Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354373.2
Sequence Length
3641 nt
GC Content
0.4342
AGACGCGCGCUGCAGGAGCGCGGAACAUGGCGCGGCACGGGCCACCGUGGAGUCGGUUGGACGCGCAGCAGGAGCGCGACGUGCGGGAGCUCGUCCGGGGUGUCGCCGGCCUCCAGGACGAGGCAGACCCCAACUUCCAGCUCGCCCUAAACUUCGCCUGGUCCAACUUCAGAUUUCAUCGUUUCUUGGAUGUCAACAGCCACAAAAUAGAAAAAACAAUCGAAGGAAUUUAUGAAAAAUUUGUCAUUCAUUCUGAUCUAAGCAAAGCUGCUAGUUGGAAGAGAUUAACGGAGGAAUUUCUAAAUGCACCACUUCCCAGUAUAAAGGAAAUAAAGACAGAUGCACAUUAUUCCAUACUGUCACUUCUUCUGUGUCUGUCAGACUCUCCUUCAAACAGCAGUUAUGUGGAGACACCAAGAAAUAAAGAAGUGGAAAAGAAAGAUGAUUUCGACUGGGGAAAAUACUUGAUGGAAGAUGAAGAAAUGGACAUUGGUCCGUACAUGGACACACCAAAUUGGUCUGAAGAAAGUGAAGAGGAAAAUGAUCAACAGCCCUUAAGCAGAGAGGACUCUGGAAUUCAGGUAGACAGGACACCGUUAGAAGAACAAGAUCAAAACAGAAAACUGGAUCCUUGUAUCAGUUGGAAAGAUGAGCCAGAUGACCGAAGCUGGCUGGAACAUCAUGUGGUCCAUCAGUACUGGACAGCCAGGCCCUCCCAGUUUCCUCAUAGUUUACAUUUGCACUCUAAUUUAGCUGCUGUCUGGGACCAACACUUGUACAGCAGUGAUCCAUUGUAUGUUCCAGAUGACAGGGUUUUGGUUACUGAGACUCAGGUUAUUCGGGAAACCCUAUGGUUACUUUCAGGAGUGAAAAAGCUCUUUAUAUUUCAGUUGAUAGAUGGGAAGGUAACUGUGAGAAACAAUAUUAUAGUAACUCAUUUAACACAUAGCUGUUUACGAUCUGUGCUGGAACAAAUAGCAGCAUAUGGCCAGGUUGUGUUUCGACUCCAGGAGUUCAUUGAUGAAGUCAUGGGACACAGUUCUGAGAGCAUGCUGCCUGGAAGUGGGUCUGUUCCUAAGAAGUCAACUGAAGCUCCCUUUAGAACCUACCAGGCUUUCAUGUGGGCCCUGUACAAAUAUUUCAUUAGUUUCAAAGAGGAACUUGCAGAAAUUGAGAAGUGCAUCAUCAAUAAUGAUACUACAAUAACUCUUGCAAUAGUGGUGGACAAGUUGGCACCUCGAUUGUCUCAGCUCAAGGUUCUGCACAAAGUGUUUAGUACUGGAGUAGCAGAAGUUCCACCUGAUACUCGAAAUGUCGUCCGGGCCUCUCACCUGCUUAACACCCUGUACAAGGCCAUUCUUGAAUAUGACAAUGUUGGAGAAGCCUCUGAGCAAACCGUCUCCCUCCUUUUCUCUCUCUGGGUGGAAACGGUGCGGCCUUACCUGCAGACGGUGGACGAGUGGAUCGUGCACGGGCACCUGUGGGAUGGCGCCAGGGAGUUCAUCAUCCAGAGAAACAAAAAUGUUCCAGUUAAUCACAGAGACUUCUGGUAUGCAACUUACACGUUAUAUAGCGUAUCAGAAAAGACAGAAAAUGAAGAAAAAAUGAGUGAUAACGCUAGUGCGAGUUCCGGCAGUGACCAGGGGCCCUCCAGCAGGCAGCACACCAUGGUGUCCUUCCUCAAACCUGUCCUGAAGCAGAUCAUAAUGGCUGGCAAGUCGAUGCAGCUGCUGAAGAACCUGCAGUGUGCGGAGAGCACCACCUGCCAGGCAGGAGCCAGAGAUGCAGAAAGAAAAAGUUUAUACACUCUCUUUCUGGAAUCUGUACAGUCCCGUCUUCGACAUGGAGAAGAUUCCACUCCACAGGUUCUUACUGAGCAACAGGCAACCAAGGAGAACCUGAUGAAGAUGCAGUCCAUUGCUGAAAGCCAUCUUGAACUGGAUGAUGUUCAUGAUCCACUGCUUGCCAUUAACUUUGCAAGGAUGUAUUUGGAGCAGAGUGACUUUCACGAGAAGUUUGCUGGUGGUGAUGUAUGUGUGGAUAGAUCAUCGGAAUCUGUGACAUGCCAGACUUUUGAAUUAACGCUGAGAUCCUGCCUCUAUCCUCAUAUUGACAAGCAGUAUCUAGAUUGCUGUGGAAAUCUCAUGCAAACUCUAAAAAAAGAUUACAGGUUGGUAGAAUACUUGCAAGCUAUGAGGAAUUUUUUCUUAAUGGAAGGAGGAGAUACCAUGUAUGACUUCUACACGUCAAUUUUUGAUAAAAUAAGAGAAAAGGAAACAUGGCAGAAUGUGUCUUUUCUUAAUGUCCAACUCCAAGAAGCAGUAGGACAGCGUUAUCCUGAAGAUAGUUCACGUCUAUCUAUAUCUUUUGAAAAUGUUGACACAGCUAAGAAGAAGCUGCCUGUUCAUAUCUUAGAUGGUCUGACCCUCAGCUACAAGGUCCCAUGGCCCGUGGACAUUGUUAUAAGUUUGGAAUGUCAAAAAAUUUAUAAUCAAGUGUUUCUUCUCUUAUUGCAAAUAAAGUGGGCAAAAUAUAGUCUGGAUGUUUUACUUUUUGGUGAACUGGUUAGUACUGCAGAAAAACCACGACUUAAAGAAGGCCUUAUACAUGAACAAGACACAGUUGCUCAGUUCGGACCACAAAAAGAACCAGUAAGACAGCAGAUUCAUCGCAUGUUCCUCUUAAGAGUGAAGCUCAUGCAUUUCGUGAACAGCUUGCACAACUACAUCAUGACCAGGAUUCUACACAGUACAGGGCUGGAGUUUCAACAUCAAGUCGAGGAAGCCAAGGAUUUAGAUCAAUUGAUUAAAAUUCACUAUAGGUAUCUGUCAACCAUCCAUGACCGGUGUCUGCUGAGAGAAAAGGUCAGCUUUGUGAAAGAAGCUAUCAUGAAGGUGUUGAACUUGGCUCUCAUGUUUGCAGACGGUUGGCAGGCAGGCCUGGGCACUUGGCGAAUGGAAUCUAUAGAGAAAAUGGAAUCUGAUUUUAAAAACUGCCAUAUGUUUCUUGUAACCAUUUUAAACAAAGCCGUCUGUAGAGGAUCCUUUCCCCAUUAUGGAAUCUCACUCUGUGAGUCUCACUCUAUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCAGAGCUCAAGCAAUCCGCCCACCUUGACCUCCCAAAAUGCUGGGAUUACCGACCUGUGUGUACUUUAUAAAUUAAACUUUAUCAUAGGCCUGCAUAUAUAGAAAAAUAUAUAGUCUAUACAGUGUAGAGUGUGCUACUAUCUGUCCUUUCAGACAUCCACCAGGGGUCUUGAAGCUUAUCCCCCAGAAGAUGAGGUGGGAACUACUGUAAAUAAUUUUGACCCUUUGAAAUCUGAUGAGACUUGUUUUACUUCCUAACAUAUGGUAUAUUUUGUGAAUGUUACGUGUUUAUUUGAAAACUUUAAUUCCUGUCAGUAACAGCUUGAAGUCUUCAGUACAAAGCGUCUGAACAUCUUUCAUUCCGUACAAUGCAUUCUGUAUUCUGUUUUGUGGAGGUGCCAUUUAGGUAUAAUACGUUAAUUACUUAAAAAAAAUUUUGUAUCUUUACUUCUUUUUGUGUCUGCCUGUCCUAUCAAUUACUAAUAGAGAGAAGUUCAAAUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1052.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1119.10
Frequency: 0.0000
Diversity: 769.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(.(..(((((.(((.((((....(((((....)))))..)))))))...)))))..).).)))))).)))..(((.((((((((((((.(((...))))))).)))))).))...))).((((((...(((..(((...((((((...(((((.(((((..((((((((((((((((.((((.....(((((.................((.(((((..((((........))))..)))))..)).......(((((((..(((((.((((...((((((((((((((..((((...........))))..))))).....((((((((..........))).)))))..)))))))))((((...)))))))).)))))..))))))).))))).))))))))))))).....(((.((((..........)))).)))(((.......))))))))))..)))))...)))))....((((......))))..((((...)))).........))))))))).............((......))((((....))))(((...((((((((((.((........((((((((((((((((((((((.((.(((((.((((((......((((((((...((((((...((((((((..((..(.....((.(((((.......))))).))..)..))..))))))))(((((((((..(.(((.((.((((..((((((((((((.((........)).).)))))(((((.((((......((((.((((((.(((((((((...)))))))))..)))))).))))......)))))))))...((((((......))))))........)))))))))))).))))..)))))))))........................(((((.((((.((((((((..((((((..........(((((((....(((((.((((((......(((.((.((((....)))).)).)))))))))..)))).)...)))))))..((((((((((..((((..(((.(((........)))..)))..))))..))).(((((......)))))....((((...(((((((((((((((((.((....((((((.((((...(((((((........))).)))).))))...)).))))((((((((((((((((.(((((.(((...(((((((((((((((...((......((((((((.((((((..(((((.((((((((((...........((.((((((((((....((((((.(((...(((((.((((((.(((((.(((((....))))).)))))((......))..(((((.(((.(((............))).))).)))))..))))))....(((((((.(((....((((((.((..(((((.(((((((((((((((.(((((((..((((((((((.(.((((....)))).)...........(((.((((((((.((((((((.(((......((((((((((.............................)))).))))))))).)))))...)))...))))))))..)))....(((.((.((((....)))).)).))).....