Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353040.2
Sequence Length
3033 nt
GC Content
0.4359
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACCUUAAUCUCAUCUUUAAAAUAAGGAGAAUUACUGAGUGACCUGAAGGACCCUUUUCAGCUGGAAAGUCUGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUUCUCUCACUGAGAAAUGGGAUGGGGGAAUACUAUACAAUAGUGUGCUGACUGCAAUAUCAAAACUUCUAGACCCUGAAUAUGAAACAAGAAGAAAGCUCUACCUCUGAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGAGGAUACUUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAAUGUAUUUCUGAAAAAUAAUCUCCUUAAAAUUGGAGAUUUUGGAGUUUCUCGACUUCUAAUGGGAUCCUGUGACCUGGCCACAACUUUAACUGGAACUCCCCAUUAUAUGAGUCCUGAGGCUCUGAAACACCAAGGCUAUGACACAAAGUCGGACAUCUGGUCACUGGCAUGCAUUUUGUAUGAGAUGUGCUGCAUGAAUCAUGCAUUCGCUGGCUCCAAUUUCUUAUCCAUUGUUUUAAAAAUUGUUGAAGGUGACACACCUUCUCUCCCUGAGAGAUAUCCAAAAGAACUAAAUGCCAUCAUGGAAAGCAUGUUGAACAAGAAUCCUUCAUUAAGACCAUCUGCUAUCGAAAUUUUAAAAAUCCCUUACCUUGAUGAGCAGCUACAGAACCUAAUGUGUAGAUAUUCAGAAAUGACUCUGGAAGACAAAAAUUUGGAUUGUCAGAAGGAGGCUGCUCAUAUAAUUAAUGCCAUGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAAAAACACAUUUAAAAGGAAUGGAAGAAAAGGAGGAGCAACCUGAGGGAAGACUUUCUUGUUCACCCCAGGACGAGGAUGAAGAGAGGUGGCAAGGCAGGGAAGAGGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGACACAAAGACCAUCACCACCAUGGCUGAAGACAUGUCCCCAGGACCACCAAUUUUCAACAGUGUGAUGGCCAGGACCAAGAUGAAACGCAUGAGGGAAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-874.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -929.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 745.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((...((((........))))....((((((((((((........((((((....))))))((((((..(((((...(((((..((((((..........(((((((((((((((((((...(((..((((....)))).)))...)))).)))).(((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))))))((((((....)))))).)))))))))))..((.((..(((((((...))))))).....)).)).........(((((((...(((((.((((.....(((((......(((((.....)))))............((..(((((........)))))..))....((((((((((((((((((((((..(((((((....(((((.....))))).((((((..(((((((.........)))))))..))))))...(((((((.(((..(((.(((.(((..(((((((((.((........((((((((((((......(((((((....))))))).((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((....((.(((..((((....)))).))).).)....))))))....)))))))))))).....((((((........))))))(((((((((((..(((((.(((((((.(((.((....((....))......)).)))....)))))))...)))))..)))))))))))..((((......((((.....))))......)))).....((((((((((((((((((..(((.((((((...))))))..)))((((......(((((......((((((..........(((((((...))))))).........)))))).....)))))......)))).((((.....)))).......((..((((((...........((((((((((....................))))).)))))(((((.(......).)))))...((((((......)))))).(((((.........))))).))))))..)).)))))))))..)))).))))).........((((((((((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..)))))((.....((((((.(((..((....))...))).)).)))).....))...)))))....................(((......))).....)).)))))))))..))).)))..)))..))).))))))).(((((.....................)))))......))))))).....((((((......(((((((((......)))))))))...((((((((((((.(((.((((..(((..(((((.(......).)))))...)))..(((.(((((((((((((((((((((..((((((((((....(((((((.((((..((..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).)).))).)))))).......)))).))).))..)))))).........(((....)))....)))).))))))..........((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......))))))))))).)))))))))...........(((((((.((..((..((((((...((((...))))......)))))).))))))))))).................((((((((((((.(((((((((.....(((....)))...........(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))...................((((((((.(((....))).(((....)))....(((((((((((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...