Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353135.1
Sequence Length
3626 nt
GC Content
0.4277
AGAUGUUGUUUAGAGUUCUUCUGUUAGCACAGCUGUUUCUAGGGUCUGGAAAAACUCUAAGGACCCCCAGGAGGAUACACACCAGAUUGGGUCUGGGCUCACACCACCCUGCAUCCCCAGAGCCUCCCUGGACGCUGUUUGCAAGGUCCUCACCGCCUGGAAGUCCAGGAGCCAUUUUUAGGGAACAGCAUUCAAGCUCAACAUGAAACGAAACUCAACCGAAAGCCUGCAGAGAGCAGAACAUGGAAGGAGACUUCUCGGUGUGCAGGAACUGUAAAAGACAUGUAGUCUCUGCCAACUUCACCCUCCAUGAGGCUUACUGCCUGCGGUUCCUGGUCCUGUGUCCGGAGUGUGAGGAGCCUGUCCCCAAGGAAACCAUGGAGGAGCACUGCAAGCUUGAGCACCAGCAGGUUGGGUGUACGAUGUGUCAGCAGAGCAUGCAGAAGUCCUCGCUGGAGUUUCAUAAGGCCAAUGAGUGCCAGGAGCGCCCUGUUGAGUGUAAGUUCUGCAAACUGGACAUGCAGCUCAGCAAGCUGGAGCUCCACGAGUCCUACUGUGGCAGCCGGACAGAGCUCUGCCAAGGCUGUGGCCAGUUCAUCAUGCACCGCAUGCUCGCCCAGCACAGAGAUGUCUGUCGCAGUGAACAGGCCCAGCUCGGGAAAGGGGAAAGAAUUUCAGCUCCUGAAAGGGAAAUCUACUGUCAUUAUUGCAACCAAAUGAUUCCAGAAAAUAAGUAUUUCCACCAUAUGGGUAAAUGUUGUCCAGACUCAGAGUUUAAGAAACACUUUCCUGUUGGAAAUCCAGAAAUUCUUCCUUCAUCUCUUCCAAGUCAAGCUGCUGAAAAUCAAACUUCCACGAUGGAGAAAGAUGUUCGUCCAAAGACAAGAAGUAUAAACAGAUUUCCUCUUCAUUCUGAAAGUUCAUCAAAGAAAGCACCAAGAAGCAAAAACAAAACCUUGGAUCCACUUUUGAUGUCAGAGCCCAAGCCCAGGACCAGCUCCCCUAGAGGAGAUAAAGCAGCCUAUGACAUUCUGAGGAGAUGUUCUCAGUGUGGCAUCCUGCUUCCCCUGCCGAUCCUAAAUCAACAUCAGGAGAAAUGCCGGUGGUUAGCUUCAUCAAAAGGAAAACAAGUGAGAAAUUUCAGCUAGAUUUGGAAAAGGAAAGGUACUACAAAUUCAAAAGAUUUCACUUUUAACACUGGCAUUCCUGCCUACUUGCUGUGGUGGUCUUGUGAAAGGUGAUGGGUUUUAUUCGUUGGGCUUUAAAAGAAAAGGUUUGGCAGAACUAAAAACAAAACUCACGUAUCAUCUCAAUAGAUACAGAAAAGGCUUUUGAUAAAAUUCAACUUGACUUCAUGUUAAAAACCCUCAACAAACCAGGCGUCGAAGGAACAUACCUCAAAAUAAUAAGAGCCAUCUAUGACAAAACCACAGCCAACAUCAUACUGAAUGAGCAAAAGCUGGAGCAUUACUCUUGAGAAGUAGAACAAGGCACUUCAGUCCUAUUCAACAUAGUACUGGAAGUCCUCGCCACAGCAAUCAGGCAAGAGAAAGAAAUAAAAGGCAACCAAAAAGAAAGGAAGUCGAAGUAUCUCUGUUUGCAGACGAUAUGAUUCUAUAUCUAGAAAACCCCAUGAUCUUGGCCCAAAAGCUCCUAGAUCUGAUAAACAACUUCAGCUAACUUUCAGGAGACAAAAUCAAUAUACAAAAUAUGGUAGCAUUUUUAUACACCAACGACAUCCAAGCUGAGAGCCAAAUCAAGAAUGCAAUCCUAUUCACAAUUGCCACAAAAAGAAUAAAAUACCUAGGAAUACAGCUAACCAGGGAGAUGAAAGAUCUCUACAACAAAAAUUACAAAACACUGCUGAAAGAAAUCAGAGAUGACACAAAUGGAAAAACAUUCCAUACUUAUGGAUAGGAAGAAUCAAUAUUGUUAAAAUGGCCAUACUACCCAAAGCAAUUUAUAGAUUCAAUGCUAUUCCUAUCAAACUACCAAUAACAUUCUUCACAGAAUCAGAAAAAAAAAGCAUUAAAAUUUAUUUGAAACCAAAAAAGAGCCCAAAAAGCCAAAGCAAUCCUAAGCAAAAAGAACAAAGCUGGAGGCAUCGCAUUACCCAACUUCAAACUAUACUACAGGGCUACAGUAACCAAAACUGCAUGAUACUGGUACAAAAGCAUGGUGCUGGUACAAAAGCAGACACAUAGAUCAAUGGAACAGAAUAGAGGGCCCAGAAAUAAAGCUACACACCUACAACCAUCUAAUCUUUGACAAAGUUGACAAAAAUACGCAAUGGGGAAAGAAUUCCCCAUUCAGUAAGUGGUACUGGGAUAACUAGCUAGCCAUAUGCAGAGGAUUGAAACUGAACCACUUCCUUACACCAUAUGCAAAAAUCAACUCAAGAUGGAUUAAAGACUUAAAUGUAAAACCCCAAACUAUAAAAACUCUGGAAGAUAACCUAGGCAAUACCAUUCUGGACAUAGGAACGGAAAAAGAUUUCAUGACAAAGAUCCCAAAAAUAAUUGUAACGAAAGCAAAAAUUGACAAAUGGGACAUGAUUAAACAGAAUUACCAUUUGACUCAGCAAUCCCAUUAUUGGUUAUAUACCCAAAGGAAUCUAAAUCAUUCUGUCAUAAAGACAUAUAUACACAAAUGUUCACGGCAGCACUAUACACAAUCGCAAAGUCAGGGAAUCAAACUAAAUGUCCAUCAGUGGUAGAAAGGAUAAAGAAAAUGUGGUGGCAGGGAGUGGUGGCUCAUGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGUGGUUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGAGAAACUCCGUCUCCGCUAAAAAUACGAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCGAGCACCUGUCAUCCCAGCUACUUGGGAGGCCUAGGCGUGAGAAUCGCUUGAACCUGGAAGGUGGUGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCCUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACCAAGCGAGACUCUGCCUUAAAAAAAAAAAAAAGAAAAUGUGGCACAUAUACACCAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAAGAAUGGGAUCAUGUCCUGUGCAGCAACGUGGAUGGAGCUGGAAGCCAUUAUCCUAAAUGAACUCACUCAGAAACAGAAAACCAAAUACCACAUGUUCUCACUUAUAAGUAGAAGCUAAACAUUGAGUACACAUGGAUACAAAGAAGGGAACCGCAGACACUGGGGCCUACCUGAGGUCGGAGCAUGGAAGGAGGGUGAGGAUCAAAAAACUACCUAUCUGGUACUAUGCUUUUUAUCUGGAUGAUGAAAUAAUCUGUACAACAAACCCUGGUGACAUGCAAUUUACCUAUAUAGCAAGCCUACACAUGUGCCCCUGAACCUAAAAAAAAAGUUAAAAGAAAAACGUUUGGAUUAUUUUCCCUCUUUCGAACAAAGACAUUGGUUUGCCCAAGGACUACAAAUAAACCAACGGGAAAAAAGAAAGGUUCCAGUUUUGUCUGAAAAUUCUGAUUAAGCCUCUGGGCCCUACAGCCUGGAGAACCUGGAGAAUCCUACACCCACAGAACCCGGCUUUGUCCCCAAAGAAUAAAAACACCUCUCUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-940.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1006.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 805.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((.(((((((......((((.(((((((((.(((((((((.....)))..))))))....((((((.....((((...((.((((((....((......))....)))))).))...))))..((.....))...))))))....(((((....)))))...........))))))))).((((.(.....).))))..........(((((....((((.....))))......((((....)))))))))))))))))))).)))).)))))(((((((.((....(((((((((((...((((.....))))((((((((((((.((((.((..(((((.(.(((((((((((....((...((((((((((...(((((.((((..((....(((.((((......)))).)))..)).)))).))))).....((((.((((((((((...(((........)))(((.....)))((((((((((.((((........)))).)))).))))))....)))))))))))))))))).))))))...)))))))).))))).((..(((((.((((.(((((((((((...)))))........(((((((....))))).)).)))))).)))))))))..))..((((.......((((((((((((((((.(((((((.(((..((((((.......))))))..))).......(.(((((((....(((((.((.((((....(((((...)))))....)))).)).)))))))))))).)..........((((..(((.(((((((((.(((((.......(((...((((..(((((((..........(((....)))...............(((((((((....(((((.....((((((((......(((((...............)))))......)))))))))))))((....))...(((.....)))...))))))))).((((((...(((.(((.(((((((....))))))).))).))).))))))((((.((...((((...........)))).....)).)).))....)))))))....))))......))).......))))).))))))))).))).))))...............))))))).))))))......((((((.(((((..(((((((((((((((..(((..(((((((.(((((((((((((((((((.......)))))))))).))).))))..........)).))))))))))..))))........(((((((((......)))..(((((.....)))))..(((((.........))).))...(((......)))..........)))))).(((((..(.......((((.....((((.....))))......))))(((.....)))....)..)))))...(((.((((((((.((((.....)))).))).)))))))))))))))))))..)))))..........(((((((((.((((....(((((..(((.