Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353077.1
Sequence Length
2560 nt
GC Content
0.5809
GGAGCUGGGGUGCAGGGGCUGCCGCGCCCUGUCGGGUCGAUCCGGUUCUUGCAGAUACAGCGCUAGGAAAAGGGGAGUAAUUCAGGUCUAGAAUGGAAAAACUGUUUUGUUGCUUUCCCAACAGCAUGGUGGUGGAACACCCCGAGUUCCUCAAGGCAGGGAAGGAGCCUGGCCUGCAGAUCUGGCGUGUGGAGAAGUUCGAUCUGGUGCCCGUGCCCACCAACCUUUAUGGAGACUUCUUCACGGGCGACGCCUACGUCAUCCUGAAGACAGUGCAGCUGAGGAACGGAAAUCUGCAGUAUGACCUCCACUACUGGCUGGGCAAUGAGUGCAGCCAGGAUGAGAGCGGGGCGGCCGCCAUCUUUACCGUGCAGCUGGAUGACUACCUGAACGGCCGGGCCGUGCAGCACCGUGAGGUCCAGGGCUUCGAGUCGGCCACCUUCCUAGGCUACUUCAAGUCUGGCCUGAAGUACAAGAAAGGAGGUGUGGCAUCAGGAUUCAAGCACGUGGUACCCAACGAGGUGGUGGUGCAGAGACUCUUCCAGGUCAAAGGGCGGCGUGUGGUCCGUGCCACCGAGGUACCUGUGUCCUGGGAGAGCUUCAACAAUGGCGACUGCUUCAUCCUGGACCUGGGCAACAACAUCCACCAGUGGUGUGGUUCCAACAGCAAUCGGUAUGAAAGACUGAAGGCCACACAGGUGUCCAAGGGCAUCCGGGACAACGAGCGGAGUGGCCGGGCCCGAGUGCACGUGUCUGAGGAGGGCACUGAGCCCGAGGCGAUGCUCCAGGUGCUGGGCCCCAAGCCGGCUCUGCCUGCAGGUACCGAGGACACCGCCAAGGAGGAUGCGGCCAACCGCAAGCUGGCCAAGCUCUACAAGGUCUCCAAUGGUGCAGGGACCAUGUCCGUCUCCCUCGUGGCUGAUGAGAACCCCUUCGCCCAGGGGGCCCUGAAGUCAGAGGACUGCUUCAUCCUGGACCACGGCAAAGAUGGGAAAAUCUUUGUCUGGAAAGGCAAGCAGGCAAACACGGAGGAGAGGAAGGCUGCCCUCAAAACAGCCUCUGACUUCAUCACCAAGAUGGACUACCCCAAGCAGACUCAGGUCUCGGUCCUUCCUGAGGGCGGUGAGACCCCACUGUUCAAGCAGUUCUUCAAGAACUGGCGGGACCCAGACCAGACAGAUGGCCUGGGCUUGUCCUACCUUUCCAGCCAUAUCGCCAACGUGGAGCGGGUGCCCUUCGACGCCGCCACCCUGCACACCUCCACUGCCAUGGCCGCCCAGCACGGCAUGGAUGACGAUGGCACAGGCCAGAAACAGAUCUGGAGAAUCGAAGGUUCCAACAAGGUGCCCGUGGACCCUGCCACAUAUGGACAGUUCUAUGGAGGCGACAGCUACAUCAUUCUGUACAACUACCGCCAUGGUGGCCGCCAGGGGCAGAUAAUCUAUAACUGGCAGGGUGCCCAGUCUACCCAGGAUGAGGUCGCUGCAUCUGCCAUCCUGACUGCUCAGCUGGAUGAGGAGCUGGGAGGUACCCCUGUCCAGAGCCGUGUGGUCCAAGGCAAGGAGCCCGCCCACCUCAUGAGCCUGUUUGGUGGGAAGCCCAUGAUCAUCUACAAGGGCGGCACCUCCCGCGAGGGCGGGCAGACAGCCCCUGCCAGCACCCGCCUCUUCCAGGUCCGCGCCAACAGCGCUGGAGCCACCCGGGCUGUUGAGGUAUUGCCUAAGGCUGGUGCACUGAACUCCAACGAUGCCUUUGUUCUGAAAACCCCCUCAGCCGCCUACCUGUGGGUGGGUACAGGAGCCAGCGAGGCAGAGAAGACGGGGGCCCAGGAGCUGCUCAGGGUGCUGCGGGCCCAACCUGUGCAGGUGGCAGAAGGCAGCGAGCCAGAUGGCUUCUGGGAGGCCCUGGGCGGGAAGGCUGCCUACCGCACAUCCCCACGGCUGAAGGACAAGAAGAUGGAUGCCCAUCCUCCUCGCCUCUUUGCCUGCUCCAACAAGAUUGGACGUUUUGUGAUCGAAGAGGUUCCUGGUGAGCUCAUGCAGGAAGACCUGGCAACGGAUGACGUCAUGCUUCUGGACACCUGGGACCAGGUCUUUGUCUGGGUUGGAAAGGAUUCUCAAGAAGAAGAAAAGACAGAAGCCUUGACUUCUGCUAAGCGGUACAUCGAGACGGACCCAGCCAAUCGGGAUCGGCGGACGCCCAUCACCGUGGUGAAGCAAGGCUUUGAGCCUCCCUCCUUUGUGGGCUGGUUCCUUGGCUGGGAUGAUGAUUACUGGUCUGUGGACCCCUUGGACAGGGCCAUGGCUGAGCUGGCUGCCUGAGGAGGGGCAGGGCCCACCCAUGUCACCGGUCAGUGCCUUUUGGAACUGUCCUUCCCUCAAAGAGGCCUUAGAGCGAGCAGAGCAGCUCUGCUAUGAGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGUUUCUUUUUUUUUUUUUUACAGUAUCCAAAAAUAGCCCUGCAAAAAUUCAGAGUCCUUGCAAAAUUGUCUAAAAUGUCAGUGUUUGGGAAAUUAAAUCCAAUAAAAACAUUUUGAAGUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1039.