Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354374.2
Sequence Length
3599 nt
GC Content
0.4362
AGACGCGCGCUGCAGGAGCGCGGAACAUGGCGCGGCACGGGCCACCGUGGAGUCGGUUGGACGCGCAGCAGGAGCGCGACGUGCGGGAGCUCGUCCGGGGUGUCGCCGGCCUCCAGGACGAGGCAGACCCCAACUUCCAGCUCGCCCUAAACUUCGCCUGGUCCAACUUCAGAUUUCAUCGUUUCUUGGAUGUCAACAGCCACAAAAUAGAAAAAACAAUCGAAGGAAUUUAUGAAAAAUUUGUCAUUCAUUCUGAUCUAAGCAAAGCUGCUAGUUGGAAGAGAUUAACGGAGGAAUUUCUAAAUGCACCACUUCCCAGUAUAAAGGAAAUAAAGACAGAUGCACAUUAUUCCAUACUGUCACUUCUUCUGUGUCUGUCAGACUCUCCUUCAAACAGCAGUUAUGUGGAGACACCAAGAAAUAAAGAAGUGGAAAAGAAAGAUGAUUUCGACUGGGGAAAAUACUUGAUGGAAGAUGAAGAAAUGGACAUUGGUCCGUACAUGGACACACCAAAUUGGUCUGAAGAAAGUGAAGAGGAAAAUGAUCAACAGCCCUUAAGCAGAGAGGACUCUGGAAUUCAGGUAGACAGGACACCGUUAGAAGAACAAGAUCAAAACAGAAAACUGGAUCCUUGUAUCAGUUGGAAAGAUGAGCCAGAUGACCGAAGCUGGCUGGAACAUCAUGUGGUCCAUCAGUACUGGACAGCCAGGCCCUCCCAGUUUCCUCAUAGUUUACAUUUGCACUCUAAUUUAGCUGCUGUCUGGGACCAACACUUGUACAGCAGUGAUCCAUUGUAUGUUCCAGAUGACAGGGUUUUGGUUACUGAGACUCAGGUUAUUCGGGAAACCCUAUGGUUACUUUCAGGAGUGAAAAAGCUCUUUAUAUUUCAGUUGAUAGAUGGGAAGAGCUGUUUACGAUCUGUGCUGGAACAAAUAGCAGCAUAUGGCCAGGUUGUGUUUCGACUCCAGGAGUUCAUUGAUGAAGUCAUGGGACACAGUUCUGAGAGCAUGCUGCCUGGAAGUGGGUCUGUUCCUAAGAAGUCAACUGAAGCUCCCUUUAGAACCUACCAGGCUUUCAUGUGGGCCCUGUACAAAUAUUUCAUUAGUUUCAAAGAGGAACUUGCAGAAAUUGAGAAGUGCAUCAUCAAUAAUGAUACUACAAUAACUCUUGCAAUAGUGGUGGACAAGUUGGCACCUCGAUUGUCUCAGCUCAAGGUUCUGCACAAAGUGUUUAGUACUGGAGUAGCAGAAGUUCCACCUGAUACUCGAAAUGUCGUCCGGGCCUCUCACCUGCUUAACACCCUGUACAAGGCCAUUCUUGAAUAUGACAAUGUUGGAGAAGCCUCUGAGCAAACCGUCUCCCUCCUUUUCUCUCUCUGGGUGGAAACGGUGCGGCCUUACCUGCAGACGGUGGACGAGUGGAUCGUGCACGGGCACCUGUGGGAUGGCGCCAGGGAGUUCAUCAUCCAGAGAAACAAAAAUGUUCCAGUUAAUCACAGAGACUUCUGGUAUGCAACUUACACGUUAUAUAGCGUAUCAGAAAAGACAGAAAAUGAAGAAAAAAUGAGUGAUAACGCUAGUGCGAGUUCCGGCAGUGACCAGGGGCCCUCCAGCAGGCAGCACACCAUGGUGUCCUUCCUCAAACCUGUCCUGAAGCAGAUCAUAAUGGCUGGCAAGUCGAUGCAGCUGCUGAAGAACCUGCAGUGUGCGGAGAGCACCACCUGCCAGGCAGGAGCCAGAGAUGCAGAAAGAAAAAGUUUAUACACUCUCUUUCUGGAAUCUGUACAGUCCCGUCUUCGACAUGGAGAAGAUUCCACUCCACAGGUUCUUACUGAGCAACAGGCAACCAAGGAGAACCUGAUGAAGAUGCAGUCCAUUGCUGAAAGCCAUCUUGAACUGGAUGAUGUUCAUGAUCCACUGCUUGCCAUUAACUUUGCAAGGAUGUAUUUGGAGCAGAGUGACUUUCACGAGAAGUUUGCUGGUGGUGAUGUAUGUGUGGAUAGAUCAUCGGAAUCUGUGACAUGCCAGACUUUUGAAUUAACGCUGAGAUCCUGCCUCUAUCCUCAUAUUGACAAGCAGUAUCUAGAUUGCUGUGGAAAUCUCAUGCAAACUCUAAAAAAAGAUUACAGGUUGGUAGAAUACUUGCAAGCUAUGAGGAAUUUUUUCUUAAUGGAAGGAGGAGAUACCAUGUAUGACUUCUACACGUCAAUUUUUGAUAAAAUAAGAGAAAAGGAAACAUGGCAGAAUGUGUCUUUUCUUAAUGUCCAACUCCAAGAAGCAGUAGGACAGCGUUAUCCUGAAGAUAGUUCACGUCUAUCUAUAUCUUUUGAAAAUGUUGACACAGCUAAGAAGAAGCUGCCUGUUCAUAUCUUAGAUGGUCUGACCCUCAGCUACAAGGUCCCAUGGCCCGUGGACAUUGUUAUAAGUUUGGAAUGUCAAAAAAUUUAUAAUCAAGUGUUUCUUCUCUUAUUGCAAAUAAAGUGGGCAAAAUAUAGUCUGGAUGUUUUACUUUUUGGUGAACUGGUUAGUACUGCAGAAAAACCACGACUUAAAGAAGGCCUUAUACAUGAACAAGACACAGUUGCUCAGUUCGGACCACAAAAAGAACCAGUAAGACAGCAGAUUCAUCGCAUGUUCCUCUUAAGAGUGAAGCUCAUGCAUUUCGUGAACAGCUUGCACAACUACAUCAUGACCAGGAUUCUACACAGUACAGGGCUGGAGUUUCAACAUCAAGUCGAGGAAGCCAAGGAUUUAGAUCAAUUGAUUAAAAUUCACUAUAGGUAUCUGUCAACCAUCCAUGACCGGUGUCUGCUGAGAGAAAAGGUCAGCUUUGUGAAAGAAGCUAUCAUGAAGGUGUUGAACUUGGCUCUCAUGUUUGCAGACGGUUGGCAGGCAGGCCUGGGCACUUGGCGAAUGGAAUCUAUAGAGAAAAUGGAAUCUGAUUUUAAAAACUGCCAUAUGUUUCUUGUAACCAUUUUAAACAAAGCCGUCUGUAGAGGAUCCUUUCCCCAUUAUGGAAUCUCACUCUGUGAGUCUCACUCUAUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCAGAGCUCAAGCAAUCCGCCCACCUUGACCUCCCAAAAUGCUGGGAUUACCGACCUGUGUGUACUUUAUAAAUUAAACUUUAUCAUAGGCCUGCAUAUAUAGAAAAAUAUAUAGUCUAUACAGUGUAGAGUGUGCUACUAUCUGUCCUUUCAGACAUCCACCAGGGGUCUUGAAGCUUAUCCCCCAGAAGAUGAGGUGGGAACUACUGUAAAUAAUUUUGACCCUUUGAAAUCUGAUGAGACUUGUUUUACUUCCUAACAUAUGGUAUAUUUUGUGAAUGUUACGUGUUUAUUUGAAAACUUUAAUUCCUGUCAGUAACAGCUUGAAGUCUUCAGUACAAAGCGUCUGAACAUCUUUCAUUCCGUACAAUGCAUUCUGUAUUCUGUUUUGUGGAGGUGCCAUUUAGGUAUAAUACGUUAAUUACUUAAAAAAAAUUUUGUAUCUUUACUUCUUUUUGUGUCUGCCUGUCCUAUCAAUUACUAAUAGAGAGAAGUUCAAAUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1043.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1111.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((((.(.(..(((((.(((.((((....(((((....)))))..)))))))...)))))..).).)))))).)))..(((.((((((((((((.(((...))))))).)))))).))...))).((((((...(((..(((...((((((...(((((.(((((..((((((((((((((((.((((.....(((((.................((.(((((..((((........))))..)))))..)).......(((((((..(((((.((((...((((((((((((((..((((...........))))..))))).....((((((((..........))).)))))..)))))))))((((...)))))))).)))))..))))))).))))).))))))))))))).....(((.((((..........)))).)))(((.......))))))))))..)))))...)))))....((((......))))..((((...)))).........))))))))).............((......))((((....))))(((...((((((((((.((........((((((((((((((((((((((.((.(((((.((((((......((((((((...(((((((((((((((..(((((((((((.((((...((((.(.(((.((((...(((((...((((.......(((..............)))........))))...))).)).....)))).))).).)))))))))).))))))))).......)))))))))((((((((((((((((....(((...)))....((((((..(((((((.....((((((((.(((((........))))).))))))))((((((((..((((((..........(((((((....(((((.((((((......(((.((.((((....)))).)).)))))))))..)))).)...)))))))..((((((((((..((((..(((.(((........)))..)))..))))..))).(((((......)))))....((((...(((((((((((((((((.((....((((((.((((...(((((((........))).)))).))))...)).))))((((((((((((((((.(((((.(((...(((((((((((((((...((......((((((((.((((((..(((((.((((((((((...........((.((((((((((....((((((.(((...(((((.((((((.(((((.(((((....))))).)))))((......))..(((((.(((.(((............))).))).)))))..))))))....(((((((.(((....((((((.((..(((((.(((((((((((((((.(((((((..((((((((((.(.((((....)))).)...........(((.((((((((.((((((((.(((......((((((((((.............................)))).))))))))).)))))...)))...))))))))..)))....(((.((.((((....)))).)).))).....((((......)))).(((..(((((((((((.....(((((((.