Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353054.1
Sequence Length
3458 nt
GC Content
0.5703
ACCGCCGACCCACGGGCUAGCCACGGCCUGACGGGGCCUGGCCCCGGGGCGCCGCCCGCCUGCGGCCCAGUCUCCACCGUCCCCACACACGCCCCUCUGAAGAACCCGGCGCGAGGAGGCUGGAGUGCAAUGGCACGAUAUCAGCUCACUGAAGCCUCCACCUCCUGGGCUCAAGCACUCCUCCCACCUCAGCCCCCCAGGUAGCUGAGACUACAGGAAUGGAUAAAGCACGGAGAGGAACCAAGAAUGUGCUCAGAAAAAAAUCCUUCCUCACUGAAACCAGGACUAAGGAAAGGAGAUUCCCUUCUACCAUCCAUGGACUCAGGCUGACGGAGCACGCUGCCUGUCUGUGUCUCUCCGUUUCUCUCUCUGGAACGUUGUCAGAUGUCACGGCGGAGGGAAAAGAGACCUGGAAUGACUUGCCGAAUUUUUAGCCCAUAACCAGGCACUGUGUAAACCGCUUUACCUCAUUCAGUCUUUGCAAUUAUACCACAAGGUCACACUGUUUAGAAGGAGAAAGAAGAGCUCGCUGUGAAAAACGCUCCACAAUGCUGCAGAGCCUUGUGAAGGUGGAAGAGUACUCUCAUCAGCAAACGGCAUUCCUUCCAUGGAAAAUGUCAUUGGGAGGAAAGCAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGGACAAACUACAAGGCAUUCGAUGCUCAACAAAUACUUGUGCUGAUAACUUCUCUUUCUGAAGCCAGCUCCAGGAGAGGUCUGUAAUCAGAAGAGCCCCUGAACCCUGAAGCCUCCUGGGCUGCCCAGCCCAGGCAUCUCCUCUCCUCACUCUGGGAAGGAGGUGGUCUUCUGGCAAAAGAAGAUAUCAAAGUUCUUCCAUCAGAGGAGAUCCUUAUCAGCAAGACAUUCACUCUGAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1357.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1413.45
Frequency: 0.0000
Diversity: 1069.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((((((.(((((....)))))))))...((((((((((......)))))............)))))(((((((((..(((((..((.((((((((.((((((((((.((((....))))....((((....)))).((((((((((...((((((.....(((((.....((((((((....))..)))))).....(((((.((((..((((((...............)))))).........)))))))))..((((..((((((....((((.(((...))).))))....))).)))..))))((((((((.(((((.((((((((((.((((((...((((((((((((..(((((....)))))..))).))))))))))))))).)))).......((.((....)).)).......)))))).)))))...)))...........)))))((..(((.....(((....))).....)))..)).)))))......))))))((.((.....))))..(((((.(((....))).))))).))))))).(((....)))..........))).(((((((((..((.....))..))))))))).(((((.............))))).))))))))))..)).)))))).)).)))))...........(((((...)))))..((((....))))((((((((..((((((.((((.....(((.((((..(((((((....))))......)))....)))).)))..((((((((....))))))))((((((((.((((......))))))))))))(((((((......)))))))...............))))))))))...)))))))).(.((((.(((((.((((((.((..((.((....)).))..)).))))))(((((((.(((.((.(.....(((((((.(((...((.((((((.((..(((((((((.......((.(((((((((((....((((((.((((....(((.(((..(((((..((((((((((((((((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....)))).((((.....((((...)))))))).))))..)))))))..............(((((((.((.....)).)))))))...(((.((((((.(((..((((((((.((...((((((((((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).))).....((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))..((.((((......)))).))(((((.....(((((((((((.((((((.(((....(((.....))).....))).)))).)))))..(((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...))))))))))(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))............(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....))))))..)..))))))))))))).......))).))))))))))))))...)))).)))))))....(((((((..(((....((((((...))))))...)))......)))))))......)))))....)))))..))....))))))))..)))......)))))))))...))).)))))............(((((((((((((..((((.((((..(.((((((.(.(.((((((((((....(.(((....))).)((((((....)))))))))))))))).)))))))).)..)))).))))............((.((((((......))))))))...)))).)).)))))))..))).)))....)))))))).))....))))))))))).)).)))))))))..(((((.(((........)))..)))))