Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353361.2
Sequence Length
4248 nt
GC Content
0.4035
AGUGCGGAGCGAGCGCCUCAAAUGCUCGGGUUUCUCAGCUGAUUGUCUCCAGCCGAGAGUUGUUUUUUGCAGCUACGGAGCCGAGCCGCAGCAGGAGGAGCCGAGACCCCCGGGGGGUGGGGGGAAAGAGGAGGCGGGGUCCGGGGGAGCCGCGGCUGCUUUGCGCUGGACUCCGGGUCCCGUCACGGCGCUUCCUGGGGUUAGAGGCUGGGGUGGGUGGGGGGUAAGGGGGCAGUCCUUCUCCCCUUCGACGGCGGCUCCGAGUCCAGCCCCUUCCUUCCCGCGCUCGCUCGCCCGGCCCCCAGCCCCCUCAUGAGGGUGUCCGUGCCGGGUCCGGCGGCCGCUGCCGCCCCCGCAGCCGGCCGCGAGCCCUCCACGCCCGGCGGGGGCAGCGGAGGCGGAGGCGCCGUCGCUGCAGCCUCAGGCGCCGCGGUGCCGGGCUCCGUGCAGUUGGCGCUGAGCGUCCUGCACGCCCUGCUCUACGCCGCGCUGUUCGCCUUUGCCUACCUGCAGCUGUGGCGGCUGCUCCUGUACCGCGAGCGGCGGCUGAGUUACCAGAGCCUCUGCCUCUUCCUCUGUCUCCUGUGGGCAGCGCUCAGGACCACCCUCUUCUCCGCCGCCUUCUCGCUCAGCGGCUCCCUGCCCUUGCUCCGGCCGCCCGCUCACCUGCACUUCUUCCCCCACUGGCUGCUCUACUGCUUCCCCUCCUGUCUCCAGUUCUCCACGCUCUGUCUCCUCAACCUCUACCUGGCGGAGGUUAUAUGUAAAGUCAGAUGUGCCACUGAACUUGACAGACACAAAAUUCUACUGCAUUUGGGCUUUAUAAUGGCAAGCCUGCUCUUUUUAGUGGUGAACUUGACUUGCGCAAUGCUAGUUCAUGGAGAUGUCCCAGAAAAUCAGUUGAAGUGGACUGUGUUUGUUCGAGCAUUAAUUAAUGAUAGCCUGUUUAUUCUUUGUGCCAUCUCUUUAGUGUGUUACAUAUGCAAAAUUACAAAAAUGUCAUCAGCUAAUGUCUACCUCGAAUCAAAGAUUACAGGAUCUCAUUCUUUCUUAUGGCUGAAUAGUACUCCAUUGUGUGGUAUGUCUCUGUGCCAGACUGUCGUCGUGGGCUCUGUAGUCAUUCUUCUGUACUCUUCCAGAGCUUGUUAUAAUUUGGUGGUGGUCACCAUAUCUCAGGAUACAUUAGAAAGUCCAUUUAAUUAUGGCUGGGAUAAUCUUUCAGAUAAGGCUCAUGUAGAAGACAUAAGUGGAGAAGAGUAUAUAGUAUUUGGAAUGGUCCUCUUUCUGUGGGAACAUGUGCCAGCAUGGUCGGUGGUACUGUUUUUCCGGGCACAGAGAUUAAACCAGAAUUUGGCACCUGCUGGCAUGAUAAAUAGUCACAGUUAUAGUUCCAGAGCUUACUUUUUCGACAAUCCAAGACGAUAUGAUAGUGAUGAUGACCUGCCAAGACUGGGAAGUUCAAGAGAAGGAAGUUUACCAAAUUCGCAAAGUUUGGGCUGGUAUGGCACCAUGACUGGGUGUGGCAGCAGCAGUUACACAGUCACUCCCCACCUGAAUGGACCUAUGACAGAUACUGCUCCUUUGCUCUUUACUUGUAGUAAUUUAGAUUUGAACAAUCAUCAUAGCUUAUAUGUGACACCACAAAACUGACAGCAUCACCAAGUCAUGAUUCUUGAGUUGUUUUUCAUAAAUGUGUAUAUUCAAUGUGUUUAAAUUCCAUCUACAUAAACAUUCCAUUAUCUGUUGCAACUGAAAACAAAAUCUGGAAGUGUGGCUGUGUUUGGUAAAUAACACAGCUAUUAUUUUUGACCUCUUCAUAGUAAAAUGAAGUAAAAUGGAAAGUUUGGAGUAGGAGAAAAGAGAGAUUAGAUCUUAAGGCACUUGAUGGCCUCCAAAAAUCCUGACUUUGGAACAUCAAAUGCAUAUGUGCACUUUUAUCUUUGUUCUGAGUCACUGCAGUCCCCAAAGUCAUAUGCCAAUGUUCACACUGAAAUACUGUAUUGUACACCAAACUGGAAGGCAAUUUUCCUAUGAAAAUCAAAGCCGGUAUAUUCAUUGGUAUGCUCUAUACAGAUAUCUUAAUAAAAAUUUUAUAGUGUGAACAGUGCACAGAGUUAAGGCAUAAAAAUGUAUCAUUCUUUAUAAAAAUCUACUGAAAAUGUGUAAUCAUUGAAGACAGUUCUUUUAAGCAUGAUUUUAAAAUAGCAACUGAAAUUCAAUCAUUUUAAACAAAUGAUGGUAGUAAUCCAUUAGUUAUGGCCAGCAGUGUUCUUUGGAGAGCCACAAUAAUUUCAAGAGGAAAAUAUACCAGUGAAAAUUGUGUGGCUAUUUUGAGUAGAAUUGGUCAGUUGAUUAUUUUGUGUAAUUGAGAUAUAUGUAGUAGUUUAAGCAUGAUUCUUGAAGAAAGCAAUAGUGACUUUUGCAUAGGGAGAUUUUGGUAGAAACUUCUUGGGACUAAACAAGUUUAGAGAUGCAUUUAAGAAUUAUUCACAAAAUGUGUAAUUCUAAAUUAAAACAUAAAUAUAUUUUCAAAAGCAUUUGAUUUCUCUGAAGCAUGAUAUAGCUGGUCUUACCUAGUGAAUCAGGAUUGUCCUCAGGUAAAUGAAAUCAUGAUACAUUAUUGCAGUGAACUCAAGUGCAAUACUUUGUAAGACAUAUAAUUCCUAUGAUUUUCACAUUUUUAUAUCUUAUAUAUGGGAAAAGCCAAAUUAAAUUGAAUUCAGAUUAAUUCCAGCAUUAGACUAAAUGAGCAAACUUAAGUAAAUGUACAAACUAGGUAAGUAUAAAACCACAGGUUAACAAUAUUGGAGUACUUUUAGAAUUACAUUAAAACUGUCUUAAAUGUCCUAUCCCAAAUCUAAAAAAAAAGAAAAUGGCAGGCUGAGAUAAUACAGAAUUUUAAAAUGCACUUUGUACCAGUGUCUAUAUGGAAAGAAGUAGAUGCUGAAUACCUCAAGAUGCCAAGGGAACAAGCAACAUUGGGAAGUUGUCACAACAUGCUCAAAGACAAACUACAAUUGUCUGCUAGCUAUUUCUUCAGAACUGGAACUAAUACGACUAUCCUUUUCUGUUUUAUACUUUGAUUAGAAUGUUAUUUCCUCGCUUACUUAAAAUGUACUUCAACUUUUUAACAACUGAUACAAUAACUUCAUAAAAGUAUAACACUAGGUUGAAACCUUAAGGAAAAAUUGAAAUUGUUAAUGCUUUCGAUCUUUUGGGAGGCCAGUACACAGACAAAUAAAUUUCUUCUUUUUAUGAUACAAAAUGACUUUGUAUUCAAUCAGAAGCAUAUACUUAUGUUAUUUUGGGUUUGUUUAUAAUUCUCUCAUUGUAACCAAAUUAUUUUAAAAUGUAUAGUAUAAAAAGUUACCCGUGGUAUUAAGUGACAAAAGCGUACUUUUAUUACAACUCCAGUUGUUAGAUUGCUUCUCAGAAUGCUAACUGUUUAUUUUGCUAAUAAUGUUAGGCAUCUAAUCAUCUAGAGCUGUCCAAAAAGAUAUGUUGUCUUUGUUAAUCCUUGGGGUUCAAGGUGAUAAAGUUUUUCUAGUAAGGCUCCCCUCGAUAAUGUUCCUAUUUGACCAAACUAACAAAGAUUACUUUUUAAAAAUUUUUCAGAUAAAAUAACUUGGUUCUUUCUGCUGCAUUAGUUGAUUGUUCCAAAUUUGAGGUUUGUAAGUUUAUUCUUAUCACUGACUAGGGUACCCAAAUUCUUGCAUUUGUCUCCUUAUACACAUCUAACAUAUCACCAAAGACAAAUAAAGAUACACUCUGGCCCAAUCUUUGCUUAAAAAUUCCAAAGCACUAGGAGCACUUUAAGUUUGGUCUCGAAAGGAGUUGUUUAUAAAAUCAAAGGGCUACCGAUUCCCUGUUCAUCCUGCACUGAAGCACAUGAUGACAGUAUCAAACCUUCAUUUUUGUUCAUUAAAAAGUGAAUUUCAUUACUUAAGUGUGUAAUUCUAUAGUGAUUAGCAGUAUUUGUUUUCAUCAUUUCACUUGGGUGGCCAUUAAUUUUGAAACCUUUACCACUCAUUGUAGUUGGUUGUAGUUUUAUGGAAAAUGUAAUUUAUAGCUAAAGUGGCUUUUUUAUGCAUAGCUGCCUUUUUUAUUGUUUAACAGUGUUUCUCAGCUAUAUAAUCAGUUUCAAACUGGUUGUAAAAGUAUAGCUGUGGCCAAUGAAUGUAUUUAUUUGUUGUUUCACUAAAUUGUAACAAAACACUACUAUUAAAAAUAAAAGUGUUUGUGCUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1190.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1272.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 1243.83
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((.(((((((((((((((.((((((.((((........)))).)))((((((.....))))))..))).)))))).((((((((((((((((((......(((((((((((((((.((((.(((((((.(((((.(((((((((.........(((((((((.((((((((((.(.((.((.(((........)))..)).)).)..((((((.(((((.....)))))))))))...))))).))))).)))))))))..........)))))...)))).))))).)))).))).))))..((((((((((((((.(((.(..(((((((((((.......)))).)))))))..)))).....(((((..((((((((.((((((((((((...((.(((.(((((...(.(((((((((((.((((...((((((..(((((...))))))))))))))).((....(((((((((((................))))).))))))...))....)))))))).))).))))))))).))....))))))))))))....))))))))..))))).))))...))).))))))))))))).))))))))).((...((((((....((....))...))))))..))((((.(((..