Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353326.2
Sequence Length
3541 nt
GC Content
0.4442
AGUCCUGGGGCAGGGCUGGGUGGCACGGCUGGCGAGCCCGGAACGCCUCUGGUCACAGCUCAGCGUCCGCGGAGCCGGGCGGCGCUGCAGCUGCACUUGGCUCGUCUGUGGGUCUGACAGUCCCAGCUCUGCGCGGGGAACAGCGGCCCGGCGCUGGGUGUGGGAGGACCAGGCUGCCCCAAGAGCGCGGAGACUCACGCCCGCUCCUCUCCUGUUGCGACCGGGAGCCGGGUAGGAGGCAGGCGCGCUCCCUGCGGCCCCGGGAUGACUUCUCAGCGUUCCCCUCUGGCGCCUUUGCUGCUCCUCUCUCUGCACGGUGGCUAAAGCAAUCCUAGUGAGACAAUGGCAUGAGUAAUAGUAACAGAGGAGUUAAGCAGUUGUGAUUUUCUGCUCCAAUAAUAGAAUGGUGUUGCAGCAUCCCUGGAAGUGUCAGAGAGCCCUGGGAGUAUCCAGGUGGCCCGGGGUCAGCCAGCAGUCCUGCCCUGCACUUUCACUACCAGCGCUGCCCUCAUUAACCUCAAUGUCAUUUGGAUGGUCACUCCUCUCUCCAAUGCCAACCAACCUGAACAGGUCAUCCUGUAUCAGGGUGGACAGAUGUUUGAUGGUGCCCCCCGGUUCCACGGUAGGGUAGGAUUUACAGGCACCAUGCCAGCUACCAAUGUCUCUAUCUUCAUUAAUAACACUCAGUUAUCAGACACUGGCACCUACCAGUGCCUGGUCAACAACCUUCCAGACAUAGGGGGCAGGAACAUUGGGGUCACCGGUCUCACAGUGUUAGUUCCCCCUUCUGCCCCACACUGCCAAAUCCAAGGAUCCCAGGAUAUUGGCAGCGAUGUCAUCCUGCUCUGUAGCUCAGAGGAAGGCAUUCCUCGACCAACUUACCUUUGGGAGAAGUUAGACAAUACCCUCAAACUACCUCCAACAGCUACUCAGGACCAGGUCCAGGGAACAGUCACCAUCCGGAACAUCAGUGCCCUGUCUUCAGCCCAGCCCAGGAACAUUGGACUAAUAGCUGGAGCCAUUGGCACUGGUGCAGUUAUUAUCAUUUUUUGCAUUGCACUAAUUUUAGGGGCAUUCUUUUACUGGAGAAGCAAAAAUAAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAAUUCCUAAUGAAAUAAGAGAGGAUGAUCUUCCACCCAAGUGUUCUUCUGCCAAAGCAUUUCACACUGAGAUUUCCUCCUCGGACAACAACACACUAACCUCUUCCAAUGCCUACAACAGUCGAUACUGGAGCAACAAUCCAAAAGUUCAUAGAAACACAGAGUCAGUCAGCCACUUCAGUGACUUGGGCCAAUCUUUCUCUUUCCACUCAGGCAAUGCCAACAUACCAUCCAUUUAUGCUAAUGGGACCCAUCUGGUCCCGGGUCAACAUAAGACUCUGGUAGUGACAGCCAACAGAGGGUCAUCACCACAGGUGAUGUCCAGGAGCAAUGGCUCAGUCAGUAGGAAGCCUCGGCCUCCACACACUCAUUCCUACACCAUCAGCCACGCAACACUGGAACGAAUUGGUGCAGUACCUGUCAUGGUACCAGCCCAGAGUCGGGCCGGGUCCUUGGUAUAGGACAUGAGGAAAUGUUGUGUUCAGAAAUGAAUAAAUGGAAUGCCCUCAUACAAGGGGGAGGGUGGGGUGGGGAGUGCUGGGAAAGAAACACUUCCUUAUAAUUAUAUUAGUAAAAUGCACAAAGAAGAAGGCAGUGCUGUUACUUGGCCACUAAGAUGUGUAAAAUGGACUGAAAUGCUCCAUCAUGAAGACUUGCUUCCCCACCAAAGAUGUCCUGGGAUUCUGCUGGAUCUCAAAGAUGUGCCAAGCCAAGGAAAAAGAUACAAGAGCAGAAUAGUACUUAAAAUCCAAACUGCCGCCCAGAUGGGCUUGUUCUUCAUGCCUAACUUAAUAAUUUUUAAGAGAUUAAAGUGCCAGAUGGAGUUUAAAUAUUGAAAUUAUUUUAAAAGGUAGGUGUCUUUAAGAAAAUAACAAGCAACCCUGUGAUAUGUUCCGUCUCUCCCAAUUCCCUCGUUAUAUAGAGGGCUUAAUGGUAUAAAUGGUUAAUAUUGGUCCCAACAGGGCUGACUCUUCUAUCAUAUAAUCAAAACUUUUUACAUGAGCAAAAUUCAGUAAGAAAUGGGGGAAGACAAAGGAAACGUCUUUGAGAAGCCCCUUCAUAUUUAUUUAUUUAUCUCUUCCUGAACCAUGAAUUUCAUAUGUGGAAUAUUGCUAUAUUGACAGAUUCUUGCCUGUCUGUGUUAUUCUAGGAUCUGUUACAGGUCCAUGGCAAUUACUGUUUAUUUUUUCCUGGAAAAAUAUUUUUUUAUAAAAGGCUUUUUUUUUUUUUUAAAUACAUGAGAGGCAUUGGGCUAAGAAAGAAAAGACUGUUGUAUAAUACCUUGUUCAAUGGUUGUAUUUAGUGAGCUCAUAGAGGUCCAUCAUAUCAUGACCGAGCUAGGUUGUGUGGGCAGGAAGGUAGGGCUAAGGGGUUGUAGCCUUGCUGGGCAGCCUCUCAGAGCAAGGUUGUUCAGAUCUCCCUUGCUAUUACAGUAGGUUACUAUUAAUGAGGGCAGCACCUGAUGCCUUUUGUACUGAGGUAUGUAACUUUCUCCUUAUUUGACAAGUAGAAGUUAACUUACUUGUCAGGGAGGGCAGACGUUUUUUUGUUCUGUUUCGUUUUUCAAAAUAAUGCUUUUUGCAAAAGAGGUAAGACUGAGACUAAAGGUGUUAUCUUCUGGUGUGCUCCUGGAAGUGUCUACCCUACAUUUGUGUCAGCUCAGGGUUGCAGUGUUGCCCAGAUGCAUUUUACAUCACUGUAAAGAGAUUACUUUUGUGGUUACUACCUGGCUUGGCUGGCCUUGCGGUUCACCAGAUUAAUUUACAAACUCCCCCACUUUAUUUUGUGCUAUGUAGAUCUGGCCAUACUUGCAUUAGUGACUGUCUUGCCUUAACCACACUUAAGCAACCCACAAAUUUCUUCUCAGAUUUGUUUCCUAGAUUACUUAUGAUACUCAUCCCAUGUCUCAAUAAGAGUGUCUUUUCUUUCUGGAUGUGUUCUCUUACUCCCUCUUACCACCAUACUUUUUGCUCUCUUCUCCUGCAAGCGUAGUCUUCACAGGGAGUGGCUUCCUGACAUUUUUUUCAGUUAUGUGAAUGAAUGGAAACCAACAGCUGCUGCAAACACUGUUUUUCCAAGAAGGCUACACUCAGAACCUAACCAUUGCCAACCAUUUCAGUAUUGAUAAAAAGCUGAAUUUACUUUAGCAUUACUUAUUUUUUUUUCCAUUUGAUGGUUCUUACUUUGUAAAAAUUUAAAUAAAUGAAUGUCUAUACUUUUUAUAAAGAAAAGUGAAAAUACCAUGACACUGAAAAGAUGAUGCUAUCAGAUGCUGUUUAGAAAGCAUUUAUCUUGCAUUUCUUUAUUCUUUCUAAUUAUCUAAAAUUCAAUAAAAUUUUAUUCAUAUAAAAUAAGUUGUCAUUAAUUAUCAAUACUAACGAGUAUGUCAUUUUAAAACUUAGUAUUCUCUUUAAUGUUACAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1066.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1133.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 1136.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.(.(((((((((((.(((.(.((.((((((((((((.....))))....((((((((((.((((........))))))))).))))).....)))))))).)).)))).......))))))))))).).))))((((((((..((((((((((((((((((((..(((((((((..(((((((....(((..((((((((((.(((....).))..))))).)))))..))).....))))))).....((((((.(((((.((((.(((.((((...((((((((...((((((((((((((((((...((.((((.........))))...))....))).)))..........))))))))..))))((((((((.(((((.........)))))....))))))))..........)))))))))))).)))))))))))).)).)))).)))).)))))....))))).))).))))........)))))))))))..........(((.(((((..(((((..(((((....(((((((((((..(((.((((((((((....))))).))))).)))...(((((((((((((((((((((......))).((((((((((.....((((...)))).......((((..........))))...........((((((((.((((((......)))))).))))).))).........(((((..((((((((((((((((((.(....).))).))))))..........))))))))).(.(((((((((((..((...)).)))).))))))).))))))))))))))))((((((..((((((....))))))................((((.((((.((........)).))))..))))...))))))...((((...)))).)))....).)))))))..)))))))((((((.((.(((((((..((.((((.....)))).))....))))))).))..))))))((((((((((..(.....)..)).)))))))).........)))))........))))))((((((((....(((((((((...(((((...((((.............))))...)))))......(((((.....(((....)))....))))).....)))))))))(((....((((((......................((((((...(((((.((((.................((..(.(((.((((((((((((....(((((((............(((((((.((....(((...)))..((((.........)))).....((((((.....))))))(((.((((((..((((((((...(((((........((((((((((((...)))))))((((((((((....(((((((.((.(((.((....)).)))))...((((((((((.((((...(((.........(((..(((.((((.((.(((((......)))))..))))))..)))..))))))...)))).))))).))))).........((((((....))))))