Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353044.2
Sequence Length
2514 nt
GC Content
0.4419
ACGGUUCCAAACAGCCGUGGCCCGCGGUGUCUGGCGCUCGGUGGGUGUGGUUGCCCCUAGUUUGAGGCCUGCCCGAUUACCCGCAAGACUUGGGCAGCCCCGGGCGCCGCUCCGACCACGACAGGGAAAGGAACCUUAAUCUCAUCUUUAAAAUAAGGAGAAUUACUGAGUGACCUGAAGGACCCUUUUCAGCUGGAAAGUCUGAACUGACCAACACUGGAUGAAUUUGACCAUUUCUUAGGAGACUGGAAUGUUAAGUUUCUAUAAAUGAAUGAACCAGUUCUCUCUUGUUUGGAGCAAUGCUGAAAUUCCAAGAGGCAGCUAAGUGUGUGAGUGGAUCAACAGCCAUUUCCACUUAUCCAAAGACCUUGAUUGCAAGAAGAUACGUGCUUCAACAAAAACUUGGCAGUGGAAGUUUUGGAACUGUCUAUCUGGUUUCAGACAAGAAAGCCAAACGAGGAGAGGAAUUAAAGGUACUUAAGGAAAUAUCUGUUGGAGAACUAAAUCCAAAUGAAACUGUACAGGCCAAUUUGGAAGCCCAACUCCUCUCCAAGCUGGACCACCCAGCCAUUGUCAAGUUCCAUGCAAGUUUUGUGGAGCAAGAUAAUUUCUGCAUUAUCACGGAGUACUGUGAGGGCCGAGAUCUGGACGAUAAAAUUCAGGAAUAUAAACAAGCUGGAAAAAUCUUUCCAGAAAAUCAAAUAAUAGAAUGGUUUAUCCAGCUGCUGCUGGGAGUUGACUACAUGCAUGAGAGGAGGAUACUUCAUCGAGACUUAAAGUCAAAGAAUGUAUUUCUGAAAAAUAAUCUCCUUAAAAUUGGAGAUUUUGGAGUUUCUCGACUUCUAAUGGGAUCCUGUGACCUGGCCACAACUUUAACUGGAACUCCCCAUUAUAUGAGUCCUGAGGCUCUGAAACACCAAGGCUAUGACACAAAGUCGGACAUCUGGCAAAAAAGGAUCCACCUGCAGACUCUGAGGGCACUGUCAGAAGUACAGAAAAUGACGCCAAGAGAAAGGAUGCGGCUGAGGAAGCUCCAGGCGGCUGAUGAGAAAGCCAGGAAGCUGAAAAAGAUUGUGGAAGAAAAAUAUGAAGAAAAUAGCAAACGAAUGCAAGAAUUGAGAUCUCGGAACUUUCAGCAGCUGAGUGUUGAUGUACUCCAUGAAAAAACACAUUUAAAAGGAAUGGAAGAAAAGGAGGAGCAACCUGAGGGAAGACUUUCUUGUUCACCCCAGGACGAGGAUGAAGAGAGGUGGCAAGGCAGGGAAGAGGAAUCUGAUGAACCAACUUUAGAGAACCUGCCUGAGUCUCAGCCUAUUCCUUCCAUGGACCUCCACGAACUUGAAUCAAUUGUAGAGGAUGCCACAUCUGACCUUGGAUACCAUGAGAUCCCAGAAGACCCACUUGUGGCUGAAGAGUACUACGCUGAUGCAUUUGAUUCCUAUUGUGAAGAGAGUGAUGAGGAGGAAGAAGAAAUAGCGUUAGAAAGACCAGAGAAAGAAAUCAGGAAUGAGGGAUCCCAGCCUGCUUACAGAACAAACCAACAGGACAGUGAUAUCGAAGCGUUGGCCAGGUGUUUGGAAAAUGUCCUGGGUUGCACUUCUCUAGAUCAGCCAUGCAGAAGCUGGGGACAGAAGUAUUUGAAGAGGUCUAUAAUUACCUCAAGAGAGCAAGGCAUCAGAAUGCUAGCGAAGCAGAGAUCCGCGAGUGUUUGGAAAAAGUGGUGCCUCAAGCCAGCGACUGUUUUGAAGUGGACCAGCUCCUGUACUUUGAAGAGCAGUUGCUGAUCACGAUGGGAAAAGAACCUACUCUCCAGAACCAUCUCUAGGCAACUAUCAAAAAGAAGCAGAAGUUCAAGUGGACAAAUUUAUGUGAAAAUUCAUUUAACAUAUAAGCUGAACUCUAUUAUGGGGAAUGGAUACAAAAGCAGAGCUCCCAUCUUGACUUUCAAUUCCUCAUCAGAAGUACUGGCUUCUUUAGAGAGUAGUAAGCAUGGCUGCCUAUGCUUGGAGUCAUAAGUGUUAUUUGGACUAUACCCUGAGAUAAGCUUAUAGAUCAAGUUUGGCUCCCUUGAAAAGCAUUUCUCUCAUGUGCGCCCUCAGGGCUUCCAGCAGGAUUGAGUCACCCUGACGAUGACCGGGGAGAAGCCGUGUGCUCUUCAUUAUUUUCAGCUGGAGGACAGAGCUCAGUGCCUGACUGCCUAGGGUCUCAUGGACUGUAGGCAGCCUGCCAGUGAAGGUCACUGGACUCUAGCCUACAACAUGCUGAGCUACAGCCCAGAAGCCAGACAUGCCUGUCUUAGCUGACCUGUUUUUGGUCCACUUUUGCCCUUCCAUGACUAAUAAGGAAGAUAUGUGUGUAUUUCAUACACACACAAGGACCUGGAUUAAAAAUCCAAAAAGUGAUUCUCUUCUAUGAUUUAUUUCAAACUCAUCCAUAGAUAAUUCAAGAUUUGUAUUCAAAAUAAACAUAGUUUUCACAGUUACAAAAUAAAUCACCUAUUUUAUCUUUUCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-740.