAAACGCAGUACAGCAUCGAGAUCCAGAACGUGGAUGUGUAUGACGAGGGCCCUUACACCUGCUCGGUGCAGACAGACAACCACCCAAAGACCUCUAGGGUCCACCUCAUUGUGCAAGUAUCUCCCAAAAUUGUAGAGAUUUCUUCAGAUAUCUCCAUUAAUGAAGGGAACAAUAUUAGCCUCACCUGCAUAGCAACUGGUAGACCAGAGCCUACGGUUACUUGGAGACACAUCUCUCCCAAAGCGGUUGGCUUUGUGAGUGAAGACGAAUACUUGGAAAUUCAGGGCAUCACCAGGGAGCAGUCAGGGGACUACGAGUGCAGUGCCUCCAAUGACGUGGCCGCGCCCGUGGUACGGAGAGUAAAGGUCACCGUGAACUAUCCACCAUACAUUUCAGAAGCCAAGGGUACAGGUGUCCCCGUGGGACAAAAGGGGACACUGCAGUGUGAAGCCUCAGCAGUCCCCUCAGCAGAAUUCCAGUGGUACAAGGAUGACAAAAGACUGAUUGAAGGAAAGAAAGGGGUGAAAGUGGAAAACAGACCUUUCCUCUCAAAACUCAUCUUCUUCAAUGUCUCUGAACAUGACUAUGGGAACUACACUUGCGUGGCCUCCAACAAGCUGGGCCACACCAAUGCCAGCAUCAUGCUAUUUGAAGUGAAAACUACAGCCCUGACCCCUUGGAAAGGUCCAGGCGCCGUCAGCGAGGUGAGCAACGGCACGUCGAGGAGGGCAGGCUGCGUCUGGCUGCUGCCUCUUCUGGUCUUGCACCUGCUUCUCAAAUUUUGAUGUGAGUGCCACUUCCCCACCCGGGAAAGGCUGCCGCCACCACCACCACCAACACAACAGCAAUGGCAACACCGACAGCAACCAAUCAGAUAUAUACAAAUGAAAUUAGAAGAAACACAGCCUCAUGGGACAGAAAUUUGAGGGAGGGGAACAAAGAAUACUUUGGGGGGAAAAAAGUUUUAAAAAAGAAAUUGAAAAUUGCCUUGCAGAUAUUUAGGUACAAUGGAGUUUUCUUUUCCCAAACGGGAAGAACACAGCACACCCGGCUUGGACCCACUGCAAGCUGCAUCGUGCAACCUCUUUGGUGCCAGUGUGGGCAAGGGCUCAGCCUCUCUGCCCACAGAGUGCCCCCACGUGGAACAUUCUGGAGCUGGCCAUCCCAAAUUCAAUCAGUCCAUAGAGACGAACAGAAUGAGACCUUCCGGCCCAAGCGUGGCGCUGCGGGCACUUUGGUAGACUGUGCCACCACGGCGUGUGUUGUGAAACGUGAAAUAAAAAGAGCAAGAAAGAAAAAGGAAACAAAAUAAGACCGUCUGACAGCAACAACGGUCCCACAAACAAGUCACAAAAGAUACCGUUAAACUUUUUUUUUUUUUUAUCAUUUUACUACAUGAACAUCAUGGAUAACAAGGGAUUCUGAUUCAUUAUUAAUUUCAUUAAUUAUAUUUUCUGAUAUGAGUCUAGAACUUACUGCAAAAACAAGACAAAACUAAAAAAAUACAACUGAGAAGGGUGAAGAGAAGUAUGUUUGUUAAACAGUAAAAAUGAAUAGUAUACUUCUUAACUAGGUUUACAACUGGUGGACCACACACCAGGCACUAAUCACCUGGUGAGGAUUUGGCAUAUCCACCAAAAAAUGCAUCCGAUUUAACCAACAUCUCCACCAGCGCUACGGACUCCUCCCAAUUCUGACAUCUCUUGCAGACAAUACUAUGCUCUCUACACACUGUUUAGAAAUGGAAAGGUGAUCUGCACUGUAUCUUGGGUUUGUUGGCUAUGCUUCCUUUGAUGACAUAUAUUAUACAGUAUAUAUAUACAUAUAUUUUUUUUGUUAGAGUUCUAGCCAUUUUAUUUCUCCGCAGGGUCCUUUCUCAGACAUUACUGCAUGCUGUAUAUGGCGUUAGCUGUGUGUUGAUCUUCUAAAAGAUGAUAGAGUUUACUGGUAAUUGUGUAAUCAGCUCCUGCCUUUUUAUUUUCUUGGGUUAUUUACAUGUCAGAGACAUUUAUAAAAAGUGAAAGGAUAAAAAAAAAAAAAAACAACUAAUACCGGGCGCAGCAUCUUUCCAGGUGUGGCUCUGCGCUAGGCCACCCCAGGUGGCCCCGCUUUCUCCAUUCUGCCCUGUGGCGUUAACAGACAGCAAGCAGCUGAACAAGCAGUACCGUCAGUACCCACUUGCUUUAGCCCAUUAUGGGAAUCUCUGAUGCCUUUGUGACCACUGGAGAGUUUAAUCCUCUUGGUUUAUUUUAUUUCCCACCUUUGUGUGAGUGUGUAUGAAAGAGAAGAAAAUGCAAUUUUUAGGUAAUCUUUUUUUUUUUUCCCCUCCCCUGAAAGUCUGGGAACCUGAGAGUCCUCGGGGAGGGGUCCUGGAUGUGAUGAGGGAAAGGGGGAUUGGGGGAUCCGGGAGGGUGGGGUUGUCUCUGACUUGACAUUAAAAAGUGUUCCAUGUCCCUCUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-864.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -921.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 740.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((.(((.((.....((((((.....(((((((((...((((((((((((((......(((((((.((...(((((((((.....((((..((....))..).)))......))))))(((((........................)))))..........((((((((((((((.........