(((((((((.((.....(((..(......)..))).....)).)))))))))(((.....))))))))))).))))))))...)))))))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......))))))))))))))))))..)))))))))))))))....)))))..((.(((((........))))).)).))).)))))))))).)))).)))))))))))).(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))....))))))..))))).)))))))))))......(((((((.(((.(......).)))))).))))...(((......)))........(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))...))))))))))))(((((.(((((((..((..((......((....))......))..))..)))))))))))).............((((((.......)))))).)))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.(((({{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....{(((((((((....,,,........,||,..,,{(({(({((({{,,({({{{((((({....,}}||||{(((..|(({||.,.|{{||..{{{(((,,{,.,{{{,(((((((((((((((((((...{{{..{(({....,}}}.}}}...))))|||||.(((((((((.....((((((((..(({..((((((.((((((.{.((((((........))))))}))))))(((((((((.((.(((((.,({{{.....,.}}}}..|,....,))}))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......))))))))){{(((|....}))))).)))))))))))..{{{((,.(((((((...))))))){{.....}),.........{{(({{{...|{{{{.{(((...,,(((({..,...(((((.....))))).....,,.....{|..(((((........))))},,||....((((((((((((((((((((((..(((((((,...(((((.....))))).{(((((..(((((({{,,.....})))))))..))))}|.,,,({,{{,,(({|||{{.|||,(((.|({{|{{(((,({........{(((((((((({......(((((((....})))))).{{{{{{..........}))))).|(((((....)))))}..{({{({....{{.{{{,,(({{....)))).))}.|.|....))))},.,..}))))))))))}....,((((((........))))))|((((((((((..(((((.((((((({(((.((,...,{....}}......}).)))..},)))))))...)))))..))))))))))}...{{,.({{,.((((.....)))}..{{{{||||{.{{{(({{((((,(({{,{||||,|||.{(((((...)))))|.,|{|{.((({{..(((((,.((((({.((((.,,,..{{{,(((((((...)))))))((((...}})))}..,,.....,........,.,,,(((({,..{||||.||....,{..{{((((,,........,(((({((({,.............,,,,,..}}}||{|||||(((((.{......).))))}...{(((((......)))))}.(((((.........))))).}},)}},})))))))).,,.....||{.,,)),....,||.,,{,|{{(((..((((...(((...((((.............)))))))...))}..)..))))).}},)}.((((((.(((..((....}}...))).)),,))).....,))}.)))))........}}}}}}......{{{......))),.,..}},}}}}}))))..})},|||{{}}}..}))})))))),.|||||},...,,},..}}}.,},,.})))))}}}},.)))))))}..((((,(((..,.{.{{(({{{({..,.,.))}})})}}.,.(((((((((((,{(((.((((..(((..(((((.{......}.)))))...))).|(((.(((((((((((((((((((((.{,{((((((((....(((((((.((((..((..((((((,,((..((,((((........)))).}},})...}}..))))))..............))..)))).)))))))...)))))..))).}).))).)))))),......}))).))).},.,)))))).........{({,,..}}}....)))).))))))..........((((..(((((((..{(((((...((....))..)))))).......))))))))))),))))))))).........,.{(((((,,{,..{{,.{{{{{{...{(((...)))}......}))))).)))})))))))})}}},}}..}}}}...((((((((((((.(((((((((.....(((((({|||,....|||,..(((((........)))))......({.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).......,(({.......))|||})))}}}..,..|||||{|,,.,||.,,..((((((((((,{((((,,((........{((,((({....}}}).)}},,,,,..))))))))))...(((((((((.((.....(((,{({.......}))),.}}))).)))))))))(((.....))))))))))).))}))),)}..)))))))))...(((((((((((((.,......((((((.(((((..((......))..))))).}))))}.)))))))......)))))))))))))))))).,)))))})))))))))....}))))..{(.(((((........))))).)}.))).)))))}}))),))}}.}}}}||||}}|}.(((.((.,,..})))).(((((((.(((((...))))).)))))))....}))}))..}})))|})},||}||||.......,,|{{|.|||,|}}..}|}.|||,||{||,,..}))))..)))||||.,.....||||(,,,,.....(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...}}}}}((((({...))))))...))))}}}})))}||,||,|||||{|,,||.}}}}}},..|{....}}..,,{{{{{.....,,,,||||...)}}}.....},}}},}}|||},,,...,},}}},)))))))))).
Back