Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353036.2
Sequence Length
2637 nt
GC Content
0.4369
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACCUUAAUCUCAUCUUUAAAAUAAGGAGAAUUACUGAGUGACCUGAAGGACCCUUUUCAGCUGGAAAGUCUGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGUCACUGGCAUGCAUUUUGUAUGAGAUGUGCUGCAUGAAUCAUGCAUUCGCUGGCUCCAAUUUCUUAUCCAUUGUUUUAAAAAUUGUUGAAGGUGACACACCUUCUCUCCCUGAGAGAUAUCCAAAAGAACUAAAUGCCAUCAUGGAAAGCAUGUUGAACAAGAAUCCUUCAUUAAGACCAUCUGCUAUCGAAAUUUUAAAAAUCCCUUACCUUGAUGAGCAGCUACAGAACCUAAUGUGUAGAUAUUCAGAAAUGACUCUGGAAGACAAAAAUUUGGAUUGUCAGAAGGAGGCUGCUCAUAUAAUUAAUGCCAUGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAAAAACACAUUUAAAAGGAAUGGAAGAAAAGGAGGAGCAACCUGAGGGAAGACUUUCUUGUUCACCCCAGGACGAGGAUGAAGAGAGGUGGCAAGGCAGGGAAGAGGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-761.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -809.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 763.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((................(((((((.((.((.(((.(..((((((((((((....))))))).(((..(((....)))..)))....(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((..................(((((((((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))).))))))))).....(((((.((....)).))))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..((((....))))(((((((....(((((.....))))).((((((..(((((((.........)))))))..))))))...(((((((.(((..(((.(((.(((..(((((((((.((((((....(((((.............(((((((....))))))).................((((((.((((...((((((.((((((..((..(((((((..((....))..))))))).(((((((((..(((.((((((...))))))..)))((((......(((((......((((((..........(((((((...))))))).........)))))).....)))))......)))).((((.....)))).......((..((((((...........((((((((((....................))))).)))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)).)))))))))....(((...)))..........((.(((((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..))))).))))..)))))).))))))...)).)))))))).....)))))....))))).......................(((......)))......).)))))))))..))).)))..)))..))).))))))).(((((.....................)))))......)))))))...((((.(((..(((......)))..)))))))........(((((.(((((((((((((((....(((..(((((.(......).)))))...)))((..(((((.(((.....(((......)))((((.((((..(((...))))))).))))..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))((((((((((.((((((((((((((..(((((.((((.(......).))))..)))))....)))).))))))).....((.((........)).)).((((((((...((((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......)))))))))))....(((((((((..((((((((......((((((..(((((.......(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))..((.(((((((.............((((...((((...(((....)))............(((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...))))....))))..............))))))).)))))))....))))))......))).)))))..)))))))))..))))))).)))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......)))))).))))))))....((((...)))).(((....)))..(..((.(((((........))))).))..))))))))))))))..(((((((.(((((((.(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))))).)))))))))))..))))))))..))......(((((((.(((.(......).)))))).)))))))))))).))).)))).)))))(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))...........))))))).))......))))).)))))))..((....))....((((....))))..................)))))..).))).)).))))))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.(((({{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....{(((((((((...............,{{,,,{||{(|((,{{{.{..((({{(((((({....,}}||||,({{..|({|,,.},},.}},....(((((((.(((((..,.,((.(((((((.(((..({{..{(((((.............,,{|{(((((((((((((((.....{{((((({,.{{{..((((((.((((((.(.((((((........))))))))))))){(({{{{{(.((.(((((,,((({.....{.||||..{{,...|}}}})))).)).)))))))}.)))))}.,.}))}))))).}}......))))))})}|)))}}}.....,|||,.,,..,,,..,,})}.(((((........))))},,))}}}}..}}),.}}}..{(((|,,,}}},{((({{|,,..(((((.....))))).{(((((..(((((({{......,))))))))..)))))).,,{{{{{{{,(({,,(((,({{.(((..(((((((((.((,((,....{||,{.............(((((((....}))))))....,,........,,.||||||.|((({{.,,,|||}||{({{,,{{.,{{(({{{..{{,,,.}}.,|||||||,{((((({{{.,{{{,{||||{..,)))))},,|||{{((,....,(((((.,,,,,,{{{{{..........(((((((...)))))))((((...}})))}..,,...,,},,......}}||.({((,...,)))}.||,.,.{(..((((((...........((((((((((....................))))),}))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)),})))}}},,...,|||,}}))......||.,,{,,{{(((..((((...(((...((((.............)))))))...))}..)..))))).}}}),.||||||.|||}}|,..,,,}.,,))),}},.,)),,,..,}))}))}},.........,.........,{{{......))).....}).)))))))))..))).}}|,,}}}..})),)))})))}|||,|,,.......,,{{{.....}})))}},,....}|}}|}},..(((({(((..,((..,{{{|||{.,,,,,))}}}}}|{{({((({((((({(,(((((((....,{{..(((((.{......}.)))))...)))|}||{,{{{{|{{{{{{{((({{{{{{,||(((({((((....({{{{{{,|||{,,||..((((((,,((..((,((((........)))).}},}}...}}..)))))),,,,{,,,,,.,,,||,,|||},||}}|||,,.||||}..}}}.,).))),}}))))}....,,}),),)))})...,,|{.((,.......|}.,,..,((((((..,{(((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......))))))))))),.,{{((((((((..((((((((....,.((((((.,(({{,.,||,..(((((........)))))...,,.((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).,((.(((((({.......{{,.{{((({,,.,,.,,,,{{{,,..||,......,}..|,{(,{((((,,((........{((,((({....}}}).},},,,,,..))))))))))....}))})}.))).......,({...}}))))))).)))})))}...)))))).,....))).)))))..)))))))))}.))))))).))))|{{.,.(((((,.{((((((((.{(((((((.......}},.)))))})))))).)))))))).,))})))))).....,})))))))))}}}}..,|||}}}))))||||,...||},,|.{((.({(((........))))).)},|}}}}}))))))))}...,,,||.{((((((,.(((.{(,,,.,|}}}}.(((((((.(((((...))))).))))))).,..|||||||.},))})))}.)))}}))......{{{((((.(({.{......).}))))).)))),})))))).)))}}))).}},,,{|||(.........(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...}}}}}((((({...))))))...}}}},,,,))))}}}.))..,...))))).))))))}..{{....}}...,{{(({.....,,..,,|,...)})},....}}))),,},||}.}}.,,}}})))})))))))))).
Back