Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353056.2
Sequence Length
2699 nt
GC Content
0.5839
GGAACCAGCUGAGCGCAGCUGGACCCAGCAGCCGCUGUCUCCAGUGCCGCAGCAGCAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGGAGAAGGGGAUGAAUGAAUACAGGACUUACGCGUCUGCUGUGGCCCAGCUGGCUUCCAGAUGGUGACAUGAGCCACCCACAGCCGGAGCUGUUCCUCUUUCCCAAAGCUCAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1094.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1138.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 798.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((......((((((..((((....))))..))))))(((((((((((.(..(((.((....(((((((.((....(((((..(((....)))..))))).....)).)))).)))..((((((((((......(((....)))....)))).)))).))....)).)))..)..).)))))))))).))))))).(((((((((.((((((((((..((((((((((((.((((..(((((((((...(((.(((.(((.((((...))))))).)))......))).)))))))))........)))).)))))).))))).)..))))((((((((.(((((((((((((.......((((((((((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...((((.(((.......))).)))).....)))))....))).))))))((((((...(((((((...(((.((((.(((..((((((((.((...((((((((((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).))).....((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))..((.((((......)))).))(((((.....(((((((((((.((((((.(((....(((.....))).....))).)))).)))))..(((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...))))))))))(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))............(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....))))))..)..))))))))))))).......))).))))))))))))))...)))).)))))))....(((((((..(((....((((((...))))))...)))......)))))))......)))))....)))))..))....))))))))..)))...)))))))(((((((((..((((((((.....)))))......)))..))))))))))))))))..)))))).((((....))))((((((.....)))..)))...........))))))))))))(((((..((((((....((((.((.(((((((((((((((((((((......))))))...((((((((((..(.(((.((((((((((..(((((((((((....)).((((....))))((..(((((...)))))..))((.....))))))))))))))))))).............((((....))))(((.....)))((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))).))..)).))).)..)))))))))))))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))))..............(((....))).....)))))).))))))))).......))).......(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({.(((((((.{,,{,{(((((..((((....))))..)))))}{{(((((((((,{({(({{((...,||{{|,{,{{|...{(({{.|({{.,,|}|}.,}}})},,.,.,,.))))|}}}.{{((((,{((({.,,..,,,,},,))).}}})))},}}}}.},....,},}},.,}..).)))))))))}.))))))).(((((((((.((((({((((,.{(((((((((({,((((,{(((((((((...(((.{((.(((.((((...))))))}.)}}.,,...))}.)))))))))...}}...})}}.})))||.|||||,|,,|}}}{(({((((,({,,{{,{|||{{.,,....{{|{{|||||||||,|{|,((((....)))).}}}}}}}}},|||.,,{{{{,|||.,}}...})),))}}..,..})))).,,,|}),)))||,{(((((.,,{((((((...(((.((((.(((..((((((((.{(.,.(((((({{((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((({(((.(((((((..(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).))))).,,,{{||||,.||,{,{{|,{{|...,|,|||({{({{((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......(((((({..,(((((((((..((((((.....{{{......)))(((((({,,,..((((..((,....}}..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...{,{((.((((.((((((((((.((......)).))))}(((((((({..,(((((,{(((.{(.,{,,.(((.((((({(({..((,(({.,.))).}}..({((((.(((.(((.,,..((((,.{,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....}}}.)))..}))))}.(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...|(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...(((((((.({{{{((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))}}},}|}}|}}}|||,((,(({{{{{{{,||||{,}||(({{((|.{{({({{{{{{.(((,{,.|||.,..|||,.}}.}}}..||{|||.}|},.,|,|},.,}|||||..((((.((........)).))))||{,||||||{{,,|||||||{||...}}}}))))),||{|{,||||,.,..{|{{,,{{,.(((((((.((((......))))))))))).,}}...|||}.,})}.})))).,||.,,,,,,,{,,,|||{|}|||(({,...{{{{{||||,,{{,,,.}}}.)))})))).}})),})})}},})))),.,..))).))))))).))).)..}))).))))))))))))))..,)})).)))))))|,{.{({(({{..{((.|..||||||,|,||}||},|||||{{....})))))),..)).)}))),..,)))))..})....))))))))..))),.,)))))))(((((((((...(((((((.....))))).}}...}},..)))))))))})))))),.)))))),|(((,,,,||||({,,((...,.}}},.}}),.,}||.,,}}}))}))))))))|{{{{..((((((....((((.((.(((((((((((((({((((((......)))))),.,(({((({(((..(.(({.,(((((((((..(((((((((,,..{{||,{{{,.,.}))),,|,.(((((...))))).,|.{,.....))))))))))))))))))))..........,,{||||,.||})},},,}}|||}|{{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}).,}).)}}.}..)}}}}}}}}})))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))},........,,.,}}}||....,,,,....}})})).)}))))))}.......))).......(((({....})))).
Back