((((......)))).(((..(((((((((((.....(((((((.(((.....(((((((.((((.....))))...))).))))))).)))((((..(.((((((((...(((......))).)))))))).).))))...(((...((((((........))))))...))).(((((((((((..((.((.....))...))..))))))))).))....)))).....)))))...))))))..))).))))))))))..)....))).)))..)))))))..(((((....(((((...((((((...((((...))))....((..(.(((((.(((((((((((((((...(.(((.((((((...((((((.((((((((.(((......((((((.((..(((((((.....((((.((((.(((((.(((.....(((((((((...(((((((...(((......)))(((.((.(((..((....))..))).)).)))((.((((((((((......)))))))))).)).))))))).))).....(((((...))))).......(((((((((..((((......)))).)))))))))..(((((.(((.(.....).))).)))))(((((.((..(((((((...............))))))).)).)))))...)))))).....))).))))).)))).))))..)))).)))..))..))))))..(((.((((.(((...))))))).)))))).)))))))).))))))................(((..(((.(((((((((.........(((((((......((((..((((....(((((((((....(((((.............)))))..)))..)))))).......)))).....))))....)))))))((((............))))))))))))..).)))..))).(((((((((((....))).)))...)))))))))))))).)...)))))))..)))))))).))))).)..))...((((.....))))..)))))))))))....))))).......((((((.((((....)))).)))))).)))))))).)))))..)).))))))..))).)))))))((((((..(((..((.((((((((.((...)).)))))))).)).....)))..))))))....)))))...))))))))).))))))))))))..(((((.((((.((((((((((((((((.....((.......(((........)))))......))))))).........).))))))))(((.....)))........((..(((((...)))))..))..))))))))))))).)))).(((((((((.........)).))))))))).))))))))))).))).)))))....))..)))))))...........))))))))...)))((((((.(((.((((.....))))...))))))))).((((((.((((((...........))))))..))))))...))))))))...)))))((((((((.(((....)))))).)))))....((((((.........)).))))))))))))............)))))))))).))))))))).))))..)))))))........))))))..)))))))))))).)))))...(((((.(((((((...((((.....)))).))))))).))))).......))))))..)))))))).....)))))).).)))).)).))))))))))(((.....)))((((((((............))))))))....))))))).)))))........)).)))))))))))))...............))).))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((.(.(..(((((...(,{(((,,..(((((....)))))..)))),}}}..)))))..).).)))))).))),.(((.((((((((((((.(((...})))))).)))))))})...)))}{{{(((..,|{{..{{{...(((({(...(((((.(((((..((((((((((((((((.((((.....(((({.....,.........,,({.(((((..((((........))))..)))))..)).......(((((((.{(({((,((((...((((((((((((((..((((...........))))..,)))),....((((((((..........))).)))))..}))))))))((((...)))))))).))),)}}))))))).))))).))))))))))))).....(((.((((.......,..)))).))),({.......)),)))))))..)))))...)))))...,((((,....,)))).,{(({...}))).........)}}}}}|||............,,,|||,...|{(({....))))|{,...((((((((((.((........((((((((((((((((((((((.((.(((({,((((((..,...((((((((...(((((({((((((((,,((((((((({,.((((,,,{,,,.,.((({|,,{|..||,..,.}|||}......,,{({......,.,,,..,,,....,{{{{{{{{{.||,.......)),).})))})}))},)))},}.)))))))))....,.,}||||}}}}{(((((((((((((({....