Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353053.1
Sequence Length
3529 nt
GC Content
0.5684
ACCGCCGACCCACGGGCUAGCCACGGCCUGACGGGGCCUGGCCCCGGGGCGCCGCCCGCCUGCGGCCCAGUCUCCACCGUCCCCACACACGCCCCUCUGAAGAACCCGGCGCGAGGAGGCUGGAGUGCAAUGGCACGAUAUCAGCUCACUGAAGCCUCCACCUCCUGGGCUCAAGCACUCCUCCCACCUCAGCCCCCCAGGUAGCUGAGACUACAGGAAUGGAUAAAGCACGGAGAGGAACCAAGAAUGUGCUCAGAAAAAAAUCCUUCCUCACUGAAACCAGGACUAAGGAAAGGAGAUUCCCUUCUACCAUCCAUGGACUCAGGCUGACGGAGCACGCUGCCUGUCUGUGUCUCUCCGUUUCUCUCUCUGGAACGUUGUCAGAUGUCACGGCGGAGGGAAAAGAGACCUGGAAUGACUUGCCGAAUUUUUAGCCCAUAACCAGGCACUGUGUAAACCGCUUUACCUCAUUCAGUCUUUGCAAUUAUACCACAAGGUCACACUGUUUAGAAGGAGAAAGAAGAGCUCGCUGUGAAAAACGCUCCACAAUGCUGCAGAGCCUUGUGAAGGUGGAAGAGUACUCUCAUCAGCAAACGGCAUUCCUUCCAUGGAAAAUGUCAUUGGGAGGAAAGCAGGGACAAACUACAAGGCAUUCGAUGCUCAACAAAUACUUGUGCUGAUAACUUCUCUUUCUGAAGCCAGCUCCAGGAGAGGUCUGUAAUCAGAAGAGCCCCUGAACCCUGAAGCCUCCUGGGCUGCCCAGCCCAGGCAUCUCCUCUCCUCACUCUGGGAAGGAGGUGGUCUUCUGGCAAAAGAAGAUAUCAAAGUUCUUCCAUCAGAGGAGAUCCUUAUCAGCAAGACAUUCACUCUGAGAAGCCACGGUCCCUGUCAUUGUGCUGAGAGUCUUUUUCUCACUGAGUCUUCUCAACCGCCCCAUGAAGCGGCAAUUCAGGAUGCCCAUUUGACAAACGAGGAAACGGAGACUUAGACAUGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1374.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1434.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 1011.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((((.(((((....)))))))))...((((((((((......)))))............)))))((((((((((.(((....((.(((((.....(((((((..((((....(((.........)))))))..))))))).....))))).))((((((((((.....((((((((....))..)))))).....)))).(((((((((...(((.((((........((....))........)))))))...((((..((((((....((((.(((...))).))))....))).)))..))))((((...((((..(((((.((((((....((((((((((.(((.........((((((((((((((((((((((.........)))((....((.((((....................))))..)).....))(((((..((..(((..(((..(((.....(((....))).....)))..)))..)))..)).))))))))))))))......((.(((((.(((....))).))))).))(((((((((.(((((((...((((......(((((((((..((.....))..))))))))).((((((((.........(((........((((...........(((((((((..((((((.((((.....(((.((((..(((((((....))))......)))....)))).)))..((((((((....))))))))((((((((.((((......))))))))))))(((((((......)))))))...............))))))))))...)))))))))............))))..)))...))))))))..))))..))))))).)))))).)))((((....))))...((........))((((........))))))))))))))..)))))))))))))..)))))).))))))))).))))...))))))))))))))).(((((((.(((.((.(.....(((((((.(((...((.((((((.((..(((((((((.......((.(((((((((((....((((((.((((....(((.(((..(((((..((((((((((((((((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....)))).((((.....((((...)))))))).))))..)))))))..............(((((((.((.....)).)))))))...(((.((((((.(((..((((((((.((...((((((((((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).))).....((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))..((.((((......)))).))(((((.....(((((((((((.((((((.(((....(((.....))).....))).)))).)))))..(((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...))))))))))(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))............(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....))))))..)..))))))))))))).......))).))))))))))))))...)))).)))))))....(((((((..(((....((((((...))))))...)))......)))))))......)))))....)))))..))....))))))))..)))......)))))))))...))).)))))............(((((((((((((..((((.((((..(.((((((.(.(.((((((((((....(.(((....))).)((((((....)))))))))))))))).)))))))).)..)))).))))............((.((((((......))))))))...)))).)).)))))))..))).)))....)))))))).))