Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001352879.1

Sequence Length

2713 nt

GC Content

0.3701

CGCUUGUUCGCUCACUCUCAGUGAAAAGAGUUUUGAAAUGAGUUCUGAAUAGACAGCAUUUUCUUUGUGCGGUUGGUAAAUAACACAGAGCAAAGUUAGCAAGUUGCAGCGCCUCUGCGUUCUGAUUCUAUGGAACCUUUUUGUAGGGAGAAGGGCAGGAUGUUUUUAACUGAAUGUGACCUCAGGGGAAUACUAGAGAAAAUAAUAAAAUUUCUGAAUGGGGCAGCGUGGAGAAAUCCUAAGAGAAAUAGCAUAAGAGCAUUUUGGAACACAUCCAGGAAAAGAUAACUUUCGACACACCUGUAGACGUUCGCCAGGUAAAGCUAAUUUACUAGUGACUAAAAUGAUGGCAAAUAAGGCAAUAUAAUAUGGACAGCCUGCAAAUCCCACUCAUGGAGCUCUGUAAGUGGGAGCAGAUUGCUGUCUGAGUACAGGGCUUCUGCAGAAGUCUCCCUAUCAACUCCACGUCGAACUCAAAGUCUAGAGAGCUUCAACAAUUAAUGAUAUGUCAUCUGGAUCCAGUCAUAAAAGCAUGAUGACCACCCCUUCCCCCACCCCUCACCAUUCCUUUCUCCUUGGAUUUGUUAUAUUUCAUUCUGUUCAAUAUAAUUACUGAGAUGUAAACAUUCCAUUGAAAUGUGUCUAAGUAGGCAGAUUUUUAAGAAUCUACUUUUAUGGGUCUAUAACAAAUUUUAGGAAGGCUAUUUCAUUGAUAUGUGAAAGUGUAUAAUAGUUGCUUUAGCUACUAGCCCUUCCAACAGCUACAUUUACCACUGUGAUUGUCACUUUGAAUAAUCCUUGUGUUAUUAAAAUUAAUACAGAUAAAUAUAAUUUUAUAGUAGGAAAUGUAGUUGUCAGGAUGUGAAACAAUAGUAAUCAAUUUGAAUAAAUAUUUGCUAUUUGUUUUCAUAAAAGUUUUAAUCCUCAAAAGAGAACUCUGACCAAAAUAGGAAUAUAGCAGGAUCAAUGAAACAGGUGGCAUGAGUCAUCUCACUGGCUUUUAAUUAAAAAGGAUGCUGUGGUUGUUGGCGUGGACUGGACUGCGCAUAGGCAGUUUUAGAAUUUCUUAAGCUGAAAUCCAGCUGGAGAGUUCUUAAUCAGAAUGGACUUAUUUUGAUAAUUUAUAAUCUGUGUAUUCAGAGCAUUGAUGUUAUAGUUUUGAUACCUAAAUCACCGUUUUAAAAAUUCAAAGAGAUAUAUGAAUCCUGAGUCUCGGACAGUUAUUCCUGAGCCAAAGGAUUUCUGUGCAAUGCUAAUAUGUAUAAUAGAGAAUCAGUCUUUCACUGUACAGUUUUGUCAUCAUGUUUCAAUAACUGAAUGAAUAUUCUGAAUUAAUAAGCAUAACGUUUGUAUAAGCUAAAGACUAAUCUAAGCUCUGCAUUCAUUGAUGGGAACCUUAAGCAAAUGUUUCUUUUCAUCAGCUUGUUCAAAAGGCAUAAACAUAAUUACAGUUCUGAGGCGAUAACAUAUCGACUGGUUAAAUAGUAAGUGGGUCUGGACAAGGUAACUUAAAGUUAUGGGCUGCACGUUGUUUUGAGUACUUGGAAGCAUCUGGAAAAAAUAAUUUUUUUAAAAAGAUAUUUUUACUGUUUAUCUUAUAGAAAAACAGUAUGAGCAUUAAACCCCCACUAGAAUUUUGGAGGUUUUCUUUUUCUAAAGCGUUGGUUAAAAUUCAGAUAAGUUGAUACUUACAGCUUGAGAGAAAAGAUGGGGAAGUGGUAGAAAUAUCAAAUCAUGAGUUAGUUUUAAAUUUCUCAGAAUGCUCAGGGGGCAGUGAGGGAAAGAGGGACUUGCUGGCCAUGUCCCCACACCUCCGCUUUGCACCUUUUGCUGAAGUUAGUUCCCGAAAACAGUGCUGGGUGUUUGGGUUACAUCUGGUUCAGCCUUCUUUUCCUCCUUCCUUCUUUAUCCGUCACAUGGCCUGCCCUCUAUCUCUUAAAUCUUAGGUCUGUUGUGAGACUGGGGAAGGAGUGAUGUGAACAUGUGCUCCUGGGCCUGGAAAUGCCCCUCUGCCCCGACUCCUUCUGUCUCAGCAGUGCUUGUCAUUAAUUCUCCCAACAAAUACCUGAGCCCUUCUCUGUGCAGGAUGGGUCUCAGUGCUUUGAAUGUGCUGUCUCGUUUAAUUCUCUCAAAAGCCCUUUAUUGACAAUGCUCUUAUAAUAUUUUAUACAGAAAGAAUGGAAAGCUAAUCCAAUCUUUUUCUAAUGUGGUUAAUCAAAUUUAUUUAUUUUUAAUUAAUGGUGGCUUAGAAAGCUUUCUUUCAGCAUUACUAUCCUUUAUGAGAUUGUCAUAAAUGUUUACUAUUUUUCAUUGUUCAUGGCAAGGCGGCAAUAGAUCUUAUUCAGAAUUGAUAAUCAGUGUGAUUUAUCUGGUAGCCAAACCAAAAAUCAAACUAUUAUGCUGUUUAGAUAUAAUGGUAGCCACUAGAAGAUUUACAUCAAAUGUUAGACCAGAAGCCCUUUCCAUCAGUGACCAGGUUUGGUAUCUGCUAGGAGGGAAAAGCCUGGUAACUGAUCACCAGUGUUUCUGUUCUUUUUACUUUAUAGUUUGUAAUUUACCAAGGCAUGAUUAAUUUUGCUGAUGUUUAAGUUACUUACAAUCAUAUUAAGAGUUAGAGAGGAGUGAUAUCAGCAAGAUGGCUGACUAAAAGUGCCCAACACCCAUUUCCUGGACUACCCCCACAAAAAAUGAAUAAACAAUGAAUAAACAACUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-693.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -751.84