(((.....)))...((((((((((((...((((.(((((((((((.((((((((((((.....)))))))).........)))).)))))....(((.(((((((.......((((....(((.((...(((((.((((...(((((((((((((((.((((....))))..............((((((((.((((((((((((......((((..((((........(((((((.((...((.((((((((((((((((..............((((((.(((((((.(((((((((..(((((((.....)))))((((.(((.(((((((((......((((..((((((.................(((((...)))))...........((.(((((.((((...((((..(((((.((....)).)))))...))))...))))...))))).)).....)))))))))).((((....))))((((...))))...((((((....((.(((.((((((.....)))))).))).)).........(((((....))))).(((((..(((((((((((((.(((((.((((((((((((((((.((.(((.(((...)))))).))..)))).....(((((((((((.......)))....((((((....(((...)))...(((((((((...........)))))))))((((((((.((....(((((((((....((((..((((.(((((....(((.((((.........(((((((..(((...((((...((.(((((.......))))).))....)))).))))))))))))))))).......))))).))))......))))(((((((..........))))))).........((((...))))...((.(((....))).))(((..((((.........))))..)))(((.((..(((.(((........))).)))..)).)))((((((.((.(((.(((((.....((.(((.((((...((((..........((..(((.(((....(((((.....))))).(((....)))..))))))))..........))))...)))).)))))))))).))).(((............)))...........)).))))))...)))))..........((((((((......(((((.((((.((((.....((((((......))))))........)))).))))))))).(((((...((((.....(((((((....))))))).....((((...(((((((.(.....).)))))))....))))...))))...)))))..(((((((((((((...))).)).))))))))(((((..((.....))..)))))(((.(((((.........((((.....(((......))).....))))........))))))))..((((((((((((((((.((((((.((.(((((((.((((((....))))))....(((((((.....((..((((((((((((((.(((.......((((((.((.......))))))))..........(((......)))...)))...))))))))))))))..)))))))))..(((((...)))))........(((.(((((((((((.((((....................))))))))))).))))))).................................(((......)))...((((((((((((((((..........)))))))...))))))))).....(((((((.....)))))))...(((((((.........)))))))......))))))))).))))))...)))..)))...................))))))))))..))))))))...((((.((.....))))))........))))..)).))))))))...))))))....)))))))))))))))).))))))))).)))))..)))))))).))))).............(((((((......)))))))......(((((....))))).........)))))).)))))))))..))).))))..))..)))))))))...)))))...)).))))))(((((....))))).(((((((((.((((....(((((((..(((.((.................)))))..))))))))))))))).))))).....))))..))))........................)))))))).)).)))))))))..))))..))))))))))))))))..))))))))))))))))))...))))))))).)))))..))...))).....((((((((((..((((.....))))...)))).)))))).......))))))))))).)))......(((((..((((.(......))))))))))............((((((.....))).))).....))))))))))..))).)))))).)))..))))))))))))))(((((((((.((.(.(((.((...)).))).)..)))))))))))..)))....)).)))))))))))))).)))))))....)))))))))......))))))....((((((....))))))..)).))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((,,,(({{({{.,,.....{{{{{{|.||,|||||((((...((((((((((((((,,,,,,({{(({{,({...