Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001354425.2
Sequence Length
2194 nt
GC Content
0.5119
GGAAGUGGAGUGCGCUGCGGUGCGAGCUGGGCCGGCGGGGUGGUUCGAGAGCGCGCAGAGUCCAGACUGGCGGCAGGGCCCGAGGGGCCGACCCGCAGCGUCCCUGGUCUCUCCAGCCCUCACUCGGAACCGCACUGACAAUACCCUCCCCUCCCUUGGGCUGGACCCCUCUCUACAGCUAGGAGCCAAUGGCAGAAGACAAAACCAAACCGAGUGAGUUGGACCAAGGGAAGUAUGAUGCUGAUGACAACGUGAAGAUCAUCUGCCUGGGAGACAGCGCAGUGGGCAAAUCCAAACUCAUGGAGAGAUUUCUCAUGGAUGGCUUUCAGCCACAGCAGCUGUCCACGUACGCCCUGACCCUGUACAAGCACACAGCCACGGUAGAUGGCAAGACCAUCCUUGUGGGUCUGUCUGUGUUCACAUUGCAGACUUUUGGGACACGGCAGGCCAGGAGCGGUUCCAGAGCAUGCAUGCCUCCUACUACCACAAGGCCCAUGCCUGCAUCAUGGUGUUUGAUAUACAGAGGAAAGUCACCUAUAGGAACCUGAGCACCUGGUAUACAGAGCUUCGGGAGUUCAGGCCAGAGAUCCCAUGCAUCGUGGUGGCCAAUAAAAUUGAUGCAGACAUAAACGUGACCCAAAAAAGCUUCAAUUUUGCCAAGAAGUUCUCCCUGCCCCUGUAUUUCGUCUCGGCUGCUGAUGGUACCAAUGUUGUGAAGGUGUGGUUGACUGCAGAGGUAGCUAGCAAGCUCUUCAAUGAUGCAAUUCGAUUAGCUGUGUCUUACAAACAGAACUCCCAGGACUUCAUGGAUGAGAUUUUUCAGGAGCUCGAGAACUUCAGCUUGGAGCAGGAAGAGGAGGACGUGCCAGACCAGGAACAGAGCAGCAGCAUCGAGACCCCAUCAGAGGAGGUGGCCUCUCCCCACAGCUGAGGGGCUGGGGCUAGGGGUGGGUGGAGCCCUUUUAAAAUACCCUUCCCUUCAACAACUCUCCAGCUCUGAAUGGAGAAACUCUCUAGGCCAUCCCCUCUUCUACCUCCUGCAACCCACCCAUCCUAUUAGCCUCCCACAUUCAAGGCCCGUGAUACAGGGAUGAGGUCAGCACCAGCAAACUCUGGACUGGUGGAAGAAUUCCCCACCAGAUCUCCUUGAAGCAGAAUUAGGGAUCAGCAUCAUUAACACCUUCCCCACCCCCUCCCCCCAGGCAGACAGUGAAGAGAAUCAGAAAACAUGAUUAUGUGUCACUUUAAUACAGGAAAUUUAGGUGUUUUUUGGUGUUUUUGUUUUUGUUUUCUUUCCAAAGCUCACCUCGGGGACAAUUCCUUGGGCUUCUCCUGAGGUAAUGAUUACCCCCCCACCCACAGCUGAGUCUGUGAGGCCCCAUCCUUUCCCUACGUUUUCUCCCAUCUUUUUUCCUCUUCAAUCUCCCAGUCAUCUGGUUUGUUUGUUUCUUUGUUCGUCCUGAGACGGAGUCUCGCUCUGUCGCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAGUCUCGGCUCGCUGCAACCUCUGACUCCCUGGUUCAAACGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUGGCUGGCAUCACCACGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGCCCAGGAUGGUCUCGAUCUCCUCACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACCGCGCCCGGCCCCAAUCAUCUGUUUUUAAACAAUCGUUUUUGAGCAGAUAGCUAUUCAUUCCAGAUUUCCGUGUACCCACUCUGUUUCAGGAGCUCUUCUAGGUAAAGCUGAGAUCACAGGAACAGCAGGUGACAGGCCUAGCUAUAGUUAGGAAUACACAAGCGGUAAAAUCGAGUCCUUACAGCCAUACCACAAGGUACGUCCAUUUGGACUACAAGAAGAGCUUCCUUUAAAGUUCCUAUUUCAGCAUAAAGAGGCUGUCCUUUUUUUUUAGGAAUAGUUUGGACCUUGUGCCUCCUGUGGGAGGCUGAGGACUGCAAGAGGAGAGCUAGCAGAUAUGCCUGUUCACCCCUCUCUGGUACUUGUGGCUUGCUAGUAUGUUUUUAUGAUAAUCUCGGGCAUUGUUUGCAUUGUGUUUAUUAAUAGGGUUUUGUUUUUAUUGUUUCCUUUUUUACAGUAAAGGCUGAAUGACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-742.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -777.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 390.76
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((....))))((...(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((..(((((((((((.......)))...))))))))..)))))...((((.......))))......((..(((......)))..))((((((((((((.(((.((((.(...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((.......((((((((((.(..((.(..(((((....((((......))))(((....))).(((((((((....((....)))))))))))....(((((((...((((........))))((((((..(((((.....))))).))))))(((((.((((((((.((...........))))))))))))))))))).)))..(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((..(((((......((((........((((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((.((.......................)).)))))))))))).(((((((((...((.((((.(((((((((.((((((((..(.((((..(((.((.((.......)).)).)))..)))).))))).)))).......((((((...........)))))).........(((.((....)).)))..)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((((((.........((((....)).))((((..(((((......)))))..))))(((.