Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354367.2
Sequence Length
4482 nt
GC Content
0.5629
GCAUAGCGCUCGGAGCGCUCUUGCGGCCACAGGCGCGGCGUCCUCGGCGGCGGGCGGCAGCUAGCGGGAGCCGGGACGCCGGUGCAGCCGCAGCGCGCGGAGGAACCCGGGUGUGCCGGGAGCUGGGCGGCCACGUCCGGACGGGACCGAGACCCCUCGUAGCGCAUUGCGGCGACCUCGCCUUCCCCGGCCGCGAGCGCGCCGCUGCUUGAAAAGCCGCGGAACCCAAGGACUUUUCUCCGGUCCGAGCUCGGGGCGCCCCGCAGGGCGCACGGUACCCGUGCUGCAGUCGGGCACGCCGCGGCGCCGGGGCCUCCGCAGGGCGAUGGAGCCCGGUCUGCAAGGAAAGUGAGGCGCCGCCGCUGCGUUCUGGAGGAGGGGGGCACAAGGUCUGGAGACCCCGGGUGGCGGACGGGAGCCCUCCCCCCGCCCCGCCUCCGGGGCACCAGCUCCGGCUCCAUUGUUCCCGCCCGGGCUGGAGGCGCCGAGCACCGAGCGCCGCCGGGAGUCGAGCGCCGGCCGCGGAGCUCUUGCGACCCCGCCAGGACCCGAACAGAGCCCGGGGGCGGCGGGCCGGAGCCGGGGACGCGGGCACACGCCCGCUCGCACAAGCCACGGCGGACUCUCCCGAGGCGGAACCUCCACGCCGAGCGAGGGUCAGUUUGAAAAGGAGGAUCGAGCUCACUGUGGAGUAUCCAUGGAGAUGUGGAGCCUUGUCACCAACCUCUAACUGCAGAACUGGGAUGUGGAGCUGGAAGUGCCUCCUCUUCUGGGCUGUGCUGGUCACAGCCACACUCUGCACCGCUAGGCCGUCCCCGACCUUGCCUGAACAAGCCCAGCCCUGGGGAGCCCCUGUGGAAGUGGAGUCCUUCCUGGUCCACCCCGGUGACCUGCUGCAGCUUCGCUGUCGGCUGCGGGACGAUGUGCAGAGCAUCAACUGGCUGCGGGACGGGGUGCAGCUGGCGGAAAGCAACCGCACCCGCAUCACAGGGGAGGAGGUGGAGGUGCAGGACUCCGUGCCCGCAGACUCCGGCCUCUAUGCUUGCGUAACCAGCAGCCCCUCGGGCAGUGACACCACCUACUUCUCCGUCAAUGUUUCAGAUGCUCUCCCCUCCUCGGAGGAUGAUGAUGAUGAUGAUGACUCCUCUUCAGAGGAGAAAGAAACAGAUAACACCAAACCAAACCCCGUAGCUCCAUAUUGGACAUCCCCAGAAAAGAUGGAAAAGAAAUUGCAUGCAGUGCCGGCUGCCAAGACAGUGAAGUUCAAAUGCCCUUCCAGUGGGACCCCAAACCCCACACUGCGCUGGUUGAAAAAUGGCAAAGAAUUCAAACCUGACCACAGAAUUGGAGGCUACAAGGUCCGUUAUGCCACCUGGAGCAUCAUAAUGGACUCUGUGGUGCCCUCUGACAAGGGCAACUACACCUGCAUUGUGGAGAAUGAGUACGGCAGCAUCAACCACACAUACCAGCUGGAUGUCGUGGAGCGGUCCCCUCACCGGCCCAUCCUGCAAGCAGGGUUGCCCGCCAACAAAACAGUGGCCCUGGGUAGCAACGUGGAGUUCAUGUGUAAGGUGUACAGUGACCCGCAGCCGCACAUCCAGUGGCUAAAGCACAUCGAGGUGAAUGGGAGCAAGAUUGGCCCAGACAACCUGCCUUAUGUCCAGAUCUUGAAGACUGCUGGAGUUAAUACCACCGACAAAGAGAUGGAGGUGCUUCACUUAAGAAAUGUCUCCUUUGAGGACGCAGGGGAGUAUACGUGCUUGGCGGGUAACUCUAUCGGACUCUCCCAUCACUCUGCAUGGUUGACCGUUCUGGAAGCCCUGGAAGAGAGGCCGGCAGUGAUGACCUCGCCCCUGUACCUGGAGAUCAUCAUCUAUUGCACAGGGGCCUUCCUCAUCUCCUGCAUGGUGGGGUCGGUCAUCGUCUACAAGAUGAAGAGUGGUACCAAGAAGAGUGACUUCCACAGCCAGAUGGCUGUGCACAAGCUGGCCAAGAGCAUCCCUCUGCGCAGACAGGUAACAGUGUCUGCUGACUCCAGUGCAUCCAUGAACUCUGGGGUUCUUCUGGUUCGGCCAUCACGGCUCUCCUCCAGUGGGACUCCCAUGCUAGCAGGGGUCUCUGAGUAUGAGCUUCCCGAAGACCCUCGCUGGGAGCUGCCUCGGGACAGACUGGUCUUAGGCAAACCCCUGGGAGAGGGCUGCUUUGGGCAGGUGGUGUUGGCAGAGGCUAUCGGGCUGGACAAGGACAAACCCAACCGUGUGACCAAAGUGGCUGUGAAGAUGUUGAAGUCGGACGCAACAGAGAAAGACUUGUCAGACCUGAUCUCAGAAAUGGAGAUGAUGAAGAUGAUCGGGAAGCAUAAGAAUAUCAUCAACCUGCUGGGGGCCUGCACGCAGGAUGGUCCCUUGUAUGUCAUCGUGGAGUAUGCCUCCAAGGGCAACCUGCGGGAGUACCUGCAGGCCCGGAGGCCCCCAGGGCUGGAAUACUGCUACAACCCCAGCCACAACCCAGAGGAGCAGCUCUCCUCCAAGGACCUGGUGUCCUGCGCCUACCAGGUGGCCCGAGGCAUGGAGUAUCUGGCCUCCAAGAAGUGCAUACACCGAGACCUGGCAGCCAGGAAUGUCCUGGUGACAGAGGACAAUGUGAUGAAGAUAGCAGACUUUGGCCUCGCACGGGACAUUCACCACAUCGACUACUAUAAAAAGACAACCAACGGCCGACUGCCUGUGAAGUGGAUGGCACCCGAGGCAUUAUUUGACCGGAUCUACACCCACCAGAGUGAUGUGUGGUCUUUCGGGGUGCUCCUGUGGGAGAUCUUCACUCUGGGCGGCUCCCCAUACCCCGGUGUGCCUGUGGAGGAACUUUUCAAGCUGCUGAAGGAGGGUCACCGCAUGGACAAGCCCAGUAACUGCACCAACGAGCUGUACAUGAUGAUGCGGGACUGCUGGCAUGCAGUGCCCUCACAGAGACCCACCUUCAAGCAGCUGGUGGAAGACCUGGACCGCAUCGUGGCCUUGACCUCCAACCAGGUCCUGCACCCAGACCUCACGACGCACCUCCUGCCUCUCCGCUGCUUUUGGAAAGUCAGAAAAAGAAGAUGUCUGCUUCGAGGGCAGGAACCCCAUCCAUGCAGUAGAGGCGCUGGGCAGAGAGUCAAGGCCCAGCAGCCAUCGACCAUGGAUGGUUUCCUCCAAGGAAACCGGUGGGGUUGGGCUGGGGAGGGGGCACCUACCUAGGAAUAGCCACGGGGUAGAGCUACAGUGAUUAAGAGGAAAGCAAGGGCGCGGUUGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGACACCGAGGUGGGCAGAUCACUUCAGGUCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACUUAGUGAAACCCCAUCUCUACUAAAAAUGCAAAAAUUAUCCAGGCAUGGUGGCACACGCCUGUAAUCCCAGCUCCACAGGAGGCUGAGGCAGAAUCCCUUGAAGCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUUGCGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGAAAACAAAAAGGAAAACAAAUGAUGAAGGUCUGCAGAAACUGAAACCCAGACAUGUGUCUGCCCCCUCUAUGUGGGCAUGGUUUUGCCAGUGCUUCUAAGUGCAGGAGAACAUGUCACCUGAGGCUAGUUUUGCAUUCAGGUCCCUGGCUUCGUUUCUUGUUGGUAUGCCUCCCCAGAUCGUCCUUCCUGUAUCCAUGUGACCAGACUGUAUUUGUUGGGACUGUCGCAGAUCUUGGCUUCUUACAGUUCUUCCUGUCCAAACUCCAUCCUGUCCCUCAGGAACGGGGGGAAAAUUCUCCGAAUGUUUUUGGUUUUUUGGCUGCUUGGAAUUUACUUCUGCCACCUGCUGGUCAUCACUGUCCUCACUAAGUGGAUUCUGGCUCCCCCGUACCUCAUGGCUCAAACUACCACUCCUCAGUCGCUAUAUUAAAGCUUAUAUUUUGCUGGAUUACUGCUAAAUACAAAAGAAAGUUCAAUAUGUUUUCAUUUCUGUAGGGAAAAUGGGAUUGCUGCUUUAAAUUUCUGAGCUAGGGAUUUUUUGGCAGCUGCAGUGUUGGCGACUAUUGUAAAAUUCUCUUUGUUUCUCUCUGUAAAUAGCACCUGCUAACAUUACAAUUUGUAUUUAUGUUUAAAGAAGGCAUCAUUUGGUGAACAGAACUAGGAAAUGAAUUUUUAGCUCUUAAAAGCAUUUGCUUUGAGACCGCACAGGAGUGUCUUUCCUUGUAAAACAGUGAUGAUAAUUUCUGCCUUGGCCCUACCUUGAAGCAAUGUUGUGUGAAGGGAUGAAGAAUCUAAAAGUCUUCAUAAGUCCUUGGGAGAGGUGCUAGAAAAAUAUAAGGCACUAUCAUAAUUACAGUGAUGUCCUUGCUGUUACUACUCAAAUCACCCACAAAUUUCCCCAAAGACUGCGCUAGCUGUCAAAUAAAAGACAGUGAAAUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1757.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1837.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 1320.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((((((...))))))..)))(((((.(((((((.((....)).))(((((.(((((...(((((((((((....)))))((((((((((((((((((((.(((.(((((.(((((((((((((((....)))))))..(((........))).(((((((....((((((.((((((.((((...((((((.(((.((((((((..((((((((..((...))..)).))))))...(.((((....)))).)((((....))))((((((...)))))).)))))..))).)))))))))((((((.((..(((...)))..))..))))))......)))).)))))))))))))))))))....(((((((((((.(((...(.((((.(.(((((((.(((((.((((.........))))..))))))))))))).)))))(((((((((((...(((((((((((((((.(((((((.....)).))))).))))(((((...(((((.((.(((.(((((..((...((....))...))...)))))))).)).))))).((((..((..(.((.((((((....)))))))).)....))..)))).))))).)))).)))(((..(((((((..((((...