Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001353803.2
Sequence Length
2785 nt
GC Content
0.5034
ACUUCCGGUCGGUGGCCCAGGCGCGUUAAGCUGGUUGGGACCCGGGAAGGCCUCCCUCUUAAGGUCUUUCCCACACCUCUGCACCUUGUUACCUGACUUUCGGCUUCAGGAUCCGCAGCGUGCACCCGCGUUCCAUCUGUCUUCUGAGACUUUGCCCUUCUCCAGGAAGAGCACUCAGGAGACCAGGAAAAUGGCCACAGGGCUCCUGAGAGCCAAAAAAGAGGCGUUCGUGGCAUUCAGGGAUGUGGCUGUGUACUUCACCCAGGAGGAGUGGAGGUUGUUGAGCCCUGCUCAGAGGACCCUGCACAGGGAGGUGAUGCUGGAGACUUAUAACCAUCUGGUCUCACUGGAAAUUCCAUCUUCUAAACCAAAACUCAUUGCUCAGCUGGAGCGAGGGGAAGCGCCCUGGAGAGAGGAGAGAAAAUGUCCACUGGACCUCUGUCCAGAAUCGAAGCCAGAAAUUCAACUUAGUCCCUCCUGCCCUCUGAUUUUCUCCAGUCAGCAAGCUCUCAGCCAACAUGUGUGGCUGAGUCAUCUCUCUCAGCUGUUUUCAAGUUUAUGGGCAGGAAAUCCUCUCCACCUGGGAAAACACUAUCCAGAAGAUCAGAAACAACAGCAGGAUCCAUUCUGCUUUAGUGGCAAAGCAGAAUGGAUUCAAGAGGGAGAAGACUCCAGACUCCUGUUUGGGAGAGUAAGCAAAAAUGGCACUUCAAAGGCACUUUCCAGCCCACCUGAAGAACAACAGCCAGCACAGUCCAAGGAAGACAACACAGUGGUGGAUAUAGGGUCCAGCCCUGAACGGAGGGCAGAUCUAGAGGAAACAGACAAAGUAUUGCAUGGUUUAGAAGUCUCAGGAUUUGGAGAAAUCAAAUAUGAAGAGUUUGGGCCAGGCUUUAUCAAGGAGUCAAACCUCCUUAGCCUCCAGAAGACACAAACUGGGGAGACACCUUACAUGUACACUGAGUGGGGAGACAGCUUUGGCAGUAUGUCAGUCCUCAUCAAAAACCCAAGGACACACUCUGGGGGAAAGCCUUAUGUGUGCAGGGAAUGUGGGCGAGGCUUUACGUGGAAGUCAAACCUGAUCACACAUCAGAGGACACACUCAGGGGAGAAACCUUAUGUGUGCAAGGAUUGUGGACGAGGCUUUACUUGGAAGUCGAACCUCUUUACACAUCAGCGGACACACUCAGGGCUCAAGCCUUAUGUGUGCAAGGAAUGUGGGCAGAGCUUUAGCCUGAAGUCAAACCUCAUUACCCACCAGAGGGCGCACACUGGGGAGAAGCCUUAUGUUUGCAGGGAAUGUGGGCGUGGCUUUCGCCAGCAUUCACACCUGGUCAGACACAAGAGGACACAUUCAGGAGAGAAGCCUUACAUUUGCAGGGAGUGUGAGCAAGGCUUUAGCCAGAAGUCACACCUCAUCAGACACUUAAGGACACACACAGGAGAGAAGCCUUAUGUAUGCACAGAAUGUGGGCGUCACUUUAGCUGGAAAUCAAACCUCAAAACACACCAGAGGACACACUCAGGGGUUAAACCUUAUGUCUGCCUGGAGUGCGGGCAGUGCUUUAGCCUGAAGUCAAACCUUAACAAACACCAGAGGUCACACACGGGGGAGAAGCCAUUUGUAUGUACGGAGUGUGGGCGAGGCUUUACCCGGAAAUCAACCCUGAGCACGCACCAGAGGACACACUCAGGGGAGAAGCCAUUUGUAUGUGCUGAGUGUGGACGAGGCUUUAAUGAUAAGUCCACCCUCAUUUCACACCAGAGGACACAUUCAGGGGAAAAGCCUUUUAUGUGCAGGGAGUGUGGCAGAAGGUUUCGGCAGAAGCCUAACCUGUUUAGGCACAAGAGGGCACACUCAGGUGCCUUUGUGUGCAGGGAGUGUGGGCAAGGCUUUUGUGCUAAGUUAACUCUCAUUAAACACCAGAGAGCACACGCAGGGGGGAAGCCUCAUGUGUGCAGGGAGUGUGGGCAAGGCUUUAGCCGGCAGUCACACCUCAUUAGACACCAGAGGACACAUUCAGGAGAGAAGCCUUAUAUUUGCAGAAAGUGUGGACGGGGCUUUAGUCGGAAGUCCAACCUUAUCAGACAUCAGAGGACACACUCAGGAUAGAAACUUUAUGUGUAUAGGGAAUGUGGUACAGCCUUUAGCCAGGAGUCAUACUUCAUCAGACACCAGAGGACACACACAGUGCUGUGGCUUUUUCAGCCAUUGCUAGAUACCAAAGUGGAGACAUUCUGUGUGUGAUUAUGCAUGAGACUGUACUGGUAAGACUUGUAUCUCCAUCCACCUGAAGGAGAAUUGCUGGCUCAUUUUCAGGAGCCCUGCCCUUCCUCACUGUGGAUGGUGGGUUGUGGAAACCCGGUCAGGUAAUGAUAGUGGCAGGAGGCAGUCAAAUGCCCAGGCAGAUAGGGGUGGGUACCUGGUGAAACCCAACCUUAAAGCUGAAGACAGUCCCGGCUAAAUCCUCAUACUGAAUUGAGAACCUGUCUUCCCAUUUGGUGUGCUUUCCUCCGAUUGAUCCCAACCCUUCACCUAUUUUACGUAUACCUGCCCUUUCCUAAUUGGUUUUUACACUGCUGUGCCCACCUUUUGAGUGGUGCCUUUGCAUACUUACAAAUCAGUCAACGUGUAUUCCCCUAUUCUGAGCCCAUAAAAGACCCAGACUCAGCUGCAGUGAGGAGAGAAAUCACCCUGCUGUGGGGGUUGGGGACCACUCCCUGCAUCCCCUCUCCACUGAGAGCUGUUCUUUUGCUCAAUAAAAUUCUUUUCUACCCAUCCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-958.