Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353028.2
Sequence Length
2829 nt
GC Content
0.4348
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACCUUAAUCUCAUCUUUAAAAUAAGGAGAAUUACUGAGUGACCUGAAGGACCCUUUUCAGCUGGAAAGUCUGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGAGGAUACUUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAAUGUAUUUCUGAAAAAUAAUCUCCUUAAAAUUGGAGAUUUUGGAGUUUCUCGACUUCUAAUGGGAUCCUGUGACCUGGCCACAACUUUAACUGGAACUCCCCAUUAUAUGAGUCCUGAGGCUCUGAAACACCAAGGCUAUGACACAAAGUCGGACAUCUGGUCACUGGCAUGCAUUUUGUAUGAGAUGUGCUGCAUGAAUCAUGCAUUCGCUGGCUCCAAUUUCUUAUCCAUUGUUUUAAAAAUUGUUGAAGGUGACACACCUUCUCUCCCUGAGAGAUAUCCAAAAGAACUAAAUGCCAUCAUGGAAAGCAUGUUGAACAAGAAUCCUUCAUUAAGACCAUCUGCUAUCGAAAUUUUAAAAAUCCCUUACCUUGAUGAGCAGCUACAGAACCUAAUGUGUAGAUAUUCAGAAAUGACUCUGGAAGACAAAAAUUUGGAUUGUCAGAAGGAGGCUGCUCAUAUAAUUAAUGCCAUGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAAAAACACAUUUAAAAGGAAUGGAAGAAAAGGAGGAGCAACCUGAGGGAAGACUUUCUUGUUCACCCCAGGACGAGGAUGAAGAGAGGUGGCAAGGCAGGGAAGAGGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-819.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -872.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 762.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((................(((((((.((.((.(((.(..((((((((((((....))))))).(((..(((....)))..)))....(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((..................(((((((((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))).))))))))).....(((((.((....)).))))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..((((....))))(((((((....(((((.....))))).((((((..(((((((.........)))))))..))))))...(((((((.(((..(((.(((.(((..(((((((((.((........((((((((((((......(((((((....))))))).((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((....((.(((..((((....)))).))).).)....))))))....)))))))))))).....((((((........))))))(((((((((((..(((((.(((((((.(((.((....((....))......)).)))....)))))))...)))))..)))))))))))..((((......((((.....))))......)))).....((((((((((((((((((..(((.((((((...))))))..)))((((......(((((......((((((..........(((((((...))))))).........)))))).....)))))......)))).((((.....)))).......((..((((((...........((((((((((....................))))).)))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)).)))))))))..)))).))))).........((((((((((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..)))))((.....((((((.(((..((....))...))).)).)))).....))...)))))....................(((......))).....)).)))))))))..))).)))..)))..))).))))))).(((((.....................)))))......)))))))...((((.(((..(((......)))..)))))))........(((((.(((((((((((((((....(((..(((((.(......).)))))...)))((..(((((.(((.....(((......)))((((.((((..(((...))))))).))))..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))((((((((((.((((((((((((((..(((((.((((.(......).))))..)))))....)))).))))))).....((.((........)).)).((((((((...((((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......)))))))))))....(((((((((..((((((((......((((((..(((((.......(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))..((.(((((((.............((((...((((...(((....)))............(((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...))))....))))..............))))))).)))))))....))))))......))).)))))..)))))))))..))))))).)))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......)))))).))))))))....((((...)))).(((....)))..(..((.(((((........))))).))..))))))))))))))..(((((((.(((((((.(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))))).)))))))))))..))))))))..))......(((((((.(((.(......).)))))).)))))))))))).))).)))).)))))(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))...........))))))).))......))))).)))))))..((....))....((((....))))..................)))))..).))).)).))))))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.(((({{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....{(((((((((...............,{{,,,{||{(|((,{{{.{..((({{(((((({....,}}||||,({{..|({|,,.},},.}},....(((((((.(((((..,..((.(((((((.(((..({(..{(((((.............,,{{{(((((((((((((((.....{(((((({,.{{{..((((((.((((((.(.((((((........))))))))))))){(({{{{{(.((.(((((,,((({.....{.||||..{{,...|}}}})))).)).)))))))}.)))))}.,.}))}))))).}}......))))))})}})))}}}.,...,|||,.,,..,,,..,,})}.(((((........))))},,))}}}}..}}),.}}}..{((({,,,|}},{((((({,,..(((((.....))))).{(((((..(((((({{......,))))))))..))))))...{{{{{{{,(({,,(((,(((.(((..(((((((((.((........((((((((((((......(((((((....))))))).{(((({..........}))))).{(((((....))))),..((((((....{(.(((,.((((....)))).))).).}....)))))}....)))))))))))}....,((((((........))))))|((((((((((..(((((.((((((({(((.((,...,(....}}......}}.)))..},)))))))...)))))..)))))))))),..{(({.{{...((((.....))))....,,)))),.,..(((((((({(({{{{|||},|||,|||{||..,|,||||{{{{,,,(({....{(((((.{{{{{.{(({{..........(((((((...)))))))((((...}})))}..,,,...,,,.......}|||.{{{{,...,}}}}.||,.,.{(..((((((...........((((((((((....................))))),}))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)),})))}}},,...,}}}}}}))......|,.|{{,{(((((..((((...(((...((((.............)))))))...)),..)..))))).|,.},.((((((.{{(.,((....}}...))).)),,)))....,})}}.))))}...........,,,,,...}||...}}}})))}.},.)).)))))))))..))).)}|,,}}}..})),)))})))}|||,|,,.......,,{{{.....}})))}|.,....}|}}|}},..(((({(((..,((..,{{{|||{.,},,,))}}}}||{{({((({((((({(,(((((((....,{{..(((((.{......}.)))))...)))|}||{,{{{{|{{{{{,{((({{{{{{,||(((({((((....({{{{{{,|||{,,||..((((((,,((..((,((((........)))).}},}}...}}..)))))),,,{{,,,,,.,,,||,,||||,||}}|||,,.||||}..}}}.,).))),}}))))}....,,}),),)))})...,,|{.((,.......|}.,,..,((((((..,{(((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......))))))))))),.,{{((((((((..((((((((....,.((((((.,(({{,.,||,..(((((........)))))...,,.((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).,((.(((((({.......{{,.{{((({,,.,,.,,,,{{{,,..||,......,},.|,{(,{((((,,((........{((,((({....}}}).},},,,,,..))))))))))....}))})}.))).......,({...}}))))))).)))})))}...)))))).,....))).)))))..)))))))))}.))))))).))))|{{.,.(((((,.{((((((((.{(((((((.......}},.)))))})))))).)))))))).,))})))))).....,})))))))))}}}}..,|||}}}))))||||,...||},,|.{((.({(((........))))).)},|}}}}}))))))))}...,,,||.{((((((..(((.{(,,,.,|}}}}.(((((((.(((((...))))).))))))).,..|||||||.},))})))}.)))}}))......{((((((.(({.{......).}))))).)))),})))))).)))}}))).}},,,{|||(.........(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...}}}}}((((({...))))))...,}}},,,,))))}}}.))..,...))))).))))))}..{{....}}...,{((({.....,,..,,|,...)})},....}}))),,},||}.}}.,,}}})))})))))))))).
Back