((((..(((....)))..))))..))))..)))))))..))).((.((...(((((..(((....))).))))).)).)).....)))).))))))))))).)))))))))))))).(((((((.....)))))))..(((((((.((((.(((...((((((.....((.((........))))..))))))...)))))))..)))))))..)))))))).))))).)))..))).)))).))...)))).)))))))((((((((.((..((((((((((.((..(((((.(((((....((.((((...(((((((((.(((((((...(((((.((((...(.((.(((.(....).))))).)...))))..))))))))).(((.......)))((((...)))).(((....)))...(((((..((((.(((.......(((((...(((((((((((((.((.((....)).)).).))))))...)))))).........................(((((((.(((((((....(((((((..((.....(((..........(((.(((.((((((.((.((((..(((((.(((.....(((((((...(((((.........))))).(((.(..(((((((.............))).))))....).)))..((((((((((((.(((((((((((((....)).....))))))))))).)))))...))))))).)))))))))).)).)))..))).).))..)).)))).)))))).........))).....)))))))))))))))).((((((((.(((((((..((((....))))(((((((((((.(......)))))...))))))).(((((.....)))))...((((((...((((.((((((((((.......))))))...((((((((.((((...((((((......(((..((.....)))))....(((((((...((((((((.(((((((....(((.((((......(((((((..((((...(((((..((((((((((((......))))))))...)))).))))).))))..)))))))(((((..(.((((((((((..((((((...((((((((.((.(((((.....(((((((...(((((((..((((((((...((((........))))....))))))))...(((((((........)))))))..)))))))((((((..........)))).))...((((.....))))(((((((....))))))).....))))))).((((.....))))..(((((((........)))))))....))))).)).)))).))))..(((((((((.((((...((((.....)))).....)))).))))).)))).(((.((..(((((((.(.(((((.(((((.......(((.....)))...(((((((((.((..(((((...((((.......((((.((((((((((((((((((((.....((((....)))).(((((((.(((((............(((.((((........((....))........)))).))).............)))))))).))))(((((.......)))))..(((.((((.((...........)).)))).))))))))((((((((((((..(((((.((.((((..(((((((....(((((.....)))))..))))...))))))).)))))))..))....))))))))))((((((...............))))))....))))...))))))))))).))))(((((.....)))))..))))))))).)).)))))))))(((((........))))).))))).))))).).))))))).)))))...(((((((((((((((((((.....(((.((....)).)))..)))))...)))).))))))))))........................))))))..(((.....)))......((((.((....(((.(.((.....)).)))).....)).)))))))))))))).).))))).))))))))))))...)).)).)))))).))))))).))))))..)))).))))))))..)))).(((....))).((((((((((((.(((((....((((.(((.((...((..........))..))))).)))).((.((.((((((((......))))).))).))))..))))).))))).)))))))((((.(.(((((((.((((...))))..(((.....)))))))))).).))))......))))...))))))((((((.(((..(((((((...)))).))).....((((.......)))))))))))))(((((((((((((..((.((((((((((((...........))))))).))).)).)))))))))((((((((...))))))))...))))))))))))).)))))))).(((....))).......)))))))))))).))).))))..))))).......))).)))))))))..)))).))..((((((....))))))(((.((((.(((((((.(((.....(((.((.((((.((((((((((((.....((((((............))))))...............)))))).))))(((....)))......