Frequency: 0.0000

Diversity: 726.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((((((((.((((((((((((((((...(((.((.((((((((((((...((((((((((((((..(((....)))..))))))).)))))..))..(((((..(((((.(((....(((....((((((((.(((((((.(((((((((((((.(((((....((((........))))((((....((((((...........))))))...(((((((.(.(((....)))(((((((..........((((((((((((((.....((((....((......))......)))).....))))......(((((((((((((....(((.....(((.((.(......).)).))).....(((((((((((...(((((((.((((....)))).)))))))))))...))))))).......(((((((....)))))))..((((((..(((.((((...(((...(((((((((...(((........)))....)).))))))).((((.((..((((((((((((...........((((((..((((((((((((.((.((((.((((((((((((((((.((.(((......((((......))))..((((....(((((.(((((....))))).)))))...))))..(((((((((..................(((((((((((((((......))))))........((((((...)))))).))).)))))).((((((((((((.(((((((((((((((...)).)))))).((((((((.......))))))))..............))))).))))))))))))))........(((((((((((((.................)))))).)))))))))))))))).......(((....))).....))).)).))).))))))))))))).)))).))...(((((((....))))))).................))))))....)))).))..)).))))...(((((((......))))))).((((((.(((.(((((.....))))).)))))))))..(((((((((....)))))))))..........(((......)))(((((((.........((((((....((((.......)))).....))))))...((((.(((((((..(.(((((..........))))).)..))))))).)))))))))))((..((((((..(((((.....)))))...))))))..)).))))))))))))..)).)))).........((((((((....(((.(((((((((((..((((..(((....))).)))).)))).....(((((((((....((((....)))).)))))))))((((.......))))..............((((((....(((((...)))))((((......)))).((((((...((.((((...((((((((..(((.......)))..)))))))).))))((((.((((..((((((....))))))....)))).))))((((((((.(((...))).))))))))...........))))))))))))))(((((((.......)))))))))))))))))..))))))))(((((((.......))))))).)))....)))).)))..)))))).....))).....))))))))))))).......))))))))))(((((((((.(((((((.((((((...(((((((((((.((((.((.((((....((((.(((((..(((.....))).)))))...)))))))).)).))))..)))..))).)))))......)))))).))))))).......(((....)))))))))))).)))))))..((((.(((((......))))).))))((((((.(((....)))..))))))((((........))))).)))))))(((.....((((....)))).....)))........))))...))))))))..)))))))))).))))))).))(...((((((.......))))))...)...............((((..(((((.((((((.(((.(((((....))))).(((((((.((((.......)))).)))))))......(((((((..((((......)))))))))))(((((((((..(((((....))))))))..)))))).......)))))))))))))).))))......))))))...)))..))))))))))))).....)))))))))))).))..)))((((((.((.((((((.((...((((...(((((((.........)))).)))....)))).)).)))))).)).))))))............(((((((.((....((((((.(((((((((....(((......)))...))))))))).))))))....)).)))))))))))))))))).....((..((((((((.((.((((..........))))..))..))))))))..)).................)))))))))))..(((((......)))))......(((.....))).(((((..(((.......)))....))))).....))))..............

