Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353136.2
Sequence Length
3823 nt
GC Content
0.4353
GAAACUCAACCGAAAGCCUGCAGAGAGCAGAACAUGGAAGGAGACUUCUCGGUGUGCAGGAACUGUAAAAGACAUGUAGUCUCUGCCAACUUCACCCUCCAUGAGGCUUACUGCCUGCGGUUCCUGGUCCUGUGUCCGGAGUGUGAGGAGCCUGUCCCCAAGGAAACCAUGGAGGAGCACUGCAAGCUUGAGCACCAGCAGGCUUAUGGAUCUGGCAUAGGCAAGAGGUUCUGGUUUCAGGAAAGACUGGCUGUUCUCUUGAGAUCUGUAAAGAGAGGAUGUGAAAAAGGAAGGUCCUGGAAGGCAGUCAGAUGGAGCCCUGUUUCCCGCCUUUCCAUGUCCAUUCCUCCUGGGGCCCCUGAUCUGUCUCUCUGGAGAUACUCAAGCUCAGGCAGCCGUUGCCAACUCAGACUGGUCUGACAAACACUUCUUGAACACUGGGCGGGGUGCUAGAGAGACACUGAGGUAGCCACAUCGGAUCCCUGCCCUCUGGGAGUUCACAGACCCAAACCCGGAACACUGUGAGCCAAAGUGGAUGUGGGGCAGGCCCUGGGUGCUGGGUGGACCCACAUCUGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUUAGGUUGGGUGUACGAUGUGUCAGCAGAGCAUGCAGAAGUCCUCGCUGGAGUUUCAUAAGGCCAAUGAGUGCCAGGAGCGCCCUGUUGAGUGUAAGUUCUGCAAACUGGACAUGCAGCUCAGCAAGCUGGAGCUCCACGAGUCCUACUGUGGCAGCCGGACAGAGCUCUGCCAAGGCUGUGGCCAGUUCAUCAUGCACCGCAUGCUCGCCCAGCACAGAGAUGUCUGUCGCAGUGAACAGGCCCAGCUCGGGAAAGGGGAAAGAAUUUCAGCUCCUGAAAGGGAAAUCUACUGUCAUUAUUGCAACCAAAUGAUUCCAGAAAAUAAGUAUUUCCACCAUAUGGGUAAAUGUUGUCCAGACUCAGAGUUUAAGAAACACUUUCCUGUUGGAAAUCCAGAAAUUCUUCCUUCAUCUCUUCCAAGUCAAGCUGCUGAAAAUCAAACUUCCACGAUGGAGAAAGAUGUUCGUCCAAAGACAAGAAGUAUAAACAGAUUUCCUCUUCAUUCUGAAAGUUCAUCAAAGAAAGCACCAAGAAGCAAAAACAAAACCUUGGAUCCACUUUUGAUGUCAGAGCCCAAGCCCAGGACCAGCUCCCCUAGAGGAGAUAAAGCAGCCUAUGACAUUCUGAGGAGAUGUUCUCAGUGUGGCAUCCUGCUUCCCCUGCCGAUCCUAAAUCAACAUCAGGAGAAAUGCCGGUGGUUAGCUUCAUCAAAAGGAAAACAAGUGAGAAAUUUCAGCUAGAUUUGGAAAAGGAAAGGUACUACAAAUUCAAAAGAUUUCACUUUUAACACUGGCAUUCCUGCCUACUUGCUGUGGUGGUCUUGUGAAAGGUGAUGGGUUUUAUUCGUUGGGCUUUAAAAGAAAAGGUUUGGCAGAACUAAAAACAAAACUCACGUAUCAUCUCAAUAGAUACAGAAAAGGCUUUUGAUAAAAUUCAACUUGACUUCAUGUUAAAAACCCUCAACAAACCAGGCGUCGAAGGAACAUACCUCAAAAUAAUAAGAGCCAUCUAUGACAAAACCACAGCCAACAUCAUACUGAAUGAGCAAAAGCUGGAGCAUUACUCUUGAGAAGUAGAACAAGGCACUUCAGUCCUAUUCAACAUAGUACUGGAAGUCCUCGCCACAGCAAUCAGGCAAGAGAAAGAAAUAAAAGGCAACCAAAAAGAAAGGAAGUCGAAGUAUCUCUGUUUGCAGACGAUAUGAUUCUAUAUCUAGAAAACCCCAUGAUCUUGGCCCAAAAGCUCCUAGAUCUGAUAAACAACUUCAGCUAACUUUCAGGAGACAAAAUCAAUAUACAAAAUAUGGUAGCAUUUUUAUACACCAACGACAUCCAAGCUGAGAGCCAAAUCAAGAAUGCAAUCCUAUUCACAAUUGCCACAAAAAGAAUAAAAUACCUAGGAAUACAGCUAACCAGGGAGAUGAAAGAUCUCUACAACAAAAAUUACAAAACACUGCUGAAAGAAAUCAGAGAUGACACAAAUGGAAAAACAUUCCAUACUUAUGGAUAGGAAGAAUCAAUAUUGUUAAAAUGGCCAUACUACCCAAAGCAAUUUAUAGAUUCAAUGCUAUUCCUAUCAAACUACCAAUAACAUUCUUCACAGAAUCAGAAAAAAAAAGCAUUAAAAUUUAUUUGAAACCAAAAAAGAGCCCAAAAAGCCAAAGCAAUCCUAAGCAAAAAGAACAAAGCUGGAGGCAUCGCAUUACCCAACUUCAAACUAUACUACAGGGCUACAGUAACCAAAACUGCAUGAUACUGGUACAAAAGCAUGGUGCUGGUACAAAAGCAGACACAUAGAUCAAUGGAACAGAAUAGAGGGCCCAGAAAUAAAGCUACACACCUACAACCAUCUAAUCUUUGACAAAGUUGACAAAAAUACGCAAUGGGGAAAGAAUUCCCCAUUCAGUAAGUGGUACUGGGAUAACUAGCUAGCCAUAUGCAGAGGAUUGAAACUGAACCACUUCCUUACACCAUAUGCAAAAAUCAACUCAAGAUGGAUUAAAGACUUAAAUGUAAAACCCCAAACUAUAAAAACUCUGGAAGAUAACCUAGGCAAUACCAUUCUGGACAUAGGAACGGAAAAAGAUUUCAUGACAAAGAUCCCAAAAAUAAUUGUAACGAAAGCAAAAAUUGACAAAUGGGACAUGAUUAAACAGAAUUACCAUUUGACUCAGCAAUCCCAUUAUUGGUUAUAUACCCAAAGGAAUCUAAAUCAUUCUGUCAUAAAGACAUAUAUACACAAAUGUUCACGGCAGCACUAUACACAAUCGCAAAGUCAGGGAAUCAAACUAAAUGUCCAUCAGUGGUAGAAAGGAUAAAGAAAAUGUGGUGGCAGGGAGUGGUGGCUCAUGUCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGUGGUUCACCUGAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUGGAGAAACUCCGUCUCCGCUAAAAAUACGAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGCGAGCACCUGUCAUCCCAGCUACUUGGGAGGCCUAGGCGUGAGAAUCGCUUGAACCUGGAAGGUGGUGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCCUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACCAAGCGAGACUCUGCCUUAAAAAAAAAAAAAAGAAAAUGUGGCACAUAUACACCAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAAGAAUGGGAUCAUGUCCUGUGCAGCAACGUGGAUGGAGCUGGAAGCCAUUAUCCUAAAUGAACUCACUCAGAAACAGAAAACCAAAUACCACAUGUUCUCACUUAUAAGUAGAAGCUAAACAUUGAGUACACAUGGAUACAAAGAAGGGAACCGCAGACACUGGGGCCUACCUGAGGUCGGAGCAUGGAAGGAGGGUGAGGAUCAAAAAACUACCUAUCUGGUACUAUGCUUUUUAUCUGGAUGAUGAAAUAAUCUGUACAACAAACCCUGGUGACAUGCAAUUUACCUAUAUAGCAAGCCUACACAUGUGCCCCUGAACCUAAAAAAAAAGUUAAAAGAAAAACGUUUGGAUUAUUUUCCCUCUUUCGAACAAAGACAUUGGUUUGCCCAAGGACUACAAAUAAACCAACGGGAAAAAAGAAAGGUUCCAGUUUUGUCUGAAAAUUCUGAUUAAGCCUCUGGGCCCUACAGCCUGGAGAACCUGGAGAAUCCUACACCCACAGAACCCGGCUUUGUCCCCAAAGAAUAAAAACACCUCUCUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1026.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1096.15
Frequency: 0.0000
Diversity: 953.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................((((.....)))).....(((((....))))).(((((((((...))))........((((((((.((....(((((((((((...((((.....))))(((((((((.....((((((((..((((..(((((((.((((((.((...)).))).)))...((((..((....))....))))(((((((.......)))))))...)))))))((((((((((..(((.....))).))))))))))......(((((.(((((....(((((((.(.((((((((.(..((((((....))))))..)))).))))).).)).)))))((((((((((((.(..(((((((((((...(((((..(((((((((.....))))...(((((....)))))..................))))).)))))))))))))))).).)))...(((((((.(.((((........))))((((((((..((......))....)))))))).....).)))))))....))))))))).((((.((((..(((....(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((..((((((.((.(((((((.....(((.(((.....))).))).....(((........))).(((((.((((((((((((((.((((........)))).)))).)))))).))..)).)))))....((((..(((...)))..))))...)))))))...(((((.((((.(((((((((((...)))))........(((((((....))))).)).)))))).))))))))).((((..((((((.(((((((...((((....))))......(((..((((((.......))))))..))).......(.(((((((....(((((.((.((((....(((((...)))))....)))).)).)))))))))))).).)))))))))))))..))))(((((((((.(((((.......(((...((((..(((((((..........(((....)))...............(((((((((....(((((.....((((((((......(((((...............)))))......)))))))))))))((....))...(((.....)))...))))))))).((((((...(((.(((.(((((((....))))))).))).))).))))))((((.((...((((...........)))).....)).)).))....)))))))....))))......))).......))))).)))))))))......(((((......(((((((((......))))).....(((((.((.(((((..(((((((((((((((..(((..(((((((.(((((((((((((((((((.......)))))))))).))).))))..........)).))))))))))..))))........(((((((((......)))..(((((.....)))))..(((((.........))).))...(((......)))..........)))))).(((((..(.......((((.....((((.....))))......))))(((.....)))....)