((((((.....(..(((...(((((((.....((((((((...(((((..((((.((((.((((((..((.......))..))))..........)).)))))))).....))))).)))))((((((((..(((((((((((((((((.........)))))(((.(((((((((((.((((.(((((((.(..(((((.(((...(((((((...((((....(((((......)))))..)))).....((((.((..(((((........)))))..)))))))))))))...((((((((((((((.....................((((((((......((((((((((.((((((((...(((.((........)).)))......(((((((((.((((((......)))))).))((((..((((((((.(((((.((..((.(((........)))))..)))))))...(((((.....)))))((((((((.....((((((.......)))))).....))))))))((((...))))..)))))))).....))))..)))))))(((((((..(((((((((..(((((((...(((.(((((.....(((((((((.((((((((((...((((((........))))))...))))....))))).).)))))))))(((.....))).(((((((.((.(((((((((.(((((((.......((..((.........))..)).(((.((.(((....)))..)).))).))))))))))))).(((((((.....))))))).......))).)).))))))).(((((((.......)))))))........)))))..))).))))).))..)))))))))......)))))))..))))))))..))).))))))).....)))..)))))))))))))))).)))......))))))))..)))))))).).))).......((((((.(((((.(((((((((...(((((((.((((((.(((((.(((((.(((((((...((((.........))))...((.((((..(((((((((((........)))))))))))..)))).))...((((((......))))))...))))))).)))))..))))).)......(((((...)))))...(((.((((((...((((((.........)))))).)))))).)))...((((((((.....(((((..(((........)))....)))))............((((((((((..(((((((((.(((.((((((((((......((((((....)))))).....))))).......))))).)))...)))))).)))................))))))))))))))))))))))).)))))))..)))))).)))..))))))))))))))))))))).).)))...((((((..(((((((((((((......))))))..)).)))))...)))))).........)))))).))))))........((((((((((((.....((((((((((((((((((.((((((..(..((........))..)..))))))))))))).))))))..)))))))))))..))))))))))))))....)))......)))))))....)))..)......)))))).)))...))))..........(((((.(((((.(((((((((((((........)))).....((((((.....((((((((.((.....)).))))))))......................(((((....))))).((((..((((((....((((((((.((((((((((..((((.((((....(((......))))))).))))....(((((((.(.......).)))))))...(((((((..(((((......(((...))).....))))))))))))..(((......)))((((((.(((....))).))))))...(((((..(((...((((....))))))).)))))....))))))))))..(((.(((((.(((.(((.....((..(((((((((((((...........(((((....((.((..((((((((((........)))...(((((...((((....((((((..............)))))).((((((((((.(......).)))))))))).....))))...))))).........(((((........)))))........(((...((((((.......))))))...)))........(((((..(((.............)))..)))))..(((((((((.....(((.((((((...(((.....((((((.((......)).))))))....)))...)))))))))...)))))))))....((((((((((.((((.((..........)).)))).).)))))))))))))))))).))......))))).(((((.........)))))((((((((.....))))))))....((((((((((....)))))