Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354419.2
Sequence Length
1983 nt
GC Content
0.5113
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACACAGUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGCAGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGGUGUGGUUGACUGCAGAGGUAGCUAGCAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-661.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -695.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.86
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..))))(((((.(..........))))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.((((((((.((((..(((.(((...(((((.(((....)))))))).))).)))...)))).)).))))))(((((............(((....)))....(((((((..(((((.....))))).)))))))........)))))..........(((((((.........(((((((((...((.((((.(((((((((.((((((((..(.((((..(((.((.((.......)).)).)))..)))).))))).)))).......((((((...........)))))).........(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).)).....(((((((((((((((((..........))))...))))...)))))).))).....((((......)))).(((((((.........)))))))......))))))).......((((..................))))...........)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).))))).......))))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((,....,.)))...))))))))..)))){((((.(........,..))))}......((..(((......)))..))((((((((((((.,{{.((((.,...(((((.((({{{{..(((((((.((((.(.(((..((((((((.,.((((..((.((.{(((({..,,...{(((((((({.((((((((.((((..,({.(((...(((({{(((....)))))))).))).})}..,)))).)).)))))){{{((.{,,{{{...{{(((.{{{{{.....(((((((..(((((.....))))).)))))))...,......}}}..........((,{{,,....|,...(((((((((...((.((((.{((((((((.{(,{((({.,{{{{{{..{((,(({(({,,.{,{||{||{{||,,||}||||}}}.})))}}}}...,,||||..,},}}}}}}|||,},,,,,..,}}|,,.{{,,,.}}.}}).,)))))))))....)))).))..))))))))).}}}}|{{|,,||{{{|||.{||,|,|{(,{,.,,,|..{{((({.,.,||.,,{(({,,{{.{{{({{{{((,((((((.|{{{.{{{{{{.}|||.|||||||(((((,(((((,.............}}}}}.,}}}}........{(((((........)))))}.....}}},||}}.}}})))}}}}}..}}}}.}}...}}|||||||||,{|||||{.,,.......}))}...}}},...)))}}|,|||.,{{.((((......)))).(((((((.........)))))))......|}|||}},,...|||||{..,{{,,,,..,,,,,{{|||,......{{...}}})))}))}.(((((....(((((.......))))).....)))))........|||.....|||||,,{{{|||,},,...,..,,,,........}}}}}),,})))),((((..,((((((((((.....))))))).}}},.,,.})))},,.|||{|||},,...}})}),)),,,,.}})))),..}))))).)))).))))...})))).))}.....))).}.)))).))))))))))))),,,,,,,|{{{.,{{,((((((((...)))))))){{||||,.((((({((({((,{(,,,....}}.}))))),.})})))}}))))))))}}}.,}}}..},.)))))...}.))))..}}|(((((((........)})))))),...............))))))).))))).......)))))))}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back