..)))))...(((.((((((((.((((.....)))).))).)))))))))))))))))))..))))).)).......(((((((((.((((....(((((..(((.((((((((((((....)))).)))....(((((....))))).....((.(((((.(((......)))...))))))).......))))).)))..)))))..((.......)).............)))).)).)))))))...................(((........))).(((((......))))).....)))))......))))....))))).......(((((......((((((.....))))))..................((((.((((......)))))).))......((((((.....)))))).......(((((((((((((...((((((.....((........))...)))))).....))))).......))))))))..............(((((....))))).........................((((....)))).....((.......))....((........))...........))))))).))))))...)))))))))).)))).))))....(((((.............((((.((.(((((((((.........)))))))))))...))))...(((......))).............)))))............)))))).)))).((((....(((((.................(((..(((((((((....)))))))))..))).(((((.((((.....))))...)))))..((((((..(((.......((((((((((..((((((((......(((...((....(((.......((......))......)))............(((((........)))))...(((((((.(((((((((...........((((((.((((..((((.((........((((.......)))).........(((((((..((((((((..(.....)..))))).)))....))))))).((((........)))).)).))))........(((((.....(((((..........)))))...)))))...................)))).))))))...)))..))))))..)))))))))...))).......))))))))..))))))))))(((....))).....((((((....))))))(((((.((((((((...))))))..(.((((.(((((..(((((((((((.....((((((.......))))))..................))))))).))))..))))).)))).)..))))))).(((((...((((((((..((((((((((...((((...)))))))))))((((((.((.(.....).)))))))).)))..))))))))..))))))))..))))))..............)))))....))))))))))))))))))))....)))).)))).........((.((((.(((((((((((......))).))))(((..(((...)))...)))...)))).)))).))....................))))).)))))(((((....(((...))).....))))))))).)))))))).....))))))))).(((.((.(((....))).)))))...........)))))))))))....................((((......(((((((.....)))))))......))))..........(((((........)))))......((((((((((....)))....................(((........)))(((((((.............))))))).........))))))).)).))))))))...........((((..((((...(((((..((((.(((.((....)).))).))))((((((((......)))))))).....(((...)))..........)))))...)))).))))............))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,....,..,,,{{{(,{,,,||}|,,..{((,,({{{{||,}|,,{{,(((((...|||}|....,,.,},}))}))),)},.{|||,{((((({{{((((.....)))|(((((((((..{{,((((((({..{(({,.{((((((,((((((.((...)).))).))},}.{(((..{{....}}....))))(((((((.......)))))))...))))))}((((((((((..(((.....))).)))))))))).....,(((((,{((({....(((((((.(.((((((((.{..((((((....))))))...)))}}}))).).)).))))).((((((((((((.(((((((((((((...(((((..(((((((((,...,))))...(((((....)))))...........,,.....))))).))))))))))))))},(({{|{{..,,||.}})).((((........))))((((((((..((......))....))))))))......{((((((((....((((.,....,.))))...))))))))|(((.(((((((,((({(,((((((((,((((((((((((((,.((((((.(((((.{{((.,(({(.((..((((.((((((((({...(((,.....}.))).{{.,..|},(((((((((((.((((........)))).)))},))))))}.,.))))))))))))))..)).}||},{|{({{{{.{{{.,,,))))}..|||||,((((.((((({{{(((...))))),,,.....