Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354416.2
Sequence Length
2142 nt
GC Content
0.5117
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACACAGUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGACUUUUGGGACACGGCAGGCCAGGAGCGGUUCCAGAGCAUGCAUGCCUCCUACUACCACAAGGCCCAUGCCUGCAUCAUGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-719.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -754.74
Frequency: 0.0000
Diversity: 336.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..))))(((((.(..........))))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.(..((.(..(((((....((((......))))(((....))).(((((((((....((....)))))))))))....(((((((..(((((.......((.((((((((..(((((.....))))).)))))).))..)).......))))).)))).)))..(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((..(((((......((((........((((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((..........................)))))))))))).(((((((((...((.((((.(((((((((.((.((((...))))))..((((((((((((..(((((......))).))..)))).....)))).))))(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).))..........))))).)))))))......)))))..))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........)))))))...(((((((.......)))))))....................)))))..)))..))))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).))))).......))))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((,....,.)))...))))))))..)))){((((.(........,.,))))}......((..(((......)))..))((((((((((((.,{{.((((,,...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((..,....((((((((((.((((((((.((((,.,({.(((...(((({{(((....)))))))).))).}},..,)))).)).))))))......(((((((..(((((.....{.({.((((((((..(((((.....))))).)))))).))..)).......))))).)))).)))..(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((.,(((((......((((........{{((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((.,.,....................,.)))))))))))}.(((((((((...((.((((.(((((((((.{(.{,(({..((,.....((((((((((((..(((((......))).))..)))).....))))}}}))..,.,,,))}.}.,,}..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((({{{.......,,((((....|}.||,(({{{((,((,,.,|.||}{{,,||.|(((.|..||,.))))}})))))}(((((.(((((..............))))).}))))........,{{||,,,}}}}..)))|||...}}))).)))).)))))))))))..)))).))..........)))))),}}))))......))))).,))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........))))))).,,{{((,{{....,..,,}||||..................,,}}...........)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((,,...(((((..((((((......................))))))..))))).((((..,((((((((((.....))))))).}}},.,,.,))),...(((((((......))))).))......,,)})),.)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).)))))))))))))}......{{({..{({((((((((...))))))))((((({..(((((,(((,((.(({{{....,,.,)))))..}),)))})}}))))))}},.}}))..,,.)))))...}.))))..}}|(((((((........)}))))))}...............))))))).))))).......)))))))}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back