...((..(((((((((.(((((((((.(((((((.((.((((.(((((((........)))))...................((((((....((..(((((((....))))..))).))....))))))..((((((......).))))).....)))))).)).)))))))......((((((...((((((((((((((((((((((......(((.(((((((((((.((((((((...............(((..(((.....))).)))(((((((.((((((((((.((((((((((((.......(((((.(.((....))).))))).....)))))))))....))).)))))))......)))...)))))))..(((((((((((...((((.....(((...(((((........))))).....))).....))))...))))).......))))))))).))))).)))).............(((((((.((((.....)))))))))))..((((.....((((((.....)))))).....))))(((((((......((((((.((.....))...)))))).....)))))))..((((((((....((((((........)))))).........(((((((...)))))))))))))))..........))))))))))....)))))))).........(((((((.................)))))))..((((((...........((((((((.((((....)))).))))))))..........))))))..))))))).......(((((((......)))))))..)))))))...))))))(((((........)))))(((((((((((.........))))))))))).))))))))).......(((((....))))).)))))))))...))..(((((((.......)))))))........(((((....((((((((((........)))))))))))))))((((((((......)).))))))................((((((((....)))))))).)))))))(((((((((...))))).)))).)))))))))).......))))).......)))))..))))))))...))))))))).((((.......))))..)).)))))))..........)))))))...)))).)))))))).))).)..)).(((((((....((((........(((........)))...)))))))))))......)))).))))))))))).((((.((((......))))))))...((((((((......))))))))...(((((........(((((((.................))))))).......))))).)))))).......)))...............))))))))........(((..((.(((((((((.(((((((...)))))))....(((.((((......)))).)))((((((..(((((.((.......))))))))))))).))))))))).)))))...............(((((..((((.((.((.(((((((((((.....))))))..........))))).)).)))))))))))....(((((((((((..((.(((......))).))...)))))))))))...)))))..)).)))))))).)))(((((.(((((....(((((((........))))))).....))))))))))..............................(((((((....)))))))..)))))((((((.....((((((((....((........))....))))))))....))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((.(.((((((((((({(((.(.((.((((((((((({.....}}})},..((((((((((.((((........))))))))).)))))..,..)))))))).)).))}),,.....))))))))))).).)))},{((((({..{{{({{((((((((((((((,.(((((((((..(((((((....(((..((((((((((.(((....).))..))))),}))))..))).....)))))))...|.((((((.(((({,({{({(((.((({..{((((((((.,,((((((((((((((((((.,{{(,(({,..{,.....},}},},,}..,}))}.})),....,....)))))))}..}))|(,,{,,,,...|||||.,,.,....,...|,,}}})})))}.....,}}.)))))))))))).)))))))))))).)).))))})))).))))).,..))))).))),)))),.......}|||}||||||{{{{{{{,,.{{,.(({(({{((((.((........}}.}))}}}}.|..(((.((((((((((....))))).))))).))).,.{,{{{{{{(((((((({,,,{|,,{,,}}}.{{{|{{{{|{...,.{{||,,,)})}.|,..,,.,{{{({,,,,,,,,....{{{{{.....|||||(((.((((((......)))))).)))|}.,,,........,}}},,,|((((,{{{((((((((((.{....}.))).))))))}..,.