Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353134.2
Sequence Length
3573 nt
GC Content
0.4271
GAAACUCAACCGAAAGCCUGCAGAGAGCAGAACAUGGAAGGAGACUUCUCGGUGUGCAGGAACUGUAAAAGACAUGUAGUCUCUGCCAACUUCACCCUCCAUGAGGCUUACUGCCUGCGGUUCCUGGUCCUGUGUCCGGAGUGUGAGGAGCCUGUCCCCAAGGAAACCAUGGAGGAGCACUGCAAGCUUGAGCACCAGCAGGUUGGGUGUACGAUGUGUCAGCAGAGCAUGCAGAAGUCCUCGCUGGAGUUUCAUAAGGCCAAUGAGUGCCAGGAGCGCCCUGUUGAGUGUAAGUUCUGCAAACUGGACAUGCAGCUCAGCAAGCUGGAGCUCCACGAGUCCUACUGUGGCAGCCGGACAGAGCUCUGCCAAGGCUGUGGCCAGUUCAUCAUGCACCGCAUGCUCGCCCAGCACAGAGAUGUCUGUCGCAGUGAACAGGCCCAGCUCGGGAAAGAAACCAGUCCUGAUCCAGGAAAAUGUCUCUCCAUUACGGUUGCUGCUGCCCUGAGUGCACAUCUGUGGCCAUAAAGGAAAUGAUGUGGGUGAUUCGGCCAAGAGUUGCCUGUGUGGUCAAGGAUGCCGGCAGCGCAGGAAAGUCAAGACCAGGCAGGGGAAAGAAUUUCAGCUCCUGAAAGGGAAAUCUACUGUCAUUAUUGCAACCAAAUGAUUCCAGAAAAUAAGUAUUUCCACCAUAUGGGUAAAUGUUGUCCAGACUCAGAGUUUAAGAAACACUUUCCUGUUGGAAAUCCAGAAAUUCUUCCUUCAUCUCUUCCAAGUCAAGCUGCUGAAAAUCAAACUUCCACGAUGGAGAAAGAUGUUCGUCCAAAGACAAGAAGUAUAAACAGAUUUCCUCUUCAUUCUGAAAGUUCAUCAAAGAAAGCACCAAGAAGCAAAAACAAAACCUUGGAUCCACUUUUGAUGUCAGAGCCCAAGCCCAGGACCAGCUCCCCUAGAGGAGAUAAAGCAGCCUAUGACAUUCUGAGGAGAUGUUCUCAGUGUGGCAUCCUGCUUCCCCUGCCGAUCCUAAAUCAACAUCAGGAGAAAUGCCGGUGGUUAGCUUCAUCAAAAGGAAAACAAGUGAGAAAUUUCAGCUAGAUUUGGAAAAGGAAAGGUACUACAAAUUCAAAAGAUUUCACUUUUAACACUGGCAUUCCUGCCUACUUGCUGUGGUGGUCUUGUGAAAGGUGAUGGGUUUUAUUCGUUGGGCUUUAAAAGAAAAGGUUUGGCAGAACUAAAAACAAAACUCACGUAUCAUCUCAAUAGAUACAGAAAAGGCUUUUGAUAAAAUUCAACUUGACUUCAUGUUAAAAACCCUCAACAAACCAGGCGUCGAAGGAACAUACCUCAAAAUAAUAAGAGCCAUCUAUGACAAAACCACAGCCAACAUCAUACUGAAUGAGCAAAAGCUGGAGCAUUACUCUUGAGAAGUAGAACAAGGCACUUCAGUCCUAUUCAACAUAGUACUGGAAGUCCUCGCCACAGCAAUCAGGCAAGAGAAAGAAAUAAAAGGCAACCAAAAAGAAAGGAAGUCGAAGUAUCUCUGUUUGCAGACGAUAUGAUUCUAUAUCUAGAAAACCCCAUGAUCUUGGCCCAAAAGCUCCUAGAUCUGAUAAACAACUUCAGCUAACUUUCAGGAGACAAAAUCAAUAUACAAAAUAUGGUAGCAUUUUUAUACACCAACGACAUCCAAGCUGAGAGCCAAAUCAAGAAUGCAAUCCUAUUCACAAUUGCCACAAAAAGAAUAAAAUACCUAGGAAUACAGCUAACCAGGGAGAUGAAAGAUCUCUACAACAAAAAUUACAAAACACUGCUGAAAGAAAUCAGAGAUGACACAAAUGGAAAAACAUUCCAUACUUAUGGAUAGGAAGAAUCAAUAUUGUUAAAAUGGCCAUACUACCCAAAGCAAUUUAUAGAUUCAAUGCUAUUCCUAUCAAACUACCAAUAACAUUCUUCACAGAAUCAGAAAAAAAAAGCAUUAAAAUUUAUUUGAAACCAAAAAAGAGCCCAAAAAGCCAAAGCAAUCCUAAGCAAAAAGAACAAAGCUGGAGGCAUCGCAUUACCCAACUUCAAACUAUACUACAGGGCUACAGUAACCAAAACUGCAUGAUACUGGUACAAAAGCAUGGUGCUGGUACAAAAGCAGACACAUAGAUCAAUGGAACAGAAUAGAGGGCCCAGAAAUAAAGCUACACACCUACAACCAUCUAAUCUUUGACAAAGUUGACAAAAAUACGCAAUGGGGAAAGAAUUCCCCAUUCAGUAAGUGGUACUGGGAUAACUAGCUAGCCAUAUGCAGAGGAUUGAAACUGAACCACUUCCUUACACCAUAUGCAAAAAUCAACUCAAGAUGGAUUAAAGACUUAAAUGUAAAACCCCAAACUAUAAAAACUCUGGAAGAUAACCUAGGCAAUACCAUUCUGGACAUAGGAACGGAAAAAGAUUUCAUGACAAAGAUCCCAAAAAUAAUUGUAACGAAAGCAAAAAUUGACAAAUGGGACAUGAUUAAACAGAAUUACCAUUUGACUCAGCAAUCCCAUUAUUGGUUAUAUACCCAAAGGAAUCUAAAUCAUUCUGUCAUAAAGACAUAUAUACACAAAUGUUCACGGCAGCACUAUACACAAUCGCAAAGUCAGGGAAUCAAACUAAAUGUCCAUCAGUGGUAGAAAGGAUAAAGAAAAUGUGGUGGCAGGGAGUGGUGGCUCAUGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGUGGUUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGAGAAACUCCGUCUCCGCUAAAAAUACGAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCGAGCACCUGUCAUCCCAGCUACUUGGGAGGCCUAGGCGUGAGAAUCGCUUGAACCUGGAAGGUGGUGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCCUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACCAAGCGAGACUCUGCCUUAAAAAAAAAAAAAAGAAAAUGUGGCACAUAUACACCAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAAGAAUGGGAUCAUGUCCUGUGCAGCAACGUGGAUGGAGCUGGAAGCCAUUAUCCUAAAUGAACUCACUCAGAAACAGAAAACCAAAUACCACAUGUUCUCACUUAUAAGUAGAAGCUAAACAUUGAGUACACAUGGAUACAAAGAAGGGAACCGCAGACACUGGGGCCUACCUGAGGUCGGAGCAUGGAAGGAGGGUGAGGAUCAAAAAACUACCUAUCUGGUACUAUGCUUUUUAUCUGGAUGAUGAAAUAAUCUGUACAACAAACCCUGGUGACAUGCAAUUUACCUAUAUAGCAAGCCUACACAUGUGCCCCUGAACCUAAAAAAAAAGUUAAAAGAAAAACGUUUGGAUUAUUUUCCCUCUUUCGAACAAAGACAUUGGUUUGCCCAAGGACUACAAAUAAACCAACGGGAAAAAAGAAAGGUUCCAGUUUUGUCUGAAAAUUCUGAUUAAGCCUCUGGGCCCUACAGCCUGGAGAACCUGGAGAAUCCUACACCCACAGAACCCGGCUUUGUCCCCAAAGAAUAAAAACACCUCUCUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-931.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -995.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 850.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................((((.....)))).....(((((....))))).(((((((((...))))........((((((((.((....(((((((((((...((((.....))))(((((((((.....((((((((..(((((.(((((((((((....((...((((((((((...(((((.((((..((....(((.((((......)))).)))..)).)))).))))).....((((.((((((((((...(((........)))(((.....)))((((((((((.((((........)))).)))).))))))....)))))))))))))))))).))))))...)))))))).))))).....(((((.((((.(((((((((((...)))))........(((((((....))))).)).)))))).)))))))))..(((.(((......(((((...))))).....))).))).....((((((((..((((((((((((((((.((..((.....))..))))))))((((((((......))))))))(((((.(((......(((((((...(.((..........)).((((((((((((((((((...((((....))))......(((..((((((.......))))))..))).......(.(((((((....(((((.((.((((....(((((...)))))....)))).)).)))))))))))).).))))))))).....((((((((..((...(((((..(((.(((....(((((...)))))...))).)))((((.((((...(((((........))))).))))...(((((.....((((((((......(((((...............)))))......)))))))))))))((....))...)))))))))...)).))))))))..(((((...(((.(((.(((((((....))))))).))).))).))))))))))))))..((((...........)))))...)))))))((((((((........(((........(((....((((((((.((((((((((((((((....................)))).)))))...........((.(((((..(((((((((((((((..(((..(((((((.(((((((((((((((((((.......)))))))))).))).))))..........)).))))))))))..))))........(((((((((......)))..(((((.....)))))..(((((.........))).))...(((......)))..........)))))).(((((..(.......((((.....((((.....))))......))))(((.....)))....)..)))))...(((.((((((((.((((.....)))).))).)))))))))))))))))))..))))).)).......(((((((((.((((....(((((..(((.((((((((((((....)))).)))....