....)).))).))).))...))).)))))))...))).))))))))))(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))))))).)))).))))))))))...................................))))))(((((..(((...)))..)))))........((((((((...((((.(((........)))))))...))))))))..)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{,{{({((((((((.({(({((((({.{{||||,,,)))))),(((((((({{,,{,||||},,{(,{{{{...,{,,,,,{{{{((({,{({((,.{,.({((({{,.,((((((({,,((((...,}}}}....{{{{..,,))}}}||||||,{(({{{({((({...({.((((.....((((((,{,...})..)))))).....}}}|.||,....|||,|||.||||......,..,|||}},.........((((({,({.(((....}))||..,}||},,((|...,,},||||{{{{.{(({(,..,,,(((((((((.(((((.((((((||{{,((((((...((((((((((((..(((((....)))))..))).))))))))))))))),||||,,,....,{.,.....,}.},.,,,...)))))).)))))...,,{{{{{..,{,.{||..(((..(((.....(((....))).....)))..))).,)))...}.}))))..(({(({......,,..(((((.(((....))).))))).|||||||{((({.{{|||....,.....{((.(((((((((..({.....))..))))))))).(((((.............))))){{|||,,,,))}})..||||||{|,.|||||...........(((((...)))))..{{{,....}))|((((((((..(((({{{((((.,...(((.((((,{,((((((....)))}....,,}))....)))).)))..((((((((....))))))))((((((((.(((,......))))))))))))(((((((......)))))))..........,....))))))))))...)))))))),..{,,,.,,,,({((((((.((..((.{(....)}.))..)).))))))||||||}||||}||}}}},,.,,,,,||},||.}}||}||||||,,|}}|||,{||||}}}}....,.|||||||||||}...{{|||,}||||}}..||{,|||..|||||}}}}|||{||||,{{|((.((((((((((({,....(((((........))))).,,....,}),)))))))))))).))((((....)))).|||{,,,,.{{{{.,.||||}}}}.}}},..})))))}......{{{|,...(((((((.((.....)).)))))))..,}|},||||}}}}||,})},,,....((((.(((.(((....}}}.|}}.}})).}}}))|))}|})|.||}||.||||({{((((({{((((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).)))))...,,|||||,,||,{.|||,|{|...,,.||||{|{||{{.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......{(((({{.,,(((((((((..((((((.....({{......)))(((((({,,,..((((..((,....)}..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...(,{((.((((.((((((((((.((......)).)))}}(((((((({..,(((((,{(((.((.,{,,.(((.((((({(({..((,(({...))).}}..((((((.(((.(((,,,..((((,.{,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....))).)))..}))))).(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...,(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...(((((((.({{{,((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))||}||{||||||||{.,,{(({{,({{{{,|{{{||||(({,{{,.,|||(((({,{{((({{(,{({.,.,({(,.{,.|||{{(((((({{|,{.{{{{|{,,||||||..((((.((........)).)))){((,|{{({{{{.,|||||||{||...))}||||||,{({{({(({{,,,,.{(((,,{({,(((((((.((((......)))))))))))..,}.,{||||..,||{|||,}.{{{.,{.,.{{({{.,,,.}})}|((({...,,,,,}|||,,{{{{,.|,,,)))})))).)))}.)))))).))))),....,.)}})))))}.))}},.}}}},,)))))))}}))))}.,})}},.}))))))}}|.,|)||}|,.,||,||,}}}})}}}})}})}}})})))||}..,|}))))},},)}.}.}}},..})))}|.,||||,.||.(((((....))))),))})}|||||{{{|},.||{((({.....})))},||{,,|||,,||}}||||}{(({|.|||||,||.,||}||{(((((((,..{({.{{.,,||,,,,,,{|||.},.)))}},))))))))||||.,|||||{,..,|||,,||,,{{{{(((({{(((,((((((......))))))}}.,{||||,||{,,|}|||..|||{|||{,..||||||||{|}..,,}||||||,}}}})).|}},|||||..,|}||},{{.,......)))}})))))}})))))))).},,.,,...}}|{||}}}}}}}},}},))|||}}|||(((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).})).,..)))))).)))))),)),.})})}),),,)))}}}}}},}}}}}}}}}}}}}}}...}}.}}}}.....)))))),||||..,....,,))}})}}}}....,,,,,(((((((...{{,({(((........)))))}}...)))))))),.)}}..
Back