(((((....))))))))..(((((.(((((..............))))).)))))........((((((........)))))).....))).)))).)))))))))))..)))).))..........))))).)))))))......)))))..))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........)))))))...(((((((.......)))))))....................)))))..)))..))))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((((...(((((..((((((......................))))))..))))).((((...((((((((((.....))))))).))).....))))....(((((((......))))).))........))))).)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).))))))))))))))......((((..(((((((((((...))))))))((((((...((((.(((.((.(((((........)))))..)).)))))))))))))))).)))).....)))))...).))))..)))(((((((........).))))))................))))))).)))))........)))).))))..))).)))((((.(........).)))).)).)))))).((((((((......))))).....)))..)))))))).)).)))))))...))((((((((..((((....))))..))))))))........))))))..)))))...((((..((((......))))........))))...(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((((...))))((((((..(((((...((((((((((((((((.(((.....)))...((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).(((((((.((((..(((....)))..))))...))))).))...))))).)))))).....))))))).)))...))))))(((.....))).(((((((..........((((.(((((((((((..........))))))))))).))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((....}}))|({{,(((((((((.(((((((((((.(((.((.(((.(((..(((((((((((((,.((((((((({{,....}.))).,,))))))}),,)}}},...{{((.......}}}}......{{..{{{......))),,))((((((((((((.,{{.((((,,...(((((.(((((((..(((((((.((((.(.(((..((((((((...((((..((.((.((((((..,....((((((((((.((((((((.((((,.,({.(((...(((({{(((....)))))))).))).}}}..,)))).)).))))))...,,.(((({((...((((........}}}){(((({..(((((.....))))).}))))|(((((.((((((((.((...........))))))))))))))))}||,|}|,.(((((((..(((.(((...............(((((((.((((.(((((((.,(((((......((((........{{((((((.(((((((.(((((...........))))).))))))).........(((((...)))))((((....((((((((.((.......................)).)))))))))))}.(((((((((...((.((((.{((((((((.((,{((({..{{{{{{..(((,(({(({,..{,{||{||{{||,,||}||||}}}.})))}}}}...,,}}||..,},}}}}}}|||,},,,,,..,}}|,,.{{,,,.}}.}}).,)))))))))....)))).))..))))))))).((..((((..((((((((.(((.(.((({{{.......,,((((....|}.||,(({{{((,((,,.,|.||}{{,,||.|(((.|..||,.))))}})))))}(((((.(((((..............))))).}))))........,{{||,,,}}}}..)))|||...}}))).)))).)))))))))))..)))).))..........)))))),}}))))......))))).,))))))).)))).))).)))).)))...)))..)))))))(((((((.........))))))).,,{{({{{,.,.,,..,}}||||..................,,},......}},,.)))))))))).(((((....(((((.......))))).....)))))........(((,,...(((((..((((((......................))))))..))))).((((..,((((((((((.....))))))).}}},.,,.,))),...(((((((......))))).))......,,)})),.)))))).)))).))))...))))).))).....))).).)))).)))))))))))))}......{{({..{({((((((((...))))))))((((({..(((((,(((,((.(({{{....,,.,)))))..}),)))})}}))))))}},.}}))..,,.)))))...}.))))..}}|(((((((........)}))))))}...............))))))).))))).......}))))}}}))..))).)))((((.{........}.)))).)).)))))).((((((((......))))}....,)))..)))))))).))}}})))))...,,((((((((..((((....))))..)))))))),}},...,)))))}..))))){{{{,,,||{((({{{...||||{,{.....||{,,.,(((((((((.(((((((((((((.(((((((((((....))))))..........((({...})))((((((..(((((...((((((((((((((((.{((.....))},..((((((......))))))(((((((.....(((((((....))))))).....)))))))..)))))...))))))..)))))..))))))))))).{,(((((.((((..(((....)))..))))...))))).}}...))))).))))))}....,)))))).)))...))))))(({.....)))..,},}}}}...}}}))))}{{.(((((((((((..........))))))))))).}},..}}},...
Back