{((,((({,.....{|||..||....))..)}))),..,,,}}||||(((((...,................,...))))}.......{{{(((((((((((,{,.........{((.....}}}...((((((((((((...((((.(((((((((((.((((((((((((.....)))))))).........)))).)))))..,.(((.(((((((.,,..{{{{{({...((,.,(({{.,{.,.,{{|}}}|||,|||||||(((({(((,...{||,|{{..,,.{,.....((((((((.((((((((((((....,(.(((((..........}))))})..((((....(((((((((({({{..{((((({({{((((,.....(((...((..((((,{((((.(,,,,,,.....),)))})}}))..}}.|||{{{{.....{({{{{|{{|},,.........,}},....({{{{...))))),.,,,...,|,((.(((((.((((...((((,.(((((.((....)).))))).,.})))...))))...))))}.}},,,{,{{({.,,|,,.||||},}.,(((((((.((.(((..,,(((((......))))).,,))).)).))))))),|,|{|....,{,.,.||||,....})}}}...,,.}},)}),}},})})))))||||||.((((.{.(((.{.......|.)))})))).}|||||..(({,{{{...{{,,.)),},.}},.}))}},,,.....,,,,,..(((((((..((((((((((...))))))..(((((((.(((,,(.{,...}}}}))),,)))))))..((({..((((.(((((.({.{,,,{.{,..{(((..((((((({..(((...((((...((.(((((.......))))).))....)))).))))))))))))))),}...},))))))).))))......}}}}(((((((.,........))))))).........((({...})))..{((.(((....))).)),.))))..)))))))..,)))))))))))))))),.((((((.(((.,..((((((((((((((((((.((((...(((....)))......}}...)))))))))}})))....))))))))).}))))))))),((((({.(((((((((({,(((...........((((((,,((((((((.((......((((((.....{{{............|||.................((,...)),.(((.{,(((((((((((............{(((((.(((((({..((((((......}}}}}}(((((((,((({{.........,,}},,}}.}|}))))))(((((((....))))))).((((((((((((((((((.{.....}.))))){(({...,))},,,....,|||||{,{(((((((({((((...))),}}.)))))))|((((((((.((.(((..,(,(.,(((.(((((...,,.,..((((..,..(((......))).....))))..},....)))))))),).)),.))))).))))))))|{{{{.,,,,,)))),},))).))))))))))....(((((((,,,,.((..((((((((((((({.,{{.......((((((.((....,,.,,))))))..........(((......)))...)))...))))))))))))))..))})))))}..{((((...|||}|,,,.....,|,|}}}}}}}}},,..,}}}}}}},},..{{{{{{{....))))))}(.(((((((((...(((((({..,.....................,,,.{,{{{({{..(((((((((({(((((..........,}))))}},,))))))))).....(((((((.....)))))))...(((((((.........))))))).{{{(,{{(........}}},...,,,}}}}}....,..((((((..((((.{{(.({..,((((.(((.(((.((((((((.....,{.(((({......)).)))........))}}})))).)))..))).).))))}.})),....))))..)))))).}}},},}},,,,}|||..||{{{{,....,||||||,,....}}}}}},.)))))))..))))))))),},,.,,.))))))).)))))))))))))))))..}}.))),.))))))...)).)))).)))))))))))((({({,...))),,}}.|{,..,.{{(({,...{{||.,.,,||,|,,,|{((((((((((,,,,,.{{.,.,,.{{{{{...)))))..}}}}}))}}}}})))},,,,...................,,,,,))))))))..)))))).)),))))....,.))))))))))))..))))))))}),}})})),,,.,))))))))}))))}....,.{{((.....||||..,,{{,.{{{{..,,.))}}...,})))))}.,{{{,...}))).))))))).)))......(((((..((((.,.....,))}}}))))).,......,{{.((({{{...,.))).)))...},))))))))))..)))},))))).)))..))))))))))))))(((((((((.({.{.(((.((...)).))).}..}})))))))))..})),,}})).))))))}}||}}||,|}}|}}}.,..}}}}))))}|||,,.}))))),,,,{{{{{{....}))}))}})},))))))},..
Back