(((((....))))).....((.(((((.(((......)))...))))))).......))))).)))..)))))..((.......)).............)))).)).)))))))...))))....)))..))))))))......))).....(((((..........)))))..................)))........))))))))..((((((.....)))))).......................((((......)))).))).))))).((((((.....)))))).......(((((((((((((...((((((.....((........))...)))))).....))))).......))))))))..............(((((....))))).........................((((....)))).....((.......))....((.(((((.(((............)))..))).)).))...................)))).))))))..))))))))....((((.((.(((((((((.........)))))))))))...)))).........((((((....(((.((((((............................)).)))).)))(((.((....)).)))...(((..(((((((((....)))))))))..))).((((((.((((((((((((((..((((.((((.((((((((..((..((((((((((..((((((((......(((...((....(((.......((......))......)))............(((((........)))))...(((((((.(((((((((...........((((((.((((..((((.((........((((.......)))).........(((((((..((((((((..(.....)..))))).)))....))))))).((((........)))).)).))))........(((((.....(((((..........)))))...)))))...................)))).))))))...)))..))))))..)))))))))...))).......))))))))..))))))))))(((....))).....((((((....))))))((((((((((((((...)))))...(.((((.(((((..(((((((((((.....((((((.......))))))..................))))))).))))..))))).)))).).((((((....)))))).))))(((((.(((..(((((((..(((((..(.(((.(((.((((((.((.(.....).)))))))))))))).))))))....)))))))..)))))))).....................(((.........)))(((((....))))))))))............))..))).))))).)))).....))))....))))))......))))))))..(((......)))................))))))...((((.(((....)))))))......)))))).))))).)))))))).....))))))))).(((.((.(((....))).)))))...........)))))))))))....................((((......(((((((.....)))))))......))))..........(((((........)))))......((((((((((....)))....................(((........)))(((((((.............))))))).........))))))).)).))))))))...........((((..((((...(((((..((((.(((.((....)).))).))))((((((((......)))))))).....(((...)))..........)))))...)))).))))............))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...........,.....{{{{,,,{,|}}|....{(({,({,{,||}}}.{{{{(((((,.,|||||....,..,}|}))})))}),,.(((((((((((,{,{(((.....)))|(((((((((..,,.((((((((..(((((.(((((((((((....((...((((((((((...(((((.((((..((....(((.((((......)))).)))..)).)))).)))))...,.((((.((((((((({...(((,.....}.))).{{.,,.|||(((((((((((.((((........)))).)))},))))))}.,.}))))))))))))))))).))))))...)))))))).))))).,,..(((((.((((.(((((((((((...})))}........({(((((....))))).)).)))))).)))))))))..|{{.(((......(((((...))))).....)}).}}}.....((((((((..((((((((((({((((.{(,.((.....))..||}}}}||((((,({{|,|,..||}||||||{{{||({,..|||||,{{|({{|{||||,..||{..,,,,.((((((((({((((((((...((((....)))}..{{{.{{(,,((({{(.......))))))..})),......{.(((((((....(((((.{(.((((....(((((...)))))....)))).)},)))))))))))).,.))))))))