((((((((((((....)))).)))....(((((....))))).....((.(((((.(((......)))...))))))).......))))).)))..)))))..((.......)).............)))).)).)))))))...................(((........))).)))))).(((((((((.....(((((((........................(((((..((((((((((.....)))))).....................(((((...((...((((.(((......((((((.....)))))).......(((((((((((((...((((((.....((........))...)))))).....))))).......))))))))..............(((((....))))).........................((((....)))).............((((....(((((((..(((...........(((((((..(((.((.(((((((((((((...........((..........))....((((.((.(((((((((.........)))))))))))...))))...(((......)))....(((.((((((............................)).)))).)))))))...))))).......(((..(((((((((....)))))))))..)))...)))).)).)))..))..)))))....)))..))))))).......((((((((((..((((((((......(((...((....(((.......((......))......)))............(((((........)))))...(((((((.(((((((((...........((((((.((((..((((.((........((((.......)))).........(((((((..((((((((..(.....)..))))).)))....))))))).((((........)))).)).))))........(((((.....(((((..........)))))...)))))...................)))).))))))...)))..))))))..)))))))))...))).......))))))))..))))))))))))))))).))))...)).)))))..))))..)))))(((((((((...)))))...(.((((.(((((..(((((((((((.....((((((.......))))))..................))))))).))))..))))).)))).).((((((....)))))).))))(((((.(((..(((((((..(((((..(.(((.(((.((((((.((.(.....).)))))))))))))).))))))....)))))))..))))))))....................))))))).........(((((....))))).............)))))))))...(((((((......))).)))))))))))))).......)))).......).))))).)).))))...))).....(((..(((.((((......(((....)))......)))).)))..)))..........))))))))).(((.((.(((....))).)))))...........)))))))))))....................((((......(((((((.....)))))))......))))..........(((((........)))))......((((((((((....)))....................(((........)))(((((((.............))))))).........))))))).)).)))))))............((((..((((...(((((..((((.(((.((....)).))).))))((((((((......)))))))).....(((...)))..........)))))...)))).))))..........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.(.(((((...((((((.((...(((.(((((.((((.((((.{(((....(((({.((({..((((({(({{.....((((...((.((((((....{{......})....)))))).))...))))..((,.,..||..,||}}},..,.|||||..}})),||{{((..,{{{{{{{...{((......}}}.....{{{........}},...|,..,,((((.....))})..,.,{({{(|,,.|}})},}}|||({((|..|||||..,,|,..|,|))}}}},},,.(((((((((((.,.{(((.....)))|(((((((((..,,.((((((((..(((((.(((((((((((....((...((((((((((...(((((.((((..((....(((.((((......)))).)))..)).)))).)))))...,.((((.((((((((({...(((,.....}.))).{{.,,.|||(((((((((((.((((........)))).)))},))))))}.,.}))))))))))))))))).))))))...)))))))).))))).((..(((((.((((.(((((((((((...})))}........({(((((....))))).)).)))))).)))))))))..))...(((({{{(((((((...((((....))))..,{{.{{(,,((({{(.......))))))..})),......{.(((((((....(((((.{(.((((....(((((...)))))....)))).)