..)))))((((((.(((((((......))))))).))))))))))))))).))))..))......)))))).))))).))).((((.(((((....))))).))))....)))))))).....))))))..))))..(((((...(((((.....))))).))))))))))).(((((((.(((((..(((((((((((...)))))))........))))))))).))))))).))))..))))).))))))))))...((......)).(((((((..........((((....))))...........)))))))......))))))))))))))))))..................))))))))).((((((........((((.((....))))))........)))))))))).))))...........................(((((((..((((((.(((((((.......(((((..........)))))..((((((((((((((...(((...((((((((((((.(((((((((((((((((((((((...((((.((((.(((......)))...)))))))).))).....(((((((((........)))))))))....(((((........))))).....((((((.((((.....))))...)))))).......))))))).....))))))........(((((........((((((((((..(((((.....))))).)))))))))))))))...))))))).)))))).))))))..))).))))).)))))))))(((((((((((((((((...))))))))......))))))))).)))))..)).)))))))))))))((((.((......)).))))(((((((..((((...))))..))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((((({(,((({{{{{{((((((.(({(((.((((........)))).)))((((((.....))))))..})).)))))).(((((((({((((((({{.....{(((((((((((((((.((((.(((((((.(((((.(((((((((.......{.(((((((((.((((((((((.,.{(.({.(((.{{.....,,,)),))).}}}}((((((.{((((.....)))))})))))...))))).))))).)))))))))..........)))))...)))).))))).)))).))).))))..((((((((((((((.((((.,.(((((((((((.......))))}})))))),.)))).....(((((.{((((((((.((((((((((((.,.((.(((.(((((...({(((((((((({.((((..{((((((..(((((...))))))))))))}}}.||....(((((((((((..{{....},......))))).))))))|,,||,|,.)}}}))}),)))}))))))))).))..,.))))))))))},.,}.)))))))),}))))).)}))...))),,))))))}))))).))))))))}}}....{|||||},.,||...,))...)))))).,||||.,.|}}}}|{{{{{..{{{{{{({,{{.,,,,,||..}}.,,,(((((,,,(((((..((((.((((,(({{{(,,((,,,....}}.,)))),....,|...||,||}},}}}.....))))).))))),,.,.....{({.(((((,.{(((((((({...{({{,,,,}|||......|||}|||,|||,{{{{.{{,....)).})}}}}|{((((((((((((..,...(((({{{{((((((,,,{{((((({(((((((,..,(((({{.,,(((....{,,{(({{,{{,,...,,|||}||,,|||{,,|.......|}}...,)))}}}.,}|)))}},....,}}}}}.}))}||{{|||||..{||||,.......,{|||,}}}}||,|{,,{{..{{.(((({{,..,,,}})))),||.,,.},,,}|||{||||}||}},{{{{..(|{{|{,,,,|}|||||{,........(((((,...,)))))|||||}|})}}}}}..}}}.))))))))))))},}..)))))))}})))},,,,)))))))))}))))).))).,..})))}}))}||||,,,{({{{{{(({,,{((({|..,{({{({((((({{.((((((.(......).))))))}}}||||}},,,}}})))))}...}))),,..,|{{{{,,|{|({{{|{({,.....||||{{{{{{{{{{,{{{{{{{{,.{{{{,{{,{{,{{,{{{{{,..{,{{{{.||{{{{.{{{,,{,({{..,,||},|{}|||,,|||||||}},}},.(((((({.....})))))){{((,,.||{{{{{,,,,,,,}||||{{|||,,{{{||,,,,}.|||{...,|||,..,,,,)),.,.,)}})}},,))))}},}}}},})}}|||||},|}}},,.{((({(((({,,,.(({.{{{{.....