(((((((.((..(((..(((...)))..)))..)).)))))))((((((((..(((((((.((((....)).))))))))))))).))))......((((..............................))))......)).)))))).)))..))))))))))))))...)))((((((.((((.((.(((((....))))).))))))))))))(((((((((.......)).))))))))))))..)))))..)).))))..))).)))..)).)))))))))))))).((((.(((.((((((((((...((((((((((...))).)))))))....)))))((((((((((..........(((((.....)))))))))))))))......(((((....)))))...))))).))).))))........))))).)))))..(((((((((((..((((((((((((((..((.....((((.....))))..............))..))))(((.......)))........((((........(((((((((((((((((................)))))..(((((((..((((..((((((..(((((((((...)))))))))...))))))(((((((((...))).))))))....))))....))))))).(((((.((((....))))...))))).)))))))))).))........)))).)))))))))).....((.((((((.((((((((.(((((((((.((....)))))))))..))..)))))).)))))))).))...)))))))))))......))))))))))...((((.(.(((....))).).)))).(((((((.........))))))).((((.(((((.((((((.(((...(((((((((.((.(((((.......)))))))))))).)))).))).......))))........))))))).))))......((((((........))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,.{(((((,.,,||||||,.|||(((({.,{(({((((({({.{{{(,{({(((,,,,|}}.||{{,.|||||}}}})))}}((((((((((((((((((((.(((.(((((.(((((((((((((((....)))))))..(((........))).(((((((....((((((.((((((.((((...(((,(({((,,{((((,(({,,,,||||,}}||...|,..||{||,,,,...))}})}.}}})).)))((((....))))((((((...)))))){||||{{{|||.|||||||||{({{,{||,.}|||..}))}.,}}.)))))).))))}.)))).)))))))))))))))))))..,,(((((((((((((((..,(.((((.(.(((((((.(((((.((((.{.......))))..))))))))))))).))))}{((((((((((.{{(((((((((((((((.(((((((.....)).))))).))))(((((...(((((.((.(((.(((((..((...((....))...))...)))))))).)).))))).((((..((.,(.((.((((((....)))))))).).,..))..)))).))))).)))).)))|||,,(((((({..((((...((((..(((....}))..))))..))))..}))))))..|||{({.,,.,}}}}},...,({{.{|{..,|||.....,)}}..}))))}))))))))))}.))))))))))))))|(((((((.....))))))).,(((((((.((((.{((...((((((..,,.(,{{,....}}..}}),..}))))),.,)}}))))..)))))))..}))))))).))))).)))..))).)))).)}..,)))).))))))){(({{(((,((..{{{||||,{{|{{||({(({,{(((({{{,({.((((...(((((((((.(((((({...{((((,(((({(((,(({((,{(....,.}})),})}..)))).,))))),}|},{({.......)))((((...)))).{{{....))),,.|||||,,{{{{.|||.......((({(...(((((((((((((.((.((....)).)).).))))))...)))))).........................(((((((.(((((((....((((({{{{({.....{||}.........(((.(((.(((({{,((,{{{{..(((((.(({.....{(((({{.,,(((((.........))))).|{{.{{,(((({{,...{,,,......||||,,}|,}.,|,|||...|({{{((((((.(((((((((((((....)).....))))))))))).)))))|,{|||}}}..,))))))))).))}})},.))),),))..)).))}).)))))),,..,,,,.}}}.,...}})))))))))))))).((((((((.(((((((,.((((....))))(((((((((({,(......)))))...))))))).((((({...,)))))...{(((((...((({.{{{{((((((.......))))))...((((((((.((((..,((((((......(({..{{.....)})))...{(((((((...((((((((,({(((((....(((.((((......