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1079.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 654.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((..(((((((.(((((((((.((((((.(((((((((.......((((((((.......((((((((...((((((...(((..((((............(((.(((((((((((((((.(.((((((((((((..(.(((((..(((.((..(.((((.......)))).)(((((((((((((.((((((((((((.....(((((........))))).((.....)).)))))))))))).))((((....)))).((((.....((((...)))))))).))))..)))))))..............(((((((.((.....)).))))))))).)))..))))).).)))))......))))))).).))).((.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((((((((.(((((.(((((.(((((((((((....(((((((.((...)).)))))))......)))))).))))).....))))))))).).))).))).....((((((((((((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).)))))))))).)))......(((((((...(((((((((..((((((.....(((......)))((((((..((..((((..((.....))..).)))..)))))))).((((((.(((((((((((...((.((.((((.((((((((((.((......)).)))))(((((((.((((((((.(((....((((.((((((((((........)))))...)))))...((((((.(((.(((.....((((.....(((((.........)))))...))))....))).)))..)))))).(((.....((((((((..(((((.....)))))..(((((......)))))....((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...))).))))..))).)).)))))))))))))..((((((((......))))))))...(((((((...)))))))(((((.(((((.(((......))).))))))))))............))))).))))...))))...))))))))))).))))))...(((((((.((...((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...)))))........(((((.(((.(...(((((.(((((..((((.(((((((((....))).......)))))).))))....)))))))))).)))).))))).............))))))))))))))).....))))))))))))))))))))).)))).)))..((.((((......)))).))(((((.....(((((((((((.((((((.(((....(((.....))).....))).)))).)))))..(((((((..((((.((........)).))))(((..(((((((....))))).))...))))))))))(((((.((((.....((((..((..(((((((.((((......)))))))))))..))...)))).)))).)))))............(..((((((.(((((....((((((((((........))).))).))))...)))))....))))))..)..))))))))))))).......))).))))))))))))))...)))).))))))))))))))))))))).)))..((((...(((((((..(((((((.....)))))))..)).).))))...))))...))))..)))(((((....)))))))))))(((((((((..((((((((.....)))))......)))..)))))))))))))))))......)))))))))))))))))..)).)).)).)).))))))).)).)))))..))(((.(((((...((((((....((((.((.(((((((((((((((((((((......))))))...((((((((((..(.(((.((((((((((..(((((((((((....)).((((....))))((..(((((...)))))..))((.....))))))))))))))))))).............((((....))))(((.....)))((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).)))....)))))).)))))).))..)).))).)..)))))))))))))))))))))))))...)).)))).....))))))..........))))).)))............