(((((({....))))).)),)))))).))))}}))}.{{{,..(((({{((((((((...((((....))))..,{{.{{(,,((({{(.......))))))..})),......{.(((((((....(((((.{(.((((....(((((...)))))....)))).)},)))))))))))).,.))))))))))))}{((((((((.,,((((.((((((({,.{{{...{((({,...|||||...}}}.})){({,...)}}..|||||........{((((((((....(((((.....((((((((......(((((...............)))))......))))))))))))){{....}}...{{,....,|||...}))))))))..))))))...)))).|,.,}}))))}}|{{{{|||(|{(({{,.,,|,|{{.((((..{{(.....,,,.....}))),}}|{(((((((({((,,{({,......,}},...,{((((({{..{{({,,.,.{{{(((,...,,...........}}}}}}..,,,},)))))))),}..))))))))}|(,(((((..((((((((((((((({,(,{.,((((((({(((((,(((((((((((((.......)))))))))).))).,,}}........,,},,||||}},,,,..,)))}}.,....(((((((((......}}}..{((((.....))))}..,{{{{.........})).}}.|,{((......))),........,)))))).}}},},,.,,.,|,.((((.....((((.....))))......)))),.|..,|||||,,..,.,},},....{((.((((((((.((((.....)))).)))})))))))))))))))))))..))))).),,......(((((((((.((({....(((((..(((.((((({{{((((....)))).)}}|,..{{{{|..,.}})},.....{{.(((((.(({......)},,,.))))))).......))))).)))..)))))..{{.......}}.............)))).)).))))))).............}},.))))}}}}}....,...{{(((,.....|||||....,}}},,,,....}}},......{{{,{|.......,,..},}}|(((((.....)))))}..................{{{{.((((......))))}}.}}......((((((.....))))))......,(((((((((((((.{{((((((....,((........,),..)))))}.,}}.))))).......))))))))..............{((((....))))}......................,,.||||....}}},..,,.||.......||....||....,...)}............)))})).)))))).,.)))))))))).)))),)))),))),|,|,,|,,,........{{((.((.(((((((((.........)))))))))))...)))}))))))).))),......,})).))).))))))}}.......{{{{,...{,{,,.{{{{{,,....{{{{.{,..,,}).,,,,..(((..(((((((((....)))))))))..))).|||||.{(((|,,.,|}}|||.|||||.{((({(({{{(({..{{..((((((((((..((((((((......(((...{{....{((.......((......))......))}............{((((........))))}...(((((((.((((((({(...........((((((.((((..((((,({........{(((.......}}}}...,},...(((((((..((((((({..{.....,..))))).)))....))))))).{{((,.......)}},.)).})))........{((((.....||||{..........})))}...})))}...................)))).))))))...))..}))))))..)))))))},...))}.......))))))))..))))))))))||{},,.})},,,..|{{{{|..,,|||||}((({{{{,((((((,,,|}}}},.{(.((((.(((((..(((((((((((.....((((({..,,,,,)}}}}|...............,,.))))))).))))..))))).)))).}.((((({....}))))),}}}}(((((.(((..(((((((..((({,.,({(((.((,{((((((.((.(.....).)))))))))))))),))))))....)))))))..))))))))....................{((({{.,,,,,.,,,{{{{{....))))),,)))}},........{||{,|||,||}||,|,||,,..,,}}},}},,))}}},.,,}}}}}))),,..||,...,..}},..................,}}}}|,|}|||{,{,,..{{(....}))......})))})))).)))))))}.....)))))))))|(((,((,(((,,,.}}|.|||||,{.,|||{|..|||||||||||..........{{{{,...,}|||{......(((((((.....)))))))......|}}}.........,(((((...,....}}}}}......||,,{||,...,,}}}},..,,|,{|||.........{{{........,,},}}}||,,,.{(({{{{(((((.....}}))}..{{((|{||.....}}........)))})))}.)))}}}}.||..}))}|||||{{{.|||,|,....}}.}}}.,}},((((((((......))))))))....|{{|,..}}}.....,,.},},}}},),)))}}))}}}},,}.......,},})}})}}....
Back