}.,,,{((((((((..,({,,,(((({{({,.,{{...{((({,...|)))}...}}}.)))(((,...}}}..|||{|........|||||{|||},..(((((.....((((((((......(((((...............)))))......))))))))))))){{....},...||}.,,,}},,.,,.))))))))..|||||,..{||,|{{.{{|||||,,,,}))))}).})),)}).))))}))))))))),,||||..,,,......)))},..{{((((((({((({(({,......,||....,{{(((({{..{{({,,,,.{{((((,,..,{,,.........},,,}}....,,.))))})))}}..}}}))}}}||{,(((((..((((((((((((((({,(,{.,((((((({(((((,(((((((((((((.......}))))))))).))).,,}}........,,},,||||}},,,,..,)))}}.,....(((((((((......}}}..{((((.....))))}..,{{{{.........})).}}.|,{((......))),........,)))))).}}},},,.,,.,|,.((((.....((((.....))))......)))),.|..,|||||,,..,.,},},....{((.((((((((.((((.....)))).)))})))))))))))))))))))..))))).}.,......(((((((((.((({....(((((..(((.((((({{{((((....)))).||||,,.{{({{..,,}}}},.....{{.(((((.(({......)}},,.)))))}).......))))).)))..)))))..,,.......}}.............)))).)).)))))))...,,..,,,}.}},..||||}},,,....,,,.,{{{(,.,{,,{{{{{....,||,..,.....,.........,||.{|.....,||},.}}},((((((.....)))))}..................,,{{.((((......))))}}.}}......((((((.....))))))......,(((((((((((((.{{((((((....,((........,),..)))))}.,}}.))))).......))))))))..............{((((....})))}......................,,.{{{{....}}},...,.{{.......||....|{.,{{(,.,{(............)))}|}})}|}},|,,}}}}}..,.........}))).))))))..))))))))....((((.((.(((((((((.........)))))))))))...)))).........{{{{{{....(((.((((((....,,................,,....)).)))).))),|{.|,..,})).,.....(((..(((((((((....)))))))))..))).((((({.(((({({{((((((..((({.((((.(((({{({..{{..((((((((((..((((((((......(((...{{....{((.......((......))......))}............{((((........))))}...(((((((.((((((({(...........((((((.((((..((((,({........{(((.......}}}}...,},...(((((((..((((((({..{.....,..))))).)))....))))))).{{((,.......)}},.)).})))........{((((.....||||{..........})))}...})))}...................)))).))))))...))..}))))))..)))))))},...))}.......))))))))..)))))))))){{(|,,.|}},,...((((({....}))))}|||||||{((((((...)))))}.,(.((((.(((((..(((((((((((.....((((({..,,,,,)}}}}|...............,,.))))))).))))..))))).)))).}.((((({....}))))).)))}(((((.(((..(((((((..((({{.,(,(((.((,{((((((.((.(.....).)))))))))))))).))))))....)))))))..))))))))....................{(((|,.......,..(((((....))))),,))),,......,..})),,))).))))).)))).....}))).,,.))))))......)))))))}..{{{......}}}................)}))))..|||{(,({{....|}|,}}}}}}...}}}))}}))))).))))))))..,..))))))))),(((.((.(((....))).)))))....},,,,..))}))))))))..........{{((....,}|||{......(((((((.....))))))).....,|}}}..........(({((,,,,....,}}}}......|||{{{{......||||,....{{{{,,.........{{{........,}},}}}||,.,.{{{{{{{(((({.....}}})}..{{{|||||,....}}........}))})))}.}||}}}|.||..}|||||,,((((.(((.({....}).))).}))}((((((((......))))))))....,{{|,..})),.,..,},,,,,,,,.}}))))}}},},,..,........,..}},}},....
Back