Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353037.2
Sequence Length
2430 nt
GC Content
0.4449
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGAGGAUACUUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAAUGUAUUUCUGAAAAAUAAUCUCCUUAAAAUUGGAGAUUUUGGAGUUUCUCGACUUCUAAUGGGAUCCUGUGACCUGGCCACAACUUUAACUGGAACUCCCCAUUAUAUGAGUCCUGAGGCUCUGAAACACCAAGGCUAUGACACAAAGUCGGACAUCUGGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGACACAAAGACCAUCACCACCAUGGCUGAAGACAUGUCCCCAGGACCACCAAUUUUCAACAGUGUGAUGGCCAGGACCAAGAUGAAACGCAUGAGGGAAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-718.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -762.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 490.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((............(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((..................(((((((((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))).))))))))).....(((((.((....)).))))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..((((((((((..((((((((...(((((.....)))))....(((((.(((((.(((.(((((((...))))))).(((((.((....((((((....))))))..)).)))))(((((........)))))...........(((((((.(((((.(((.................))).))))).)))))))..)))))))).))))).........)))))))).....((((((..((((...))))..((((.....))))........((((((........))))))(((((((((((..(((((.(((((((.(((.((....((....))......)).)))....)))))))...)))))..)))))))))))...((..((((((.((((.....((((((((((((......((((((..(.(((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..)))(((((((...((((.((((((((........))))(((...(((((..((((((((((....................(((......)))(((..((((....))))..)))((((((......)))))).....))))).)))))...........)))))....))))))))))))))))))..((((((((((..((((((((((....(((((((.((((..((..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).)).))).))))))).....................((.((........)).))...)..))))))((((..((((.....((...((....))...)).......))))))))))))))))))))((((((((((((((..(((..(((.(((.........((((.......))))))).)))..))).)))))))).....))))))....)))).)))))).)).....)))))).((((((((((((.(((((((((.....(((....)))...........(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))...................((((((((.(((....))).(((....)))....(((((((((((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...(((((((((.((.....(((..(......)..))).....)).)))))))))(((.....))))))))))).))))))))...)))))))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......))))))))))))))))))........)))))))))).......(((((((((((........)))).....((.(((.((((..(((........(((((((..(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))....(((((((...))))))).))))))).......)))..))))))).)).(((.(((.(((((....)))))..)))...))).....(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))....)))))))))))))).))......))))).)))))))..((....))....((((((........((((...)))).......)))))).................)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.((((,{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....((((((((((.,{{........(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((.............,{{,,(((((((((((((((.....((((((((..(({..((((((.((((((.{.((((((........))))))}))))))(((((((((.((.(((((.,({{{.....,.}}}}..|,....,))}))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))))))))))))),,,..,|||,.,,..,,,..,,))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..{(((((((((.,(((({{{{...(((((.....))))).,{,(((,,{(((((,({,.,,,,|||}}})),,)))||{{{{.{{....{{{{||,,,.}}}|||,,||.}}}||((((,........|||||{,,,,,,....,,((((({(,,,,,|||}}}.,,,,,,.......,,,,))))).||||||,..,)))))),.|||||,....,,.,||}}||||....,|||{||,.|{{,...)))),.,{{,,,,,,)))),,,....,((((((........))))))|((((((((((..(((((.((((((({(((.((,...,{....}}......)).)))..},)))))))...)))))..))))))))))}...{(..((((((.((((.....((((((((((((......((((((..(.(((..((((...(((...((((.............)))))))...}},.,}..}}}(((((((...((({{((((((((........)))){((...((({,..{({(((((({....................(((......)))......{,{..,,}}||.,|..((((((......)))))).,,.,))))},}})))...........}))))....})})))))))))))))))..{(((((((((.{.(((((((((....(((((((.((((..((..((((((,,((..((,((((........)))).}},}}...}}..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).}).))).))))))).........,},},.......((.((........)).))...}..))))))((((..((((.....{(,..((....))...}),......))))))))))))))))))))((((((((((((((..(((..(((.{{{.......,.{{{{.......})))))).)))..))).)))))))).....))))))....)))).)))))).}).,,..)))},,.((((((((((((.(((((((((.....(((((({|||,....|||,..(((((........)))))......({.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).......,(({.......))|||})))}}}..,..|||||{|,,.,||.,,..((((((((((,{((((,,((........{((,((({....}}}).)}},,,,,..))))))))))...(((((((((.((.....(((,{({.......}))),.}}))).)))))))))(((.....))))))))))).))}))),)}..)))))))))...(((((((((((((.,......((((((.(((((..((......))..))))).}))))}.)))))))......)))))))))))))))))).,,,,,,,)))))))))|,,,{.,,{{{((,(((((........))))}.|,.{{.,{{,|||{,,|{{.....,,,(((({{(.,(((.{({{{,{|}}}|.(((((((.(((((...))))).)))))))...,{{|{|||.,.})})))}.}}}}||}.......|}},,)})}}}|,},.||}.{{|,{({{{....)))))..)))||||,,.....||||(,,,,,,...(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...}}}}}((((({...)))))).,,,})),,,,))))))).))......))))).)))))))..{{....}}..,,((((({........,,{{...)))}....,,,)}}}||{{{,,........}}},)))))))))}.
Back