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1006.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 577.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((.((((((((((.(((.....)).).)))))..((((((((((((((((.....(((.((((((..(((((((....((((((..(((((((.((((((....(((.(((.((((.((((((((((..((((((((((((....(((.(((((...))))).)))))))))))).)))....(((((((((...(.((((((.((((...............)))).))))))).)))))))))...((((((((....)).))))))...((.(((((.((((((.(...(((((((((.((((((....(((.((((((..(((((((((((.((..((((..(((..((((((...(((.......((((((.....))))))(((......))))))..))))))..)))....))))((((((....))))))....)).))))))......((((.(((((((((((((((((.......(((....((..(((((((((((.......))))).((((.((((((((.(((((((((..((((.((((.(((....))).)))).((((...........)))).))))..)))..)))))).((((((((((((((((......))))))))))))))))..)))))))).))))((((((....))))))))))))..)).....)))..(((((..(((........)))....)))))........(((.(((.((....(.....)...)).))).)))...((((((...))))))..)))))))))).....)))).....))).))))......)))))...)))))))))(((((....)))))......((((((((((...)))))))).))((((((......))))))..((((((((.((((...((((.((((...((((((...........))))))......))))..)))).)))).(((((.............)))))....))))))))...))))).).)))))))))..).)))))).))))).))(((...((((....))))..))).........(((((..((((......))))..)))))....(((((((((.((((.((.(((....))).)).)))))))))).)))......(((((..(((((....)))))..)))))...))))))))))(((.((....)))))........((((...........))))..)))).))).)))))))))...((((((((((((((((.((((.......)))).))))))...))))..))))))...((((.....((((((((.((.((((.((((((((((((.((((((....(((....))).....))))))))).......((.(((((.....(......).....))))).)).))))...))))))))).)).)))...))))).......))))........((.(((......))).))(((((((......(((((((((.....))))))).))))))))).))))))).....))))))....))))))).........)))))).))).(((((....)))))....))).)))))))).)))))..........((((((......(((((((((.(((((.(((((((((((....))).)))(((.((((((....(......)....)))))).)))....((((((....(.(((((..((((......))))..))))))...).)))))((((.(((((((....)))))))...))))..((((((..(((......)))..))))))....(((((((((((((((((..((((((((.((((((....(((((...........)))))..((((((.((((....)))).))))))..(((.((((((((..(((....))).))..))))))))).............((((...(((..((..((((((((...((((((.....)))))).))))))))..)).)))))))..((((((.(.((((.((((...................)))))))).))))))).....(((...)))))))))))))))))........(((((....((.((((((((((((.((.((((((.....)))))).))..........((((....)))))))))))))...(((((((.(((((.....(((((......((((((((((((.(((.((((....((.(((((........)))))..))..)))))))..)))))))).))))((((((((((.((.((((((((((((((((.((((((((.(((((((...((((((.(((((.(((((..(....)..))))).))))).(((((..........))))).....((((........))))...))))))...)))))))..))).))))))))..(((..........))).))))....))).)))))).))..........)))))))))).(((...(((((((....).)))).))....)))..)))))....)))))..)))))))))).))..)))))))))).......((((..(((.((.((((.(..((......))..))))).)).)))