},)))))))))))).,.))))))))))))}(((((((((.,,((((.((((((({,.{{{...{((({,...||||}...}}}.))){{{,...)}}..|||||........(((((((((....(((((.....((((((((......(((((...............)))))......)))))))))))))|{....},...{{,.....}}}...}))))))))..))))))...)))).}...)))))))))..(((((((((((,{,{,{{(((,{({({.,,({{,...,,.....,)))}|,,{{||{{{{{|(({{((({.......|},...,((((((((,.,,{,.,.,.{{{(((,,,,{{,,,,.......,,,,,,....,,,)))),)))}}..}}))))),||{,(((((..((((((((((((((({,(,{.,((((((({(((((,(((((((((((((.......)))))))))).))).,,}}........,,},,||||}},,,,..,)))}}.,....(((((((((......}}}..{((((.....))))}..,{{{{.........})).}}.|,{((......))),........,)))))).}}},},,.,,.,|,.((((.....((((.....))))......)))),.|..,|||||,,..,.,},},....{((.((((((((.((((.....)))).)))})))))))))))))))))))..))))).},|,.....{(({{{(((.{((,....{{{{|,.{||,{{{{||||||((,,,,||}|.|||{{{,((((({.|||,,,......{{.(((((.(({......)}}},.)))))}}.......,||||,|||..|||||,{.{,......,,...........,.}}}}.||.|}}}}}}...{{,.{..{{{{{{.{(({,.,,.....,,,.|||||,.{{{{(((((.....{({{{{{..............,,{.{,....{{{{{..|||{((((((.....))))))....................,|,|||},,|,...((((.(((,.....((((((.....)))))).......(((((((((((((.{{((((((....,((........,),..)))))}.,}}.))))).......))))))))..............{((((....))))}.,,...................,,.|{{|....}}},...{,{{,......||{....(((((((..(((..........{(((((,{..(((.((.(((({{{(({..............{{,.....,,..,,....((((.((.(((((((((.........)))))))))))...))))...,,....,,.|||....{((.(((({(,....,................,,....)).)))).))),}}.,..,)))).......(((..(((((((((....)))))))))..))).,,)))).)).)))..))}})),,}....)))..))))))).......((((((((((..((((((((......(((...{{....{((.......((......))......))}............{((((........))))}...(((((((.((((((({(...........((((((.((((..((((,({........{(((.......}}}}...,},...(((((((..((((((({..{.....,..))))).)))....))))))).{{((,.......)}},.)).})))........{((((.....||||{..........})))}...})))}...................)))).))))))...))..}))))))..)))))))},...))}.......))))))))..))))))))))))))))).))))...||{|||,,..})))},)))))}}}((((((...)))))),|(,((((.(((((..(((((((((((....,((((({..,,,,,)}}}}|...............,,.))))))).))))..))))).)))),}.((((({....}))))),)))}(((((.(((..(((((((..((({{.,(,(((.((,{((((((.((.(.....).)))))))))))))).))))))....)))))))..))))))))....................||||||,.........(((((....)))))..}}}}},....,))))))))))))})),).)}))))....})))))},),})),.})}|,,........||,......}},.......................,}}}||}|||,...}}},))}))),.))))))))))))).))))))))..,..))))))))),(((.((.(((....))).)))))....,.,....)))))))))))..........{{{{.....)}}|,...,,.(((((((.....))))))}.....,||,,..,.......((({{...,,...}}}}}...,,.}}}.},,,.....}))}})))))},,,,.........{{{........,,}.}}}||.,,.((((((((((((.....})))}..{(((((({.....},........)))))))).)))))}}......)))))).((((.(((.((....)).))).))))((((((((......))))))))....)))))..))).,.))))..))))..))))).)))...))))))))..))))),.}}),,....
Back