....))))))))))).)).)))))))))..(((((.(((........)))..)))))....)).))).))).))...))).)))))))...))).))))))))))(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))))).).)))))))))((.(((((((.................))))))).))....))))))(((((..(((...)))..)))))........((((((((...((((.(((........)))))))...))))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,{{.,.{{(,(((({{,((((.(((((....)))))))))}}}||({{(((((......)))))...|,,,,{,,,|,,,,(((((((((,.{((,...{,.,,,(({{,,.(((((((..{((({...{||,,....{{{|,,}})),,))))))).,,.||}|||{|,((((((((((.....((((((,{,...})..)))))).....)))).(((((((((...(({{((((........{{....,,........}}}))))|}.((((..((((((....(({{.(({...,}),))))....))).)))..))))((((...(((({,,((((.((((((.({,{(((((((((.(((........{(((((((((((((((((((.((....{,{(.{{(((.{{{...,{{,,.....,,.}}.},,..}}})),.}},}.....}}(((({..,{,.{((..(((..(((.....(((....))).....)))..)))..)))..,}.}))))}))))))))....,.((.(((((.(((....))).))))).}}||(((((((.(((((((.{{(((,...,,.(((((((((..({.....))..))))))))).((((((((.........((({(...}})}}..,{{,....}})|((((((((..(((({{{((((.,...(((.((((,{,((((((....)))}....,,}))....)))).)))..((((((((....))))))))((((((((.(((,......))))))))))))(((((((......)))))))..........,....))))))))))...)))))))),.,....,,....}},},,,,,...))))))))..,}})),)))))))})))))).)}}{(((....)))}.{{((........))||{{........}})})))))))))),})))))))))))))).)))))).))))))))).)))),,,))))))))))))))).|||||,||,{{.{|}|||.,,(((((((.(((...((.((((((,((.{{((((((({.......{{,({(((((((((..,.(((((,,{(((,...(((.(({..{{{{|,,|{{(((((((((((((.((((((((((((,.,..(((((........))))).,{....,}),)))))))))))).))((((....)))).{(((...,.({{{...}))})))).)))}..)))))))......,|||....(((((((.((.....)).))))))),..|{|,{{{|||,|{{,|||{{{{{,.((,{.((({(((.{{.|||{|||.||||..{|||{,|||||{{{(,({{({(((,{((((({,{(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).)))))..,,{|||||,,||,|,|||,|||...,|,||||{{{||{{.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......{((((({.,,(((((((((..((((((.....{{{......)))(((((({,,,..((((..((,....)}..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...{,{((.((((.((((((((((.((......)).)))}}(((((((({..,(((((,{(((.((.,{,,.(((.((((({(({..((,(({...))).}}..((((((.(((.(((,,,..((((,.{,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....))}.)))..}))))).(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...,(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...(((((((.({{{{((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))||}||||||}|||||,{{{(({{{{{{{,,||{{||||(({{{{|.,{||(({({{{,((({{{.|||.,..|||,.||.}||,,{{{|||,||||.||{|||.,||||||..((((.((........)).))))|{{,||||||{{,,|||||||{||...}}}}|||}},{({{(|({{{,.,,.{(((,,{{,,(((((((.((((......)))))))))))..}}..,||||.,}||,|||}}.,{{.,,,,,,,({{,,,,,}}}||(({,...,,,,,||||,,{{{{,.},}.)))})))).}})},)))))}.))))),....}}),))))))).))},}.,}})}.))))))))))))))..})})}.)))))))|}|.,||||||,.{{{,|,,||||||}|||}}}}},}|}}}||,...})))))),,.)).),})),..,))))}..}},,..|},|||||..,,)}}}}.}))))}}}}|||||}}.}||||{,.....,}}},{{{((({{{{{{{..(((|.((((..{.((((((.{{{,|{((((((((,..(({.{{.,,||,,.,,,{|||.,,.)))}},))))))))))|).)))))).}..)))).}))).,{.,{{{{..{((.((((((......))))))}}...}))).}}.}))))))..|||,|}|,...}))|}||),)}....)))))}}}))),)).}))}||}||..{||||.{((........))),,))))),.}))),))).)}}.}}...))).))))))),,|,}}.}}}}})))||(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))),),),)))))))}},},||||||{.,.,.,,,,,,,,,,,.,,}}.}}.}.....)))))){|{{{..,,....,)}..))))}......,,{(((((((...({,(((((........)))))}}...))))))))..))),,
Back