..))))...))))))))))))....))))).))))).).)))))))))))))).............))))).)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(({.((((({,,{({{((.....)},|{||||,..((((((((((((((((,....(((,((((((.,(((((((....((((((..(((((({.((((((....(((.(((.((((.((((((((((.,((((((((((((....(((.(((((...))))).))))))))))))},)),...(((((((((...,.((((((.((((..,,.,.....,}..)))).))))))).)))))))))...((((((((....)).))))))...((.(((((.((((((.(...(((((((((.{(((((..,.(,,((((((.....,,,,,,|||}||..((((...|))}.(((((({{(((...{{{.((((((.....))))))|||,.....}}||{{{.{{{(|,..,......|||.,{||||}}}},)))))....||,,,,.,...},}.((((.(((((((((((((((((.......,,{,,,,((..(((((((((({.{....})))))|((((.((((((((.(((((((((..((({.((((.(((....))).}))}.(((({,......,.))))).})}}..))),.}))))).((((((((((((((((......))))))))))))))))..)))))))).))))((((((....))))))))))))..)).....))),.(((((..(((........)))....)))))........(((.(((.((....,.....}...,}.))).)))...,(((((...))))))..)))))))))).....)))).....))).))))......)))))))))))||{||,,{{((,|,.,..}},.,,.|||{{{(((((,..}}||||}}.,,((((((......)))))),,|||||||,....,,...}|||||.....}}}....}}}....|{||((((((((((((,...,,}}}.))))..)))))))},....((({,(,.....})})))))}...))))).}.)))))))))..).)))))).))))).)){{{...{(({...,||||..}}},||,,..|.(((((..((((......))))..)))))|...(({((((((.((((.((.(((....))).)).)))))))))).)))....,.(((((..(((((....)))))..)))))}..))))))))))(((.((....)))))........{{{{....,,,....}})),.)))).))).)))))))))...((((((((((((((((.((((.......)))).))))))...))))..))))))...((((.....(((((,(({(,.((({{((((((((((((.((((((....(((....))).....))))))))).......({.(((((.....,......,.....))))).)).)))}..,))))))))).},.))),..))))).......))))........((.({(,.....}}}.||({{,,,,}},,.,||{|{{|||,.,,,)))))}}.,}}}}}))),))))))).....))))))....))))))).......}})))))).))).{((((....)))))..,.))).)))))))).)))))...}}}}}}.{(((((......(((((((((.(((((.(((((.{((,({{{..||{|,((((.((((((....(......)....)))))).))))...}}}}.}})})}.|{{{{..((((,.....}}}}..}}}||(((((((((,{((((.(((((((....)))))))...)))),...(((((.((((((((......)))))))).))))),,{{,,(((((((.,(((({{((,((((,{,...(((((...........)))))..(((({{,((({....)))).))))))..(((.((((((((..(((....))).))..)))))))))............,((((...(((..((..((((((((...((((({....,))))}}.})))))))..)).)))))))..((((((.{.((((.,(((......}}}.,,.......}}},}))).))))))),,}.}|||}}}}}}}},}}}}}|||||}..,,,,,.(((((....((.(({(((((((((.((.((((((.....)))))).)).......,..,{{|....)}},)))))))))...(((((((.(((((.....(((((......{,{,((((((((.((,{((((....((.(((((........)))))..))..)))))))..)))))))).}|||(((((((({{,((.(((((({{({{((,((.((((((((.(((((((...{((,((,(((((,(((((..{....}..))))},)),,,.(((((..,.......))))).....((((........))))..,)))))).},)))))))..)))}}}))}))}..{{....},..,..}}..}}}}....,}}.))))))})}...,,.....)))))))))}.{{{.|.(((((((....).)))).))....)))..)))))....)))))..)))))))))).))..))))))))))}}.....((({{{(((.,({(((({{.((.{{....)).})})))}))}))))))})),..)))))))))))),}}}))))).))))).).)))))))))))))}.............))))).}}),...
Back