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -788.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 709.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((.(((.(((((...)))))))).))).))).(((.((.(((((.((((.......(.(((.(((((((((........)).)))))))))).)))))))))).)).))).....((((((((((................(((((((.((.((.(((.(..((((((((((((....))))))).(((..(((....)))..)))....(((((((.(((((.....((.(((((((.(((..(((..((((((..................(((((((((((((((.....((((((((..(((..((((((.((((((.(.((((((........)))))))))))))(((((.(((.((.(((((..((((.......))))..(((....)))))))).)).)))))))).))))))...))))))))).))......)))))).))))))))).....(((((.((....)).))))).(((((........)))))..))))))..)))..)))..((((....))))(((((((....(((((.....))))).((((((..(((((((.........)))))))..))))))...(((((((.(((..(((.(((.(((..(((((((((.((........((((((((((((......(((((((....))))))).((((((..........))))))..(((((....)))))...((((((....((.(((..((((....)))).))).).)....))))))....)))))))))))).....((((((........))))))(((((((((((..(((((.(((((((.(((.((....((....))......)).)))....)))))))...)))))..)))))))))))...(((......((((.....))))......)))..........((((((((((..((((...(((...((((.............)))))))...)))..)..)))))((.....((((((.(((..((....))...))).)).)))).....))...)))))....................(((......))).....)).)))))))))..))).)))..)))..))).))))))).(((((.....................)))))......)))))))...((((.(((..(((......)))..)))))))........(((((.(((((((((((((((....(((..(((((.(......).)))))...)))((..(((((.(((.....(((......)))((((.((((..(((...))))))).))))..((((((..((..(((((((........))))...)))...))..))))))((((((((((.((((((((((((((..(((((.((((.(......).))))..)))))....)))).))))))).....((.((........)).)).((((((((...((((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......)))))))))))....(((((((((..((((((((......((((((..(((((.......(((((........)))))......((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...))(((((((((((((((((((((.....)))...)))))..)))))))))))))..((.(((((((.............((((...((((...(((....)))............(((.(((((.((........(((.((((....)))).))).......))))))))))...))))....))))..............))))))).)))))))....))))))......))).)))))..)))))))))..))))))).)))))...(((((((((((((........((((((.(((((..((......))..))))).)))))).)))))))......)))))).))))))))....((((...)))).(((....)))..(..((.(((((........))))).))..))))))))))))))..(((((((.(((((((.(((.((.....))))).(((((((.(((((...))))).)))))))))).)))))))))))..))))))))..))......(((((((.(((.(......).)))))).)))))))))))).))).)))).)))))(((((.........(((((...........)))))...(((((((((...)))))))))...)))))((((((...))))))...........))))))).))......))))).)))))))