(((.....(((((((.((((.....))))...))).))))))).)))((((..(.((((((((...(((......))).)))))))).).))))...(((...((((((........))))))...))).(((((((((((..((.((.....))...))..))))))))).))....)))).....)))))...))))))..))).))))))))))..)....))).)))..)))))))..(((((....(((((...((((((...((((...))))....((..(.(((((.(((((((((((((((...(.(((.((((((...((((((.((((((((.(((......((((((.((..(((((((.....((((.((((.(((((.(((.....(((((((((...(((((((...(((......)))(((.((.(((..((....))..))).)).)))((.((((((((((......)))))))))).)).))))))).))).....(((((...))))).......(((((((((..((((......)))).)))))))))..(((((.(((.(.....).))).)))))(((((.((..(((((((...............))))))).)).)))))...)))))).....))).))))).)))).))))..)))).)))..))..))))))..(((.((((.(((...))))))).)))))).)))))))).))))))................(((..(((.(((((((((.........(((((((......((((..((((....(((((((((....(((((.............)))))..)))..)))))).......)))).....))))....)))))))((((............))))))))))))..).)))..))).(((((((((((....))).)))...)))))))))))))).)...)))))))..)))))))).))))).)..))...((((.....))))..)))))))))))....))))).......((((((.((((....)))).)))))).)))))))).)))))..)).))))))..))).)))))))((((((..(((..((.((((((((.((...)).)))))))).)).....)))..))))))....)))))...))))))))).))))))))))))..(((((.((((.((((((((((((((((.....((.......(((........)))))......))))))).........).))))))))(((.....)))........((..(((((...)))))..))..))))))))))))).)))).(((((((((.........)).))))))))).))))))))))).))).)))))....))..)))))))...........))))))))...)))((((((.(((.((((.....))))...))))))))).((((((.((((((...........))))))..))))))...))))))))...)))))((((((((.(((....)))))).)))))....((((((.........)).))))))))))))............)))))))))).))))))))).))))..)))))))........))))))..)))))))).......((((......))))....)))))))..)))))))))))).)))).)))))).....))))))..)))))))).....)))))).).)))).)).))))))))))(((.....)))((((((((............))))))))....))))))).)))))........)).)))))))))))))...............))).))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((((.(.(..(((((...(,{(((,,..(((((....)))))..)))),}}}..)))))..).).)))))).))),.(((.((((((((((((.(((...})))))).)))))))})...)))}{{{(((..,|{{..{{{...(((({(...(((((.(((((..((((((((((((((((.((((.....(((({.....,.........,,({.(((((..((((........))))..)))))..)).......(((((((.{(({((,((((...((((((((((((((..((((...........))))..,)))),....((((((((..........))).)))))..}))))))))((((...)))))))).))),)}}))))))).))))).))))))))))))).....(((.((((.......,..)))).))),({.......)),)))))))..)))))...)))))...,((((,....,)))).,{(({...}))).........)}}}}}|||............,,,|||,...|{(({....))))|{,...((((((((((.((........((((((((((((((((((((((.((.(((({,((((((..,...((((((((...(((((((((((((((..((((((((({{.((((,,.{{,,.,,((({,,,{|..|||..,,|||||.......,{({........,......,.....|{{|{{|{|,||}.......}),).})))})})))}))))}).))))))))).......)))))))))