}}}|||}...,,)},|,||||{|{||,,||{{{||}|},..}}})),}}}}}|{{|.{{{{{,({({(((({...(((((({.{{{{{{.{((((.(((((.(((((((...((((.........))))...,{.(((({{(((((((((((........))))))))))},})))),},...((((((......))))))...))))))).)))))..))))).)....{,(({{,...,))))..,(((.{(({((,,,{((({{.........}))))}.}}}})}.|||,..{((({(({,....{{{{{..{{|||,,,}},)))....))))),,,..,,,...{(((((((((({,((,((((((.(((.((((((((((......((((((....)))))).....))))).......))))).)))...)))))).},}............,}}.}))))))))))}})))}}))})}.}))))}}..}))))}.})),.}}}}}.,,,.{{{{{{,|{{{{{{,.,,,.{(((((..(((((((((((({......})))))..}).)))))...))))}|,|||,...,,|,,|||(((,.{,,,,,,,,,,})))),}))},}||}}}||||||||,(((((({,(((((({,{..((........))..)},))))))))))))).}}}},))}))},||||||||,|||,,|||}|||}}|,,||||.,,|{{||||,||{,..|||,,,.,{{{,}}}}}),}|||..|}}})}.}})),,,(((((.(((((.(((((((({((({...,,...}})).,...(((((({{((,(((((((,.(({,...))}))))))))}}}}.............,,,,.,((((,,,,}|}|,.((((..((((((....((((((((.((((((((((,.{(((.((({..,.{{{......}}}}))).)))).}..(((((((.(.......).)))))))...(((((((..(((((......{(,...,},.....))))})))))))..(((......))){(((((.(((....))).))))))...(((((..(((...((((....))))))).)))))....))))))))))..,{{.(((((.(({{(((.....{{..(((((((((((((...........(((((....((.((,.{((((({,,,.......,|||,,.(((({,,{((((.,..{{{({{..........,...}})))}.((((((((((.{......}.)))))))))).....||||,,.|||},.{,,,...,|||.,.|||||..{(((|..,,},..,||,..((((({.......))))))}},.))},}))))}(((((..(((.............)))..)))))..(((((((((.....(((.((((((...(((.,...((((((.((......)).))))))..,.)))...))))))))).,.)))))))))....(((((((((||((((.((..........}).)))).).)))))))))})))))))).))......))))).,,,,,.........,},,|((((((((.....)))))))),,..((({((((((....))))),.,)))){(((((.(((((((......))))))).)))))}))))))))).))))..))......)))))).))))).}}}.((((.(((((....))))).))))....)))))))).....))))))..))))..|{||,,}}|{,{|,,,..))))},)))}})))))).(((((((.(((({..(((((((((({...)))))))........))))))))).))))))).}))},,})))).)))))))))).,.|,....,.},.{{{{{{{..,,......{(((,...}))),,.....,,..)))))}}..,...))))))}}}}}})))))}..,,,},|}..}.,,}}}))))))}||.{(((((......}}|||{.,,,,.,}||}}}..,..,.,|}}}}}||}),}})}.....,...................,|||||||,||||{{{{.{||||||,,...,.|({{{..........))))}..{(((((((({{{{{,.,{{{...((((((((((((.(((({{,..|{{{((((((|(({...((({{((((.(((......)))...)))))))).})).....(((((((((........)))))))))....{{(((...,,.,.))}}}.,,.,{((((,.{({{|...,)))).,,})}}}}.,,,.|||}}}}}}.....,..}}},,.....,|||||,,..,,,,{{((((((({,||{{{,....,}),}}.))))))))}},)))))},))))))).)))))).)))))).,|||||}}}),))))}}}}}(((((((((((((((((...)))))))))}....,}))))))).))}||,,||,||}}}}))))))))|{,.,|,.....,},,|||(((((((..((({...})))..))))))))))),....
Back