Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354406.2
Sequence Length
2175 nt
GC Content
0.5122
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACACAGUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGACUUUUGGGACACGGCAGGCCAGGAGCGGUUCCAGAGCAUGCAUGCCUCCUACUACCACAAGGCCCAUGCCUGCAUCAUGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGCAGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGGUGUGGUUGACUGCAGAGGUAGCUAGCAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-733.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -768.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 367.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..))))(((((.(..........))))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.(..((.(..(((((....((((......))))(((....))).(((((((((....((....)))))))))))....(((((((..(((((.......((.((((((((..(((((.....))))).)))))).))..)).......))))).)))).)))..(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((..(((((......((((........((((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((.((.......................)).)))))))))))).(((((((((...((.((((.(((((((((.((((((((..(.((((..(((.((.((.......)).)).)))..)))).))))).)))).......((((((...........)))))).........(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).))..........))))).)))))))......)))))..))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........)))))))...(((((((.......)))))))....................)))))..)))..))))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).))))).......))))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((,....,.)))...))))))))..)))){((((.(........,.,))))}......((..(((......)))..))((((((((((((.,{{.((((,,...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((..,....((((((((((.((((((((.((((,.,({.(((...(((({{(((....)))))))).))).}},..,)))).)).))))))......(((((((..(((((.....{.({.((((((((..(((((.....))))).)))))).))..)).......))))).)))).)))..(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((.,(((((......((((........{{((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((.((.......................)).)))))))))))}.(((((((((...((.((((.{((((((((.((,{((({..{{{{{{..(((,(({(({,..{,{||{||{{||,,||}||||}}}.})))}}}}...,,}}||..,},}}}}}}|||,},,,,,..,}}|,,.{{,,,.}}.}}).,)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((({{{.......,,((((....|}.||,(({{{((,((,,.,|.||}{{,,||.|(((.|..||,.))))}})))))}(((((.(((((..............))))).}))))........,{{||,,,}}}}..)))|||...}}))).)))).)))))))))))..)))).))..........)))))),}}))))......))))).,))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........))))))).,,{{((,{{....,..,,}||||..................,,}}...........)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((,,...(((((..((((((......................))))))..))))).((((..,((((((((((.....))))))).}}},.,,.,))),...(((((((......))))).))......,,)})),.)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).)))))))))))))}......{{({..{({((((((((...))))))))((((({..(((((,(((,((.(({{{....,,.,)))))..}),)))})}}))))))}},.}}))..,,.)))))...}.))))..}}|(((((((........)}))))))}...............))))))).))))).......)))))))}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back