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,.((((((((((.((((({(((((((({(((((((..,(((,,,((((((((((((((.(((...((((.{{({,....,{{|.(((((,...(((.(({...}))}))..})))).))),}},.....{((,{(({(((((((.(((((((((((((.(((((....((((........)))}((((,...{{{(((,..........)))))}...(((((((.(.(((....)))(((((((..........((((((((((((,....,,,,{({{,,{,...,}})}.....,((((..({...})..))))|((((((((((({.,.,{{{.....,{{.((,(......}.)}.,,,.....(((((((((((...(((((((.((((....)))).)))))))))))...))))))),.,,...{((((((....))))))|,,(((((,.,(((,{(((...({{...{((((((,,{{,(({........}}}...,)}.)||||||,((((.{{..{(((((((((((.,......,,.((((((..((((((((((({.{(,({((((((((((((((((({,.,(,{,,......,,{,}}}|||)}}}.,|,||,,..(((((.(((((....))))).))))}..,||,|{{,{{{{,.,||||.||,|||,,,,,,.,||(((((({((((((......})))}}..,.....{(((,({...,)),)}))}}}}}|||.((((((((((((.((((((((((((((,...,),,))))).{(((((((.......)))))))).,,,,......,,}))))).))))))))))))))..}},((((((((((((((((...,{{,....,},,..))))))}}})))))))))...|||.,,,|}|{,,,,,))),..,,},,,|...,,.))},}},}}})}}}))}}})),,.{((((((...,|}}}}))...}}}}}}........})))))....))))}})..)).))))...||(((((......)))))},.(((({(((((.(((((.....))))).)))))))))..(((((((((....))))))))).........{(((..,,..)}}{((((((,,,,,,,..{{{(((....,{{{.......}}},.....}}}}}}..,||||.(((((((..{.((((({.......}})}))).}..))))))),}}}|)}}}}},....{|||{{..{((((.....}))))...)))))),.,,.)))))))))))}..,,.||||.,{{,.,{.,(({{,,,,,{((((..,{{({{(((,..((((..(((....})).)))).}}}}..,..{((((((({....{{{{....)))}.))))))))))|||}}||,..,}||,,...,....||.|}}|}.|,||,(((((...)))))||||,.....}})).}|}||}}}}}}}||{{{{,{(((((({,.(((,....,.)))..))))))))))})}}}}}},|||}}|(((((,..,|||}}}..,,))}},}||,((((((((.(((...))).)))))))).}}}....{((((.(({.........))).))))}..{{{{{{{.{(((||.{{{...{{{|,,....|||}...))}.}).)))).})))}}}.))))}))}..|||||}...,}})}..,,,)))))))))))),...}}),))))))))))(((((((((.(((((((,(((((,...(((((((((((.(((({(({{,,(,...((({.{((((..(({.....))}.}})))...)))).)))))).})))..))),.)))},)))),,,,,,)))))).}}}}}}}.....,,(({..,,))}))))))))).)))))))..((({.(((((......))))).})))((((((,(((....))).,))))))((((........))))).)))))))(((.....((((....)))).....)))....,,,,)))}...})))))))..)))))))))).))))))).))}),})}))))...))).))))))))).))))}...},,}},}}}||{||||,,|{{{{{{(,{{,(((((....})))}.{((((((.((((.......)))).))))))}.,,,,{((((({{..,,,,......|,,,,}}},}}{((((((((..(((((....)))))}})..})}}}}..,{{{{{{,,,,,))))))},|......,,....}}|||||.,,,},}}}}.}}},,,}}|.,,}},}}}}}}||||||.}},((((((.((.((((((.((...((({...{(({(((.........)))).)))....)))).)).)))))).)).)))))}....,}},|{,.(((((((.((....((((((.(((((((((....(((....,,)}}...))))))))).))))))....)).))))))).)))}}}}}}}.....((..((((((((.{{.((((.,,.....,.))))..})..))))))))..)).,,,.,,.,..,,,...))))))))))}..(((((......)))))......(((.....)}}.(((((..(((.......})}....))))).....,,,,........,.....