(((((((.{((((,.,{{(((..((((((((((((......))))))))...)})).))))).)))),.)))))))(((({,.{.((((((((((..{(({{{.,,((((((((.((.(((({.....(((((((.{{(((({((..((((((((.,.{(((,,......)))}..,.))))))))...(((((((........))))))),,|}||}||((((...}))))}.||||||,.,...((((.....))))(((((((....)))))))}}}..))))))).{{{(,,...}}}).,(((((((........)))))))...,))))).)).)))).))))..{((((((((.((((...((((.....)))).....)))).))))),))}}.{{{.((.,(((((((.(,(((({,(((((,,|,.|,|||},,.,)))}},|((((((((.(,..((((|,.|((({...,,,,||((|((({((({(((((((({((({{{{,{{{{....))}}|((((((|{{((((............(((.(((({,{,,,..((....}}...}},..)))).))).............)))))))).))))|((((.....,.}}}}|,{{,,..,,,}}},,....,....,..,,})}))},)))}((((((((((,(,.(((((.,,..,|},}}}.|||,....(((((.....))))).{|||..{(((((((....)))))))))}}}.))))))))))((((((...............))))))....)))}|,,|}))}})))))}))}.{||{{..,,,||}}|,,}}}}))))),,||})))}))),{{{{|,..,.,,,))))}.,,,}},))})),),)))}))},}}}})}}|((((((((({{{{.{.((({.{{,.{{.,||...,,.,)}.}),))).}}))))})))))))))).,,.,.,,..............,....,,...{{|,,..,}))}}}}.,|||}}}},...|||}|}||.....}).)))).,},.}}.)}},)))))))))).).))))).))))))))))))...)).)).)))))).)))))))}))))))..)))).)))))))).|}}|},{({....,,,.((((((((((((.(((((...,((((.,(,,((.{.({..........,,,.)))),.)))).||.{(.((((((((......))))).))).)},...))))).))))),,))))))((((,(.({({{((.((((...)))),,.,|...,,)},))}|||}.|,}}}},,,,,,))))...)))))|((((((.(((..{{(((({.,.}}}}.))).....(({{....,,,)))))))))))))|((((((((((((..((.((((((((((((.......,...))))))).))).)).)))))))}|((((((((...)))))))),}}))))))))))))).)))))))).{{{....}}}.....,.)))))))})})}.}}}.))}}..})})),..}}..))).)))))))))..)))),}}..(((((,....}))))},,{.(((({((({{{{{((((...(((((((.{{{{,,||||,{|}|||}}....,|||||...}}}}}}}}.,,,,,..,,.,....,,...,|||||.|{||{.,.},,)))}}...|(((((({,{{..(((..(((...|))..)}}..}).}))))))}((((((({,{((((((,((((,,,,||{|}}}}}}||}}}|,|}||{{...,{{..{,..,{{..{{{{{.......{{..{.,{((|{(((({{{|,{{{.,||||||{{||,|||||||}|,,...),)|||{((((,,,,||,{((({....))})).))))))))))))(((((((((.......)).))))))).,}))}.)))))}})).}}}})}},)))))..)).,},}))))),,))).||{,,||{.||||{|||{{...|{{|{{{{{{.,,))).)))))))....}))))|{{(((((((..........(((((.....)))))))))))))},......{{{{{....)))))...,}))),})).,))}....,}},))))).}},})}}|{(((((((((..{((((((((({...,{{{,,...}||,.{{...,))..........,,,,.,..|||,({{,,,....|||...,,....||},...,,..||{(((((((({{((({...........,|,|,}||||,.{((((((..((((..((((((..(((((((({...}))))))))...))))))((((((({{...}}},)))))}.,,,}})}....))))))},(((((.((((....))))...))))).}))))))))),||,,...,.,))}}})))))))))).....{(.((((({.|,{|||||.{{(((({(((((....)))))))))..}),.}))))).,,}))))),))...))))))))))}...,,})))))))))),..((((.{.(((....))).}.)))).(((((((.........))))))).((((.(((((,((((((.{{(...(((((((((.((.(((((.......)))))))))))).))))..,..,.....))))......,,))))))).)))))))))}((((((........))))))........
Back