((((((((...((((.(((........)))))))...)))))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.((((,,,(((((((((((.{{(((((,,,,|||||}...}}}||||||||....}}}|((,((((...,,((((,..{{((((,(((...((({...{((({,|{((((((((((((.{.((((((((((((..(.(((((.,((({((,,({({((.......)))},)||(((((((((((.((((((((((((,.,,.(((((........))))).{{....,}),)))))))))))).))((((....)))).{(((.....{{{{...)))))))).)))}..)))))}}...,..,|||,...(((((((.((.....)).)))))))..,),),,))))).).)))))}.....})))))).}.))).{(.(((((((.((((..(((((.(((((((((.(((({(((.(((((((..(((.(((((((((((..,.(((((((.({...)).)))))))......)))))).))))).,,,{{||||,.||,{,{{|,{{|...,|,{{|(({({(((.(((.((((((((((.((.(((((..((.(((((....)))))))..)).))).)).))))))))))}))}......(((((({..,(((((((((..((((((.....({{......)))(((((({,,,..((((..((,....))..}.)))..)))))))).((((((.(((((((((((...(,{((.((((.((((((((((.((......)).)))}}(((((((({..,(((((,{(((.((.,{,,.(((.((((({(({..((,(({...))).}}..((((((.(((.(((,,,..((((,.,,,(({{{.|},,..|,|}}}}.,,))}}....))).)))..}))))).(((.....((((((((.,(({{{{{..,|}}}}..{{{|{,,,,,.}))))}...((((((((((((.((((((...(((...(((.(((((((((......))))))))))))..))).)))))).........((((..((.....))..)))).......))))))))))))......))))))))...})}.,({((.....(((((({((((({...})))))..}))))))..,))))}...,(((((({...)))))))}}))).)))))))).,....}).))))))))))))))).))).....))))).))))...)))}...))))))))))).))))))...(((((((.({{{,((..((((((.(.((.(((((...)).))).)).).))))))..))(((((......))))).(((((...))))).....,}}|((((.(((.{...(((((.(((((..((((.(((((((((....))}.......)))))).))))....)))))))))).}))).))))|,.....,......})))))))))))))).....))))))))))))))))}}},},}}|}}}||||((,(({{{{{{{,||||{,}||(({{((|.{{({({{{{{{.(((,{{.|||.,..|||,.}}.}}}..||{|||.}|},.,|,|},.,}|||||..((((.((........)).))))||{,}||||||{,,|||||||{||...}}}}))))),||{||,||||,.,..{|{{,,{{..(((((((.((((......))))))))))).,}}...|||}.}))).})))).,||.,,,,,.,{,,,|||||}|||(({,...{{{{{||||,,{{,,,.}}}.)))})))).}}))}})})}},})))),.,..))).))))))).))).)..}))).))))))))))))))..,)})).))))))))})))))))))||(((....)))}}..(((({((..(((((((.....)))))))..)).).))))...|{|.|,{{{,,..{{.(((((....))))),)),},,|||{||,|}}.{{(((((.....))))).}},{{|....))))||||,||||,,|,{{{{{{,|||}|||||||||||,.{(|.||.}},|}.}}||||||,}.,)))},.))))))}||||}.}|||||,,..}|||.,||}(((((((((((((((((((((......)))))),,,(({((({(((..(.(({.,(((((((((..(((((((((,,..{{||,{{{,.,.}))),,|..(((((...))))).,|.{{.....))))))))))))))))))))..........,,{||||,,||})},},,}}|||}|{{((((((.(((((((((((((((((.(((((((((....))).)))).))((.((((.((....)).)))).))...((((...)))))))))).)).}))....)))))).)))))).}).,,).)}}.}..})})}})})}))))))))))))))).}}))},)))}....))),))}).,,..,}})...,)))).}}.......,,{(((((((...({,(((((........)))))}}...)))))))),......
Back