}}}}}}}|||||||{({(,(((,,((((,,(({{{||{||||{|||||||.|{|||,}}|}|}}}||(((((({,((((((....}))))},............|||((((.((((.((........)).))))..})))...})))))...((((...)))).|||,,.||||,||}},.}}},|||(((((((.((.(((((((..((.((((.....)))).))....))))))).))..)))))))|||{{({,,..,.....,,.||,}}}}}}||,....,||{{(({((((({....||}|||||{,.......((((((((({..(((((...((((..{..........))))...)))))......(((((.....(((....)))....)))))}.}.}))))))))){{............,..,.,,,}}}...,.......,{{{{,....(((((((....,,....{(((({{....{({((,.,{,(((.,((((....{{((((|.,{((,,..,{{(((((({{(({{{.(((...)))....,..,,{{{{{({{{,.....((((((.....))))))((({(..,,,..)}|||{{,{{.({{{{||{{....,|((.(((((((...))))))).)).,{{|,..}})))|,}}}}.|,(((.((....)).)))|{{{{((((((((({.((((...{(,..,,.,,.((((..(((.((((.((.(((((......)))))..)))))}..)))..))))||,,,}}}}.})))),})))),...}},}}}||(((....))))))}}}}},.||(((((......))))),})})))||,|{|||(({,{,{{{,,,...}}}))))}............,|||...,||{{,.,,,,}},}}.,}}}},}}))))))))}})}....)))))...}))})}},...})}))))....,..))))))))})))}},,..,}))))))}|||}}}|}..})))|(((((((((((.((.......||,.(((((((({(((((((..,,{{.............,})},.((((....))))}}}}}}}},.(((((.....(((((((((,{{....(((((.(.((....))).)))))...}}))))))))).....))))),))))))))..,,..,,,,{,.{,,....})),.,,}.||||((((((((((...(((((........))))).....((((,,,.{{(({.....{{(({((.....))))))),,..,.,)))}).,,,,,,....(((((((.((((.....))))))))))).)))))),,)))...))..)))))))))))}{{|||},.{{(({.,,,,,{{,,,,.,,.....|}.,,|}||||.,.,.|||||||,,,,,,||||}}.|{{{|||,,.,,,||}|||||{{{.,{{{{((({{{{..,|||}}}}.,}}},,,..}}}}..,,,,,,|}}}}))}|||,,.,,,,....|||||{,,,,,,.,,,,,...,}}}}}}.)),))))}.,|||||...,,{{{,..((((((((.((({....}))).))))))))...}}}..,.{|(({.....{({{,{{......}}))}}}}}}}.))),))))))})))))))}||||||{{{{{{{{{{|||||,,}||||||||||}}}.,,{((((((..{.......)..))))))).....{{{{|,...}}}}},)))))))))}}.,}}}(((((((.......))))))),,,,,..,(((((....((((((((((........)))))))))))))))|(((((((......})||)))},...,{,,.,,,,,...{{{{||||}.,.)))}||||{||{{||,((.,,{(({{,.,.{{{{{||,,.,..))))))))....,)))}}...,,.)),)))),,}}||}||||,|||}||}}}.{{{|,...,,,||,},,})})}|||{|.{{{....|||||},},,,,}|||,,|||}||}}|||,|{|,,.(((((({..,.((((.,......{{{.......,)))...}))})))))))....}}|}}},..})}},}}}),|||}}||||,,,},,},},)))),,,((((((((......)))))))).,,{,{{{...,..,.(({(({{.......,,.,,.....))))))).,.....)))|||.{{{......}}),,},,,,,.,,.........,|{{{...........)}}||.(((((((((.(((((((...)))))))....{{,.((((......)))).))}((((((..(((((.((.......))))))))))))).))))))))).}}}}),}}..,,},,.}}}}...,..,,,((({({(({({,,.((((((.....)))))).....,,,,,,,....,|{|{.,.}}))|,.,,,({{{{{{{{{{..||.|||,.,,,,}}}.,..,,|||||}}}}}),}})))),.......||||||,|||(((((.(((((....(((((((........))))))).....)))))))))}................,,,,,,,.......||||||{....}}))))).}))})}|||,,,,}}}}||||||,,.{{{{{,.............,}}))))),...}})},),,,,....
Back