Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353060.2
Sequence Length
2649 nt
GC Content
0.5844
GGAACCAGCUGAGCGCAGCUGGACCCAGCAGCCGCUGUCUCCAGUGCCGCAGCAGCAGGGAAUCCAGGCUCCAAAAGGACACAGGACUUGCCCAGCAAGGUCAUGUGGUGAGGUAGUGCUCAUAGCUCUCUUUGUCCAGUGCUUCGGCCUUGGUCCCAGCGCCUUCCCACGGAGCAGCACUCUUCACCCUGCACAGCCUUGUUAGCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1079.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1121.62
Frequency: 0.0000
Diversity: 750.97
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.(((((((((((((((((..((((((.((.(((((((.((((((....)))(((((....(((((((((..(((..(...)..))).(((((((((((..((((((((((.((((((....(((((.........(((((..(((....)))..)))))........))))))))))))))))))..)))..)))))))).(((....(((.(((.((((...))))))).)))......))).)))..)))))))))))))).......((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....))))...))).))))))))).)))).))..)))....))))........(((.....(((((((.((.....)).)))))))...))).((.(.((((((..........((((.(((.(((....))).))).))))...)))))).).))..(((..((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).)))..)))((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))....))))))))))..((((((..(((......)))(((((..(((((((((((...(((((.....((((((((((((....((((((..((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...)))(((((.(((((((((..((((..(((((.((.(((((((.((((......)))))))))))......(((((...((((((...(((.((...(((((.....)))))((((........))))(((((((....))))))))).)))..)))))).))))).......)).)))))..))))..))...))))))))))))))).)))...))))))..((((((.((.(......).)).)))))).))))...)))))))).....))))))))))))........))))...)))))....(((((....)))))))))))(((((((((..((((((((.....)))))......)))..)))))))))((((((((....))).)))))((((((((((......((((...(((....(((((((((....))))).(((((..((((((....((((.((.(((((((((((((((((((((......))))))...((((((((((..(.(((.((((((((((..(((((((((((....)).((((....))))((..(((((...)))))..))((.....))))))))))))))))))).............((((....))))(((.....)))((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))).))..)).))).)..)))))))))))))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))))........))))..)))....)))).....)))))).))))...........))).......(((((....))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({.(((((((....)))))))..,((((....||||((({((|{(({{,.,|.(((((....(((((((((....{..({{,,{,{{{{(,,,|||||{|,.||||((((((.((((((....(((((...,{....(((((..(((....)))..))))).....,,.)))))))))))))))))|,,||}..|||}||||.{{,....|||.,{{|(({({,.|,}}}}|.}}}||,,..})}}))}..)))))))))))))).|.,.|}||,,{||||||{{{{.,{{,(((({{,.,,{,,|||||.,{....|||{||||||||||}|{|,((((....)))).}}))),)))|}}},|.||||,|||.,||,..})}}}}}|.,,,.|}}}}.,,{|||{||}||.,{{{||.},|||||({...(((.((((.(((..((((((((.((.,.((((((({((.{((((((.((((..(((((.(((((((((.(((({(((.(((((((,,(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).))))).,,,{|||||,,||,{,|||.|||...,|,|||({{{{{((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......(((((({..,(((((((((..((((((.....({{......}))(((((({,,,..((((..((,....))..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...(,{((.((((.((((((((((.((......)).)))}}(((((((({..,(((((,{(((.((.,{.,.(((.((((({(({..((,(({...))).}}..((((((.(((.(((.,,..((((,.{,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....))).)))..}))))).(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...|(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...{((((((.({{{,((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))}}},}|}}|}|||||,{{{(({{{{{{{,|||{{,||{(({{{{|.{{({({{{{{{.(((,{{.|||.,..|||,.}}.}}},.||{|||.}|},.}||||,.,||||||..((((.((........)).))))||{,||||||{{,,|||||||{||...}}}}})))),||{{{,{|||,.,..{|{{,,{{,.(((((((.((((......))))))))))).,}}..,|||}.,}}}.|}})}.,||.,,,,,,,{,,,|||{|}|||(({,...,,{{{||||,,{{,,,.}}}.)))})))).}})),})))}},})))),.,..))).))))))).))).}..}))).))))))))))))))..,)})).)))))))|,{.(({(({(..{{{,|..||||||,,,|}}||},|||||,,....})))))),,.)).)})))...,)))))..))....))))))))..)))..,)))))))(((((((((...(((((((.....))))).}}...)},..)))))))))}}})))),.)})))),|{{(,,,,||||({,,((...,.}}},.}}),,,|||.,,,}})))})))))))|{{({..((((((....((((.((.(((((((((((((({((((((......)))))),,,(({((({(((..(.(({.,(((((((((..(((((((((,,..{{||,{{{,.,.}))),,|,.(((((...))))).,|.{{.....))))))))))))))))))))..........,,{{|{|,,||}}},},,}}{{|||{{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}}.,,).)}}.}..}}}}}}}}}})))))))))))))))...)).)))).....)))))).)))},.........}}}|,||,..,{||,{,{,{{{|{,,,||||||||,.......))),,.....|||||,,,.,}}}}.
Back