..((....))....((((....))))..................)))))..).))).)).))))))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((.(({,(((((...)))))))).))).))}.(((.((.(((({{((((.......{.((,{(((((((,,........},.)))))))))),}))))))))).)).))).....{(((((((((...............,{{,,,{||{(|((,{{{.{..((({{(((((({....,}}||||,({{..|({|,,.},},.}},....(((((((.(((((..,..((.(((((((.(((..({(..{(((((.............,,{{{(((((((((((((((.....{(((((({,.{{{..((((((.((((((.(.((((((........))))))))))))){(({{{{{(.((.(((((,,((({.....{.||||..{{,...|}}}})))).)).)))))))}.)))))}.,.}))}))))).}}......))))))})}})))}}}.....,|||,.,,..,,,..,,})}.(((((........))))},,))}}}}..}}),.}}}..{((({,,,|}},{((((({,,..(((((.....))))).{(((((..(((((({{......,))))))))..))))))...{{{{{{{,(({,,(((,(((.(((..(((((((((.((.,,.....((((({{{{{{{......(((((((....})))))).,{{{{,..........}))))}.{((({(.,,.|||}||,,(({{((...,((,(((,,((((....)))).))}.}.|....}||||,....|||||||||||,....,((((((........))))))|((((((((((..(((((.((((((({(((.((,...,(....}}......}}.)))..,,)))))))...)))))..)))))))))),...,,..{{,,.{{,{.,...|||{{...,|))),.....,},.|||,((({((,.{{||,.,|{{...{|||,,,,,,,,.....))))}}}...}},..)..))))},|.,}..||||||.||||||{....,}..,))),}}..})).....,,.}}))},.....................(((......))).....}).)))))))))..))).)}|,,}}}..})),)))})))}|||,|,,.......,,{{{.....}})))}|.,....}|}}|}},..(((({(((..,((..,{{{|||{.,},,,))}}}}||{{({((({((((({(,(((((((....,{{..(((((.{......}.)))))...)))|}||{,{{{{|{{{{{,{((({{{{{{,||(((({((((....({{{{{{,|||{,,||..((((((,,((..((,((((........)))).}},}}...}}..)))))),,,{{,,,,,.,,,||,,||||,||}}|||,,.||||}..}}}.,).))),}}))))}....,,}),),)))})...,,|{.((,.......|}.,,..,((((((..,{(((((((((((......((((..(((((((..((((((...((....))..)))))).......))))))))))),.,{{((((((((..((((((((....,.((((((.,(({{,.,||,..(((((........)))))...,,.((.(((((((((((((((.(((...........))).)))))))........))))))))...}}(((((((((((((((((((,{.....,,}}.}))))),.})))))))))))).,((.(((((({.......{{,.{{((({,,.,,.,,,,{{{,,..||,......,},.|,{(,{((((,,((........{((,((({....}}}).},},,,,,..))))))))))....}))})}.))).......,({...}}))))))).)))})))}...)))))).,....))).)))))..)))))))))}.))))))).))))|{{.,.(((((,.{((((((((.{(((((((.......}},.)))))})))))).)))))))).,))})))))).....,})))))))))}}}}..,|||}}}))))||||,...||},,|.{((.({(((........))))).)},|}}}}}))))))))}...,,,||.{((((((..(((.{(,,,.,|}}}}.(((((((.(((((...))))).))))))).,..|||||||.},))})))}.)))}}))......{((((((.(({.{......).}))))).)))),})))))).)))}}))).}},,,{|||(.........(((((.,.........)))))...(((((((((...)))))))))...}}}}}((((({...))))))...,}}},,,,))))}}}.))..,...))))).))))))}..{{....}}...,{((({.....,,..,,|,...)})},....}}))),,},||}.}}.,,}}})))})))))))))).
Back