((((((((((((((((....(((...)))....((((((..((((((({((..((((((((.(((((,....,..})))).)))))))).|}|||,,..(((((((.........,||||||,.,.{(((({{((((,..,.{{(((,((,(((,.,..|}}},)).}}))))}}}.,)))).}.||}}}},))||{|{{{({(({..{{{|..{{{.{{{...,,{,,|}}..)))}})}}),,})},|||{{.,,.,,}))}}..|,{,((,,.(((((((((((((((((.((....((((((.((((...((({,(({{{.....)))})))).))))...))}})))((((((((((((((({{((((({(((...(((((((((((((((...((......((((((((.((((((..(((((.{(((((((((...........{{.((((((((((....((((({,(((...(((((,((((({.(((((.(((((....))))).)))))||,,....||..(((((.(((.{((............))).))).))))),,}))))}....(((((((.(((....((((((.((,.(((((.(((((((((((((((.(((((((..((((((((((.{.{(({....}))),,.{{,..,,,,.,.|.,(((((((((((,{{......,,,.....))))))))))}..,,{{,....,|,.,.........|||}}.,}|||,,,|||.{{{{{{||,....)),))))},},}.,|,{((,({,{{{{..,,)))),}),)}),....||||,,,,..}))).(((..((((((,,({{{.{((((,.((({({{.....(((((((,((((.....)))).,.)))},)))},|{|}}((((..{.((((((((...(((......})).)))))))).}.))))....,}},.{(({{{,...{((({..,.,....}}}||(((((((((.,((.((.....))...},.,))))))))).}),}},})))}}.}})))))}..))))))..))).))))))))))..}....))).)))..})))))).{((((((...((.....}}...))))))}({{{{{|.,.,|}||,,{.(((((.(((((((({(((((,,,.{.(((.((((({,,,{(((({.((((((({.{{.......((((((.((..(((((((.....((((.((((.(((((.(((.....((((((,,{...(((((({...{({......))},,.,{({({,,{({....})}}),},)},|},((.((((((((({......)))))))))).)).}))))}},,}}.....{(({{...|}}}}.......(((((((((..((((......)))).)))))))))..{((((.(((.{.....).))).))))}{((({.{{..((((((({.......,,,,,,.}}))}}}.)).}))))}..)))))).....))).))))).)))).))))..)))).)))..))..)))))).{(({.(({{{(((...))))))).))))}}.}))))))).}))))}..............,,{{{{{{{..|,{{{{{{,...,,..|}}||}||,.....{(((((..((((((((({{{(((({{{((({,,,{{((((.,,......,,.,.{,,...,..|..|,,.....,}.........}}))})))))))}}..}))}......,,,..))))))))).))))))....((((({(((((....))).)))...))))),}}}))))).,...}))))))..)))))))).))))).}..}}...((((.....)))),.|{{||.,|.,,....,).,)}}}},..((((((.((((....)))).)))))).)))))))).))))),.)).))))))..))).)))))))((((((..(((.,((,((((((((.((...)).)))))))).}),,},.)))..))))))....}))))...))))))))).)))))))))),,..(((({{((((.((((((((.{((((((.....,,.,.,,.{({{........}}}}..,}...})))))}.........,.))))))))(((.....))),,.....}|{..(((((...)))))..}}..))))))))))))).)))),(((((((((.........)).))))))),}.))))))))))).))).)))))....))..)))))))...........))))))))...))}((((((.{.,.((((.....))))...}}.)))))).((((((.((((((...........))))))..)))))),).))))))))...))))){(((((((.(((....))))))},)))}....((((((.........)).))))))))))))............)))))))))).))))))))).,)))},}}},,}},,,.{((((..((((({...))))))..))))),,....,,},,,,,,.}})))))..)))))))))))),,)))}}))))).....))))))..)))))))).....)))))).).)))).)).)))))))))){((.....))}{(((((((............)))))))}....))))))).)))))........)).))))))))))}}},.,............)}).))))))........
Back