(((...)))....((((((..(((((((...,,,|||{{{,.{{{{,..,,,}}})}}})})}}||{.(((((((.........))))))).}}{((..{(((((.((((.((((((((..((((((,.........(((((((....{((((,((((({.....{(((.((.((({....}))).)).}))))))))..)))).,.,,)))))))..(((((({(((..((({..(((.(((.....,,.))}..))),,))))..))).{|{{|......}))}}..|,{,((,..(((((((((((((((((.((....((((((.((((...((({,(({{{.....)))})))).))))...))}})))((((((((((((((({{((((({(((...(((((((((((((((...((......((((((((.((((((..(((((.{(((((((((...........{{.((((((((((....((((({,(((...(((((,((((({.(((((.(((((....))))).)))))||,,....||..(((((.(((.{((............))).))).))))),,}))))}....(((((((.(((....((((((.((,.(((((.(((((((((((((((.(((((((..((((((((((.{.{(({....}))),,.{{,..,,,,.,.|.,(((((((((((,{{......,,,.....))))))))))}..,,{{,....,|,.,.........|||}}.,}|||,,,|||.{{{{{{||,....)),))))},},}.,|,{((,({,{{{{..,,)))),}),)}),....||||,,,,..}))).(((..((((((,,({{{.{((((,.((({({{.....(((((((,((((.....)))).,.)))},)))},|{|}}((((..{.((((((((...(((......})).)))))))).}.))))....,}},.{(({{{,...{((({..,.,....}}}||(((((((((.,((.((.....))...},.,))))))))).}),}},})))}}.}})))))}..))))))..))).))))))))))..}....))).)))..})))))).{((((((...((.....}}...))))))}({{{{{|.,.,|}||,,{.(((((.(((((((({(((((,,,.{.(((.((((({,,,{(((({.((((((({.{{.......((((((.((..(((((((.....((((.((((.(((((.(((.....((((((,,{...(((((({...{({......))},,.,{({({,,{({....})}}),},)},|},((.((((((((({......)))))))))).)).}))))}},,}}.....{(({{...|}}}}.......(((((((((..((((......)))).)))))))))..{((((.(((.{.....).))).))))}{((({.{{..((((((({.......,,,,,,.}}))}}}.)).}))))}..)))))).....))).))))).)))).))))..)))).)))..))..)))))).{(({.(({{{(((...))))))).))))}}.}))))))).}))))}..............,,{{{{{{{..|,{{{{{{,...,,..|}}||}||,.....{(((((..((((((((({{{(((({{{((({,,,{{((((.,,......,,.,.{,,...,..|..|,,.....,}.........}}))})))))))}}..}))}......,,,..))))))))).))))))....((((({(((((....))).)))...))))),}}}))))).,...}))))))..)))))))).))))).}..}}...((((.....)))),.|{{||.,|.,,....,).,)}}}},..((((((.((((....)))).)))))).)))))))).))))),.)).))))))..))).)))))))((((((..(((.,((,((((((((.((...)).)))))))).}),,},.)))..))))))....}))))...))))))))).)))))))))),,..(((({{((((.((((((((.{((((((.....,,.,.,,.{({{........}}}}..,}...})))))}.........,.))))))))(((.....))),,.....}|{..(((((...)))))..}}..))))))))))))).)))),(((((((((.........)).))))))),}.))))))))))).))).)))))....))..)))))))...........))))))))...))}((((((.{.,.((((.....))))...}}.)))))).((((((.((((((...........))))))..)))))),).))))))))...))))){(((((((.(((....))))))},)))}....((((((.........)).))))))))))))............)))))))))).))))))))).}))),,}))}}))....,..,))))))..)))))))))))).))))),}..))}...|}}}.)))))))..))))))))))))}})))}}))))).....))))))..)))))))).....)))))).).)))).)).)))))))))){((.....))}{(((((((............)))))))}....))))))).)))))........)).))))))))))}}},.,............)}).))))))........
Back