Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353025.2
Sequence Length
2850 nt
GC Content
0.4382
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGAGGAUACUUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAAUGUAUUUCUGAAAAAUAAUCUCCUUAAAAUUGAUUUUGGAGUUUCUCGACUUCUAAUGGGAUCCUGUGACCUGGCCACAACUUUAACUGGAACUCCCCAUUAUAUGAGUCCUGAGGCUCUGAAACACCAAGGCUAUGACACAAAGUCGGACAUCUGGUCACUGGCAUGCAUUUUGUAUGAGAUGUGCUGCAUGAAUCAUGCAUUCGCUGGCUCCAAUUUCUUAUCCAUUGUUUUAAAAAUUGUUGAAGGUGACACACCUUCUCUCCCUGAGAGAUAUCCAAAAGAACUAAAUGCCAUCAUGGAAAGCAUGUUGAACAAGAAUCCUUCAUUAAGACCAUCUGCUAUCGAAAUUUUAAAAAUCCCUUACCUUGAUGAGCAGCUACAGAACCUAAUGUGUAGAUAUUCAGAAAUGACUCUGGAAGACAAAAAUUUGGAUUGUCAGAAGGAGGCUGCUCAUAUAAUUAAUGCCAUGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAAAAACACAUUUAAAAGGAAUGGAAGAAAAGGAGGAGCAACCUGAGGGAAGACUUUCUUGUUCACCCCAGGACGAGGAUGAAGAGAGGUGGCAAGGCAGGGAAGAGGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGACACAAAGACCAUCACCACCAUGGCUGAAGACAUGUCCCCAGGACCACCAAUUUUCAACAGUGUGAUGGCCAGGACCAAGAUGAAACGCAUGAGGGAAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-823.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -877.48
Frequency: 0.0000
Diversity: 677.55
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((............(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((..................(((((((((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))).))))))))).....(((((.((....)).))))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..((((((((((..(((((((....(((((.....))))).((((((..(((((((.........)))))))..))))))...(((((((.(((..(((.(((.(((..((((((((((((.(((....((((((((((((......(((((((....))))))).((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((....((.(((..((((....)))).))).).)....))))))....)))))))))))).....))))))..........((((((((((((..(((((.(((((((.(((.((....((....))......)).)))....)))))))...)))))..)))))))))))).((((......((((.....))))......)))).....((((((((((((((((((..(((.((((((...))))))..)))((((......(((((......((((((..........(((((((...))))))).........)))))).....)))))......)))).((((.....)))).......((..((((((...........((((((((((....................))))).)))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)).)))))))))..)))).))))).........((((((((((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..)))))((.....((((((.(((..((....))...))).)).)))).....))...)))))....................(((......)))........)))))))))..))).)))..)))..))).))))))).(((((.....................)))))......))))))).....((((((......(((((((((......)))))))))...((((((((((((.(((.((((..(((..(((((.(......).)))))...)))..(((.(((((((((((((((((((((..((((((((((....(((((((.((((..((..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).)).))).)))))).......)))).))).))..)))))).........(((....)))....)))).))))))..........((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......))))))))))).)))))))))...........(((((((.((..((..((((((...((((...))))......)))))).))))))))))).................((((((((((((.(((((((((.....(((....)))...........(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))...................((((((((.(((....))).(((....)))....(((((((((((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...(((((((((.((.....(((..(......)..))).....)).)))))))))(((.....))))))))))).))))))))...)))))))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......))))))))))))))))))..)))))))))))))))).......(((((((((((........)))).....((.(((.((((..(((........(((((((..(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))....(((((((...))))))).))))))).......)))..))))))).)).(((.(((.(((((....)))))..)))...))).....(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))....)))))))))))))).))......))))).)))))))..((....))....((((((........((((...)))).......)))))).................)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.(((({{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....((((((((((.,{{........(((((((.(((((..,..((.(((((((.(((..(((..((((((.............,,{,,(((((((((((((((.....{(((((({,.{{{..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))((({{{{{(.((.(((((,,((({.....,.}}}}..|{,...|}}}))))).)).)))))))).)))))).,.})))))))).)}......))))))})}}))))}}.,...,|||,.,,..,,,..,,))).(((((........))))}..))))))..)))..))}..{(((((((((.{((((,,,.,..(((((.....))))).,{{{{{..(((((({{.......})))))))..)}}}}}...,,,|||,,|,.|||||.,..,((({{((({,,{,,(((.(((....((((((((((((......(((((((....))))))).((((((..........)))))).,(((((....))))),..((((((....{(.(((..((((....)))).))).).}....)))))}....)))))))))))).....)))))).......|{.((((((((((((..(((((.((((((({(((.((,...,{....}}......)).)))..},)))))))...)))))..)))))))))))),,{{,.{{{{.(({{....,)))}..{{{{||||{.{{{(({{{(((,(({{,{||||,|||.{(((((...)))))}.,|{|{.{(({{..(((((,.((((({.((((.,{,..{{{,(((((((...)))))))((((...}})))}..,,.....,..........,,,(((({{..{||||.|,....,,..{,(((({{........,((((,(((,,.............,,,,,,,|}}||{|||||(((((.{......).)))}}...{(((((......)))))}.(((((.........))))).}},}}},}))))))))..,.....{{{...)),....|||.,,{,|||(((..((((...(((...((((.............)))))))...))}.,)..))))).}},}}.((((((.(((..((....})...))).)),,))).....,))}.)))))........}}}}}}......(({......))),.,..,,,}}}}})))}..}}}||||{{,},..,})})))})),,)))}}}}...,}}}.,}}}.,}},,))))))}}}}}.}}})}))}..((((,(((..,.{.{{(((((((......)))))))}}.,.(((((((((((,{(((.((((..(((..(((((.{......}.)))))...))).|(((.(((((((((((((((((((((.{,{((((((((....(((((((.((((..((..((((((,,((..((,((((........)))).}},})...}}..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).}).))).)))))),......}))).))).},.,))))}}.........{({,,..}}}....)))).))))))..........((((..(((((((..{(((((...((....))..)))))).......))))))))))),))))))))).........,.{(((((,,{,..{|,.|{{{{{...{{{|,,,)))}......}))))).)))})))})})))}}}}}}..}}))...((((((((((((.(((((((((.....((((({{|||,....|||,..(((((........)))))......({.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).......,(({.......))|||})))}}}..,..|||||{|,,.,||.,,..((((((((((,{((((,,((........{((,((({....}}}).)}},,,,,..))))))))))...(((((((((.((.....(((,{({.......}))),.}}))).)))))))))(((.....))))))))))).))}))),)}..)))))))))...(((((((((((((.,......((((((.(((((..((......))..))))).}))))}.)))))))......)))))))))))))))))).})))))))))))))))|,,{{.,,{,{((,(((((........))))}.},,{|,,{|}||||},|,,.....,,.(((({((..(((.{({{{.,|}}}|.(((((((.(((((...))))).)))))))...,{||{|||.,.})})))}.)}}}}}}......,|||{{|,|||}|.},.,,}.|||,||{||,,..))))),,)))}||}},,....(((((.,..,....(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((({...))))))..,,}}},.,,))))))).))..,...))))).)))))))..{{....}}..,,((((({........,,{{...)))}....,,,)}}}||{{{,,........}}},)))))))))}.
Back